Difference between revisions of "Team:TecCEM/Experiments"

 
(34 intermediate revisions by 3 users not shown)
Line 1: Line 1:
 
{{TecCEM}}
 
{{TecCEM}}
 
<html>
 
<html>
 +
<style>
 +
    .wrapper .sidebar-index {
 +
            overflow: auto;
 +
        }
 +
    </style>
 
<div id="gif-title" class="text-project">
 
<div id="gif-title" class="text-project">
−
     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/aa/T--TecCEM--Cells.gif" alt="Cell Gif">
+
     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/41/T--TecCEM--Cells--Experiments.gif" alt="Cell Gif">
 
     <h1>Experiments</h1>
 
     <h1>Experiments</h1>
 
</div>
 
</div>
Line 10: Line 15:
 
             <h3>Project/ Experiments</h3>
 
             <h3>Project/ Experiments</h3>
 
         </div>
 
         </div>
−
         <a href="#experimentsSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-offset="100" data-change="sidemenu">
+
         <a href="#experimentsSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 
             <span data-change="el" class="d-inline-block open"></span>
 
             <span data-change="el" class="d-inline-block open"></span>
 
             Index
 
             Index
Line 16: Line 21:
 
         <ul class="collapse list-unstyled" id="experimentsSubmenu">
 
         <ul class="collapse list-unstyled" id="experimentsSubmenu">
 
             <li class="active">
 
             <li class="active">
−
                 <a data-target="#description">Description</a>
+
                 <a>Description</a>
 
             </li>
 
             </li>
 +
 
             <li>
 
             <li>
−
                 <a href="#protocolsSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-offset="100" data-change="sidemenu">
+
                 <a href="#proteinSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
−
                     <span class="d-inline-block open" data-change="el"></span>
+
                     <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
−
                     Protocols
+
                     Protein
 
                 </a>
 
                 </a>
−
                 <ul class="collapse list-unstyled" id="protocolsSubmenu">
+
                 <ul class="collapse list-unstyled" id="proteinSubmenu">
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a href="#chitosanSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-offset="100"
+
                         <a href="#chitosan" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
−
                            data-change="sidemenu">
+
 
                             <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 
                             <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
−
                             Chitosan nanoparticles
+
                             Chitosan
 
                         </a>
 
                         </a>
−
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="chitosanSubmenu">
+
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="chitosan">
−
                             <li class="active">
+
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                                 <a>Protein encapsulation protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
−
                             <li class="active">
+
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation-efficiency">Protein encapsulation efficiency protocol</a>
+
                                 <a>Protein encapsulation efficiency
 +
                                    protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
−
                             <li class="active">
+
                             <li>
−
                                 <a data-target="#liberation-and-stability">Protein liberation and stability protocol</a>
+
                                <a>Protein liberation and stability
 +
                                    protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#polyacrimlamide-gel" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Polyacrilamide gel
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="polyacrimlamide-gel">
 +
                            <li>
 +
                                 <a>AB Polyacrilamide gel</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Standard polyacrylamide gel</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#productpurification" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Production/purification
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="productpurification">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Criofracture</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Fluorescent protein production</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protein production/purification
 +
                                    protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#proteicquantification" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Proteic quantification
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="proteicquantification">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Bradford</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Lowry</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Pierce BCA</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                </ul>
 +
            </li>
 +
            <li>
 +
                <a href="#cellSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                    <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                    Cell
 +
                </a>
 +
                <ul class="collapse list-unstyled" id="cellSubmenu">
 +
                    <li>
 +
                        <a>In vitro burn essay protocol</a>
 +
                    </li>
 +
                </ul>
 +
            </li>
 +
            <li>
 +
                <a href="#reactantsSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                    <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                    Reactants
 +
                </a>
 +
                <ul class="collapse list-unstyled" id="reactantsSubmenu">
 +
                    <li>
 +
                        <a>Protocol for the creation of lysis buffer P</a>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a>Protocol for the creation of polyacrylamide gel</a>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a>Protocol for the creation of thermal lysis buffer</a>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a>Protocol to make polyacrylamide AB</a>
 +
                    </li>
 +
                </ul>
 +
            </li>
 +
            <li>
 +
                <a href="#nucleicSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                    <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                    Nucleic Acids
 +
                </a>
 +
                <ul class="collapse list-unstyled" id="nucleicSubmenu">
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#celltransformation" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Cell Transformation
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="celltransformation">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Chemocompetent cells transformation protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for chemocompetent cells</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Thermal Shock cell transformation protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#enzymerestriction" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Enzyme restriction
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="enzymerestriction">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for enzyme digestion/alkaline phosphatase treatment
 +
                                    of iGEM plasmids and ligation</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for enzyme ligation of iGEM parts</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for enzyme restriction of IDT parts and iGEM plasmid</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#pcr" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            PCR
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="pcr">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for Colony PCR</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for PCR using VR and VF2 primers</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#plasmidextraction" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Plasmid extraction
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="plasmidextraction">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Agarose Band purification (GenElute - Sigma)</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Alkaline plasmid purification protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>MiniPrep Sigma extraction protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
Line 50: Line 211:
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col">
 
                 <div class="col">
−
                     <p>This is our experiment section. Here we compile important protocols for the development of TecTissue, ranging from our bacterial transformation procedures to our cell proliferation assays.  
+
                     <p>This is our experiment section. Here we compile important protocols for the development of
−
We also address cell culture maintenance and protein loaded chitosan nanoparticles.  
+
                        TecTissue, ranging from our bacterial transformation procedures to our cell proliferation
−
Here you may find the protocol for our growth factor delivery to damaged cells and how much harm can be inflicted in vitro.
+
                        assays.
 +
                        We also address cell culture maintenance and protein loaded chitosan nanoparticles.
 +
                        Here you may find the protocol for our growth factor delivery to damaged cells and how much
 +
                        harm can be inflicted in vitro.
 
                     </p>
 
                     </p>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 58: Line 222:
 
         </div>
 
         </div>
 
         <div class="container mt-3">
 
         <div class="container mt-3">
 +
            <h1>Protein</h1>
 +
            <h2>Chitosan nanoparticles</h2>
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col">
 
                 <div class="col">
−
                     <h1>Protocols</h1>
+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#encapsulation" role="button"
−
                     <h2>Chitosan nanoparticles</h2>
+
                        aria-expanded="false" aria-controls="encapsulation">
−
                     <h3 id="encapsulation">Protein encapsulation protocol</h3>
+
                        <h3>Protein encapsulation protocol</h3>
−
                     <p>
+
                     </a>
−
                         <b>Reactants</b>&nbsp;
+
                    <div class="collapse" id="encapsulation">
−
<ul>
+
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/02/T--TecCEM--Experiments-Proteins2.pdf"
−
<li>Chitosan low molecular weight from Sigma-Aldrich</li>  
+
                            width="100%" height="900px">
−
<li>TPP from Sigma-Aldrich</li>
+
                        </object>
−
<li>NaOH 1M</li>
+
                     </div>
−
<li>Acetic acid 1M</li>
+
                </div>
−
<li>Distilled water</li>
+
            </div>
−
<li>Protein of interest (10 mg/mL)</li>
+
            <div class="row">
−
</ul>
+
                <div class="col">
−
 
+
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#encapsulation-efficiency" role="button"
−
<p>&nbsp;&nbsp;</p>
+
                        aria-expanded="false" aria-controls="encapsulation-efficiency">
−
<b>Procedure</b>
+
                        <h3>Protein encapsulation efficiency protocol</h3>
−
<p></p>
+
                     </a>
−
<i>Stock solutions</i><p>&nbsp;</p>
+
                    <div class="collapse" id="encapsulation-efficiency">
−
<ol>
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/62/T--TecCEM--Experiments-Proteins1.pdf"
−
<li>In a 15 mL Falcon tube add 30 mg of chitosan and 10 mL of distilled water (to get a solution with a concentration of 3 mg/mL).</li>
+
                            width="100%" height="900px">
−
<li>Add 10 microliters of acetic acid for each mL of chitosan solution to solubilize the chitosan.
+
                        </object>
−
To adjust the pH acetic acid and NaOH should be used.</li>
+
                    </div>
−
NOTE: the pH should be adjusted depending on your protein of interest, taking into account the isoelectric point, always maintaining the chitosan solution positively charged (pH<6.5) and the protein of interest negatively charged (preferred).
+
                </div>
−
<li>In another 15 mL falcon tube add 10 mg of TPP and 10 mL of distilled water (to get a concentration of 1 mg/mL).</li>
+
            </div>
−
</ol>
+
            <div class="row">
−
<p>&nbsp;</p>
+
                <div class="col">
−
<i>Nanoparticle preparation</i><p></p>
+
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#liberation-and-stability" role="button"
−
<ol>
+
                        aria-expanded="false" aria-controls="liberation-and-stability">
−
<li>In a 20 mL beaker add 1 mL of chitosan solution and 100 uL of your protein, stir the mix at 1100 rpm with a magnetic stirrer (the size of nanoparticles is affected by rpm value; for smaller nanoparticles use higher rpm).</li>
+
                        <h3>Protein liberation and stability protocol</h3>
−
<li>Take 1 mL of the TPP solution and add it to the mix dropwise.</li>
+
                    </a>
−
<li>Continue stirring for 1 hour.</li>
+
                    <div class="collapse" id="liberation-and-stability">
−
</ol>
+
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/23/T--TecCEM--Experiments-Proteins3.pdf"
−
<p>&nbsp;</p>
+
                            width="100%" height="900px">
−
 
+
                        </object>
−
<i>Particle collection</i>&nbsp; <p></p>  
+
                    </div>
−
<ol>
+
                </div>
−
<li>Transfer the mix to 2 1.5 mL Eppendorf tubes.</li>
+
            </div>
−
NOTE: If nanoparticles are to be extracted centrifuge the tubes at 20,000 rpm for 30 minutes at 4°C.
+
            <h2>Polyacrylamide gel</h2>
−
<li>Eliminate the supernatant.</li>
+
            <div class="row">
−
<li>The pellet will contain your protein of interest.</li>
+
                <div class="col">
−
<li>If nanoparticles are to be used for liberation measurements or suspended in a controlled pH solution, resuspend well and store at 4 °C.</li></ol>
+
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#abpolyacrilamidegel" role="button"
−
<p>&nbsp;</p>
+
                        aria-expanded="false" aria-controls="abpolyacrilamidegel">
−
 
+
                        <h3>AB Polyacrilamide gel</h3>
−
<i>TEM preparation</i><p>&nbsp;</p>
+
                    </a>
−
 
+
                    <div class="collapse" id="abpolyacrilamidegel">
−
<i>To visualize chitosan nanoparticles some previous preparation steps must be carried out (this preparation protocol may vary).</i>
+
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/5/5d/T--TecCEM--Experiments-Proteins4.pdf"
−
 
+
                            width="100%" height="900px">
−
<ol>
+
                        </object>
−
<li>A film of Formvar has to be previously prepared and used to coat a glass slide for the  creation of an 80-120 μm thick membrane.</li>
+
                    </div>
−
<li>Place a copper grid on the Formvar membrane for it to be absorbed and later removed with a needle.</li>
+
                </div>
−
<li>Add 20 μL of your solution of interest into the grid and let it be absorbed. Add a solution of 1% (w/v) phosphotungstic acid until the sample dries.</li>
+
            </div>
−
<li>View in a transmission electron microscope.</li>
+
            <div class="row">
−
<p>&nbsp;</p>  
+
                <div class="col">
−
NOTE: Samples were observed at 150,000x.  
+
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#stdpolyacrilamidegeel" role="button"
−
 
+
                        aria-expanded="false" aria-controls="stdpolyacrilamidegeel">
−
                     </p>
+
                        <h3>Standard polyacrylamide gel</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="stdpolyacrilamidegeel">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/2c/T--TecCEM--Experiments-Proteins5.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>Production/purification</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#criofracture" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="criofracture">
 +
                        <h3>Criofracture</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="criofracture">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/79/T--TecCEM--Experiments-Proteins6.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#fluorescentproteinproduction" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="fluorescentproteinproduction">
 +
                        <h3>Fluorescent protein production</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="fluorescentproteinproduction">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/74/T--TecCEM--Experiments-Proteins7.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#proteinproductionpurificationprotocol"
 +
                        role="button" aria-expanded="false" aria-controls="proteinproductionpurificationprotocol">
 +
                        <h3>Protein production/purification
 +
                            protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="proteinproductionpurificationprotocol">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e9/T--TecCEM--Experiments-Proteins8.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>Proteic quantification</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#bradford" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="bradford">
 +
                        <h3>Bradford</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="bradford">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/f9/T--TecCEM--Experiments-Proteins9.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#lowry" role="button" aria-expanded="false"
 +
                        aria-controls="lowry">
 +
                        <h3>Lowry</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="lowry">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/90/T--TecCEM--Experiments-Proteins10.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#piercebca" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="piercebca">
 +
                        <h3>Pierce BCA</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="piercebca">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/af/T--TecCEM--Experiments-Proteins11.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <div class="container mt-3">
 +
            <h1>Cells</h1>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#cellessay" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="cellessay">
 +
                        <h3>In vitro burn essay protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="cellessay">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/66/T--TecCEM--Experiments-Cells.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <div class="container mt-3">
 +
            <h1>Reactants</h1>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationlysisbbuffer" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationlysisbbuffer">
 +
                        <h3>Protocol for the creation of lysis buffer P</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationlysisbbuffer">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e9/T--TecCEM--Experiments-Reactants1.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationpolyacrylamidegel" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamidegel">
 +
                        <h3>Protocol for the creation of polyacrylamide gel</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationpolyacrylamidegel">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c1/T--TecCEM--Experiments-Reactants2.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationthemlysisbuffer" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationthemlysisbuffer">
 +
                        <h3>Protocol for the creation of thermal lysis buffer</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationthemlysisbuffer">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/21/T--TecCEM--Experiments-Reactants3.pdf"
 +
                            width="
 +
                            100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationpolyacrylamideab" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamideab">
 +
                        <h3>Protocol to make polyacrylamide AB</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationpolyacrylamideab">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/19/T--TecCEM--Experiments-Reactants4.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <div class="container mt-3">
 +
            <h1>Nucleic acids</h1>
 +
            <h2>Cell transformation</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#chemocompetentcells" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="chemocompetentcells">
 +
                        <h3>Chemocompetent cells transformation protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="chemocompetentcells">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/fe/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids1.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#pcc" role="button" aria-expanded="false"
 +
                        aria-controls="pcc">
 +
                        <h3>Protocol for chemocompetent cells</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="pcc">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/77/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids2.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#tsc" role="button" aria-expanded="false"
 +
                        aria-controls="tsc">
 +
                        <h3>Thermal Shock cell transformation protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="tsc">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/5/58/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids3.pdf"
 +
                            width="
 +
                            100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>Enzyme restriction</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#ligacion" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="ligacion">
 +
                        <h3>Protocol for enzyme digestion/alkaline phosphatase treatment of iGEM plasmids and ligation</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="ligacion">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/39/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids4.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#enzymelig" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="enzymelig">
 +
                        <h3>Protocol for enzyme ligation of iGEM parts</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="enzymelig">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/bd/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids5.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#enzres" role="button" aria-expanded="false"
 +
                        aria-controls="enzres">
 +
                        <h3>Protocol for enzyme restriction of IDT parts and iGEM plasmid</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="enzres">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/84/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids6.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>PCR</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#protocolforcolonypcr" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="protocolforcolonypcr">
 +
                        <h3>Protocol for Colony PCR</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="protocolforcolonypcr">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/eb/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids7.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#protocolforpcrvrvf2primers" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="protocolforpcrvrvf2primers">
 +
                        <h3>Protocol for PCR using VR and VF2 primers</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="protocolforpcrvrvf2primers">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3c/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids8.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>Plasmid extraction</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#agarosebandpurification" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="agarosebandpurification">
 +
                        <h3>Agarose Band purification (GenElute - Sigma)</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="agarosebandpurification">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/44/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids9.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#alkalineplasmidpurification" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="alkalineplasmidpurification">
 +
                        <h3>Alkaline plasmid purification protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="alkalineplasmidpurification">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e4/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids10.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#miniprepsigma" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="miniprepsigma">
 +
                        <h3>MiniPrep Sigma extraction protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="miniprepsigma">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/17/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids11.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>

Latest revision as of 23:43, 17 October 2018

Cell Gif

Experiments

This is our experiment section. Here we compile important protocols for the development of TecTissue, ranging from our bacterial transformation procedures to our cell proliferation assays. We also address cell culture maintenance and protein loaded chitosan nanoparticles. Here you may find the protocol for our growth factor delivery to damaged cells and how much harm can be inflicted in vitro.

Protein

Chitosan nanoparticles

Polyacrylamide gel

Production/purification

Proteic quantification

Cells

Reactants

Nucleic acids

Cell transformation

Enzyme restriction

PCR

Plasmid extraction