Difference between revisions of "Team:TecCEM/Experiments"

 
(17 intermediate revisions by 2 users not shown)
Line 1: Line 1:
 
{{TecCEM}}
 
{{TecCEM}}
 
<html>
 
<html>
 +
<style>
 +
    .wrapper .sidebar-index {
 +
            overflow: auto;
 +
        }
 +
    </style>
 
<div id="gif-title" class="text-project">
 
<div id="gif-title" class="text-project">
−
     <img src="http://2018.igi.org/wiki/images/a/aa/T--TecCi--Cells.gif" alt="Cell Gif">
+
     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/41/T--TecCEM--Cells--Experiments.gif" alt="Cell Gif">
 
     <h1>Experiments</h1>
 
     <h1>Experiments</h1>
 
</div>
 
</div>
Line 10: Line 15:
 
             <h3>Project/ Experiments</h3>
 
             <h3>Project/ Experiments</h3>
 
         </div>
 
         </div>
−
         <a href="#experimentsSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-offset="100" data-change="sidienu">
+
         <a href="#experimentsSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 
             <span data-change="el" class="d-inline-block open"></span>
 
             <span data-change="el" class="d-inline-block open"></span>
 
             Index
 
             Index
Line 16: Line 21:
 
         <ul class="collapse list-unstyled" id="experimentsSubmenu">
 
         <ul class="collapse list-unstyled" id="experimentsSubmenu">
 
             <li class="active">
 
             <li class="active">
−
                 <a data-target="#description">Description</a>
+
                 <a>Description</a>
 
             </li>
 
             </li>
 +
 
             <li>
 
             <li>
−
                 <a href="#chitosanSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-offset="100" data-change="sidienu">
+
                 <a href="#proteinSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 
                     <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 
                     <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
−
                     Chitosan nanoparticles
+
                     Protein
 
                 </a>
 
                 </a>
−
                 <ul class="collapse list-unstyled" id="chitosanSubmenu">
+
                 <ul class="collapse list-unstyled" id="proteinSubmenu">
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                         <a href="#chitosan" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Chitosan
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="chitosan">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protein encapsulation protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protein encapsulation efficiency
 +
                                    protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protein liberation and stability
 +
                                    protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a data-target="#encapsulation-efficiency">Protein encapsulation efficiency protocol</a>
+
                         <a href="#polyacrimlamide-gel" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Polyacrilamide gel
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="polyacrimlamide-gel">
 +
                            <li>
 +
                                <a>AB Polyacrilamide gel</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Standard polyacrylamide gel</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a data-target="#liberation-and-stability">Protein liberation and stability protocol</a>
+
                         <a href="#productpurification" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Production/purification
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="productpurification">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Criofracture</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Fluorescent protein production</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protein production/purification
 +
                                    protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#proteicquantification" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Proteic quantification
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="proteicquantification">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Bradford</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Lowry</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Pierce BCA</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                </ul>
 +
            </li>
 +
            <li>
 +
                <a href="#cellSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                    <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                    Cell
 +
                </a>
 +
                <ul class="collapse list-unstyled" id="cellSubmenu">
 +
                    <li>
 +
                        <a>In vitro burn essay protocol</a>
 +
                    </li>
 +
                </ul>
 +
            </li>
 +
            <li>
 +
                <a href="#reactantsSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                    <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                    Reactants
 +
                </a>
 +
                <ul class="collapse list-unstyled" id="reactantsSubmenu">
 +
                    <li>
 +
                        <a>Protocol for the creation of lysis buffer P</a>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a>Protocol for the creation of polyacrylamide gel</a>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a>Protocol for the creation of thermal lysis buffer</a>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a>Protocol to make polyacrylamide AB</a>
 +
                    </li>
 +
                </ul>
 +
            </li>
 +
            <li>
 +
                <a href="#nucleicSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                    <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                    Nucleic Acids
 +
                </a>
 +
                <ul class="collapse list-unstyled" id="nucleicSubmenu">
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#celltransformation" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Cell Transformation
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="celltransformation">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Chemocompetent cells transformation protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for chemocompetent cells</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Thermal Shock cell transformation protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#enzymerestriction" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Enzyme restriction
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="enzymerestriction">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for enzyme digestion/alkaline phosphatase treatment
 +
                                    of iGEM plasmids and ligation</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for enzyme ligation of iGEM parts</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for enzyme restriction of IDT parts and iGEM plasmid</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#pcr" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            PCR
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="pcr">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for Colony PCR</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for PCR using VR and VF2 primers</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a href="#plasmidextraction" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                            <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                            Plasmid extraction
 +
                        </a>
 +
                        <ul class="collapse list-unstyled" id="plasmidextraction">
 +
                            <li>
 +
                                <a>Agarose Band purification (GenElute - Sigma)</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Alkaline plasmid purification protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>MiniPrep Sigma extraction protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
 
                     </li>
 
                     </li>
−
 
 
                 </ul>
 
                 </ul>
 
             </li>
 
             </li>
Line 53: Line 222:
 
         </div>
 
         </div>
 
         <div class="container mt-3">
 
         <div class="container mt-3">
−
             <h1>Protocols</h1>
+
             <h1>Protein</h1>
 
             <h2>Chitosan nanoparticles</h2>
 
             <h2>Chitosan nanoparticles</h2>
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col">
 
                 <div class="col">
−
                     <a class="btn btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#encapsulation" role="button"
+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#encapsulation" role="button"
 
                         aria-expanded="false" aria-controls="encapsulation">
 
                         aria-expanded="false" aria-controls="encapsulation">
 
                         <h3>Protein encapsulation protocol</h3>
 
                         <h3>Protein encapsulation protocol</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
 
                     <div class="collapse" id="encapsulation">
 
                     <div class="collapse" id="encapsulation">
−
                         <div class="mb-3">
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/02/T--TecCEM--Experiments-Proteins2.pdf"
−
                            <h4>Reactants</h4>
+
                             width="100%" height="900px">
−
                            <ul>
+
                         </object>
−
                                <li>Chitosan low molecular weight from Sigma-Aldrich</li>
+
−
                                <li>TPP from Sigma-Aldrich</li>
+
−
                                <li>NaOH 1M</li>
+
−
                                <li>Acetic acid 1M</li>
+
−
                                <li>Distilled water</li>
+
−
                                <li>Protein of interest (10 mg/mL)</li>
+
−
                            </ul>
+
−
                        </div>
+
−
                        <h4>Procedure</h4>
+
−
                        <div class="mb-3">
+
−
                            <i>
+
−
                                <h5>Stock solutions</h5>
+
−
                            </i>
+
−
                            <ol>
+
−
                                <li>In a 15 mL Falcon tube add 30 mg of chitosan and 10 mL of distilled water (to get a
+
−
                                    solution with a concentration of 3 mg/mL).</li>
+
−
                                <li>Add 10 microliters of acetic acid for each mL of chitosan solution to solubilize
+
−
                                    the
+
−
                                    chitosan.
+
−
                                    To adjust the pH acetic acid and NaOH should be used.</li>
+
−
                                NOTE: the pH should be adjusted depending on your protein of interest, taking into
+
−
                                account
+
−
                                the isoelectric point, always maintaining the chitosan solution positively charged (pH
+
−
                                &lt;
+
−
                                6.5)
+
−
                                and the protein of interest negatively charged (preferred).
+
−
                                <li> In another 15 mL falcon
+
−
                                    tube add 10 mg of TPP and 10 mL of distilled water (to get a concentration of 1
+
−
                                    mg/mL).</li>
+
−
                            </ol>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="mb-3">
+
−
                             <i>
+
−
                                <h5>Nanoparticle preparation</h5>
+
−
                            </i>
+
−
                            <ol>
+
−
                                <li>In a 20 mL beaker add 1 mL of chitosan solution and 100 uL of your protein, stir
+
−
                                    the
+
−
                                    mix at 1100 rpm with a magnetic stirrer (the size of nanoparticles is affected by
+
−
                                    rpm
+
−
                                    value; for smaller nanoparticles use higher rpm).</li>
+
−
                                <li>Take 1 mL of the TPP solution and add it to the mix dropwise.</li>
+
−
                                <li>Continue stirring for 1 hour.</li>
+
−
                            </ol>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="mb-3">
+
−
                            <i>
+
−
                                <h5>Particle collection</h5>
+
−
                            </i>
+
−
                            <ol>
+
−
                                <li>Transfer the mix to 2 1.5 mL Eppendorf tubes.</li>
+
−
                                <i>NOTE: If nanoparticles are to be extracted centrifuge the tubes at 20,000 rpm for
+
−
                                    30
+
−
                                    minutes at 4°C.</i>
+
−
                                <li>Eliminate the supernatant.</li>
+
−
                                <li>The pellet will contain your protein of interest.</li>
+
−
                                <li>If nanoparticles are to be used for liberation measurients or suspended in a
+
−
                                    controlled pH solution, resuspend well and store at 4 °C.</li>
+
−
                            </ol>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="mb-3">
+
−
                            <i>
+
−
                                <h5>Ti preparation</h5>
+
−
                            </i>
+
−
                            <i>To visualize chitosan nanoparticles some previous preparation steps must be carried out
+
−
                                (this preparation protocol may vary).</i>
+
−
                            <ol>
+
−
                                <li>A film of Formvar has to be previously prepared and used to coat a glass slide for
+
−
                                    the
+
−
                                    creation of an 80-120 μm thick mibrane.</li>
+
−
                                <li>Place a copper grid on the Formvar mibrane for it to be absorbed and later rioved
+
−
                                    with a needle.</li>
+
−
                                <li>Add 20 μL of your solution of interest into the grid and let it be absorbed. Add a
+
−
                                    solution of 1% (w/v) phosphotungstic acid until the sample dries.</li>
+
−
                                <li>View in a transmission electron microscope.</li>
+
−
                                <i>NOTE: Samples were observed at 150,000x.</i>
+
−
                            </ol>
+
−
                         </div>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 148: Line 239:
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col">
 
                 <div class="col">
−
                     <a class="btn btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#encapsulation-efficiency" role="button"
+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#encapsulation-efficiency" role="button"
 
                         aria-expanded="false" aria-controls="encapsulation-efficiency">
 
                         aria-expanded="false" aria-controls="encapsulation-efficiency">
 
                         <h3>Protein encapsulation efficiency protocol</h3>
 
                         <h3>Protein encapsulation efficiency protocol</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
 
                     <div class="collapse" id="encapsulation-efficiency">
 
                     <div class="collapse" id="encapsulation-efficiency">
−
                         <p>
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/62/T--TecCEM--Experiments-Proteins1.pdf"
−
                            This protocol will evaluate and standardize encapsulation efficiency when working with a
+
                            width="100%" height="900px">
−
                            specific
+
                         </object>
−
                            protein. It is highly recommended to work with a highly purified protein sample, so as to
+
−
                            get the
+
−
                            most reliable quantification. Measurients are performed according to the Bradford assay.
+
−
                        </p>
+
−
                        <p>
+
−
                            <i>
+
−
                                Detection range: 0.1-1.4 mg/mL
+
−
                            </i>
+
−
                        </p>
+
−
                        <p>NOTE: Bradford reactant must be at room tiperature and shaken gently before starting
+
−
                            the
+
−
                            protocol.
+
−
                        </p>
+
−
                        <h4>
+
−
                            <i>
+
−
                                Calibration curve of BSA
+
−
                            </i>
+
−
                        </h4>
+
−
                        <p> BSA Stock solution</p>
+
−
                        <ol>
+
−
                            <li>Prepare 10 mg/mL BSA solution</li>
+
−
                            <li>Store in ice for further use</li>
+
−
                        </ol>
+
−
 
+
−
                        <p>Dilutions</p>
+
−
                        <p>
+
−
                            Loaded and ipty nanoparticles are prepared under the same conditions (agitation,
+
−
                            tiperature, pH,
+
−
                            and reactant concentrations). Thus, we used a sample of ipty encapsulation supernatant as
+
−
                            a blank
+
−
                            to construct a standard curve to estimate protein encapsulation efficiency. Volumes of
+
−
                            supernatant
+
−
                            were mixed with volumes of BSA stock solution to obtain dilutions of known protein
+
−
                            concentrations.
+
−
                        </p>
+
−
                        <ol>
+
−
                            <li>Refer to encapsulation protocol to prepare ipty chitosan nanoparticles.</li>
+
−
                            <li>Prepare encapsulation solution aliquots.</li>
+
−
                            <li>Centrifuge samples after splitting the initial encapsulation volume at 13,400 rpm
+
−
                                for 30
+
−
                                min.</li>
+
−
                            <li>Supernatant will be used to derive the curve. Do not discard.</li>
+
−
                        </ol>
+
−
                        <p><i>Prepare dilutions according to the following table and label each tube. A small-scale
+
−
                                procedure
+
−
                                was adapted from Sigma Aldrich to perform Bradford assay on the prepared dilutions.</i></p>
+
−
                        <p><i>
+
−
                                <b>Table 1.</b> Dilutions to derive a standard curve for encapsulation efficiency
+
−
                                quantification
+
−
                            </i></p>
+
−
                        <table>
+
−
                            <thead>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <th>
+
−
                                        Dilution
+
−
                                    </th>
+
−
                                    <th>
+
−
                                        BSA concentration (mg/mL)
+
−
                                    </th>
+
−
                                    <th>
+
−
                                        Volume of BSA stock solution 10 mg/mL (uL)
+
−
                                    </th>
+
−
                                    <th>
+
−
                                        Volume of ipty nanoparticle encapsulation supernatant (uL)
+
−
                                    </th>
+
−
                                    <th>
+
−
                                        Final volume (uL)
+
−
                                    </th>
+
−
                                </tr>
+
−
                            </thead>
+
−
                            <tbody>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        1
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0.26
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        2.6
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        97.4
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        2
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0.52
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        5.2
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        94.8
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        3
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0.78
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        7.8
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        92.2
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        4
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        1.04
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        10.4
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        89.6
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        5
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        1.4
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        14
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        86
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                            </tbody>
+
−
                        </table>
+
−
                        <p>
+
−
                            Experimental procedure</p>
+
−
                        <ol>
+
−
                            <li>Place 6.5 μL of each pattern of BSA (0 mg/mL to 1.4 mg/mL) in sterile 0.6 mL tubes.</li>
+
−
                            <li>Add 193.5 μL of Bradford reagent to each tube. The final volume is 200 μL.</li>
+
−
                            <li>Vortex gently.</li>
+
−
                            <li>Incubate 5-45 min at room tiperature (until a change in color is noticeable).</li>
+
−
                            <li>Transfer 50 μL to a spectrophotometer cell.</li>
+
−
                            <li>Blank with the tube of null BSA concentration + Bradford reagent.</li>
+
−
                            <li>Take absorbance at 595 nm for the samples and record it.</li>
+
−
                            <li>Derive a standard curve for protein concentration in encapsulation supernatant.</li>
+
−
                        </ol>
+
−
                        Note: There shouldn’t be a time difference higher than 10 minutes between each read.
+
−
                        <h5><i>
+
−
                                Efficiency quantification
+
−
                            </i></h5>
+
−
                        <p>
+
−
                            Refer to protein encapsulation protocol here using BSA.
+
−
                            NOTE: Calculate initial protein concentration before stirring and record it.
+
−
                        </p>
+
−
                        <p>
+
−
                            Experimental procedure</p>
+
−
                        <ol>
+
−
                            <li>Prepare eight 1 mL aliquots of loaded chitosan nanoparticles: four ipty, four
+
−
                                containing
+
−
                                the protein of interest.</li>
+
−
                            <li>Centrifuge aliquots at 13,400 rpm for 30 min.</li>
+
−
                            <li>Take 6.5 μL of the supernatant and measure absorbance at 595 nm with 193.5 μL of
+
−
                                Bradford
+
−
                                reagent. Riiber to incubate this mix at room tiperature 5-45 minutes (until a
+
−
                                change of
+
−
                                color is noticeable).</li>
+
−
                            <li>Record reads and estimate protein concentration in the supernatant using the
+
−
                                previously
+
−
                                derived standard curve.</li>
+
−
                            <li>Calculate encapsulation efficiency at this initial time as follows.</li>
+
−
                        </ol>
+
−
                        <div class="text-center">
+
−
                            <figure class="figure text-left">
+
−
                                <img src="http://2018.igi.org/wiki/images/9/99/T--TecCi--Figure5Improvient.png" class="figure-img img-fluid rounded"
+
−
                                    alt="IMP-1">
+
−
                            </figure>
+
−
                         </div>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 379: Line 252:
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col">
 
                 <div class="col">
−
                     <a class="btn btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#liberation-and-stability" role="button"
+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#liberation-and-stability" role="button"
 
                         aria-expanded="false" aria-controls="liberation-and-stability">
 
                         aria-expanded="false" aria-controls="liberation-and-stability">
 
                         <h3>Protein liberation and stability protocol</h3>
 
                         <h3>Protein liberation and stability protocol</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
 
                     <div class="collapse" id="liberation-and-stability">
 
                     <div class="collapse" id="liberation-and-stability">
−
                         <p>
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/23/T--TecCEM--Experiments-Proteins3.pdf"
−
                            This protocol will assess the protein release and nanoparticle stability in aqueous
+
                             width="100%" height="900px">
−
                            solutions.
+
                         </object>
−
                            We quantified protein liberation by Bradford assay.
+
−
                        </p>
+
−
                        <p>
+
−
                            <i>
+
−
                                Materials
+
−
                            </i>
+
−
                        </p>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li>PBS pH 7.4</li>
+
−
                            <li>Bradford reagent</li>
+
−
                        </ul>
+
−
                        <p>
+
−
                            <i>
+
−
                                Standard curve derivation
+
−
                            </i>
+
−
                        </p>
+
−
                        <ol>
+
−
                            <li>Use Bradford assay to derive a standard curve for a standard protein (BSA, for
+
−
                                instance).
+
−
                            </li>
+
−
                            <li>Prepare 6 dilutions from a 10 mg/mL stock solution of the standard protein according to
+
−
                                the
+
−
                                table. A small-scale procedure was adapted from Sigma Aldrich to perform Bradford assay
+
−
                                on
+
−
                                the prepared dilutions.
+
−
                            </li>
+
−
                        </ol>
+
−
                        <p>
+
−
                            <i>
+
−
                                <b>Table 1.</b> Dilutions for standard curve derivation using PBS
+
−
                            </i>
+
−
                        </p>
+
−
                        <table>
+
−
                            <thead>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <th>
+
−
                                        Dilution
+
−
                                    </th>
+
−
                                    <th>
+
−
                                        Standard protein concentration (mg/mL)
+
−
                                    </th>
+
−
                                    <th>
+
−
                                        Volume of stock solution 10 mg/mL (uL)
+
−
                                    </th>
+
−
                                    <th>
+
−
                                        Volume of PBS pH 7.4 (uL)
+
−
                                    </th>
+
−
                                    <th>
+
−
                                        Final volume (uL)
+
−
                                    </th>
+
−
                                </tr>
+
−
                            </thead>
+
−
                            <tbody>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        1
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0.26
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        2.6
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        97.4
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        2
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0.52
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        5.2
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        94.8
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        3
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        0.78
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        7.8
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        92.2
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        4
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        1.04
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        10.4
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        89.6
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                                <tr>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        5
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        1.4
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        14
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        86
+
−
                                    </td>
+
−
                                    <td>
+
−
                                        100
+
−
                                    </td>
+
−
                                </tr>
+
−
                            </tbody>
+
−
                        </table>
+
−
                        <li>For each dilution mix 6.5 uL of the sample and 193.5 uL of Bradford reactant for a
+
−
                            final
+
−
                            volume of 200 uL and leave it react for 20 minutes (Sigma Aldrich suggests 5-45
+
−
                            minutes).</li>
+
−
                        <li>Read the absorbance of the riaining dilutions using dilution 0 as blank.</li>
+
−
                        <li>Graph absorbance reads vs concentration.</li>
+
−
                        <li>Use a linear trend to get the equation to compute protein concentration evaluating
+
−
                            correlation coefficient.</li>
+
−
                        </ol>
+
−
                        <i>Protein release behavior</i>
+
−
                        <ol>
+
−
                            <li>Refer to protein encapsulation protocol to prepare enough loaded-nanoparticles for six
+
−
                                1 mL
+
−
                                aliquots (some volume is lost in every transfer).</li>
+
−
                            <li>Centrifuge the total encapsulation volume at 20000 rpm for 20 minutes.</li>
+
−
                            <li>Discard supernatant.</li>
+
−
                            <li>Resuspend pellet in a volume of PBS pH 7.4 equal to the original volume.</li>
+
−
                            <i>NOTE: Given the low solubility of chitosan in neutral pH solutions, some protocols
+
−
                                iploy
+
−
                                mild to moderate sonication to disrupt possible non-dissolved pellet.</i>
+
−
                             <li>Prepare aliquots as previously stated.</li>
+
−
                            <li>Refer to protein encapsulation protocol to prepare enough ipty nanoparticles for six 1
+
−
                                mL
+
−
                                aliquots (some volume is lost in every transfer).</li>
+
−
                            <li>Centrifuge the total encapsulation volume at 20000 rpm for 20 minutes.</li>
+
−
                            <li>Discard supernatant.</li>
+
−
                            <li>Resuspend pellet in a volume of PBS pH 7.4 equal to the original volume.</li>
+
−
                            <li>Prepare aliquots as previously stated.</li>
+
−
                            <li>Label all aliquots to measure thi at time 0, 2, 4, 6, 12, 24, and 48 h. Store at 37 °C
+
−
                                and
+
−
                                100 rpm.</li>
+
−
                            <li>At the right time, centrifuge the aliquots at 20000 rpm for 20 minutes.</li>
+
−
                            <li>Take 193.5 μL of Bradford reagent and mix with 6.5 μL of centrifugation supernatant.
+
−
                                Vortex
+
−
                                gently.</li>
+
−
                            <li>Incubate tube at room tiperature for 20 minutes.</li>
+
−
                            <li>Transfer 50 μL to a spectrophotometer cell.</li>
+
−
                            <li>Measure absorbance and calculate protein concentration in the supernatant using the
+
−
                                previously derived standard curve. Blank should be PBS pH 7.4 + Bradford reagent as
+
−
                                stated
+
−
                                above.</li>
+
−
                         </ol>
+
−
                        <i>NOTE: to achieve a time-efficient protocol, a previous standardization of protein
+
−
                            encapsulation
+
−
                            efficiency is strongly suggested (refer to protein encapsulation efficiency protocol).
+
−
                            Since
+
−
                            you already know your protein encapsulation efficiency, protein liberation calculations may
+
−
                            be
+
−
                            performed as follows.</i>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
 +
            <h2>Polyacrylamide gel</h2>
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col">
 
                 <div class="col">
−
                     <a class="btn btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#nanoparticle" role="button"
+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#abpolyacrilamidegel" role="button"
−
                         aria-expanded="false" aria-controls="nanoparticle">
+
                         aria-expanded="false" aria-controls="abpolyacrilamidegel">
−
                         <h3>Nanoparticle stability</h3>
+
                         <h3>AB Polyacrilamide gel</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
                     <div class="collapse" id="nanoparticle">
+
                     <div class="collapse" id="abpolyacrilamidegel">
−
                         <p>
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/5/5d/T--TecCEM--Experiments-Proteins4.pdf"
−
                             When studying the nanoparticle behavior in a certain environment several studies are
+
                            width="100%" height="900px">
−
                             carried out to assess particle stability throughout time. Such procedures comprise Z
+
                        </object>
−
                             potential measurient and visual examination of size, shape, and particle physical
+
                    </div>
−
                             integrity. A stability monitoring is suggested as particles may change their shape,
+
                </div>
−
                             degrade, and conglomerate when subjected to different stimuli. Such a study is helpful
+
            </div>
−
                             to
+
            <div class="row">
−
                             predict the behavior of the created nanoparticles throughout time and greatly improves
+
                <div class="col">
−
                             the
+
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#stdpolyacrilamidegeel" role="button"
−
                             design of drug release experiments. Here we include a suggested simple procedure to
+
                        aria-expanded="false" aria-controls="stdpolyacrilamidegeel">
−
                            visually evaluate particle sizes and integrity. You can also use a Z potential
+
                        <h3>Standard polyacrylamide gel</h3>
−
                             measurient
+
                    </a>
−
                             equipment, or NanoSight NS300, as we did.</p>
+
                    <div class="collapse" id="stdpolyacrilamidegeel">
−
                        <i>Transmission electron microscopy</i>
+
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/2c/T--TecCEM--Experiments-Proteins5.pdf"
−
                         <ol>
+
                             width="100%" height="900px">
−
                             <li>Refer to protein encapsulation protocol to prepare a final volume of 2 mL
+
                        </object>
−
                                chitosan
+
                    </div>
−
                                nanoparticles (loaded or ipty).</li>
+
                </div>
−
                            <li>Store at the desired conditions.</li>
+
            </div>
−
                             <li>Perform Ti preparation procedure on a 100 μL sample.</li>
+
            <h2>Production/purification</h2>
−
                             <li>At relevant times observe to evaluate nanoparticle integrity (size,
+
            <div class="row">
−
                                conglomeration,
+
                <div class="col">
−
                                and shape).</li>
+
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#criofracture" role="button"
−
                         </ol>
+
                        aria-expanded="false" aria-controls="criofracture">
−
 
+
                        <h3>Criofracture</h3>
−
 
+
                    </a>
−
                         <i>NanoSight</i>
+
                    <div class="collapse" id="criofracture">
−
                         <ol>
+
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/79/T--TecCEM--Experiments-Proteins6.pdf"
−
                             <li>Refer to protein encapsulation protocol to prepare a final volume of 2 mL
+
                             width="100%" height="900px">
−
                                chitosan
+
                        </object>
−
                                nanoparticles (loaded or ipty).</li>
+
                    </div>
−
                            <li>Store at the desired conditions.</li>
+
                </div>
−
                            <li>Dilute samples if required.</li>
+
            </div>
−
                            <li>At relevant times evaluate nanoparticle size distribution (statistical data
+
            <div class="row">
−
                                provided in the analysis sheet is useful to evaluate particle behavior).</li>
+
                <div class="col">
−
                         </ol>
+
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#fluorescentproteinproduction" role="button"
−
 
+
                        aria-expanded="false" aria-controls="fluorescentproteinproduction">
−
                         <i>NOTE: Some devices like NanoSight NS500 are able to measure Z potential as well.</i>
+
                        <h3>Fluorescent protein production</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="fluorescentproteinproduction">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/74/T--TecCEM--Experiments-Proteins7.pdf"
 +
                             width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#proteinproductionpurificationprotocol"
 +
                        role="button" aria-expanded="false" aria-controls="proteinproductionpurificationprotocol">
 +
                        <h3>Protein production/purification
 +
                             protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="proteinproductionpurificationprotocol">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e9/T--TecCEM--Experiments-Proteins8.pdf"
 +
                             width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>Proteic quantification</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#bradford" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="bradford">
 +
                        <h3>Bradford</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="bradford">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/f9/T--TecCEM--Experiments-Proteins9.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#lowry" role="button" aria-expanded="false"
 +
                        aria-controls="lowry">
 +
                        <h3>Lowry</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="lowry">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/90/T--TecCEM--Experiments-Proteins10.pdf"
 +
                             width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#piercebca" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="piercebca">
 +
                        <h3>Pierce BCA</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="piercebca">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/af/T--TecCEM--Experiments-Proteins11.pdf"
 +
                             width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <div class="container mt-3">
 +
            <h1>Cells</h1>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#cellessay" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="cellessay">
 +
                        <h3>In vitro burn essay protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="cellessay">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/66/T--TecCEM--Experiments-Cells.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <div class="container mt-3">
 +
            <h1>Reactants</h1>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationlysisbbuffer" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationlysisbbuffer">
 +
                        <h3>Protocol for the creation of lysis buffer P</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationlysisbbuffer">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e9/T--TecCEM--Experiments-Reactants1.pdf"
 +
                             width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationpolyacrylamidegel" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamidegel">
 +
                        <h3>Protocol for the creation of polyacrylamide gel</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationpolyacrylamidegel">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c1/T--TecCEM--Experiments-Reactants2.pdf"
 +
                             width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationthemlysisbuffer" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationthemlysisbuffer">
 +
                        <h3>Protocol for the creation of thermal lysis buffer</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationthemlysisbuffer">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/21/T--TecCEM--Experiments-Reactants3.pdf"
 +
                             width="
 +
                             100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationpolyacrylamideab" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamideab">
 +
                         <h3>Protocol to make polyacrylamide AB</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationpolyacrylamideab">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/19/T--TecCEM--Experiments-Reactants4.pdf"
 +
                             width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <div class="container mt-3">
 +
            <h1>Nucleic acids</h1>
 +
            <h2>Cell transformation</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#chemocompetentcells" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="chemocompetentcells">
 +
                        <h3>Chemocompetent cells transformation protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="chemocompetentcells">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/fe/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids1.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#pcc" role="button" aria-expanded="false"
 +
                        aria-controls="pcc">
 +
                        <h3>Protocol for chemocompetent cells</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="pcc">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/77/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids2.pdf"
 +
                             width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#tsc" role="button" aria-expanded="false"
 +
                        aria-controls="tsc">
 +
                        <h3>Thermal Shock cell transformation protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="tsc">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/5/58/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids3.pdf"
 +
                            width="
 +
                            100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>Enzyme restriction</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#ligacion" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="ligacion">
 +
                        <h3>Protocol for enzyme digestion/alkaline phosphatase treatment of iGEM plasmids and ligation</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="ligacion">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/39/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids4.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#enzymelig" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="enzymelig">
 +
                        <h3>Protocol for enzyme ligation of iGEM parts</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="enzymelig">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/bd/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids5.pdf"
 +
                             width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#enzres" role="button" aria-expanded="false"
 +
                        aria-controls="enzres">
 +
                        <h3>Protocol for enzyme restriction of IDT parts and iGEM plasmid</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="enzres">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/84/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids6.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>PCR</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#protocolforcolonypcr" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="protocolforcolonypcr">
 +
                         <h3>Protocol for Colony PCR</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="protocolforcolonypcr">
 +
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/eb/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids7.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#protocolforpcrvrvf2primers" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="protocolforpcrvrvf2primers">
 +
                         <h3>Protocol for PCR using VR and VF2 primers</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="protocolforpcrvrvf2primers">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3c/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids8.pdf"
 +
                             width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>Plasmid extraction</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#agarosebandpurification" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="agarosebandpurification">
 +
                        <h3>Agarose Band purification (GenElute - Sigma)</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="agarosebandpurification">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/44/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids9.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#alkalineplasmidpurification" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="alkalineplasmidpurification">
 +
                        <h3>Alkaline plasmid purification protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="alkalineplasmidpurification">
 +
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e4/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids10.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#miniprepsigma" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="miniprepsigma">
 +
                         <h3>MiniPrep Sigma extraction protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="miniprepsigma">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/17/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids11.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>

Latest revision as of 23:43, 17 October 2018

Cell Gif

Experiments

This is our experiment section. Here we compile important protocols for the development of TecTissue, ranging from our bacterial transformation procedures to our cell proliferation assays. We also address cell culture maintenance and protein loaded chitosan nanoparticles. Here you may find the protocol for our growth factor delivery to damaged cells and how much harm can be inflicted in vitro.

Protein

Chitosan nanoparticles

Polyacrylamide gel

Production/purification

Proteic quantification

Cells

Reactants

Nucleic acids

Cell transformation

Enzyme restriction

PCR

Plasmid extraction