Difference between revisions of "Team:TecCEM/Experiments"

 
(9 intermediate revisions by 2 users not shown)
Line 1: Line 1:
 
{{TecCEM}}
 
{{TecCEM}}
 
<html>
 
<html>
 +
<style>
 +
    .wrapper .sidebar-index {
 +
            overflow: auto;
 +
        }
 +
    </style>
 
<div id="gif-title" class="text-project">
 
<div id="gif-title" class="text-project">
 
     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/41/T--TecCEM--Cells--Experiments.gif" alt="Cell Gif">
 
     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/41/T--TecCEM--Cells--Experiments.gif" alt="Cell Gif">
Line 16: Line 21:
 
         <ul class="collapse list-unstyled" id="experimentsSubmenu">
 
         <ul class="collapse list-unstyled" id="experimentsSubmenu">
 
             <li class="active">
 
             <li class="active">
−
                 <a data-target="#description">Description</a>
+
                 <a>Description</a>
 
             </li>
 
             </li>
 +
 
             <li>
 
             <li>
 
                 <a href="#proteinSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 
                 <a href="#proteinSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
Line 31: Line 37:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="chitosan">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="chitosan">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                                 <a>Protein encapsulation protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation-efficiency">Protein encapsulation efficiency
+
                                 <a>Protein encapsulation efficiency
 
                                     protocol</a>
 
                                     protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#liberation-and-stability">Protein liberation and stability
+
                                 <a>Protein liberation and stability
 
                                     protocol</a>
 
                                     protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
Line 50: Line 56:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="polyacrimlamide-gel">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="polyacrimlamide-gel">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#abpolyacrilamidegel">AB Polyacrilamide gel</a>
+
                                 <a>AB Polyacrilamide gel</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#stdpolyacrilamidegeel">Standard polyacrylamide gel</a>
+
                                 <a>Standard polyacrylamide gel</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
Line 64: Line 70:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="productpurification">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="productpurification">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#criofracture">Criofracture</a>
+
                                 <a>Criofracture</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#fluorescentproteinproduction">Fluorescent protein production</a>
+
                                 <a>Fluorescent protein production</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#proteinproductionpurificationprotocol">Protein production/purification
+
                                 <a>Protein production/purification
 
                                     protocol</a>
 
                                     protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
Line 82: Line 88:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="proteicquantification">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="proteicquantification">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#bradford">Bradford</a>
+
                                 <a>Bradford</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#lowry">Lowry</a>
+
                                 <a>Lowry</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#piercebca">Pierce BCA</a>
+
                                 <a>Pierce BCA</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
 +
                    </li>
 +
                </ul>
 +
            </li>
 +
            <li>
 +
                <a href="#cellSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 +
                    <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 +
                    Cell
 +
                </a>
 +
                <ul class="collapse list-unstyled" id="cellSubmenu">
 +
                    <li>
 +
                        <a>In vitro burn essay protocol</a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                 </ul>
 
                 </ul>
Line 101: Line 118:
 
                 <ul class="collapse list-unstyled" id="reactantsSubmenu">
 
                 <ul class="collapse list-unstyled" id="reactantsSubmenu">
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a data-target="#liberation-and-stability">Protein liberation and stability
+
                         <a>Protocol for the creation of lysis buffer P</a>
−
                            protocol</a>
+
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a>Protocol for the creation of polyacrylamide gel</a>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a>Protocol for the creation of thermal lysis buffer</a>
 +
                    </li>
 +
                    <li>
 +
                        <a>Protocol to make polyacrylamide AB</a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                 </ul>
 
                 </ul>
Line 119: Line 144:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="celltransformation">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="celltransformation">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                                 <a>Chemocompetent cells transformation protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for chemocompetent cells</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Thermal Shock cell transformation protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
Line 130: Line 161:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="enzymerestriction">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="enzymerestriction">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                                 <a>Protocol for enzyme digestion/alkaline phosphatase treatment
 +
                                    of iGEM plasmids and ligation</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for enzyme ligation of iGEM parts</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for enzyme restriction of IDT parts and iGEM plasmid</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
Line 141: Line 179:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="pcr">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="pcr">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                                 <a>Protocol for Colony PCR</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for PCR using VR and VF2 primers</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
Line 152: Line 193:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="plasmidextraction">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="plasmidextraction">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                                 <a>Agarose Band purification (GenElute - Sigma)</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Alkaline plasmid purification protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>MiniPrep Sigma extraction protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
−
                    </li>
 
−
                </ul>
 
−
            </li>
 
−
            <li>
 
−
                <a href="#cellSubmenu" data-toggle="collapse" aria-expanded="false" data-change="sidemenu">
 
−
                    <span class="d-inline-bock open" data-change="el"></span>
 
−
                    Cell
 
−
                </a>
 
−
                <ul class="collapse list-unstyled" id="cellSubmenu">
 
−
                    <li>
 
−
                        <a data-target="#celllineessays">Cell line essays</a>
 
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                 </ul>
 
                 </ul>
Line 330: Line 366:
 
                     <div class="collapse" id="piercebca">
 
                     <div class="collapse" id="piercebca">
 
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/af/T--TecCEM--Experiments-Proteins11.pdf"
 
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/af/T--TecCEM--Experiments-Proteins11.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <div class="container mt-3">
 +
            <h1>Cells</h1>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#cellessay" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="cellessay">
 +
                        <h3>In vitro burn essay protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="cellessay">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/66/T--TecCEM--Experiments-Cells.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <div class="container mt-3">
 +
            <h1>Reactants</h1>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationlysisbbuffer" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationlysisbbuffer">
 +
                        <h3>Protocol for the creation of lysis buffer P</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationlysisbbuffer">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e9/T--TecCEM--Experiments-Reactants1.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationpolyacrylamidegel" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamidegel">
 +
                        <h3>Protocol for the creation of polyacrylamide gel</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationpolyacrylamidegel">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c1/T--TecCEM--Experiments-Reactants2.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationthemlysisbuffer" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationthemlysisbuffer">
 +
                        <h3>Protocol for the creation of thermal lysis buffer</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationthemlysisbuffer">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/21/T--TecCEM--Experiments-Reactants3.pdf"
 +
                            width="
 +
                            100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationpolyacrylamideab" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamideab">
 +
                        <h3>Protocol to make polyacrylamide AB</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="creationpolyacrylamideab">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/19/T--TecCEM--Experiments-Reactants4.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <div class="container mt-3">
 +
            <h1>Nucleic acids</h1>
 +
            <h2>Cell transformation</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#chemocompetentcells" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="chemocompetentcells">
 +
                        <h3>Chemocompetent cells transformation protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="chemocompetentcells">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/fe/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids1.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#pcc" role="button" aria-expanded="false"
 +
                        aria-controls="pcc">
 +
                        <h3>Protocol for chemocompetent cells</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="pcc">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/77/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids2.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#tsc" role="button" aria-expanded="false"
 +
                        aria-controls="tsc">
 +
                        <h3>Thermal Shock cell transformation protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="tsc">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/5/58/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids3.pdf"
 +
                            width="
 +
                            100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>Enzyme restriction</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#ligacion" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="ligacion">
 +
                        <h3>Protocol for enzyme digestion/alkaline phosphatase treatment of iGEM plasmids and ligation</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="ligacion">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/39/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids4.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#enzymelig" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="enzymelig">
 +
                        <h3>Protocol for enzyme ligation of iGEM parts</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="enzymelig">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/bd/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids5.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#enzres" role="button" aria-expanded="false"
 +
                        aria-controls="enzres">
 +
                        <h3>Protocol for enzyme restriction of IDT parts and iGEM plasmid</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="enzres">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/84/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids6.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>PCR</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#protocolforcolonypcr" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="protocolforcolonypcr">
 +
                        <h3>Protocol for Colony PCR</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="protocolforcolonypcr">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/eb/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids7.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#protocolforpcrvrvf2primers" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="protocolforpcrvrvf2primers">
 +
                        <h3>Protocol for PCR using VR and VF2 primers</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="protocolforpcrvrvf2primers">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3c/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids8.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <h2>Plasmid extraction</h2>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#agarosebandpurification" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="agarosebandpurification">
 +
                        <h3>Agarose Band purification (GenElute - Sigma)</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="agarosebandpurification">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/44/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids9.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#alkalineplasmidpurification" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="alkalineplasmidpurification">
 +
                        <h3>Alkaline plasmid purification protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="alkalineplasmidpurification">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e4/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids10.pdf"
 +
                            width="100%" height="900px">
 +
                        </object>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col">
 +
                    <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#miniprepsigma" role="button"
 +
                        aria-expanded="false" aria-controls="miniprepsigma">
 +
                        <h3>MiniPrep Sigma extraction protocol</h3>
 +
                    </a>
 +
                    <div class="collapse" id="miniprepsigma">
 +
                        <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/17/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids11.pdf"
 
                             width="100%" height="900px">
 
                             width="100%" height="900px">
 
                         </object>
 
                         </object>

Latest revision as of 23:43, 17 October 2018

Cell Gif

Experiments

This is our experiment section. Here we compile important protocols for the development of TecTissue, ranging from our bacterial transformation procedures to our cell proliferation assays. We also address cell culture maintenance and protein loaded chitosan nanoparticles. Here you may find the protocol for our growth factor delivery to damaged cells and how much harm can be inflicted in vitro.

Protein

Chitosan nanoparticles

Polyacrylamide gel

Production/purification

Proteic quantification

Cells

Reactants

Nucleic acids

Cell transformation

Enzyme restriction

PCR

Plasmid extraction