Difference between revisions of "Team:HZAU-China/InterLab"

 
(52 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 7: Line 7:
 
     <link href="bootstrap.min.css" rel="stylesheet">
 
     <link href="bootstrap.min.css" rel="stylesheet">
 
     <!-- 导航栏CSS -->
 
     <!-- 导航栏CSS -->
−
     <style type="text/css"
+
     <style type="text/css">
 
         #sideMenu,
 
         #sideMenu,
 
         #top_title,
 
         #top_title,
Line 700: Line 700:
 
         <!-- 正文 -->
 
         <!-- 正文 -->
 
         <div class="zhengwen">
 
         <div class="zhengwen">
−
             <p style="padding-top:25px;">The HZAU-China team also participated into the InterLab project as we did
+
             <p style="padding-top:25px;">The HZAU-China team also participated in the InterLab project as we did
−
                 in the past years.
+
                 in the past years. At
−
                At
+
                 first we read and analyzed the protocol provided by the headquarters carefully, then we checked out if
−
                 first we read and analyzed the protocol provided by the HQ carefully, than we checked out if we had
+
                we had
 
                 all the essential material and equipment. After everything was well prepared, we formally carried
 
                 all the essential material and equipment. After everything was well prepared, we formally carried
 
                 out the experiment.</p>
 
                 out the experiment.</p>
Line 715: Line 715:
 
                     are volume-fixed.</p>
 
                     are volume-fixed.</p>
 
                 <p>As the protocol instructed, we added 100μL LUDOX solution into wells A1, B1, C1, D1 while added
 
                 <p>As the protocol instructed, we added 100μL LUDOX solution into wells A1, B1, C1, D1 while added
−
                     100μL ddH2O into wells A2, B2, C2, D2. Then, we measured OD600 of the samples in the plate reader.
+
                     100μL ddH<sub>2</sub>O into wells A2, B2, C2, D2. Then, we measured OD600 of the samples in the
−
                     Data obtained are demonstrated in the sheet below:</p>
+
                    plate reader
 +
                     (Table 1).</p>
 +
                <p style="width: 100%; text-align: center !important;"><b>Table 1.</b> The result of OD600
 +
                    reference point measuring. </p>
 
                 <div style="width: 60%; margin: 30px auto">
 
                 <div style="width: 60%; margin: 30px auto">
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
−
                        <table class="table table-bordered table-hover">
+
                    <table class="table table-bordered table-hover">
−
                            <thead>
+
                        <thead>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <th></th>
+
                                <th></th>
−
                                    <th>LUDOX CL-X</th>
+
                                <th>LUDOX CL-X</th>
−
                                    <th>H<sub>2</sub>O</th>
+
                                <th>H<sub>2</sub>O</th>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                            </thead>
+
                        </thead>
−
                            <tbody>
+
                        <tbody>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 1</td>
+
                                <td>Replicate 1</td>
−
                                    <td class="success">0.057</td>
+
                                <td class="success">0.057</td>
−
                                    <td class="success">0.036</td>
+
                                <td class="success">0.036</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 2</td>
+
                                <td>Replicate 2</td>
−
                                    <td class="success">0.055</td>
+
                                <td class="success">0.055</td>
−
                                    <td class="success">0.039</td>
+
                                <td class="success">0.039</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 3</td>
+
                                <td>Replicate 3</td>
−
                                    <td class="success">0.056</td>
+
                                <td class="success">0.056</td>
−
                                    <td class="success">0.038</td>
+
                                <td class="success">0.038</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 4</td>
+
                                <td>Replicate 4</td>
−
                                    <td class="success">0.056</td>
+
                                <td class="success">0.056</td>
−
                                    <td class="success">0.039</td>
+
                                <td class="success">0.039</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Arith. Mean</td>
+
                                <td>Arith. Mean</td>
−
                                    <td class="warning">0.056</td>
+
                                <td class="warning">0.056</td>
−
                                    <td class="warning">0.038</td>
+
                                <td class="warning">0.038</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Corrected Abs600</td>
+
                                <td>Corrected Abs600</td>
−
                                    <td class="warning">0.018</td>
+
                                <td class="warning">0.018</td>
−
                                    <td></td>
+
                                <td></td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Reference OD600</td>
+
                                <td>Reference OD600</td>
−
                                    <td class="warning">0.063</td>
+
                                <td class="warning">0.063</td>
−
                                    <td></td>
+
                                <td></td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>OD600/Abs600</td>
+
                                <td>OD600/Abs600</td>
−
                                    <td class="warning">3.500</td>
+
                                <td class="warning">3.500</td>
−
                                    <td></td>
+
                                <td></td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                            </tbody>
+
                        </tbody>
−
                        </table>
+
                    </table>
 
                     <!-- </div> -->
 
                     <!-- </div> -->
 
                 </div>
 
                 </div>
 +
 
                 <p>The data showed that the OD600 reference point of our plate reader is 3.500.</p>
 
                 <p>The data showed that the OD600 reference point of our plate reader is 3.500.</p>
 
                 <div class="h2">Particle Standard Curve</div>
 
                 <div class="h2">Particle Standard Curve</div>
 
                 <p>The particle standard curve experiment aims to obtain the relationship curve between the ABS600 of
 
                 <p>The particle standard curve experiment aims to obtain the relationship curve between the ABS600 of
 
                     the solution and the concentration of bacteria. To achieve this goal, we need to find a kind of
 
                     the solution and the concentration of bacteria. To achieve this goal, we need to find a kind of
−
                     material which resembles bacteria very much. The HQ sent us with Silica Beads, a kind of little
+
                     material which resembles bacteria very much. The headquarters sent us with Silica Beads, a kind of
 +
                    little
 
                     particle which met our needs.</p>
 
                     particle which met our needs.</p>
 
                 <p>We made up a series of solution of different but continuous magnitude. To make the experiment more
 
                 <p>We made up a series of solution of different but continuous magnitude. To make the experiment more
−
                     precise, we also set up another three parallel groups. Figures obtained are shown below:</p>
+
                     precise, we also set up another three parallel groups (Figure 1).</p>
 
                 <div style="width: 60%; margin: 30px auto">
 
                 <div style="width: 60%; margin: 30px auto">
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/38/T--HZAU-China--interlab01.png" width=100% alt="">
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/38/T--HZAU-China--interlab01.png" width=100% alt="">
Line 785: Line 790:
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/87/T--HZAU-China--interlab02.png" width=100% alt="">
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/87/T--HZAU-China--interlab02.png" width=100% alt="">
 
                 </div>
 
                 </div>
−
 
+
                <p style="width: 100%; text-align: center !important;"><b>Figure 1.</b> The result of Particle Standard Curve.</p>
 
                 <div class="h2">Fluorescence Standard Curve</div>
 
                 <div class="h2">Fluorescence Standard Curve</div>
 +
 
                 <p>The fluorescence standard curve experiment targets to obtain the relationship curve between the
 
                 <p>The fluorescence standard curve experiment targets to obtain the relationship curve between the
 
                     strength of fluorescence and the concentration of fluorescein which has similar excitation and
 
                     strength of fluorescence and the concentration of fluorescein which has similar excitation and
−
                     emission properties to GFP. The HQ explained why we didn’t use</p>
+
                     emission properties to GFP. </p>
−
                 <p>e prepared a series of fluorescein solution of different but continuous magnitude. As every
+
                 <p>We prepared a series of fluorescein solution of different but continuous magnitude. As every
 
                     experiment required, we also set up 4 parallel groups. Then we measured the strength of the
 
                     experiment required, we also set up 4 parallel groups. Then we measured the strength of the
−
                     fluorescence of each sample. Graphs obtained are shown below:</p>
+
                     fluorescence of each sample (Figure 2).</p>
 
                 <div style="width: 60%; margin: 30px auto">
 
                 <div style="width: 60%; margin: 30px auto">
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/d/dd/T--HZAU-China--interlab03.png" width=100% alt="">
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/d/dd/T--HZAU-China--interlab03.png" width=100% alt="">
Line 798: Line 804:
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/82/T--HZAU-China--interlab04.png" width=100% alt="">
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/82/T--HZAU-China--interlab04.png" width=100% alt="">
 
                 </div>
 
                 </div>
 +
                <p style="width: 100%; text-align: center !important;"><b>Figure 2.</b> The result of Fluorescence Standard Curve.</p>
 
             </div>
 
             </div>
 
             <div id="float02">
 
             <div id="float02">
 
                 <div class="h1">Cell Measurement</div>
 
                 <div class="h1">Cell Measurement</div>
−
                 <p>Cell measurement was the most complicated experiment we’ve ever countered in the whole InterLab. It
+
                 <p>Cell measurement was the most complicated experiment we've ever countered in the whole InterLab. It
−
                     nearly took us a whole week to complete and diagnose the data. Any steps of the experiment were so
+
                     nearly took us a whole week to complete and diagnose the data. Each step of the experiment was so
−
                     crucial that they could impact the result to a detectable extent.
+
                     crucial that it could impact the result to a detectable extent.
 
                 </p>
 
                 </p>
−
                 <p> We made a lot of mistakes during the experiment, such as forgetting to mix up the solution,
+
                 <p>
−
                    forgetting to measure ABS600 of the samples. We also unexpectedly came into a mutation happened on
+
−
                    Device 4, which made the data of the two parallel groups vary significantly from each other.
+
 
                 </p>
 
                 </p>
−
                 <p>owever, we fixed up all the mistakes and completed the experiment satisfactorily. Data achieved are
+
                 <p>However, we fixed up all the mistakes and completed the experiment satisfactorily (Table 2).</p>
−
                    shown below:</p>
+
                <p style="width: 100%; text-align: center !important;"><b>Table 2.</b> Our raw data of cell measurement.</p>
 
                 <div style="width: 80%; margin: 30px auto">
 
                 <div style="width: 80%; margin: 30px auto">
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/8e/T--HZAU-China--interlab05.png" width=100% alt="">
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/8e/T--HZAU-China--interlab05.png" width=100% alt="">
Line 816: Line 821:
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--HZAU-China--interlab06.png" width=100% alt="">
 
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--HZAU-China--interlab06.png" width=100% alt="">
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                 <p>We have to point out that we directly measured the data at 0 hour without putting the sample on ice
+
 
−
                    for 6 hours. We couldn’t understand why the protocol required us put the sample at 0 hour on the
+
                 <p>After repeated experiments we chose the best data and upload them to headquarters.</p>
−
                    ice but not to measure it immediately. The protocol asked us to dilute the sample to ABS600 = 0.02.
+
−
                    However, it also asked us to put the sample on ice for 6 hours. Even if you put it on ice, the
+
−
                    bacteria would grow up a little definitely.</p>
+
 
                 <div class="h2">Colony Forming Units per 0.1 OD600 E. coli cultures</div>
 
                 <div class="h2">Colony Forming Units per 0.1 OD600 E. coli cultures</div>
 
                 <p>The CFU experiment is another challenging mission for its large amount of work and complicated
 
                 <p>The CFU experiment is another challenging mission for its large amount of work and complicated
Line 826: Line 828:
 
                 </p>
 
                 </p>
 
                 <p> We diluted the bacteria solution to OD600 = 0.1, then made up a sort of magnitude as the protocol
 
                 <p> We diluted the bacteria solution to OD600 = 0.1, then made up a sort of magnitude as the protocol
−
                     required. But we still came into some problems, including forgetting to cool the spreader and
+
                     required.
−
                    scalding the bacterial to death, forgetting to read the questionnaire on HQ’s website to check out
+
−
                    all the data required before disposal the plates.
+
 
                 </p>
 
                 </p>
−
                 <p> After reconducting the experiment for three times, we successfully achieved the data required by HQ
+
                 <p> After reconducting the experiment for three times, we successfully achieved the data required by
−
                     and finished the InterLab satisfactorily. The CFU data are demonstrated below:
+
                    headquarters
 +
                     and finished the InterLab satisfactorily (Table 3).
 
                 </p>
 
                 </p>
 +
                <p style="width: 100%; text-align: center !important;"><b>Table 3.</b> Our raw data of cell measurement.</p>
 
                 <div style="width: 60%; margin: 30px auto">
 
                 <div style="width: 60%; margin: 30px auto">
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
−
                        <table class="table table-bordered table-hover">
+
                    <table class="table table-bordered table-hover">
−
                            <thead>
+
                        <thead>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <th></th>
+
                                <th></th>
−
                                    <th>Replicate 1</th>
+
                                <th>Replicate 1</th>
−
                                    <th>Replicate 2</th>
+
                                <th>Replicate 2</th>
−
                                    <th>Replicate 3</th>
+
                                <th>Replicate 3</th>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                            </thead>
+
                        </thead>
−
                            <tbody>
+
                        <tbody>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Positive 1</td>
+
                                <td>Positive 1</td>
−
                                    <td>0.084</td>
+
                                <td>0.084</td>
−
                                    <td>0.0945</td>
+
                                <td>0.0945</td>
−
                                    <td>0.0875</td>
+
                                <td>0.0875</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Positive 2</td>
+
                                <td>Positive 2</td>
−
                                    <td>0.098</td>
+
                                <td>0.098</td>
−
                                    <td>0.084</td>
+
                                <td>0.084</td>
−
                                    <td>0.0875</td>
+
                                <td>0.0875</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Negative 1</td>
+
                                <td>Negative 1</td>
−
                                    <td>0.0945</td>
+
                                <td>0.0945</td>
−
                                    <td>0.084</td>
+
                                <td>0.084</td>
−
                                    <td>0.0875</td>
+
                                <td>0.0875</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Negative 2</td>
+
                                <td>Negative 2</td>
−
                                    <td>0.1015</td>
+
                                <td>0.1015</td>
−
                                    <td>0.098</td>
+
                                <td>0.098</td>
−
                                    <td>0.1015</td>
+
                                <td>0.1015</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                            </tbody>
+
                        </tbody>
−
                        </table>
+
                    </table>
 
                     <!-- </div> -->
 
                     <!-- </div> -->
  
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
−
                        <table class="table table-bordered table-hover">
+
                    <table class="table table-bordered table-hover">
−
                            <caption class="text-center">Positive 1</caption>
+
                        <caption class="text-center">Positive 1</caption>
−
                            <tbody>
+
                        <tbody>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 1</td>
+
                                <td>Replicate 1</td>
−
                                    <td>TMTC</td>
+
                                <td><sup>a</sup>TMTC</td>
−
                                    <td>11</td>
+
                                <td>11</td>
−
                                    <td>1</td>
+
                                <td>1</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 2</td>
+
                                <td>Replicate 2</td>
−
                                    <td>206</td>
+
                                <td>206</td>
−
                                    <td>18</td>
+
                                <td>18</td>
−
                                    <td>6</td>
+
                                <td>6</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 3</td>
+
                                <td>Replicate 3</td>
−
                                    <td>174</td>
+
                                <td>174</td>
−
                                    <td>17</td>
+
                                <td>17</td>
−
                                    <td>2</td>
+
                                <td>2</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                            </tbody>
+
                        </tbody>
−
                        </table>
+
                    </table>
 
                     <!-- </div> -->
 
                     <!-- </div> -->
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
−
                        <table class="table table-bordered table-hover">
+
                    <table class="table table-bordered table-hover">
−
                            <caption class="text-center">Positive 2</caption>
+
                        <caption class="text-center">Positive 2</caption>
−
                            <tbody>
+
                        <tbody>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 1</td>
+
                                <td>Replicate 1</td>
−
                                    <td>TMTC</td>
+
                                <td>TMTC</td>
−
                                    <td>9</td>
+
                                <td>9</td>
−
                                    <td>4</td>
+
                                <td>4</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 2</td>
+
                                <td>Replicate 2</td>
−
                                    <td>228</td>
+
                                <td>228</td>
−
                                    <td>25</td>
+
                                <td>25</td>
−
                                    <td>8</td>
+
                                <td>8</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 3</td>
+
                                <td>Replicate 3</td>
−
                                    <td>278</td>
+
                                <td>278</td>
−
                                    <td>2</td>
+
                                <td>2</td>
−
                                    <td>0</td>
+
                                <td>0</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                            </tbody>
+
                        </tbody>
−
                        </table>
+
                    </table>
 
                     <!-- </div> -->
 
                     <!-- </div> -->
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
−
                        <table class="table table-bordered table-hover">
+
                    <table class="table table-bordered table-hover">
−
                            <caption class="text-center">Negative 1</caption>
+
                        <caption class="text-center">Negative 1</caption>
−
                            <tbody>
+
                        <tbody>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 1</td>
+
                                <td>Replicate 1</td>
−
                                    <td>TMTC</td>
+
                                <td>TMTC</td>
−
                                    <td>23</td>
+
                                <td>23</td>
−
                                    <td>1</td>
+
                                <td>1</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 2</td>
+
                                <td>Replicate 2</td>
−
                                    <td>370</td>
+
                                <td>370</td>
−
                                    <td>28</td>
+
                                <td>28</td>
−
                                    <td>10</td>
+
                                <td>10</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 3</td>
+
                                <td>Replicate 3</td>
−
                                    <td>TMTC</td>
+
                                <td>TMTC</td>
−
                                    <td>11</td>
+
                                <td>11</td>
−
                                    <td>1</td>
+
                                <td>1</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                            </tbody>
+
                        </tbody>
−
                        </table>
+
                    </table>
 
                     <!-- </div> -->
 
                     <!-- </div> -->
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
 
                     <!-- <div class="table-responsive"> -->
−
                        <table class="table table-bordered table-hover">
+
                    <table class="table table-bordered table-hover">
−
                            <caption class="text-center">Negative 2</caption>
+
                        <caption class="text-center">Negative 2</caption>
−
                            <tbody>
+
                        <tbody>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 1</td>
+
                                <td>Replicate 1</td>
−
                                    <td>TMTC</td>
+
                                <td>TMTC</td>
−
                                    <td>89</td>
+
                                <td>89</td>
−
                                    <td>1</td>
+
                                <td>1</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 2</td>
+
                                <td>Replicate 2</td>
−
                                    <td>TMTC</td>
+
                                <td>TMTC</td>
−
                                    <td>16</td>
+
                                <td>16</td>
−
                                    <td>0</td>
+
                                <td>0</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                                <tr>
+
                            <tr>
−
                                    <td>Replicate 3</td>
+
                                <td>Replicate 3</td>
−
                                    <td>TMTC</td>
+
                                <td>TMTC</td>
−
                                    <td>48</td>
+
                                <td>48</td>
−
                                    <td>4</td>
+
                                <td>4</td>
−
                                </tr>
+
                            </tr>
−
                            </tbody>
+
                        </tbody>
−
                        </table>
+
                    </table>
 
                     <!-- </div> -->
 
                     <!-- </div> -->
 
                 </div>
 
                 </div>
 +
                <p><sup>a</sup>TMTC in our forms means the colony forming units in this plate is too much to
 +
                    count (over 300).</p>
 
             </div>
 
             </div>
 
             <div id="float03">
 
             <div id="float03">
 
                 <div class="h1">Summary</div>
 
                 <div class="h1">Summary</div>
−
                 <p>We completed the work on punctual with satisfaction from Measurement Committee, which delighted us
+
                 <p>With this, we are delighted to announce that we completed the work on punctual with satisfaction
−
                    very much.
+
                    from Measurement Committee.
 
                 </p>
 
                 </p>
 
                 <p style="padding-bottom:25px;"> The only suggestion we want to submit is that, in the Cell Measurement
 
                 <p style="padding-bottom:25px;"> The only suggestion we want to submit is that, in the Cell Measurement

Latest revision as of 20:59, 17 October 2018

The HZAU-China team also participated in the InterLab project as we did in the past years. At first we read and analyzed the protocol provided by the headquarters carefully, then we checked out if we had all the essential material and equipment. After everything was well prepared, we formally carried out the experiment.

Calibration
OD600 Reference Point

To obtain the OD600 reference point of a particular plate reader is rather necessary since we can only obtain ABS from a plate reader which is different from OD gained from a spectrophotometer. The ABS data obtained from a plate reader is volume-dependent while the sample of a spectrophotometer are volume-fixed.

As the protocol instructed, we added 100μL LUDOX solution into wells A1, B1, C1, D1 while added 100μL ddH2O into wells A2, B2, C2, D2. Then, we measured OD600 of the samples in the plate reader (Table 1).

Table 1. The result of OD600 reference point measuring.

LUDOX CL-X H2O
Replicate 1 0.057 0.036
Replicate 2 0.055 0.039
Replicate 3 0.056 0.038
Replicate 4 0.056 0.039
Arith. Mean 0.056 0.038
Corrected Abs600 0.018
Reference OD600 0.063
OD600/Abs600 3.500

The data showed that the OD600 reference point of our plate reader is 3.500.

Particle Standard Curve

The particle standard curve experiment aims to obtain the relationship curve between the ABS600 of the solution and the concentration of bacteria. To achieve this goal, we need to find a kind of material which resembles bacteria very much. The headquarters sent us with Silica Beads, a kind of little particle which met our needs.

We made up a series of solution of different but continuous magnitude. To make the experiment more precise, we also set up another three parallel groups (Figure 1).

Figure 1. The result of Particle Standard Curve.

Fluorescence Standard Curve

The fluorescence standard curve experiment targets to obtain the relationship curve between the strength of fluorescence and the concentration of fluorescein which has similar excitation and emission properties to GFP.

We prepared a series of fluorescein solution of different but continuous magnitude. As every experiment required, we also set up 4 parallel groups. Then we measured the strength of the fluorescence of each sample (Figure 2).

Figure 2. The result of Fluorescence Standard Curve.

Cell Measurement

Cell measurement was the most complicated experiment we've ever countered in the whole InterLab. It nearly took us a whole week to complete and diagnose the data. Each step of the experiment was so crucial that it could impact the result to a detectable extent.

However, we fixed up all the mistakes and completed the experiment satisfactorily (Table 2).

Table 2. Our raw data of cell measurement.

After repeated experiments we chose the best data and upload them to headquarters.

Colony Forming Units per 0.1 OD600 E. coli cultures

The CFU experiment is another challenging mission for its large amount of work and complicated operations.

We diluted the bacteria solution to OD600 = 0.1, then made up a sort of magnitude as the protocol required.

After reconducting the experiment for three times, we successfully achieved the data required by headquarters and finished the InterLab satisfactorily (Table 3).

Table 3. Our raw data of cell measurement.

Replicate 1 Replicate 2 Replicate 3
Positive 1 0.084 0.0945 0.0875
Positive 2 0.098 0.084 0.0875
Negative 1 0.0945 0.084 0.0875
Negative 2 0.1015 0.098 0.1015
Positive 1
Replicate 1 aTMTC 11 1
Replicate 2 206 18 6
Replicate 3 174 17 2
Positive 2
Replicate 1 TMTC 9 4
Replicate 2 228 25 8
Replicate 3 278 2 0
Negative 1
Replicate 1 TMTC 23 1
Replicate 2 370 28 10
Replicate 3 TMTC 11 1
Negative 2
Replicate 1 TMTC 89 1
Replicate 2 TMTC 16 0
Replicate 3 TMTC 48 4

aTMTC in our forms means the colony forming units in this plate is too much to count (over 300).

Summary

With this, we are delighted to announce that we completed the work on punctual with satisfaction from Measurement Committee.

The only suggestion we want to submit is that, in the Cell Measurement Experiment, we don’t think it’s correct to put the sample at 0 hour on ice. Because even if you put it on ice, the bacteria will also definitely grow, which results in high systematical error in the experiment.

Experiments Improve
InterLab

Calibration

Cell Measurement

Summary

Back to Top
Notebook