Difference between revisions of "Team:Fudan/Primers"

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<head>
 
<head>
 
     <meta charset="UTF-8">
 
     <meta charset="UTF-8">
−
 
+
   
 
     <!-- CSS -->
 
     <!-- CSS -->
 
     <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/css.css&action=raw&ctype=text/css" />
 
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         /** 重置表格元素 **/
 
         /** 重置表格元素 **/
 
         table { border-collapse: collapse; border-spacing: 0; }
 
         table { border-collapse: collapse; border-spacing: 0; }
−
 
−
        #section1 div img{
 
−
            margin: 20px;
 
−
        }
 
−
        #section1 div:not(#sponsor4){
 
−
            text-align: center;
 
−
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−
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−
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−
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−
        }
 
−
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−
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−
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−
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     </style>
 
     </style>
 
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</head>
  
 
<body>
 
<body>
−
 
 
<!-- Fudan div at igem.org -->
 
<!-- Fudan div at igem.org -->
 
<div id="FudanWrapper" class="white">
 
<div id="FudanWrapper" class="white">
−
     <div id="FudanBody" class="white orangeBg">
+
     <div id="FudanBody" class="white">
 
         <header>
 
         <header>
 
             <!-- empty bar -->
 
             <!-- empty bar -->
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                         <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan" target="_self"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c4/T--Fudan--teamLogo.svg"></a>
 
                         <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan" target="_self"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c4/T--Fudan--teamLogo.svg"></a>
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                     <ul id="nav-mobile" class="right orangeBorder">
+
                     <ul id="nav-mobile" class="right blueBorder">
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown1">Project</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown1">Project</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown2">Dry lab</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown2">Dry lab</a></li>
−
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown3">Wet lab</a></li>
+
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger thisPageLink" data-target="dropdown3">Wet lab</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown4">Toolbox</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown4">Toolbox</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown5">Outreach</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown5">Outreach</a></li>
−
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger thisPageLink" data-target="dropdown6">Team</a></li>
+
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown6">Team</a></li>
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a id="navList" data-target="slide-out" class="waves-effect waves-light sidenav-trigger right">
 
                             <a id="navList" data-target="slide-out" class="waves-effect waves-light sidenav-trigger right">
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             <ul id="dropdown1" class="dropdown-content">
 
             <ul id="dropdown1" class="dropdown-content">
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
 +
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
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             <ul id="slide-out" class="sidenav">
 
             <ul id="slide-out" class="sidenav">
 
                 <li style="padding: 0"><div class="sidenavBanner">
 
                 <li style="padding: 0"><div class="sidenavBanner">
−
                     <div class="background orangeBg">
+
                     <div class="background">
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                     <p style="width: 100%;text-align: center;font-size: 24px"><span class="white-text">Sponsors</span></p>
+
                     <p style="width: 100%;text-align: center;font-size: 24px"><span class="white-text">Primers used</span></p>
 
                 </div></li>
 
                 </div></li>
 
                 <li>
 
                 <li>
 
                     <ul class="collapsible expandable">
 
                     <ul class="collapsible expandable">
 +
                        <li>Navigator on this page</li>
 
                         <li>Navigator on wiki</li>
 
                         <li>Navigator on wiki</li>
 
                         <li>
 
                         <li>
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                                 <ul>
 
                                 <ul>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
−
                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
+
 
 +
                                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
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                             <div class="collapsible-body">
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                                 <ul>
 
                                 <ul>
−
                                  <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
+
                                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
−
                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
+
                                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
−
                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
+
                                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#War_Predictor">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#War_Predictor">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
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         <div id="pageContent" style="">
 
         <div id="pageContent" style="">
−
           
 
 
             <div id="contentBanner" class="figureBanner">
 
             <div id="contentBanner" class="figureBanner">
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
−
                     <div class="col s12 hide-on-med-and-up">
+
                     <div class="col s12 m6 valign-wrapper hide-on-med-and-up">
 
                         <h1>Primers used</h1>
 
                         <h1>Primers used</h1>
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                     <div class="col s12 hide-on-med-and-up">
+
                     <div class="col s12 m6 valign-wrapper hide-on-med-and-up">
−
                         <span>&nbsp;</span>
+
                         <span>...</span>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div id="figureBannerTitle" class="hide-on-small-only">
 
                 <div id="figureBannerTitle" class="hide-on-small-only">
 
                     <h1>Primers used</h1>
 
                     <h1>Primers used</h1>
−
                     <p><span>&nbsp;</span></p>
+
                     <p><span>...</span></p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="hide-on-small-only">
 
                 <div class="hide-on-small-only">
−
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e1/T--Fudan--title-primers.jpg">
+
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/30/T--Fudan--title_primer.jpg">
 
                     <svg width="10" height="10" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" style="position:absolute; left:0;top:0; width: 4%;height: 100%;">
 
                     <svg width="10" height="10" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" style="position:absolute; left:0;top:0; width: 4%;height: 100%;">
 
                         <defs>
 
                         <defs>
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             </div>
 
             </div>
  
−
             <!-- @@@@ main content of the page -->
+
             <!-- main content of the page -->
 
             <div class="container">
 
             <div class="container">
 
                 <!-- side navigator of page content -->
 
                 <!-- side navigator of page content -->
 
                 <ul id="pageContentNav" class="hide-on-med-and-down z-depth-0">
 
                 <ul id="pageContentNav" class="hide-on-med-and-down z-depth-0">
−
                     <li><a href="./InterLab">iGEM interLab</a></li>
+
                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/InterLab">iGEM interLab</a></li>
−
                     <li><a href="./Notebook">Our notebook</a></li>
+
                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Notebook">Our notebook</a></li>
−
                     <li>Primers used</li>
+
                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Primers">Primers used</a></li>
−
                     <li><a href="./Protocols">Protocols</a></li>
+
                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Protocols">Protocols</a></li>
−
                     <li style="margin-bottom: 10px;"><a href="./Safety">Safety</a></li>
+
                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Safety">Safety</a></li>
 +
                    <!--
 +
                    <li class="onThisPageNav"><a href="#section1">General safety concerns</a></li>
 +
                    <li class="onThisPageNav"><a href="#section2">Laboratory practice</a></li>
 +
                    <li class="onThisPageNav"><a href="#section3">Specific safety concerns</a></li>-->
 
                 </ul>
 
                 </ul>
 
                 <main>
 
                 <main>
−
                     <p>Primers</p>
+
                     <div id="section1" class="section container scrollspy">
 +
                        <div class="expFigureHolder width80 right-on-med-and-up"> <!-- width20到width80都有 大屏上宽是对应值 在小屏宽度100%；有大屏的右浮动和左浮动right-on-med-and-up和left-on-med-and-up -->
 +
                            <img class="responsive-img" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/4b/T--Fudan--model_wyh_2.png">
  
−
                    <p>gBlocks</p>
+
                            <p>
−
<pre>> TEVp(FL)(CO)
+
                                Figure 2. Previous designs with single element are not able to handle transmembrane signal processing task. The input-output relationship of a single element is characterized by Hill Equation, which comes with a 'detection range' defined by Kd and n. When the input range does not match the detection range, the system cannot faithfully represent the on and off of the input.
−
ATCACGTTAGGGCTAGTCGACGCCACCATGGGGGAGAGCCTGTTCAAAGGGCCCCGCGAT
+
                            </p>
−
TATAACCCTATAAGCAGTACAATATGTCATCTGACTAACGAATCAGACGGACATACGACC
+
 
−
TCCCTCTACGGGATAGGGTTCGGCCCCTTCATCATCACCAATAAGCACTTGTTTAGGCGA
+
                        </div>
−
AATAACGGCACGCTTCTGGTACAGTCCCTGCACGGGGTCTTTAAGGTCAAGAATACGACA
+
                    </div>
−
ACTCTCCAACAGCATCTTATTGATGGACGCGACATGATTATCATTAGAATGCCTAAAGAT
+
−
TTTCCGCCGTTCCCACAAAAATTGAAGTTTAGAGAACCGCAAAGGGAAGAGCGCATTTGT
+
−
TTGGTAACCACTAATTTTCAGACAAAGAGCATGTCCTCCATGGTTAGTGACACTTCATGC
+
−
ACGTTTCCTTCTTCTGATGGTATATTTTGGAAACATTGGATACAGACGAAAGACGGACAG
+
−
TGCGGGTCCCCTCTTGTCTCTACCAGGGACGGCTTTATCGTCGGCATACATTCAGCCAGT
+
−
AATTTCACAAACACAAATAATTATTTTACTAGCGTGCCCAAAAATTTCATGGAGTTGCTG
+
−
ACCAATCAAGAGGCACAGCAGTGGGTTTCTGGATGGAGACTCAACGCCGACAGCGTACTC
+
−
TGGGGTGGACATAAGGTGTTCATGgtgAAACCCGAGGAACCCTTTCAGCCGGTGAAAGAG
+
−
GCCACGCAACTGATGAACGAATTGGTCTATAGCCAGTGAAAGCTTCCCTCATTCAAGTAC</pre>
+
−
<pre>ZF21_16N-CfaN-CfaC-ZF21_16C(CO)
+
−
ATCACGTTAGGGCTAGTCGACGCCACCatgGCAAGTCCTAGGGTGCGGACCGGATCAAAG
+
−
ACGCCGCCTCACGAACGACCATTTCAATGCAGGATCTGCATGCGGAACTTCTCCCGGAAC
+
−
TTTATCCTCCAGCGGCATACACGGACCCATACCGGAGAAAAGCCCTTCCAGTGCCTCTCA
+
−
TATGACACGGAAATTTTGACCGTCGAATATGGCTTTCTTCCTATCGGGAAGATCGTTGAA
+
−
GAAAGAATTGAATGCACGGTCTATACCGTGGATAAGAATGGTTTTGTATACACTCAACCG
+
−
ATAGCGCAGTGGCATAACAGGGGGGAGCAAGAAGTCTTTGAATACTGTTTGGAGGATGGG
+
−
TCCATCATCAGGGCAACCAAGGACCATAAGTTCATGACCACTGATGGGCAGATGCTTCCG
+
−
ATTGATGAAATTTTCGAAAGGGGCCTTGACCTGAAGCAGGTCGATGGGTTGCCAATGGTT
+
−
AAGATCATATCACGGAAGAGCCTGGGGACACAGAATGTGTATGATATTGGAGTAGGCGAG
+
−
CCGCACAACTTCCTCCTTAAAAATGGTCTCGTAGCTTCAAACTGTAGGATATGCATGCGA
+
−
AACTTCTCCCAGGGGGGCAACTTGGTCAGGCACCTTCGGACGCATACCGGAGAGAAGCCA
+
−
TTTCAGTGCAGGATTTGCATGCGAAATTTTTCTCAGCAAACCGGGTTGAATGTACATCTG
+
−
AAAACGCATACAGGTGAGAAGGGCTCCTGAAAGCTTCCCTCATTCAAGTAC</pre>
+
 
                 </main>
 
                 </main>
 
             </div>
 
             </div>
Line 329: Line 298:
 
                 <div class="container">
 
                 <div class="container">
 
                     <h2 style="margin: 0;padding: 10px 0;">Abstract</h2>
 
                     <h2 style="margin: 0;padding: 10px 0;">Abstract</h2>
−
                     <p style="margin:0;">Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological
+
                     <p style="margin: 0">Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological
 
                         events, yet customizing contact-dependent signal transduction between
 
                         events, yet customizing contact-dependent signal transduction between
 
                         cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a
 
                         cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a
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                     </p>
 
                     </p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 +
            </div>
 +
 +
            <!-- Floating Btns -->
 +
            <div class="floatingBtn">
 +
                <a href="#!" id="abstractBtn" class="btn">
 +
                    <i class="fa fa-sticky-note" style="font-size: 30px;line-height: 50px"></i>
 +
                </a>
 +
                <a href="#FudanWrapper" class="btn">
 +
                    <i class="fa fa-angle-up" style="font-size: 48px;line-height: 45px"></i>
 +
                </a>
 
             </div>
 
             </div>
  
Line 366: Line 345:
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
−
                                       
+
 
−
                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
+
                                        <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan">2017.iGEM</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan">2017.iGEM</a></li>
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                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
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                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
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                                        <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
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                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
+
                                        <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#War_Predictor">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#War_Predictor">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
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Revision as of 10:57, 17 October 2018

Primers used

...

Primers used

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Figure 2. Previous designs with single element are not able to handle transmembrane signal processing task. The input-output relationship of a single element is characterized by Hill Equation, which comes with a 'detection range' defined by Kd and n. When the input range does not match the detection range, the system cannot faithfully represent the on and off of the input.

Abstract

Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological events, yet customizing contact-dependent signal transduction between cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a complete set of transmembrane binary logic gates. Each gate consists of 3 layers: Receptor, Amplifier, and Combiner. We first optimized synthetic Notch receptors to enable cells to respond to different signals across the membrane reliably. These signals, individually amplified intracellularly by transcription, are further combined for computing. Our engineered zinc finger-based transcription factors perform binary computation and output designed products. In summary, we have combined spatially different signals in mammalian cells, and revealed new potentials for biological oscillators, tissue engineering, cancer treatments, bio-computing, etc. ENABLE is a toolbox for constructing contact-dependent signaling networks in mammals. The 3-layer design principle underlying ENABLE empowers any future development of transmembrane logic circuits, thus contributes a foundational advance to Synthetic Biology.