Difference between revisions of "Team:NCKU Tainan/Protocol"

Line 1: Line 1:
−
{{NCKU_Tainan/header}} {{NCKU_Tainan/navbar}} {{NCKU_Tainan/style}}
+
<!doctype html>
 +
 
 +
<html lang="en">
  
−
<html>
 
 
<head>
 
<head>
−
        <link rel="stylesheet" href="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/css/protocal?action=raw&ctype=text/css">
+
    <meta charset="utf-8">
−
</head>
+
−
<body>
+
  
−
  <!--Page_Content-->
+
    <title>The HTML5 Herald</title>
−
  <div class="container content">
+
    <meta name="description" content="The HTML5 Herald">
−
     <div class="navbar-example">
+
     <meta name="author" content="SitePoint">
−
      <div class="row">
+
    <link rel="stylesheet" href="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/css/model?action=raw&ctype=text/css">
  
−
        <div class="col-10">
+
</head>
−
          <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
+
−
            <div class="container">
+
−
              <h1 class="head2">Protocol</h1>
+
−
              <div id="list-item-1">
+
−
        </br><div class="row">
+
−
            <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#PCR" role="button" aria-expanded="false"
+
−
                aria-controls="multiCollapseExample1">
+
−
                PCR
+
−
                <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
+
−
            </a>
+
−
        </div>
+
−
 
+
−
        <div class="collapse multi-collapse" id="PCR">
+
−
          <p class="pcontent"></br></br>1. Gently mix the following reaction by pipetting and centrifuge briefly.</p>
+
−
              <table class="card card-body">
+
−
        　<tr>
+
−
            　<th></th>
+
−
            　<th>20 μl system</th>
+
−
            <th>50 μl system</th>
+
−
        </tr>
+
−
 
+
−
        <tr>
+
−
            　<td>Template</td>
+
−
            　<td>12～20 ng</td>
+
−
            <td>30～50 ng</td>
+
−
        </tr>
+
−
 
+
−
        　<tr>
+
−
            　<td>Forward primer</td>
+
−
            　<td>1.0 μl</td>
+
−
            <td>2.5 μl</td>
+
−
        </tr>
+
−
 
+
−
        <tr>
+
−
            　<td>Reverse primer</td>
+
−
            　<td>1.0 μl</td>
+
−
            <td>2.5 μl</td>
+
−
        </tr>
+
−
 
+
−
        　<tr>
+
−
            　<td>dNTP</td>
+
−
            　<td>1.6 μl</td>
+
−
            <td>4.0 μl</td>
+
−
        </tr>
+
−
 
+
−
        <tr>
+
−
            　<td>10x Buffer</td>
+
−
            　<td>2.0 μl</td>
+
−
            <td>5.0 μl</td>
+
−
        </tr>
+
−
    </table>
+
−
    <p class="pcontent"></br>Program of KOD DNA polymerase</p>
+
−
        <table class="card card-body">
+
−
        　<tr>
+
−
            　<th>Temperature</th>
+
−
            　<th>Time</th>
+
−
            <th></th>
+
−
        </tr>
+
−
 
+
−
        <tr>
+
−
            　<td>94 ℃</td>
+
−
            　<td>3 min.</td>
+
−
            <td rowspan="3">25～30 cycles</td>
+
−
        </tr>
+
−
 
+
−
        　<tr>
+
−
            　<td>94 ℃</br>(Denaturation)</td>
+
−
            　<td>40 sec</td>
+
−
        </tr>
+
−
 
+
−
        <tr>
+
−
            　<td>57.5 ℃</br>(Annealing)</td>
+
−
            　<td>30 sec</td>
+
−
        </tr>
+
−
 
+
−
        　<tr>
+
−
            　<td>72 ℃</br>(Extension)</td>
+
−
            　<td>Depend on sequence size</br>(2 kbp/min. for Taq)</td>
+
−
            <td></td>
+
−
        </tr>
+
−
 
+
−
        <tr>
+
−
            　<td>72 ℃</td>
+
−
            　<td>5 min.</td>
+
−
            <td></td>
+
−
        </tr>
+
  
−
        <tr>
+
<table class="card card-body">
−
            　<td>4 ℃</td>
+
−
            　<td>∞</td>
+
−
            <td></td>
+
−
        </tr>
+
−
 
+
−
    </table>
+
−
    <p class="pcontent"></br>2. Confirm the size of the digested product by gel electrophoresis.</br></br>
+
−
                        3. Gel purification of the target size.</br></br></p>
+
−
   
+
−
 
+
−
 
+
−
        </div>
+
−
               
+
−
              </div>
+
−
               
+
−
              <div id="list-item-2">
+
−
 
+
−
        </br><div class="row">
+
−
            <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#Plasmid_Construction" role="button" aria-expanded="false"
+
−
                aria-controls="multiCollapseExample1">
+
−
                Plasmid Construction
+
−
                <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
+
−
            </a>
+
−
        </div>
+
−
 
+
−
        <div class="collapse multi-collapse" id="Plasmid_Construction">
+
−
        </br></br><p class="pcontent">1. Digestion (vector)</p>
+
−
        <table class="card card-body">
+
 
     　<tr>
 
     　<tr>
 
         　<th>Plasmid</th>
 
         　<th>Plasmid</th>
Line 164: Line 49:
 
         <td></td>
 
         <td></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
−
   
+
 
 
</table>
 
</table>
  
−
          </br><p class="pcontent">2. Digestion (insert)</p>
+
<table class="card card-body">
−
          <table class="card card-body">
+
 
     　<tr>
 
     　<tr>
 
         　<th>Plasmid</th>
 
         　<th>Plasmid</th>
Line 182: Line 66:
  
 
     　<tr>
 
     　<tr>
−
         　<td>SpeI / PstI</td>
+
         　<td>SpeI / PstI</td>
 
         　<td>0.2 μl</td>
 
         　<td>0.2 μl</td>
 
         <td>1 μl</td>
 
         <td>1 μl</td>
Line 204: Line 88:
 
         <td></td>
 
         <td></td>
 
     </tr>
 
     </tr>
−
       
+
 
 
</table>
 
</table>
  
−
        </br><p class="pcontent">3.Confirm the size of the digested product by gel electrophoresis.</br></br>
 
−
        4. Gel purification of the target size.</br></br>
 
−
        5. Ligation</br>
 
  
−
        <table class="card card-body">
+
iGEMwiki toolssearchtocteamslogin
  
−
    　<tr>
+
Editing Team:NCKU Tainan/Protocol
−
        　<td>Vector (2 kbp)</td>
+
−
        　<td rowspan="2">molar ratio = 1:3</br>(can up to 1:10 depending on the DNA sizes)</td>
+
−
    </tr>
+
  
−
    <tr>
+
{{NCKU_Tainan/header}} {{NCKU_Tainan/navbar}} {{NCKU_Tainan/style}}
−
        　<td>Insert (1.5 kbp)</td>
+
−
    </tr>
+
  
−
    <tr>
+
<html>
−
        　<td>Quick Ligase Reaction Buffer (2X)*</td>
+
−
          <td>10 μl</td>
+
−
    </tr>
+
  
−
    <tr>
+
<head>
−
        　<td>Quick Ligase</td>
+
    <link rel="stylesheet" href="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/css/protocal?action=raw&ctype=text/css">
−
          <td>1 μl</td>
+
</head>
−
    </tr>
+
  
−
    <tr>
+
<body>
−
        　<td>ddH2O</td>
+
−
        <td>Up to 20 μl</td>
+
−
    </tr>
+
  
−
</table>
+
    <!--Page_Content-->
 +
    <div class="container content">
 +
        <div class="navbar-example">
 +
            <div class="row">
  
−
        </br><p class="pcontent">6. Transform the product by heat shock.</br>
+
                <div class="col-10">
 +
                    <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
 +
                        <div class="container">
 +
                            <h1 class="head2">Protocol</h1>
 +
                            <div id="list-item-1">
 +
                                </br>
 +
                                <div class="row">
 +
                                    <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#PCR" role="button"
 +
                                        aria-expanded="false" aria-controls="multiCollapseExample1">
 +
                                        PCR
 +
                                        <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
 +
                                    </a>
 +
                                </div>
  
−
       
+
                                <div class="collapse multi-collapse" id="PCR">
 +
                                    <p class="pcontent"></br></br>1. Gently mix the following reaction by pipetting and
 +
                                        centrifuge briefly.</p>
 +
                                    <table class="card card-body">
 +
                                        　<tr>
 +
                                            　<th></th>
 +
                                            　<th>20 μl system</th>
 +
                                            <th>50 μl system</th>
 +
                                        </tr>
  
−
        </div>
+
                                        <tr>
−
    </div>
+
                                            　<td>Template</td>
−
              </div>
+
                                            　<td>12～20 ng</td>
 +
                                            <td>30～50 ng</td>
 +
                                        </tr>
  
−
              <div id="list-item-3">
+
                                        　<tr>
−
        </br><div class="row">
+
                                            　<td>Forward primer</td>
−
            <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#PCR_Clean-Up_&_Gel_Extraction" role="button" aria-expanded="false"
+
                                            　<td>1.0 μl</td>
−
                aria-controls="multiCollapseExample1">
+
                                            <td>2.5 μl</td>
−
                PCR Clean-Up & Gel Extraction
+
                                        </tr>
−
                <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
+
 
−
            </a>
+
                                        <tr>
−
        </div>
+
                                            　<td>Reverse primer</td>
 +
                                            　<td>1.0 μl</td>
 +
                                            <td>2.5 μl</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        　<tr>
 +
                                            　<td>dNTP</td>
 +
                                            　<td>1.6 μl</td>
 +
                                            <td>4.0 μl</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        <tr>
 +
                                            　<td>10x Buffer</td>
 +
                                            　<td>2.0 μl</td>
 +
                                            <td>5.0 μl</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                    <p class="pcontent"></br>Program of KOD DNA polymerase</p>
 +
                                    <table class="card card-body">
 +
                                        　<tr>
 +
                                            　<th>Temperature</th>
 +
                                            　<th>Time</th>
 +
                                            <th></th>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        <tr>
 +
                                            　<td>94 ℃</td>
 +
                                            　<td>3 min.</td>
 +
                                            <td rowspan="3">25～30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        　<tr>
 +
                                            　<td>94 ℃</br>(Denaturation)</td>
 +
                                            　<td>40 sec</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        <tr>
 +
                                            　<td>57.5 ℃</br>(Annealing)</td>
 +
                                            　<td>30 sec</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        　<tr>
 +
                                            　<td>72 ℃</br>(Extension)</td>
 +
                                            　<td>Depend on sequence size</br>(2 kbp/min. for Taq)</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        <tr>
 +
                                            　<td>72 ℃</td>
 +
                                            　<td>5 min.</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        <tr>
 +
                                            　<td>4 ℃</td>
 +
                                            　<td>∞</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                    </table>
 +
                                    <p class="pcontent"></br>2. Confirm the size of the digested product by gel
 +
                                        electrophoresis.</br></br>
 +
                                        3. Gel purification of the target size.</br></br></p>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
                                </div>
 +
 
 +
                            </div>
 +
 
 +
                            <div id="list-item-2">
 +
 
 +
                                </br>
 +
                                <div class="row">
 +
                                    <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#Plasmid_Construction" role="button"
 +
                                        aria-expanded="false" aria-controls="multiCollapseExample1">
 +
                                        Plasmid Construction
 +
                                        <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
 +
                                    </a>
 +
                                </div>
 +
 
 +
                                <div class="collapse multi-collapse" id="Plasmid_Construction">
 +
                                    </br></br>
 +
                                    <p class="pcontent">1. Digestion (vector)</p>
 +
                                    <table class="card card-body">
 +
                                        　<tr>
 +
                                            　<th>Plasmid</th>
 +
                                            　<th>200 ng</th>
 +
                                            <th>1000 ng</th>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        <tr>
 +
                                            　<td>EcoRI / SpeI</td>
 +
                                            　<td>0.2 μl</td>
 +
                                            <td>1 μl</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        　<tr>
 +
                                            　<td>XbaI / PstI</td>
 +
                                            　<td>0.2 μl</td>
 +
                                            <td>1 μl</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        <tr>
 +
                                            　<td>CutSmart Buffer</td>
 +
                                            　<td>2 μl</td>
 +
                                            <td>5 μl</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        　<tr>
 +
                                            　<td>ddH2O</td>
 +
                                            　<td>Up to 20 μl</td>
 +
                                            <td>Up to 50 μl</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        <tr>
 +
                                            　<td>Digestion at 37℃ for 2.5hr.</td>
 +
                                            　<td></td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                    </table>
 +
 
 +
                                    </br>
 +
                                    <p class="pcontent">2. Digestion (insert)</p>
 +
                                    <table class="card card-body">
 +
                                        　<tr>
 +
                                            　<th>Plasmid</th>
 +
                                            　<th>200 ng</th>
 +
                                            <th>1000 ng</th>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        <tr>
 +
                                            　<td>EcoRI / XbaI</td>
 +
                                            　<td>0.2 μl</td>
 +
                                            <td>1 μl</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        　<tr>
 +
                                            　<td>SpeI / PstI</td>
 +
                                            　<td>0.2 μl</td>
 +
                                            <td>1 μl</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        <tr>
 +
                                            　<td>CutSmart Buffer</td>
 +
                                            　<td>2 μl</td>
 +
                                            <td>5 μl</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        　<tr>
 +
                                            　<td>ddH2O</td>
 +
                                            　<td>Up to 20 μl</td>
 +
                                            <td>Up to 50 μl</td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                        <tr>
 +
                                            　<td>Digestion at 37℃ for 2.5hr.</td>
 +
                                            　<td></td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                    </table>
 +
 
 +
                                    </br>
 +
                                    <p class="pcontent">3.Confirm the size of the digested product by gel
 +
                                        electrophoresis.</br></br>
 +
                                        4. Gel purification of the target size.</br></br>
 +
                                        5. Ligation</br>
 +
 
 +
                                        <table class="card card-body">
 +
 
 +
                                            　<tr>
 +
                                                　<td>Vector (2 kbp)</td>
 +
                                                　<td rowspan="2">molar ratio = 1:3</br>(can up to 1:10 depending on the
 +
                                                    DNA sizes)</td>
 +
                                            </tr>
 +
 
 +
                                            <tr>
 +
                                                　<td>Insert (1.5 kbp)</td>
 +
                                            </tr>
 +
 
 +
                                            <tr>
 +
                                                　<td>Quick Ligase Reaction Buffer (2X)*</td>
 +
                                                <td>10 μl</td>
 +
                                            </tr>
 +
 
 +
                                            <tr>
 +
                                                　<td>Quick Ligase</td>
 +
                                                <td>1 μl</td>
 +
                                            </tr>
 +
 
 +
                                            <tr>
 +
                                                　<td>ddH2O</td>
 +
                                                <td>Up to 20 μl</td>
 +
                                            </tr>
 +
 
 +
                                        </table>
 +
 
 +
                                        </br>
 +
                                        <p class="pcontent">6. Transform the product by heat shock.</br>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
 
 +
 
 +
                            <div id="list-item-3">
 +
                                </br>
 +
                                <div class="row">
 +
                                    <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#PCR_Clean-Up_&_Gel_Extraction"
 +
                                        role="button" aria-expanded="false" aria-controls="multiCollapseExample1">
 +
                                        PCR Clean-Up & Gel Extraction
 +
                                        <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
 +
                                    </a>
 +
                                </div>
 +
 
 +
                                <div class="collapse multi-collapse" id="PCR_Clean-Up_&_Gel_Extractio">
 +
                                    <p class="pcontent">
 +
                                        Gel Dissociation
 +
                                        1. Gel Extraction
 +
                                        a. Excised the DNA fragment from the agarose gel.
 +
                                        b. Transferred up to 300 mg of the gel slice to a 1.5 ml microcentrifuge tube.
 +
                                        c. Added 500 μl of the Gel/PCR Bufffer to the sample and mixed by vortex.
 +
                                        Incubate
 +
                                        at 55~60℃ for 10 minutes (or until the gel slice has completely dissolved).
 +
                                        d. During the incubation, mixed by vortexing the tube every 2~3 minutes.
 +
                                        e. Cooled the dissolved sample mixture to the room temperature.
 +
                                        DNA Binding
 +
                                        2. Placed a PG Column in a Collection Tube. Apply the supernatant to the PG
 +
                                        Column
 +
                                        by decanting or pipetting.
 +
                                        3. Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds.
 +
                                        4. Discarded the flow-through and place the PG Column back into the same
 +
                                        collection
 +
                                        tube.
 +
                                        Wash
 +
                                        6. Added 400 μl of the Buffer W1 into the PG Column.
 +
                                        7. Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds.
 +
                                        8. Discarded the flow-through and place the PG Column back into the same
 +
                                        collection
 +
                                        tube.
 +
                                        9. Added 600 μl of the Buffer W2 (ethanol added) into the PG Column.
 +
                                        10. Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds.
 +
                                        11. Discarded the flow-through and place the PG Column back into the same
 +
                                        collection tube.
 +
                                        12. Centrifuged at 16,000 xg again for 2 minutes to remove the residual Buffer
 +
                                        W2.
 +
                                        Elution
 +
                                        13. To elute the DNA, placed the PG Column in a clean 1.5 ml microcentrifuge
 +
                                        tube.
 +
                                        14. Added 50 μl of the H2O (pH is between 7.0 and 8.5) to the center of each PG
 +
                                        Column, let it stand for at least 2 minutes, and centrifuge at 16,000 xg for 2
 +
                                        min.
 +
                                    </p>
 +
 
 +
                                </div>
  
−
        <div class="collapse multi-collapse" id="PCR_Clean-Up_&_Gel_Extractio">
+
                            </div>
−
<p class="pcontent">
+
−
Gel Dissociation
+
−
1. Gel Extraction
+
−
a. Excised the DNA fragment from the agarose gel.
+
−
b. Transferred up to 300 mg of the gel slice to a 1.5 ml microcentrifuge tube.
+
−
c. Added 500 μl of the Gel/PCR Bufffer to the sample and mixed by vortex. Incubate at 55~60℃ for 10 minutes (or until the gel slice has completely dissolved).
+
−
d. During the incubation, mixed by vortexing the tube every 2~3 minutes.
+
−
e. Cooled the dissolved sample mixture to the room temperature.
+
−
DNA Binding
+
−
2. Placed a PG Column in a Collection Tube. Apply the supernatant to the PG Column by decanting or pipetting.
+
−
3. Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds.
+
−
4. Discarded the flow-through and place the PG Column back into the same collection tube.
+
−
Wash
+
−
6. Added 400 μl of the Buffer W1 into the PG Column.
+
−
7. Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds.
+
−
8. Discarded the flow-through and place the PG Column back into the same collection tube.
+
−
9. Added 600 μl of the Buffer W2 (ethanol added) into the PG Column.
+
−
10. Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds.
+
−
11. Discarded the flow-through and place the PG Column back into the same collection tube.
+
−
12. Centrifuged at 16,000 xg again for 2 minutes to remove the residual Buffer W2.
+
−
Elution
+
−
13. To elute the DNA, placed the PG Column in a clean 1.5 ml microcentrifuge tube.
+
−
14. Added 50 μl of the H2O (pH is between 7.0 and 8.5) to the center of each PG Column, let it stand for at least 2 minutes, and centrifuge at 16,000 xg for 2 min.
+
−
</p>
+
  
−
        </div>
+
                            <div id="list-item-4">
−
             
+
−
              </div>
+
  
−
              <div id="list-item-4">
+
                            </div>
  
−
              </div>
+
                        </div>
  
  
 +
                    </div>
 +
                </div>
 
             </div>
 
             </div>
−
          </div>
 
 
         </div>
 
         </div>
−
      </div>
 
 
     </div>
 
     </div>
−
  </div>
 
  
−
<style>
+
    <style>
 +
        .head2 {
 +
            color: white;
 +
            width: 26%;
 +
            font-size: 50px;
 +
            /* font-weight: 700; */
 +
            border-bottom: 10px solid #7ae26f !important;
 +
            position: relative;
 +
        }
  
−
  .head2 {
+
        /* paragraph content*/
−
      color: white;
+
        h10 {
−
      width: 26%;
+
            color: white;
−
      font-size: 50px;
+
            font-size: 1.4rem;
−
      /* font-weight: 700; */
+
            line-height: 150%;
−
      border-bottom: 10px solid #7ae26f !important;
+
        }
−
      position: relative;
+
−
    }
+
  
−
  /* paragraph content*/
+
        body {
−
  h10 {
+
            background-color: #272625;
−
    color: white;
+
        }
−
    font-size: 1.4rem;
+
−
    line-height: 150%;
+
−
  }
+
  
−
body {
 
−
    background-color: #272625;
 
−
  }
 
  
 +
        p {
 +
            color: white;
 +
            font-size: 20px;
 +
        }
  
−
p {
+
        h3 {
−
  color: white;
+
            color: white;
−
  font-size: 20px;
+
            font-size: 35px;
−
}
+
        }
  
−
h3 {
+
        .navbar {
−
  color: white;
+
            padding-top: 10px;
−
  font-size: 35px;
+
            margin-bottom: 0;
−
}
+
        }
  
−
  .navbar {
+
        .navbar-brand {
−
    padding-top: 10px;
+
            font-size: 30px;
−
    margin-bottom: 0;
+
        }
−
  }
+
−
  .navbar-brand {
+
−
    font-size: 30px;
+
−
  }
+
−
  .nav-link {
+
−
    font-size: 20px;
+
−
  }
+
−
  a.dropdown-item {
+
−
    color: #4F7F52;
+
−
  }
+
−
  a.dropdown-item:active {
+
−
    background-color: #4F7F52;
+
−
  }
+
−
  .caret {
+
−
    display: inline-block;
+
−
    width: 0;
+
−
    height: 0;
+
−
    margin-left: 2px;
+
−
    vertical-align: middle;
+
−
    border-top: 4px solid;
+
−
    border-right: 4px solid transparent;
+
−
    border-left: 4px solid transparent;
+
−
  }
+
−
  /*滑到navbar就展開*/
+
−
  .dropdown-menu li:hover .sub-menu {visibility: visible;}
+
−
  .dropdown:hover .dropdown-menu {display: block;}
+
−
 
+
−
  .head {
+
−
    color: white;
+
−
    width: 50%;
+
−
    font-size: 50px;
+
−
    font-weight: 700;
+
−
    border-bottom: 10px solid #7ae26f;
+
−
    position: relative;
+
−
    margin-top: 100px;
+
−
  }
+
−
  .container.content {
+
−
    margin-top: 80px;
+
−
  }
+
  
−
  @media (min-width: 992px) {
+
        .nav-link {
−
    .navbar {
+
            font-size: 20px;
−
      padding-left: 80px;
+
        }
−
      padding-right: 80px;
+
−
    }
+
−
  }
+
−
  @media (max-width: 768px) {
+
−
    .navbar-right form {
+
−
      display: none;
+
−
    }
+
−
  }
+
−
  @media (max-width: 568px) {
+
−
    footer {
+
−
      text-align: center;
+
−
    }
+
−
    .list-group {
+
−
      display: none;
+
−
    }
+
−
  }
+
  
−
  /*folded-corner*/
+
        a.dropdown-item {
−
  .post {
+
            color: #4F7F52;
−
    position: relative;
+
        }
−
  }
+
−
  .folded-corner {
+
−
    position: absolute;
+
−
    bottom: 0px; 
+
−
    right: 0px;
+
−
    border-width: 0;
+
−
    border-style: solid;
+
−
    background: hsla(260,100%,100%,0.2);
+
−
    box-shadow: 0px -4px 0px rgba(0,0,0,0.3), -1px -4px 0px rgba(0,0,0,0.1);
+
−
    border-radius: 15px 0 0 0;
+
−
    border-color: transparent #B9DEBB transparent transparent;
+
−
    transition: border-width 0.2s ease-out;
+
−
  }
+
−
  .post:hover .folded-corner {
+
−
    border-width: 40px 40px 0 0;
+
−
  }
+
−
  .photo .folded-corner {
+
−
    background: hsla(260,5%,75%,0.5);
+
−
  }
+
  
−
  [class*="col-"] {
+
        a.dropdown-item:active {
−
    float: left;
+
            background-color: #4F7F52;
−
    padding: 13px;
+
        }
−
  }
+
−
  a.list-group-item:visited {
+
−
    color: white;
+
−
  }
+
−
  a:hover {
+
−
    background-color: transparent;
+
−
  }
+
−
  .list-group {
+
−
    margin-top: 100px;
+
−
  }
+
−
  .col-2.side {
+
−
    padding: 0;
+
−
  }
+
−
  .list-group-item {
+
−
    padding: .55rem .35rem;
+
−
    background-color: #272625;
+
−
    color: white;
+
−
    border: none;
+
−
    font-size: 19px;
+
−
  }
+
−
  a.list-group-item.list-group-item-action {
+
−
    background-color: transparent;
+
−
  }
+
−
  a.list-group-item.list-group-item-action:hover {
+
−
    color: #98CC9B;
+
−
  }
+
−
  a.list-group-item.list-group-item-action.active {
+
−
    background-color: transparent;
+
−
    color: #7ae26f;
+
−
  }
+
−
  .scrollspy-example h4{
+
−
    font-size: 2rem;
+
−
  }
+
  
−
 
+
        .caret {
 +
            display: inline-block;
 +
            width: 0;
 +
            height: 0;
 +
            margin-left: 2px;
 +
            vertical-align: middle;
 +
            border-top: 4px solid;
 +
            border-right: 4px solid transparent;
 +
            border-left: 4px solid transparent;
 +
        }
  
−
  img.contentimg {
+
        /*滑到navbar就展開*/
−
      width: 100%;
+
        .dropdown-menu li:hover .sub-menu {
−
      margin: 20px 0;
+
            visibility: visible;
−
  }
+
        }
−
  a.link {
+
−
      font-size: 30px;
+
−
      color: #4F7F52;
+
−
  }
+
−
  #list-item-1 {
+
−
      padding-top: 0px;
+
−
  }
+
−
  #list-item-2 {
+
−
      padding-top: 0px;
+
−
  }
+
−
  #list-item-3 {
+
−
    padding-top: 0px;
+
−
  }
+
−
  #list-item-4 {
+
−
    padding-top: 0px;
+
−
  }
+
−
  #list-item-5 {
+
−
    padding-top: 0px;
+
−
  }
+
−
  a.reference {
+
−
    color: #4F7F52;
+
−
  }
+
  
−
  .btn {
+
        .dropdown:hover .dropdown-menu {
−
    background-color: #98CC9B;
+
            display: block;
−
    color: #272625;
+
        }
−
    border: none;
+
−
    font-size: 1.5rem;
+
−
  }
+
−
  .btn:hover {
+
−
    color: white;
+
−
    background-color: transparent;
+
−
    border-color: transparent;
+
−
    border-bottom: 3px;
+
−
    border-bottom-color: #98CC9B;
+
−
    border-bottom-style: solid;
+
−
    border-radius: 0rem;
+
−
  }
+
−
  .btn.focus, .btn:focus {
+
−
    box-shadow: none;
+
−
  }
+
−
  td {
+
−
    text-align: center;
+
−
    color: black !important;
+
−
    border: 2px solid black !important;
+
−
    background-color: white !important;
+
−
  }
+
−
  table {
+
−
    border: 3px solid white;
+
−
    text-align: center;
+
−
    width:100%;
+
−
  }
+
−
  th {
+
−
    background-color: #262624 !important;
+
−
    color: white !important;
+
−
    border: 2px solid white !important;
+
−
    font-size: 20px;
+
−
    padding: 10px 10px !important;
+
−
  }
+
−
  .bbg td {
+
−
    background-color: #262624 !important;
+
−
    color: white !important;
+
−
    border: 2px solid rgba(255, 255, 255, 0.5) !important;
+
−
    padding: 5px 0 !important;
+
−
  }
+
−
  table.bbg {
+
−
    border: 3px solid rgba(255, 255, 255, 0.5);
+
−
  }
+
−
  .card {
+
−
    background-color: transparent;
+
−
    border: 0;
+
−
  }
+
  
−
  .card-body {
+
        .head {
−
    padding: 1rem 0;
+
            color: white;
−
    border: none !important;
+
            width: 50%;
−
  }
+
            font-size: 50px;
−
 
+
            font-weight: 700;
−
</style>
+
            border-bottom: 10px solid #7ae26f;
 +
            position: relative;
 +
            margin-top: 100px;
 +
        }
  
−
      <script>
+
        .container.content {
 +
            margin-top: 80px;
 +
        }
 +
 
 +
        @media (min-width: 992px) {
 +
            .navbar {
 +
                padding-left: 80px;
 +
                padding-right: 80px;
 +
            }
 +
        }
 +
 
 +
        @media (max-width: 768px) {
 +
            .navbar-right form {
 +
                display: none;
 +
            }
 +
        }
 +
 
 +
        @media (max-width: 568px) {
 +
            footer {
 +
                text-align: center;
 +
            }
 +
 
 +
            .list-group {
 +
                display: none;
 +
            }
 +
        }
 +
 
 +
        /*folded-corner*/
 +
        .post {
 +
            position: relative;
 +
        }
 +
 
 +
        .folded-corner {
 +
            position: absolute;
 +
            bottom: 0px;
 +
            right: 0px;
 +
            border-width: 0;
 +
            border-style: solid;
 +
            background: hsla(260, 100%, 100%, 0.2);
 +
            box-shadow: 0px -4px 0px rgba(0, 0, 0, 0.3), -1px -4px 0px rgba(0, 0, 0, 0.1);
 +
            border-radius: 15px 0 0 0;
 +
            border-color: transparent #B9DEBB transparent transparent;
 +
            transition: border-width 0.2s ease-out;
 +
        }
 +
 
 +
        .post:hover .folded-corner {
 +
            border-width: 40px 40px 0 0;
 +
        }
 +
 
 +
        .photo .folded-corner {
 +
            background: hsla(260, 5%, 75%, 0.5);
 +
        }
 +
 
 +
        [class*="col-"] {
 +
            float: left;
 +
            padding: 13px;
 +
        }
 +
 
 +
        a.list-group-item:visited {
 +
            color: white;
 +
        }
 +
 
 +
        a:hover {
 +
            background-color: transparent;
 +
        }
 +
 
 +
        .list-group {
 +
            margin-top: 100px;
 +
        }
 +
 
 +
        .col-2.side {
 +
            padding: 0;
 +
        }
 +
 
 +
        .list-group-item {
 +
            padding: .55rem .35rem;
 +
            background-color: #272625;
 +
            color: white;
 +
            border: none;
 +
            font-size: 19px;
 +
        }
 +
 
 +
        a.list-group-item.list-group-item-action {
 +
            background-color: transparent;
 +
        }
 +
 
 +
        a.list-group-item.list-group-item-action:hover {
 +
            color: #98CC9B;
 +
        }
 +
 
 +
        a.list-group-item.list-group-item-action.active {
 +
            background-color: transparent;
 +
            color: #7ae26f;
 +
        }
 +
 
 +
        .scrollspy-example h4 {
 +
            font-size: 2rem;
 +
        }
 +
 
 +
 
 +
 
 +
        img.contentimg {
 +
            width: 100%;
 +
            margin: 20px 0;
 +
        }
 +
 
 +
        a.link {
 +
            font-size: 30px;
 +
            color: #4F7F52;
 +
        }
 +
 
 +
        #list-item-1 {
 +
            padding-top: 0px;
 +
        }
 +
 
 +
        #list-item-2 {
 +
            padding-top: 0px;
 +
        }
 +
 
 +
        #list-item-3 {
 +
            padding-top: 0px;
 +
        }
 +
 
 +
        #list-item-4 {
 +
            padding-top: 0px;
 +
        }
 +
 
 +
        #list-item-5 {
 +
            padding-top: 0px;
 +
        }
 +
 
 +
        a.reference {
 +
            color: #4F7F52;
 +
        }
 +
 
 +
        .btn {
 +
            background-color: #98CC9B;
 +
            color: #272625;
 +
            border: none;
 +
            font-size: 1.5rem;
 +
        }
 +
 
 +
        .btn:hover {
 +
            color: white;
 +
            background-color: transparent;
 +
            border-color: transparent;
 +
            border-bottom: 3px;
 +
            border-bottom-color: #98CC9B;
 +
            border-bottom-style: solid;
 +
            border-radius: 0rem;
 +
        }
 +
 
 +
        .btn.focus,
 +
        .btn:focus {
 +
            box-shadow: none;
 +
        }
 +
 
 +
        td {
 +
            text-align: center;
 +
            color: black !important;
 +
            border: 2px solid black !important;
 +
            background-color: white !important;
 +
        }
 +
 
 +
        table {
 +
            border: 3px solid white;
 +
            text-align: center;
 +
            width: 100%;
 +
        }
 +
 
 +
        th {
 +
            background-color: #262624 !important;
 +
            color: white !important;
 +
            border: 2px solid white !important;
 +
            font-size: 20px;
 +
            padding: 10px 10px !important;
 +
        }
 +
 
 +
        .bbg td {
 +
            background-color: #262624 !important;
 +
            color: white !important;
 +
            border: 2px solid rgba(255, 255, 255, 0.5) !important;
 +
            padding: 5px 0 !important;
 +
        }
 +
 
 +
        table.bbg {
 +
            border: 3px solid rgba(255, 255, 255, 0.5);
 +
        }
 +
 
 +
        .card {
 +
            background-color: transparent;
 +
            border: 0;
 +
        }
 +
 
 +
        .card-body {
 +
            padding: 1rem 0;
 +
            border: none !important;
 +
        }
 +
    </style>
 +
 
 +
    <script>
 
         $(document).ready(function () {
 
         $(document).ready(function () {
−
          $(window).scroll(function () {
+
            $(window).scroll(function () {
−
            if ($(this).scrollTop() >= 90) {
+
                if ($(this).scrollTop() >= 90) {
−
              var position = $("#sidelist").position();
+
                    var position = $("#sidelist").position();
−
              if (position == undefined) {} else {
+
                    if (position == undefined) {} else {
−
                $('#sidelist').css({
+
                        $('#sidelist').css({
−
                  "position": "fixed",
+
                            "position": "fixed",
−
                  "top": "145px",
+
                            "top": "145px",
−
                  "margin-top": "0px"
+
                            "margin-top": "0px"
 +
                        });
 +
                    }
 +
                } else {
 +
                    $('#sidelist').removeAttr('style');
 +
                }
 +
            });
 +
            $(function () {
 +
                $('i.fa-arrow-up').click(function () {
 +
                    $('html, body').animate({
 +
                        scrollTop: 0
 +
                    }, 600);
 +
                    return false;
 
                 });
 
                 });
−
              }
 
−
            } else {
 
−
              $('#sidelist').removeAttr('style');
 
−
            }
 
−
          });
 
−
          $(function () {
 
−
            $('i.fa-arrow-up').click(function () {
 
−
              $('html, body').animate({
 
−
                scrollTop: 0
 
−
              }, 600);
 
−
              return false;
 
 
             });
 
             });
−
          });
 
 
         });
 
         });
−
      </script>
+
    </script>
−
      <script src="https://2018.igem.org/Team:NCKU_Tainan/js/frame/T--NCKU_Tainan--jquery-1_12_4_min_js?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
+
    <script src="https://2018.igem.org/Team:NCKU_Tainan/js/frame/T--NCKU_Tainan--jquery-1_12_4_min_js?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
−
      <script src="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/js/bootstrap_min_js?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
+
    <script src="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/js/bootstrap_min_js?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
−
      <script src="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/js/model?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
+
    <script src="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/js/model?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
−
      <script src='https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/mathjax/2.7.5/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML' async></script>
+
    <script src='https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/mathjax/2.7.5/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML' async></script>
  
 
</body>
 
</body>
Line 575: Line 740:
 
</html>
 
</html>
 
{{NCKU_Tainan/footer}}
 
{{NCKU_Tainan/footer}}
 +
 +
Summary:
 +
This is a minor edit Watch this page
 +
Please note that all contributions to 2018.igem.org are considered to be released under the Creative Commons
 +
Attribution (see 2018.igem.org:Copyrights for details). If you do not want your writing to be edited mercilessly and
 +
redistributed at will, then do not submit it here.
 +
You are also promising us that you wrote this yourself, or copied it from a public domain or similar free resource. Do
 +
not submit copyrighted work without permission!
 +
 +
Cancel | Editing help (opens in new window)
 +
Templates used on this page:
 +
 +
Template:NCKU Tainan/footer (edit)
 +
Template:NCKU Tainan/header (edit)
 +
Template:NCKU Tainan/navbar (edit)
 +
Template:NCKU Tainan/style (edit)
 +
 +
 +
</body>
 +
 +
</html>

Revision as of 15:43, 21 September 2018

<!doctype html>

The HTML5 Herald

　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
Plasmid200 ng 1000 ng
EcoRI / SpeI0.2 μl 1 μl
XbaI / PstI0.2 μl 1 μl
CutSmart Buffer2 μl 5 μl
ddH2OUp to 20 μl Up to 50 μl
Digestion at 37℃ for 2.5hr.
　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
Plasmid200 ng 1000 ng
EcoRI / XbaI0.2 μl 1 μl
SpeI / PstI0.2 μl 1 μl
CutSmart Buffer2 μl 5 μl
ddH2OUp to 20 μl Up to 50 μl
Digestion at 37℃ for 2.5hr.
iGEMwiki toolssearchtocteamslogin Editing Team:NCKU Tainan/Protocol {{NCKU_Tainan/header}} {{NCKU_Tainan/navbar}} {{NCKU_Tainan/style}}

Protocol




1. Gently mix the following reaction by pipetting and centrifuge briefly.

　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
20 μl system 50 μl system
Template12～20 ng 30～50 ng
Forward primer1.0 μl 2.5 μl
Reverse primer1.0 μl 2.5 μl
dNTP1.6 μl 4.0 μl
10x Buffer2.0 μl 5.0 μl


Program of KOD DNA polymerase

　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
TemperatureTime
94 ℃3 min. 25～30 cycles
94 ℃
(Denaturation)		40 sec
57.5 ℃
(Annealing)		30 sec
72 ℃
(Extension)		Depend on sequence size
(2 kbp/min. for Taq)
72 ℃5 min.
4 ℃∞


2. Confirm the size of the digested product by gel electrophoresis.

3. Gel purification of the target size.




1. Digestion (vector)

　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
Plasmid200 ng 1000 ng
EcoRI / SpeI0.2 μl 1 μl
XbaI / PstI0.2 μl 1 μl
CutSmart Buffer2 μl 5 μl
ddH2OUp to 20 μl Up to 50 μl
Digestion at 37℃ for 2.5hr.

2. Digestion (insert)

　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　
Plasmid200 ng 1000 ng
EcoRI / XbaI0.2 μl 1 μl
SpeI / PstI0.2 μl 1 μl
CutSmart Buffer2 μl 5 μl
ddH2OUp to 20 μl Up to 50 μl
Digestion at 37℃ for 2.5hr.

3.Confirm the size of the digested product by gel electrophoresis.

4. Gel purification of the target size.

5. Ligation

　 　 　 　 　 　 　
Vector (2 kbp)molar ratio = 1:3
(can up to 1:10 depending on the DNA sizes)
Insert (1.5 kbp)
Quick Ligase Reaction Buffer (2X)* 10 μl
Quick Ligase 1 μl
ddH2O Up to 20 μl

6. Transform the product by heat shock.


Gel Dissociation 1. Gel Extraction a. Excised the DNA fragment from the agarose gel. b. Transferred up to 300 mg of the gel slice to a 1.5 ml microcentrifuge tube. c. Added 500 μl of the Gel/PCR Bufffer to the sample and mixed by vortex. Incubate at 55~60℃ for 10 minutes (or until the gel slice has completely dissolved). d. During the incubation, mixed by vortexing the tube every 2~3 minutes. e. Cooled the dissolved sample mixture to the room temperature. DNA Binding 2. Placed a PG Column in a Collection Tube. Apply the supernatant to the PG Column by decanting or pipetting. 3. Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds. 4. Discarded the flow-through and place the PG Column back into the same collection tube. Wash 6. Added 400 μl of the Buffer W1 into the PG Column. 7. Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds. 8. Discarded the flow-through and place the PG Column back into the same collection tube. 9. Added 600 μl of the Buffer W2 (ethanol added) into the PG Column. 10. Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds. 11. Discarded the flow-through and place the PG Column back into the same collection tube. 12. Centrifuged at 16,000 xg again for 2 minutes to remove the residual Buffer W2. Elution 13. To elute the DNA, placed the PG Column in a clean 1.5 ml microcentrifuge tube. 14. Added 50 μl of the H2O (pH is between 7.0 and 8.5) to the center of each PG Column, let it stand for at least 2 minutes, and centrifuge at 16,000 xg for 2 min.

Follow us
Contact us

igem.ncku.tainan@gmail.com
No.1, Daxue Rd., East Dist., Tainan City 701, Taiwan (R.O.C.)

Summary: This is a minor edit Watch this page Please note that all contributions to 2018.igem.org are considered to be released under the Creative Commons Attribution (see 2018.igem.org:Copyrights for details). If you do not want your writing to be edited mercilessly and redistributed at will, then do not submit it here. You are also promising us that you wrote this yourself, or copied it from a public domain or similar free resource. Do not submit copyrighted work without permission!

Cancel | Editing help (opens in new window) Templates used on this page:

Template:NCKU Tainan/footer (edit) Template:NCKU Tainan/header (edit) Template:NCKU Tainan/navbar (edit) Template:NCKU Tainan/style (edit)


</body>

</html>