Difference between revisions of "Team:USP-EEL-Brazil/Notebook"

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{{USP-EEL-Brazil}}
 
{{USP-EEL-Brazil}}
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<html>
 
<html>
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</div>
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<img style="text-align:center;"src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/1c/T--USP-EEL-Brazil--labworkinicial.jpg"width=100% >
  
 +
<div class="margin" style=" margin-bottom: 100px; text-align: justify;    text-indent: 3%; ">
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</br>
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</br>
  
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<div class="column full_size">
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<h4>Notebook</h4>
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</br>
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</br>
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<!DOCTYPE html>
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<html>
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<head>
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<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
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<style>
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/* Style tab links */
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/* Style the tab content (and add height:100% for full page content) */
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    color: black;
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}
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 +
#Project {background-color: ;}
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#Interlab {background-color: ;}
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#HP {background-color: ;}
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</style>
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</head>
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<body>
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<button class="tablink" onclick="openPage('Project', this, 'color')" id="defaultOpen">Project</button>
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<button class="tablink" onclick="openPage('Interlab', this, '')" >Interlab</button>
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<button class="tablink" onclick="openPage('HP', this, '')">Human Practices</button>
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<div id="Project" class="tabcontent">
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<h4 class="grey-text heading-weight" align = "left" style="font-size:40px; font-family:Broadway;">Project</h4>
 +
  <p>Here you will find how project was developed, step by step, mistake by mistake.</p>
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 +
 
 +
                                                        <!-- STARTS SUBDIVISIONS-->
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<head><style>
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.collapsible2 {
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    background-color: #5e87ff;
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    border: 5px solid white;
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      font-family:Broadway;
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 +
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 +
 
 +
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 +
 
 +
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 +
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</style>
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</head>
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<body>
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<p>Collapsible2 Set:</p>
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<button class="collapsible2">Week 1<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 8 à 18 de maio</p></button>
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<div class="content2">
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<h5>Day 08/05/2018 Br</h5>
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<p>We contacted  Evandro José Mulinari, a doctorate and researcher from USP of São Carlos, in the biochemestry departament. We've figured out that he works with laccase.</p>
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<h2>18/05/2018</h2>
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<p>We had a meeting with Mulinari to discuss  about our project and he accepted to give us a sample of his laccase.</p>
  
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<h1>Notebook</h1>
 
−
<p> Document the dates you worked on your project. This should be a detailed account of the work done each day for your project.</p>
 
  
 
</div>
 
</div>
−
<div class="clear"></div>
+
<button class="collapsible2">Week 2<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 1  7 de Julho</p></button>
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<div class="content2">
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  <h2>03/07/2018</h2>
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  <ul>
 +
<li>INTERLAB 1</li>
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<ul>
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<li>Foi feito a calibração do TECAN (calibração 1 e 2). O 3 não deu certo.</li>
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</ul>
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<li>CÉLULA COMPETENTE DH5A 1</li>
 +
<ul><li>Inoculamos E. coli DH5a da NEB para fazer célula competente.</li></ul>
  
 +
<li>LACASE TT 1</li>
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<ul>
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<li>We received the Mulinari’s laccase in our laboratory.</li>
 +
<li>Foi feito estoque da E. coli Rosetta Gami 2 com a lacase tt com glicerol 20% raspando toda a placa para pegar as colônias;</li>
 +
<li>Foi feito propagação da E. coli Rosetta para fazer estoque para o professor Segato e para o time iGEM. Também será feito o Miniprep para obtermos o plasmídeo com o gene.</li>
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</ul>
 +
</ul>
  
 +
<h2>04/07/2018</h2>
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  <ul>
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<li>CÉLULA COMPETENTE DH5A 2</li>
 +
<ul>
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<li>A DH5a inoculada no dia anterior cresceu bastante;</li>
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<li>Preparou TSS buffer esterilizou com membrana de 0,2 nm;</li>
 +
<li>Autoclavou os equipamentos para fazer <li>célula competente.</li>
 +
<li>Inocular DH5a overnight para competente cell</li>
 +
</ul>
 +
<li>LACASE TT 2</li>
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<ul>
 +
<li>A Rosetta propagada overnight desde o dia anterior cresceu bem. Fez estoque para o professor Segato e para o time iGEM 2018.</li>
 +
<li>Fez miniprep da Rosetta para pegar os plasmídeo (3 tubos com 30 ul cada).</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
  
−
<div class="column two_thirds_size">
+
<h2>05/07/2018</h2>
−
<h3>What should this page have?</h3>
+
 
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<ul>
 +
<li>CÉLULA COMPETENTE DH5A 3</li>
 
<ul>
 
<ul>
−
<li>Chronological notes of what your team is doing.</li>
+
<li>Inocular DH5a no Erlenmeyer e acompanhar OD até 0,2 a 0,5. Foi até 0,46
−
<li> Brief descriptions of daily important events.</li>
+
</li>
−
<li>Pictures of your progress. </li>
+
<li>Fez as células competente congelando no nitrogênio líquido.
−
<li>Mention who participated in what task.</li>
+
</li>
 
</ul>
 
</ul>
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</ul>
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<!----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------->
 +
</div>
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<button class="collapsible2">Week 3<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 23 à 27 de julho Check our work in the interlab</p></button>
 +
<div class="content2">
 +
  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
  
 +
<!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------->
 
</div>
 
</div>
 +
<button class="collapsible2">Week 4<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 1 à 4 de Agosto</p></button>
 +
<div class="content2">
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<h2>02/08/2018</h2>
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<ul>
 +
<li>LACASE TT 3</li>
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<ul>
 +
<li>Entramos em contato com o Mulinari. Ficamos de conversar com ele sobre usar ou não o sonicar do professor Valdeir.</li>
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</ul>
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</ul>
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<!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------->
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</div>
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<button class="collapsible2">Week 5<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
 +
<div class="content2">
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<h2>06/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>LACASE TT 4</li>
 +
<ul>
 +
<li>Recebemos o protocolo de produção e purificação da lacase pelo Mulinari.</li>
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<li>Tiramos o máximo de dúvida com o Mulinari e fizemos planejamento para conseguirmos realizar os experimentos;</li>
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<li>Preparou 2L de meio de cultura e autoclavou.</li>
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<li>Autoclavou também 2 Erlenmeyer de 2L;</li>
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</ul>
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</ul>
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<h2>07/08/2018</h2>
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  <ul>
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<li>LACASE TT 5</li>
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<ul>
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<li>foi inoculada a bactéria em meio de cultura no Erlenmeyer de 2 L com 1L de meio. Foi inoculado às 16h 37 C e 130 rpm.</li>
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<li>Foi feito acompanhamento de O.D para que quando chegasse em 0,6 adicionar a solução de sulfato de cobre para a produção de lacase. Assim que adicionar a solução de cobre a baixar a temperatura para 18 C</li>
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<li>A O.D demorou muito para subir. O planejamento foi baseado na cinética de crescimento da E. coli Turbo. A rosetta demora muito pra crescer. Conversamos com o Mulinari para ver uma saída. Ele disse que pode deixar em 20 C e adicionar sulfato de cobre e deixar overnight.</li>
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</ul>
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</ul>
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<h2>08/08/2018</h2>
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<ul>
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<li>LACASSE TT 6</li>
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<ul>
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<li>A rosetta cresceu, deixou o meio bem turvo.</li>
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<li>Centrifugamos a 4000 rpm por 1h, no laboratório do professor Valdeir com a ajuda da Bárbara, os 2 L de meio e ressuspendemos a bactéria diretamente no tampão de lise. Ressuspendemos em tampão de lise diretamente e deixamos congelados -80 C até o dia seguinte.
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</ul>
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</ul>
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<h2>09/08/2018</h2>
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<ul>
 +
<li>LACASE TT 7</li>
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<ul>
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<li>Fizemos o lise celular por ultrassom de acordo com o protocolo do mulinari com a ajuda da Bárbara. Pulso de 30 em 30 segundos, 40% de potência e 40 C máxima de 40 C. Colocamos o béquer no banho de gelo para não subir muito a temperatura.</li>
 +
<li>Centrifugamos novamente (11000 rpm 90 min) para separar os restos celulares do meio líquido, pois a enzima está no meio líquido. Pegamos o sobrenadante e reservamos.</li>
 +
<li>Medir a concentração de proteína total por Bradford. Deu errado, ficou com mais fases, provavelmente por causa que tem restos de células. Resolvemos centrifugar tudo em tubos de 2 ml para pelletar os restos celulares, pegamos o sobrenadante e passamos no concentrador.</li>
 +
<li>Começamos a equilibrar a coluna do AKTA para a purificação em coluna de níquel.</li>
 +
<li>Concentramos o extrato (aprox. 100 ml) até cerca de 40 ml.</li>
 +
<li>Estava demorando demais para concentrar, então o professor Segato pegou 5 ml do extrato semi concentrado e purificou no AKTA, para ver se a enzima estava presente no extrato.</li>
 +
<li>Correl o gel de proteína das frações que o professor purificou e deixamos corando até amanhã.</li>
 +
<li>Continuamos a concentrar até 40 ml. Ficamos até 20h concentrando</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
  
−
<div class="column third_size">
+
<h2>10/08/2018</h2>
−
<div class="highlight decoration_A_full">
+
<ul>
−
<h3>Inspiration</h3>
+
<li>LACADE TT 8</li>
−
<p>You can see what others teams have done to organize their notes:</p>
+
<ul>
 +
<li>Descoramos o gel da fração do professor. A enzima saiu bem purificada. Foi detectado a proteína nas concentrações de 34,5% ~46% de tampão B 500 mM.</li>
 +
<li>Purificar o concentrado com loop de 10 ml do professor Ferraz. Não purificou tudo, dos 40 ml purificou 10 ml. Ainda falta 30 ml.</li>
 +
<li>Fizemos 3 géis de proteína para uso posterior.</li>
 +
<li>Corremos o gel das frações e deixa,os corando até segunda feira que vem (13/08/2018)</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
  
−
<ul>  
+
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:ATOMS-Turkiye/Notebook">2014 ATOMS-Turkiye</a></li>
+
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Tec-Monterrey/ITESM14_project.html#tab_notebook">2014 Tec Monterrey</a></li>
+
<!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------->
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Kyoto/Notebook/Magnetosome_Formation#title">2014 Kyoto</a></li>
+
</div>
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Cornell/notebook">2014 Cornell</a></li>
+
<button class="collapsible2">Week 6<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 13 à 18 de Agosto</p></button>
 +
<div class="content2">
 +
<h2>Day 13/08/2018 Br</h2>
 +
<ul>
 +
<li>LACASE TT 9</li>
 +
<ul>
 +
<li>Descoramos o gel do dia 10/082018</li>
 +
<li>O professor Segato purificou mais 20 ml de extrato concentrado. Falta 10 ml.</li>
 +
<li>Pegar as frações 14 ~21 das duas purificações e juntar a purificação do dia 10/08/2018 e concentrar, lavando com tampão A (tampão A sem imidazol) para tirar o imidazol.</li>
 
</ul>
 
</ul>
 +
</ul>
 +
<ul>
 +
<li>We received our gene from IDT</li>
 +
</ul>
 +
 +
 +
<h2>14/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>LACASE TT 10</li>
 +
<ul>
 +
<li>Foi purificado de novo no AKTA, agora sem imidazol</li>
 +
<li>Corremos o gel do AKTA.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 1</li>
 +
<ul>
 +
<li>Foi discutido qual promotor usar. Achamos o promotor LacI já no vetor pSB1C3 no kit plate 3 - 4G do kit iGEM 2018</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
 +
 +
<h2>15/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 2</li>
 +
<ul>
 +
<li>Fizemos solução TE pH 8 para ressuspender o DNA sintético.</li>
 +
<li>Fizemos 4 géis de proteína.
 +
</li>
 +
<li>Foi feito Gibson dos gBlocks. Usar 2 ul de cada gBlock.</li>
 +
<li>Acabou a luz ás 13:50. Iriamos fazer PCR mas não deu</li>
 +
<li>Fomos embora ás 15:10 e ainda não tinha voltado a luz;</li>
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</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
<h2>16/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 3 </li>
 +
<ul>
 +
<li>Foi feito PCR e corremos o gel (Taise)</li>
 +
<li>Foi feito purificação do PCR e corremos o gel (Gustavo)</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
<h2>17/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 4</li>
 +
<ul>
 +
<li>Fazer 3A Assembly seguindo o protocolo do iGEM (1 vez).
 +
</li>
 +
<li>Foi feito transformação em DH5a para confirmar se deu certo a inserção do gene
 +
</li>
 +
<li>Fizemos estoque de SOC que ganhamos de patrocínio, pois do professor Segato tinha acabado.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
<h2>18/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 5</li>
 +
<ul>
 +
<li>Deu errado a transformação, então isso quer dizer que 3A Assembly deu errado.</li>
 +
<li>Transformamos o promotor LacI od kit iGEM para não perdermos ele. Foi feito em DH5a.</li>
 +
<li>Não seguir o protocolo do iGEM. Fazer reação de digestão separado. Não colocar as duas enzimas juntas, pois como o sítio de restrição está muito próximo, pode ser que isso esteja atrapalhando. (2 vez)</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
<!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------->
 
</div>
 
</div>
 +
<button class="collapsible2">Week 7<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
 +
<div class="content2">
 +
 +
<h2>19/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 6</li>
 +
<ul>
 +
<li>As transformações do promotor deu certo. Fazer propagação.</li>
 +
<li>As digestões deu errado de novo.</li>
 +
<li>Fazer digestão utilizando uma enzima por vez. Antes de correr o gel purificar, pois pode ser que as enzimas estão atrapalhando a correr gel. (3 vez)</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
<h2>20/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 7</li>
 +
<ul>
 +
<li>Foi feito Miniprep do promotor.</li>
 +
<li>A digestão não deu certo de novo.</li>
 +
<li>O professor orientou o seguinte: após confirmar o gel, prosseguir para a próxima digestão. Na hora de correr o gel não reutilizar o gel e sempre usar tampão novo na cuba.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
<h2>21/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 8</li>
 +
<ul>
 +
<li>Fazer as digestões de novo (4 vez)</li>
 +
<li>Transformação de ligação do Phoma e Pleurotus</li>
 +
<li>Fazer PCR dos genes. Lembrar de purificar antes.</li>
 +
<ul>
 +
<li>gene do pleurotus OK
 +
<li>gene do phoma tá degradado. Tem que fazer outro PCR.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
 +
 +
<h2>22/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 9</li>
 +
<ul>
 +
<li>Cresceram algumas colônias dos dois genes. Fazer PCR de colônia. Foi utilizado TAQ que o Fernando ganhou ao invés de usar a Phusion.
 +
</li>
 +
<li>O PCR de colônia deu errado. Não dava pra ver nem borrão do gene. Só os primers…</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
 +
<h2>23/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 10</li>
 +
<ul>
 +
<li>Conversamos com o professor Segato para ver o que estamos fazendo errado.</li>
 +
<li>Foi discutido uma possível contaminação do kit de purificação do PCR.</li>
 +
<li>Fazer testes dos kit para descobrir o que está contaminado. Foi cedida genes do projeto do professor para usarmos como controle no PCR.</li>
 +
<li>Os dois kits testados deram certos…</li>
 +
<li>O professor vai viajar dia 24/08 até dia 10/09/2018. Não mexer com biologia molecular até ele voltar.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
<!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------->
 
</div>
 
</div>
 +
<button class="collapsible2">Week 8<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
 +
<div class="content2">
  
−
<h1 style="margin-bottom: 10px;"> This is used so the footer don´t eat the last part</h1>
+
<h2>27/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>LACASE TT 11</li>
 +
<ul>
 +
<li>Fazer tampão para purificar a lacase. É a etapa 3.3.4 do protocolo do Mulinari</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
  
 +
<h2>29/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>LACASE TT 12</li>
 +
<ul>
 +
<li>Equilibrar a coluna do AKTA com o tampão. A Bianca, Awana e Aline ajudaram.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
<h2>30/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>LACASE TT 13</li>
 +
<ul>
 +
<li>A Aline purificou a lacase pra nós, pois estávamos em visita técnica </li>
 +
<li>Correr o gel de proteína das frações purificadas.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
 +
 +
<h2>31/08/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>LACASE TT 14</li>
 +
<ul>
 +
<li>Descoramos o gel e separamos as frações com enzima</li>
 +
<li>Fizemos a atividade enzimática (Gustavo). Não deu certo, pois a lacase tt é termofílico e não colocada nas condições ótimas dela.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
<!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------->
 +
</div>
 +
<button class="collapsible2">Week 9<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
 +
<div class="content2">
 +
 +
 +
<h2>01/09/2018~09/09/2018 Recesso escolar</h2>
 +
<ul>
 +
<li>LACASE TT 15</li>
 +
<ul>
 +
<li>Fizemos a caracterização de pH e temperatura. Achamos pH 4 e temperatura de 60 °C.</li>
 +
</ul>
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</ul>
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<!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------->
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</div>
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<button class="collapsible2">Week 10<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
 +
<div class="content2">
 +
<h2>10/09/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>LACASE TT 15</li>
 +
<ul>
 +
<li>Caracterizar a lacase para ver se degrada BPA e inibição por F- e ClO-
 +
</li>
 +
<li>Fizemos solução BPA 250 uM (0,057 g/L). A concentração real foi de 0,055g/L</li>
 +
<li>A inibição por cloro não deu certo, pois o cloro descolore o ABTS e não dá pra saber se a lacase teve ou não atividade.</li>
 +
<li>
 +
Utilizamos o espectrofotômetro do professor Valeir, pois ela esquenta</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
<h2>11/09/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 11</li>
 +
<ul>
 +
<li>Confirmou a integridade o gene por PCR. O gene de Pleurotus foi bom. O do Phoma não ficou muito bom </li>
 +
</ul>
 +
<ul>
 +
</ul>
 +
<li>Varredura dos componentes da reação de degradação de BPA.</li>
 +
<ul>
 +
<li>BPA, Tampão acetato pH 4,0, Enzima, Enzima fervida + BPA
 +
</li>
 +
<li>BPA tem pico em 230 nm e 276 nm. Fizemos as curvas  padrão para os dois comprimento de onda.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
<h2>12/09/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 12</li>
 +
<ul>
 +
<li>Fazer digestão de novo (5ª vez)
 +
</li>
 +
<li>Acabou o PCR e fizemos mais, desde a parte do Gibson.</li>
 +
<li>Deu errado o Gibson.</li>
 +
<li>Deixar a segunda parte da digestão overnight
 +
</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
<h2>13/09/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 13</li>
 +
<ul>
 +
<li>Recebemos nonilfenol REDEX 95 (o Paulinho trouxe);</li>
 +
<li>Pegamos 10 colônias da placa da transformação do PHOMA  do dia 22/08/2018 e inoculamos em 1 mL de meio LB com cloranfenicol para ver se as células ainda estavam viáveis. Caso estejam vivas será feito PCR de colônia. Deixar no meio LB overnight.</li>
 +
<li>Corremos o gel da digestão e deu positivo para Pleurotus, mas Phoma não deu muito certo. Mesmo assim seguimos para ligação dos dois genes.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
 +
 +
 +
 +
<h2>14/09/2018</h2>
 +
<ul>
 +
<li>PROJETO 14</li>
 +
<ul>
 +
<li>As 10 colônias cresceram (deixou o meio turvo).</li>
 +
<li>Fazer PCR de colônias das 10 colônias. A temperatura de anelamento foi de 67°C e tempo de extensão foi de 2 min;</li>
 +
<li>Fazer PCR dos genes do Pleurotus e Phoma com tempo temperatura de anelamento de 64 °C, 66 °C e 68 °C para conferir qual temperatura é a melhor.
 +
</li>
 +
<li>PCR de colônia do Phoma deu certo (100% positivo), no entanto as bandas não correspondem com o tamanho esperado. Mas se apareceu banda usando primer do gene, não tem como ter dado errado. Conversar com professor sobre o resultado.</li>
 +
<li>PCR dos genes do pleurotus de certo em todas as temperaturas, no entanto do Phoma deu certo só em 68 °C e ainda a banda ficou muito fraco, tão fraco que para enxergar teve que ajustar a nitidez, contraste e brilho da foto.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
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</div>
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<button class="collapsible2">Week 11<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
 +
<div class="content2">
 +
  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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</div>
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<button class="collapsible2">Week 12<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<div class="content2">
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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</div>
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<button class="collapsible2">Week 13<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<div class="content2">
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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</div>
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<button class="collapsible2">Week 7<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<div class="content2">
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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</div>
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<button class="collapsible2">Week 7<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<div class="content2">
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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</div>
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<button class="collapsible2">Week 7<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<div class="content2">
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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</div>
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<!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------->
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 +
 +
https://www.w3schools.com/howto/tryit.asp?filename=tryhow_js_collapsible
 
</body>
 
</body>
−
</html>
+
                                                        <!-- ENDS SUBDIVISIONS-->
 +
</div>
 +
 
 +
<div id="Interlab" class="tabcontent">
 +
<h4 class="grey-text heading-weight" align = "left" style="font-size:40px; font-family:Broadway;">Interlab</h4>
 +
  <p>Some news this fine day!</p>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
                                                        <!-- STARTS SUBDIVISIONS-->
 +
<head><style>
 +
.collapsible2 {
 +
    background-color: #5e87ff;
 +
    border: 5px solid white;
 +
 
 +
    color: white;
 +
    cursor: pointer;
 +
    padding: 18px;
 +
    width: 100%;
 +
   
 +
    text-align: left;
 +
    outline: none;
 +
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 +
}
 +
 
 +
.active, .collapsible2:hover {
 +
    background-color: white;
 +
    border: 3px solid #5e87ff ;
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    border-bottom:none;
 +
}
 +
 
 +
.content2 {
 +
    padding: 0 18px;
 +
    display: none;
 +
    overflow: hidden;
 +
    background-color: ;
 +
}
 +
</style>
 +
</head>
 +
<body>
 +
 
 +
 
 +
<p>Collapsible2 Set:</p>
 +
<button class="collapsible2">Week 1<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 8 à 18 de maio</p></button>
 +
<div class="content2">
 +
<h2>Day 08/05/2018 Br</h2>
 +
 
 +
<p>We contacted  Evandro José Mulinari, um doutorando e pesquisador da USP de Sõa Carlos, no departamento de ..., because we learned that he work with laccase.</p>
 +
 +
 
 +
<h2>18/05/2018</h2>
 +
 
 +
<p>We had a meeting with Mulinari to discuss  about our project. So he accepted give in his laccase for us.</p>
 +
 
 +
 
 +
</div>
 +
<button class="collapsible2">Week 2<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 1 à 7 de Julho</p></button>
 +
<div class="content2">
 +
  <h2>03/07/2018</h2>
 +
  <ul>
 +
<li>INTERLAB 1</li>
 +
<ul>
 +
<li>Foi feito a calibração do TECAN (calibração 1 e 2). O 3 não deu certo.</li>
 +
</ul>
 +
<li>CÉLULA COMPETENTE DH5A 1</li>
 +
<ul><li>Inoculamos E. coli DH5a da NEB para fazer célula competente.</li></ul>
 +
 
 +
<li>LACASE TT 1</li>
 +
<ul>
 +
<li>We received the Mulinari’s laccase in our laboratory.</li>
 +
<li>Foi feito estoque da E. coli Rosetta Gami 2 com a lacase tt com glicerol 20% raspando toda a placa para pegar as colônias;</li>
 +
<li>Foi feito propagação da E. coli Rosetta para fazer estoque para o professor Segato e para o time iGEM. Também será feito o Miniprep para obtermos o plasmídeo com o gene.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 
 +
<h2>04/07/2018</h2>
 +
  <ul>
 +
<li>CÉLULA COMPETENTE DH5A 2</li>
 +
<ul>
 +
<li>A DH5a inoculada no dia anterior cresceu bastante;</li>
 +
<li>Preparou TSS buffer esterilizou com membrana de 0,2 nm;</li>
 +
<li>Autoclavou os equipamentos para fazer <li>célula competente.</li>
 +
<li>Inocular DH5a overnight para competente cell</li>
 +
</ul>
 +
<li>LACASE TT 2</li>
 +
<ul>
 +
<li>A Rosetta propagada overnight desde o dia anterior cresceu bem. Fez estoque para o professor Segato e para o time iGEM 2018.</li>
 +
<li>Fez miniprep da Rosetta para pegar os plasmídeo (3 tubos com 30 ul cada).</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 
 +
<h2>05/07/2018</h2>
 +
 
 +
<ul>
 +
<li>CÉLULA COMPETENTE DH5A 3</li>
 +
<ul>
 +
<li>Inocular DH5a no Erlenmeyer e acompanhar OD até 0,2 a 0,5. Foi até 0,46
 +
</li>
 +
<li>Fez as células competente congelando no nitrogênio líquido.
 +
</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
<!----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------->
 +
</div>
 +
<button class="collapsible2">Week 3<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 23 à 27 de julho</p></button>
 +
<div class="content2">
 +
<h2>23/07/2018</h2>
 +
  <ul>
 +
<li>INTERLAB 2</li>
 +
<ul>
 +
<li>Começamos o INTERLAB.</li>
 +
<li>Fizemos 1,2 L de LB e autoclavar. Esse volume foi calculado para conseguir fazer o INTERLAB inteiro sem precisar fazer mais.</li>
 +
<li>Fizemos as transformações do interlab utilizando DH5a. Os genes transformados são os do protocolo INTERLAB 2018;</li>
 +
<ul>
 +
<li>Device Part Number Plate Location</li>
 +
<li>Negative control BBa_R0040 Kit Plate 7 Well 2D</li>
 +
<li>Positive control BBa_I20270 Kit Plate 7 Well 2B</li>
 +
<li>Test Device 1 BBa_J364000 Kit Plate 7 Well 2F</li>
 +
<li>Test Device 2 BBa_J364001 Kit Plate 7 Well 2H</li>
 +
<li>Test Device 3 BBa_J364002 Kit Plate 7 Well 2J</li>
 +
<li>Test Device 4 BBa_J364007 Kit Plate 7 Well 2L</li>
 +
<li>Test Device 5 BBa_J364008 Kit Plate 7 Well 2N</li>
 +
<li>Test Device 6 BBa_J364009 Kit Plate 7 Well 2P</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 
 +
<h2>24/07/2018</h2>
 +
  <ul>
 +
<li>INTERLAB 3</li>
 +
<ul>
 +
<li>As transformação deu errado, pois não fizemos a etapa do SOC e inoculamos na placa direto. A culpa foi do Fernando, pois a Cibele tinha perguntado se tinha que inocular no meio SOC primeiro.
 +
</li>
 +
<li>Refazer as transformações seguindo o protocolo correto, inoculando no meio SOC.</li>
 +
<li>Esse dia o Bruno veio pro laboratório e fez transformação fúngica. Como não sabíamos, ficamos esperando ele acabar, mas acabou às 17h. Mas todos os alunos da pós, incluindo o Bruno, foram embora. Explicamos a situação para o professor e ele deixou ficar no laboratório para terminar a transformação.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 
 +
<h2>25/07/2018</h2>
 +
  <ul>
 +
<li>INTERLAB 4</li>
 +
<ul>
 +
<li>As transformações deram certo.</li>
 +
<li>Seguimos com o protocolo INTERLAB 2018 “Day 2”;</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 
 +
<h2>26/07/2018</h2>
 +
  <ul>
 +
<li>INTERLAB 5</li>
 +
<ul>
 +
<li>As propagações deram certo. Cresceram bem;</li>
 +
<li>Foi medido apenas as absorbâncias, pois não foi possível ler excitação, emissão e nem fluorescência.</li>
 +
<li>Foi feito a parte de contagem de UFC do protocolo INTERLAB 208. Pegou-se as propagações das transformações dos controles negativo e positivo e foi feito diluição de acordo com o protocolo. Foi então inoculado nas placas e deixou crescer 24h.</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 
 +
 
 +
<h2>27/07/2018</h2>
 +
  <ul>
 +
<li>INTERLAB 6</li>
 +
<ul>
 +
<li>Seguir para a segunda parte do protocolo de UFC. Cresceram muitas colônias. As diluições não foram tão bem sucedidas, mas deu para confirmar que a diluição de fato foi feita, pois a quantidade de colônia foi diminuindo de uma placa para outra.</li>
 +
<li>Não foi feita as contagens das colônias, pois era muito difícil de contar devido a quantidade enorme de colônias. A mais diluída haviam mais de 200 colônias;</li>
 +
</ul>
 +
</ul>
 +
 +
</div>
 +
<!------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------->
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<button class="collapsible2">Week 4<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 1 à 4 de Agosto</p></button>
 +
<div class="content2">
 +
  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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</div>
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<button class="collapsible2">Week 5<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<div class="content2">
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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</div>
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<button class="collapsible2">Week 6<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 13 à 18 de Agosto</p></button>
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<div class="content2">
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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</div>
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<button class="collapsible2">Week 7<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<div class="content2">
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 8<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<div class="content2">
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 9<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 10<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 11<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 12<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 13<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<button class="collapsible2">Week 7<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 7<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 7<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<div class="content2">
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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https://www.w3schools.com/howto/tryit.asp?filename=tryhow_js_collapsible
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</body>
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                                                        <!-- ENDS SUBDIVISIONS-->
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</div>
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<div id="HP" class="tabcontent">
 +
  <h4 class="grey-text heading-weight" align = "left" style="font-size:40px; font-family:Broadway;">Human Practices</h4>
 +
  <p>Get in touch, or swing by for a cup of coffee.</p>
 +
 
 +
 
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                                                        <!-- STARTS SUBDIVISIONS-->
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<head><style>
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<body>
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<p>Collapsible2 Set:</p>
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<button class="collapsible2">Week 1<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 8 à 18 de maio</p></button>
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<div class="content2">
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<h2>Day 08/05/2018 Br</h2>
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<p>We contacted  Evandro José Mulinari, um doutorando e pesquisador da USP de Sõa Carlos, no departamento de ..., because we learned that he work with laccase.</p>
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<h2>18/05/2018</h2>
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<p>We had a meeting with Mulinari to discuss  about our project. So he accepted give in his laccase for us.</p>
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<button class="collapsible2">Week 2<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 1 à 7 de Julho</p></button>
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<div class="content2">
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  <h2>03/07/2018</h2>
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  <ul>
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<li>INTERLAB 1</li>
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<ul>
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<li>Foi feito a calibração do TECAN (calibração 1 e 2). O 3 não deu certo.</li>
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</ul>
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<li>CÉLULA COMPETENTE DH5A 1</li>
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<ul><li>Inoculamos E. coli DH5a da NEB para fazer célula competente.</li></ul>
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<li>LACASE TT 1</li>
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<ul>
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<li>We received the Mulinari’s laccase in our laboratory.</li>
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<li>Foi feito estoque da E. coli Rosetta Gami 2 com a lacase tt com glicerol 20% raspando toda a placa para pegar as colônias;</li>
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<li>Foi feito propagação da E. coli Rosetta para fazer estoque para o professor Segato e para o time iGEM. Também será feito o Miniprep para obtermos o plasmídeo com o gene.</li>
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</ul>
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</ul>
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<h2>04/07/2018</h2>
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  <ul>
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<li>CÉLULA COMPETENTE DH5A 2</li>
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<ul>
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<li>A DH5a inoculada no dia anterior cresceu bastante;</li>
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<li>Preparou TSS buffer esterilizou com membrana de 0,2 nm;</li>
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<li>Autoclavou os equipamentos para fazer <li>célula competente.</li>
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<li>Inocular DH5a overnight para competente cell</li>
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</ul>
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<li>LACASE TT 2</li>
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<ul>
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<li>A Rosetta propagada overnight desde o dia anterior cresceu bem. Fez estoque para o professor Segato e para o time iGEM 2018.</li>
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<li>Fez miniprep da Rosetta para pegar os plasmídeo (3 tubos com 30 ul cada).</li>
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</ul>
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</ul>
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<h2>05/07/2018</h2>
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<ul>
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<li>CÉLULA COMPETENTE DH5A 3</li>
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<ul>
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<li>Inocular DH5a no Erlenmeyer e acompanhar OD até 0,2 a 0,5. Foi até 0,46
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</li>
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<li>Fez as células competente congelando no nitrogênio líquido.
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</li>
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</ul>
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<button class="collapsible2">Week 3<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 23 à 27 de julho</p></button>
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 4<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 1 à 4 de Agosto</p></button>
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 5<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 6<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 13 à 18 de Agosto</p></button>
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<button class="collapsible2">Week 7<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 8<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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  <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.</p>
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<button class="collapsible2">Week 9<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<button class="collapsible2">Week 10<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<button class="collapsible2">Week 11<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<button class="collapsible2">Week 12<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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<button class="collapsible2">Week 13<p style=" display: inline-block; color: #5e87ff ">Dia 5 à 10 de Agosto</p></button>
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https://www.w3schools.com/howto/tryit.asp?filename=tryhow_js_collapsible
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// Get the element with id="defaultOpen" and click on it
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document.getElementById("defaultOpen").click();
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<a href="#top" >Go to top</a></center></div>
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</html><div class="margin">

Revision as of 11:23, 17 October 2018



Notebook



Project

Here you will find how project was developed, step by step, mistake by mistake.

Collapsible2 Set:

Day 08/05/2018 Br

We contacted Evandro José Mulinari, a doctorate and researcher from USP of São Carlos, in the biochemestry departament. We've figured out that he works with laccase.

18/05/2018

We had a meeting with Mulinari to discuss about our project and he accepted to give us a sample of his laccase.

03/07/2018

  • INTERLAB 1
    • Foi feito a calibração do TECAN (calibração 1 e 2). O 3 não deu certo.
  • CÉLULA COMPETENTE DH5A 1
    • Inoculamos E. coli DH5a da NEB para fazer célula competente.
  • LACASE TT 1
    • We received the Mulinari’s laccase in our laboratory.
    • Foi feito estoque da E. coli Rosetta Gami 2 com a lacase tt com glicerol 20% raspando toda a placa para pegar as colônias;
    • Foi feito propagação da E. coli Rosetta para fazer estoque para o professor Segato e para o time iGEM. Também será feito o Miniprep para obtermos o plasmídeo com o gene.

04/07/2018

  • CÉLULA COMPETENTE DH5A 2
    • A DH5a inoculada no dia anterior cresceu bastante;
    • Preparou TSS buffer esterilizou com membrana de 0,2 nm;
    • Autoclavou os equipamentos para fazer
    • célula competente.
    • Inocular DH5a overnight para competente cell
  • LACASE TT 2
    • A Rosetta propagada overnight desde o dia anterior cresceu bem. Fez estoque para o professor Segato e para o time iGEM 2018.
    • Fez miniprep da Rosetta para pegar os plasmídeo (3 tubos com 30 ul cada).

05/07/2018

  • CÉLULA COMPETENTE DH5A 3
    • Inocular DH5a no Erlenmeyer e acompanhar OD até 0,2 a 0,5. Foi até 0,46
    • Fez as células competente congelando no nitrogênio líquido.

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat.

02/08/2018

  • LACASE TT 3
    • Entramos em contato com o Mulinari. Ficamos de conversar com ele sobre usar ou não o sonicar do professor Valdeir.

06/08/2018

  • LACASE TT 4
    • Recebemos o protocolo de produção e purificação da lacase pelo Mulinari.
    • Tiramos o máximo de dúvida com o Mulinari e fizemos planejamento para conseguirmos realizar os experimentos;
    • Preparou 2L de meio de cultura e autoclavou.
    • Autoclavou também 2 Erlenmeyer de 2L;

07/08/2018

  • LACASE TT 5
    • foi inoculada a bactéria em meio de cultura no Erlenmeyer de 2 L com 1L de meio. Foi inoculado às 16h 37 C e 130 rpm.
    • Foi feito acompanhamento de O.D para que quando chegasse em 0,6 adicionar a solução de sulfato de cobre para a produção de lacase. Assim que adicionar a solução de cobre a baixar a temperatura para 18 C
    • A O.D demorou muito para subir. O planejamento foi baseado na cinética de crescimento da E. coli Turbo. A rosetta demora muito pra crescer. Conversamos com o Mulinari para ver uma saída. Ele disse que pode deixar em 20 C e adicionar sulfato de cobre e deixar overnight.

08/08/2018

  • LACASSE TT 6
    • A rosetta cresceu, deixou o meio bem turvo.
    • Centrifugamos a 4000 rpm por 1h, no laboratório do professor Valdeir com a ajuda da Bárbara, os 2 L de meio e ressuspendemos a bactéria diretamente no tampão de lise. Ressuspendemos em tampão de lise diretamente e deixamos congelados -80 C até o dia seguinte.

09/08/2018

  • LACASE TT 7
    • Fizemos o lise celular por ultrassom de acordo com o protocolo do mulinari com a ajuda da Bárbara. Pulso de 30 em 30 segundos, 40% de potência e 40 C máxima de 40 C. Colocamos o béquer no banho de gelo para não subir muito a temperatura.
    • Centrifugamos novamente (11000 rpm 90 min) para separar os restos celulares do meio líquido, pois a enzima está no meio líquido. Pegamos o sobrenadante e reservamos.
    • Medir a concentração de proteína total por Bradford. Deu errado, ficou com mais fases, provavelmente por causa que tem restos de células. Resolvemos centrifugar tudo em tubos de 2 ml para pelletar os restos celulares, pegamos o sobrenadante e passamos no concentrador.
    • Começamos a equilibrar a coluna do AKTA para a purificação em coluna de níquel.
    • Concentramos o extrato (aprox. 100 ml) até cerca de 40 ml.
    • Estava demorando demais para concentrar, então o professor Segato pegou 5 ml do extrato semi concentrado e purificou no AKTA, para ver se a enzima estava presente no extrato.
    • Correl o gel de proteína das frações que o professor purificou e deixamos corando até amanhã.
    • Continuamos a concentrar até 40 ml. Ficamos até 20h concentrando

10/08/2018

  • LACADE TT 8
    • Descoramos o gel da fração do professor. A enzima saiu bem purificada. Foi detectado a proteína nas concentrações de 34,5% ~46% de tampão B 500 mM.
    • Purificar o concentrado com loop de 10 ml do professor Ferraz. Não purificou tudo, dos 40 ml purificou 10 ml. Ainda falta 30 ml.
    • Fizemos 3 géis de proteína para uso posterior.
    • Corremos o gel das frações e deixa,os corando até segunda feira que vem (13/08/2018)

Day 13/08/2018 Br

  • LACASE TT 9
    • Descoramos o gel do dia 10/082018
    • O professor Segato purificou mais 20 ml de extrato concentrado. Falta 10 ml.
    • Pegar as frações 14 ~21 das duas purificações e juntar a purificação do dia 10/08/2018 e concentrar, lavando com tampão A (tampão A sem imidazol) para tirar o imidazol.
  • We received our gene from IDT

14/08/2018

  • LACASE TT 10
    • Foi purificado de novo no AKTA, agora sem imidazol
    • Corremos o gel do AKTA.
  • PROJETO 1
    • Foi discutido qual promotor usar. Achamos o promotor LacI já no vetor pSB1C3 no kit plate 3 - 4G do kit iGEM 2018

15/08/2018

  • PROJETO 2
    • Fizemos solução TE pH 8 para ressuspender o DNA sintético.
    • Fizemos 4 géis de proteína.
    • Foi feito Gibson dos gBlocks. Usar 2 ul de cada gBlock.
    • Acabou a luz ás 13:50. Iriamos fazer PCR mas não deu
    • Fomos embora ás 15:10 e ainda não tinha voltado a luz;

16/08/2018

  • PROJETO 3
    • Foi feito PCR e corremos o gel (Taise)
    • Foi feito purificação do PCR e corremos o gel (Gustavo)

17/08/2018

  • PROJETO 4
    • Fazer 3A Assembly seguindo o protocolo do iGEM (1 vez).
    • Foi feito transformação em DH5a para confirmar se deu certo a inserção do gene
    • Fizemos estoque de SOC que ganhamos de patrocínio, pois do professor Segato tinha acabado.

18/08/2018

  • PROJETO 5
    • Deu errado a transformação, então isso quer dizer que 3A Assembly deu errado.
    • Transformamos o promotor LacI od kit iGEM para não perdermos ele. Foi feito em DH5a.
    • Não seguir o protocolo do iGEM. Fazer reação de digestão separado. Não colocar as duas enzimas juntas, pois como o sítio de restrição está muito próximo, pode ser que isso esteja atrapalhando. (2 vez)

19/08/2018

  • PROJETO 6
    • As transformações do promotor deu certo. Fazer propagação.
    • As digestões deu errado de novo.
    • Fazer digestão utilizando uma enzima por vez. Antes de correr o gel purificar, pois pode ser que as enzimas estão atrapalhando a correr gel. (3 vez)

20/08/2018

  • PROJETO 7
    • Foi feito Miniprep do promotor.
    • A digestão não deu certo de novo.
    • O professor orientou o seguinte: após confirmar o gel, prosseguir para a próxima digestão. Na hora de correr o gel não reutilizar o gel e sempre usar tampão novo na cuba.

21/08/2018

  • PROJETO 8
    • Fazer as digestões de novo (4 vez)
    • Transformação de ligação do Phoma e Pleurotus
    • Fazer PCR dos genes. Lembrar de purificar antes.
      • gene do pleurotus OK
      • gene do phoma tá degradado. Tem que fazer outro PCR.

22/08/2018

  • PROJETO 9
    • Cresceram algumas colônias dos dois genes. Fazer PCR de colônia. Foi utilizado TAQ que o Fernando ganhou ao invés de usar a Phusion.
    • O PCR de colônia deu errado. Não dava pra ver nem borrão do gene. Só os primers…

23/08/2018

  • PROJETO 10
    • Conversamos com o professor Segato para ver o que estamos fazendo errado.
    • Foi discutido uma possível contaminação do kit de purificação do PCR.
    • Fazer testes dos kit para descobrir o que está contaminado. Foi cedida genes do projeto do professor para usarmos como controle no PCR.
    • Os dois kits testados deram certos…
    • O professor vai viajar dia 24/08 até dia 10/09/2018. Não mexer com biologia molecular até ele voltar.

27/08/2018

  • LACASE TT 11
    • Fazer tampão para purificar a lacase. É a etapa 3.3.4 do protocolo do Mulinari

29/08/2018

  • LACASE TT 12
    • Equilibrar a coluna do AKTA com o tampão. A Bianca, Awana e Aline ajudaram.

30/08/2018

  • LACASE TT 13
    • A Aline purificou a lacase pra nós, pois estávamos em visita técnica
    • Correr o gel de proteína das frações purificadas.

31/08/2018

  • LACASE TT 14
    • Descoramos o gel e separamos as frações com enzima
    • Fizemos a atividade enzimática (Gustavo). Não deu certo, pois a lacase tt é termofílico e não colocada nas condições ótimas dela.

01/09/2018~09/09/2018 Recesso escolar

  • LACASE TT 15
    • Fizemos a caracterização de pH e temperatura. Achamos pH 4 e temperatura de 60 °C.

10/09/2018

  • LACASE TT 15
    • Caracterizar a lacase para ver se degrada BPA e inibição por F- e ClO-
    • Fizemos solução BPA 250 uM (0,057 g/L). A concentração real foi de 0,055g/L
    • A inibição por cloro não deu certo, pois o cloro descolore o ABTS e não dá pra saber se a lacase teve ou não atividade.
    • Utilizamos o espectrofotômetro do professor Valeir, pois ela esquenta

11/09/2018

  • PROJETO 11
    • Confirmou a integridade o gene por PCR. O gene de Pleurotus foi bom. O do Phoma não ficou muito bom
  • Varredura dos componentes da reação de degradação de BPA.
    • BPA, Tampão acetato pH 4,0, Enzima, Enzima fervida + BPA
    • BPA tem pico em 230 nm e 276 nm. Fizemos as curvas padrão para os dois comprimento de onda.

12/09/2018

  • PROJETO 12
    • Fazer digestão de novo (5ª vez)
    • Acabou o PCR e fizemos mais, desde a parte do Gibson.
    • Deu errado o Gibson.
    • Deixar a segunda parte da digestão overnight

13/09/2018

  • PROJETO 13
    • Recebemos nonilfenol REDEX 95 (o Paulinho trouxe);
    • Pegamos 10 colônias da placa da transformação do PHOMA do dia 22/08/2018 e inoculamos em 1 mL de meio LB com cloranfenicol para ver se as células ainda estavam viáveis. Caso estejam vivas será feito PCR de colônia. Deixar no meio LB overnight.
    • Corremos o gel da digestão e deu positivo para Pleurotus, mas Phoma não deu muito certo. Mesmo assim seguimos para ligação dos dois genes.

14/09/2018

  • PROJETO 14
    • As 10 colônias cresceram (deixou o meio turvo).
    • Fazer PCR de colônias das 10 colônias. A temperatura de anelamento foi de 67°C e tempo de extensão foi de 2 min;
    • Fazer PCR dos genes do Pleurotus e Phoma com tempo temperatura de anelamento de 64 °C, 66 °C e 68 °C para conferir qual temperatura é a melhor.
    • PCR de colônia do Phoma deu certo (100% positivo), no entanto as bandas não correspondem com o tamanho esperado. Mas se apareceu banda usando primer do gene, não tem como ter dado errado. Conversar com professor sobre o resultado.
    • PCR dos genes do pleurotus de certo em todas as temperaturas, no entanto do Phoma deu certo só em 68 °C e ainda a banda ficou muito fraco, tão fraco que para enxergar teve que ajustar a nitidez, contraste e brilho da foto.

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Interlab

Some news this fine day!

Collapsible2 Set:

Day 08/05/2018 Br

We contacted Evandro José Mulinari, um doutorando e pesquisador da USP de Sõa Carlos, no departamento de ..., because we learned that he work with laccase.

18/05/2018

We had a meeting with Mulinari to discuss about our project. So he accepted give in his laccase for us.

03/07/2018

  • INTERLAB 1
    • Foi feito a calibração do TECAN (calibração 1 e 2). O 3 não deu certo.
  • CÉLULA COMPETENTE DH5A 1
    • Inoculamos E. coli DH5a da NEB para fazer célula competente.
  • LACASE TT 1
    • We received the Mulinari’s laccase in our laboratory.
    • Foi feito estoque da E. coli Rosetta Gami 2 com a lacase tt com glicerol 20% raspando toda a placa para pegar as colônias;
    • Foi feito propagação da E. coli Rosetta para fazer estoque para o professor Segato e para o time iGEM. Também será feito o Miniprep para obtermos o plasmídeo com o gene.

04/07/2018

  • CÉLULA COMPETENTE DH5A 2
    • A DH5a inoculada no dia anterior cresceu bastante;
    • Preparou TSS buffer esterilizou com membrana de 0,2 nm;
    • Autoclavou os equipamentos para fazer
    • célula competente.
    • Inocular DH5a overnight para competente cell
  • LACASE TT 2
    • A Rosetta propagada overnight desde o dia anterior cresceu bem. Fez estoque para o professor Segato e para o time iGEM 2018.
    • Fez miniprep da Rosetta para pegar os plasmídeo (3 tubos com 30 ul cada).

05/07/2018

  • CÉLULA COMPETENTE DH5A 3
    • Inocular DH5a no Erlenmeyer e acompanhar OD até 0,2 a 0,5. Foi até 0,46
    • Fez as células competente congelando no nitrogênio líquido.

23/07/2018

  • INTERLAB 2
    • Começamos o INTERLAB.
    • Fizemos 1,2 L de LB e autoclavar. Esse volume foi calculado para conseguir fazer o INTERLAB inteiro sem precisar fazer mais.
    • Fizemos as transformações do interlab utilizando DH5a. Os genes transformados são os do protocolo INTERLAB 2018;
      • Device Part Number Plate Location
      • Negative control BBa_R0040 Kit Plate 7 Well 2D
      • Positive control BBa_I20270 Kit Plate 7 Well 2B
      • Test Device 1 BBa_J364000 Kit Plate 7 Well 2F
      • Test Device 2 BBa_J364001 Kit Plate 7 Well 2H
      • Test Device 3 BBa_J364002 Kit Plate 7 Well 2J
      • Test Device 4 BBa_J364007 Kit Plate 7 Well 2L
      • Test Device 5 BBa_J364008 Kit Plate 7 Well 2N
      • Test Device 6 BBa_J364009 Kit Plate 7 Well 2P

24/07/2018

  • INTERLAB 3
    • As transformação deu errado, pois não fizemos a etapa do SOC e inoculamos na placa direto. A culpa foi do Fernando, pois a Cibele tinha perguntado se tinha que inocular no meio SOC primeiro.
    • Refazer as transformações seguindo o protocolo correto, inoculando no meio SOC.
    • Esse dia o Bruno veio pro laboratório e fez transformação fúngica. Como não sabíamos, ficamos esperando ele acabar, mas acabou às 17h. Mas todos os alunos da pós, incluindo o Bruno, foram embora. Explicamos a situação para o professor e ele deixou ficar no laboratório para terminar a transformação.

25/07/2018

  • INTERLAB 4
    • As transformações deram certo.
    • Seguimos com o protocolo INTERLAB 2018 “Day 2”;

26/07/2018

  • INTERLAB 5
    • As propagações deram certo. Cresceram bem;
    • Foi medido apenas as absorbâncias, pois não foi possível ler excitação, emissão e nem fluorescência.
    • Foi feito a parte de contagem de UFC do protocolo INTERLAB 208. Pegou-se as propagações das transformações dos controles negativo e positivo e foi feito diluição de acordo com o protocolo. Foi então inoculado nas placas e deixou crescer 24h.

27/07/2018

  • INTERLAB 6
    • Seguir para a segunda parte do protocolo de UFC. Cresceram muitas colônias. As diluições não foram tão bem sucedidas, mas deu para confirmar que a diluição de fato foi feita, pois a quantidade de colônia foi diminuindo de uma placa para outra.
    • Não foi feita as contagens das colônias, pois era muito difícil de contar devido a quantidade enorme de colônias. A mais diluída haviam mais de 200 colônias;

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Human Practices

Get in touch, or swing by for a cup of coffee.

Collapsible2 Set:

Day 08/05/2018 Br

We contacted Evandro José Mulinari, um doutorando e pesquisador da USP de Sõa Carlos, no departamento de ..., because we learned that he work with laccase.

18/05/2018

We had a meeting with Mulinari to discuss about our project. So he accepted give in his laccase for us.

03/07/2018

  • INTERLAB 1
    • Foi feito a calibração do TECAN (calibração 1 e 2). O 3 não deu certo.
  • CÉLULA COMPETENTE DH5A 1
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04/07/2018

  • CÉLULA COMPETENTE DH5A 2
    • A DH5a inoculada no dia anterior cresceu bastante;
    • Preparou TSS buffer esterilizou com membrana de 0,2 nm;
    • Autoclavou os equipamentos para fazer
    • célula competente.
    • Inocular DH5a overnight para competente cell
  • LACASE TT 2
    • A Rosetta propagada overnight desde o dia anterior cresceu bem. Fez estoque para o professor Segato e para o time iGEM 2018.
    • Fez miniprep da Rosetta para pegar os plasmídeo (3 tubos com 30 ul cada).

05/07/2018

  • CÉLULA COMPETENTE DH5A 3
    • Inocular DH5a no Erlenmeyer e acompanhar OD até 0,2 a 0,5. Foi até 0,46
    • Fez as células competente congelando no nitrogênio líquido.

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