Difference between revisions of "Team:TecCEM/Experiments"

 
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{{TecCEM}}
 
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 +
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    .wrapper .sidebar-index {
 +
            overflow: auto;
 +
        }
 +
    </style>
 
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<div id="gif-title" class="text-project">
 
     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/41/T--TecCEM--Cells--Experiments.gif" alt="Cell Gif">
 
     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/41/T--TecCEM--Cells--Experiments.gif" alt="Cell Gif">
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         <ul class="collapse list-unstyled" id="experimentsSubmenu">
 
         <ul class="collapse list-unstyled" id="experimentsSubmenu">
 
             <li class="active">
 
             <li class="active">
−
                 <a data-target="#description">Description</a>
+
                 <a>Description</a>
 
             </li>
 
             </li>
  
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                         <ul class="collapse list-unstyled" id="chitosan">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="chitosan">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                                 <a>Protein encapsulation protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation-efficiency">Protein encapsulation efficiency
+
                                 <a>Protein encapsulation efficiency
 
                                     protocol</a>
 
                                     protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#liberation-and-stability">Protein liberation and stability
+
                                 <a>Protein liberation and stability
 
                                     protocol</a>
 
                                     protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
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                         <ul class="collapse list-unstyled" id="polyacrimlamide-gel">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="polyacrimlamide-gel">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#abpolyacrilamidegel">AB Polyacrilamide gel</a>
+
                                 <a>AB Polyacrilamide gel</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#stdpolyacrilamidegeel">Standard polyacrylamide gel</a>
+
                                 <a>Standard polyacrylamide gel</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
Line 65: Line 70:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="productpurification">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="productpurification">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#criofracture">Criofracture</a>
+
                                 <a>Criofracture</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#fluorescentproteinproduction">Fluorescent protein production</a>
+
                                 <a>Fluorescent protein production</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#proteinproductionpurificationprotocol">Protein production/purification
+
                                 <a>Protein production/purification
 
                                     protocol</a>
 
                                     protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
Line 83: Line 88:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="proteicquantification">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="proteicquantification">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#bradford">Bradford</a>
+
                                 <a>Bradford</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#lowry">Lowry</a>
+
                                 <a>Lowry</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#piercebca">Pierce BCA</a>
+
                                 <a>Pierce BCA</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
Line 102: Line 107:
 
                 <ul class="collapse list-unstyled" id="cellSubmenu">
 
                 <ul class="collapse list-unstyled" id="cellSubmenu">
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a data-target="#cellessay">In vitro burn essay protocol</a>
+
                         <a>In vitro burn essay protocol</a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                 </ul>
 
                 </ul>
Line 113: Line 118:
 
                 <ul class="collapse list-unstyled" id="reactantsSubmenu">
 
                 <ul class="collapse list-unstyled" id="reactantsSubmenu">
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a data-target="#creationlysisbbuffer">Protocol for the creation of lysis buffer P</a>
+
                         <a>Protocol for the creation of lysis buffer P</a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a data-target="#creationpolyacrylamidegel">Protocol for the creation of polyacrylamide gel</a>
+
                         <a>Protocol for the creation of polyacrylamide gel</a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a data-target="#creationthemlysisbuffer">Protocol for the creation of thermal lysis buffer</a>
+
                         <a>Protocol for the creation of thermal lysis buffer</a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a data-target="#creationpolyacrylamideab">Protocol to make polyacrylamide AB</a>
+
                         <a>Protocol to make polyacrylamide AB</a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                 </ul>
 
                 </ul>
Line 139: Line 144:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="celltransformation">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="celltransformation">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                                 <a>Chemocompetent cells transformation protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for chemocompetent cells</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Thermal Shock cell transformation protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
Line 150: Line 161:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="enzymerestriction">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="enzymerestriction">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                                 <a>Protocol for enzyme digestion/alkaline phosphatase treatment
 +
                                    of iGEM plasmids and ligation</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for enzyme ligation of iGEM parts</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for enzyme restriction of IDT parts and iGEM plasmid</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
Line 161: Line 179:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="pcr">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="pcr">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                                 <a>Protocol for Colony PCR</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Protocol for PCR using VR and VF2 primers</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
Line 172: Line 193:
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="plasmidextraction">
 
                         <ul class="collapse list-unstyled" id="plasmidextraction">
 
                             <li>
 
                             <li>
−
                                 <a data-target="#encapsulation">Protein encapsulation protocol</a>
+
                                 <a>Agarose Band purification (GenElute - Sigma)</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>Alkaline plasmid purification protocol</a>
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                <a>MiniPrep Sigma extraction protocol</a>
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
Line 422: Line 449:
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col">
 
                 <div class="col">
−
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationlysisbbuffer" role="button"
+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#chemocompetentcells" role="button"
−
                         aria-expanded="false" aria-controls="creationlysisbbuffer">
+
                         aria-expanded="false" aria-controls="chemocompetentcells">
−
                         <h3>Protocol for the creation of lysis buffer P</h3>
+
                         <h3>Chemocompetent cells transformation protocol</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
                     <div class="collapse" id="creationlysisbbuffer">
+
                     <div class="collapse" id="chemocompetentcells">
−
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e9/T--TecCEM--Experiments-Reactants1.pdf"
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/fe/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids1.pdf"
 
                             width="100%" height="900px">
 
                             width="100%" height="900px">
 
                         </object>
 
                         </object>
Line 435: Line 462:
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col">
 
                 <div class="col">
−
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationpolyacrylamidegel" role="button"
+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#pcc" role="button" aria-expanded="false"
−
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamidegel">
+
                        aria-controls="pcc">
−
                         <h3>Protocol for the creation of polyacrylamide gel</h3>
+
                         <h3>Protocol for chemocompetent cells</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
                     <div class="collapse" id="creationpolyacrylamidegel">
+
                     <div class="collapse" id="pcc">
−
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c1/T--TecCEM--Experiments-Reactants2.pdf"
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/77/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids2.pdf"
 
                             width="100%" height="900px">
 
                             width="100%" height="900px">
 
                         </object>
 
                         </object>
Line 448: Line 475:
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col">
 
                 <div class="col">
−
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+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#tsc" role="button" aria-expanded="false"
−
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationthemlysisbuffer">
+
                        aria-controls="tsc">
−
                         <h3>Protocol for the creation of thermal lysis buffer</h3>
+
                         <h3>Thermal Shock cell transformation protocol</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
                     <div class="collapse" id="creationthemlysisbuffer">
+
                     <div class="collapse" id="tsc">
−
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/21/T--TecCEM--Experiments-Reactants3.pdf"
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/5/58/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids3.pdf"
 
                             width="
 
                             width="
 
                             100%" height="900px">
 
                             100%" height="900px">
Line 463: Line 490:
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col">
 
                 <div class="col">
−
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationpolyacrylamideab" role="button"
+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#ligacion" role="button"
−
                         aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamideab">
+
                         aria-expanded="false" aria-controls="ligacion">
−
                         <h3>Protocol to make polyacrylamide AB</h3>
+
                         <h3>Protocol for enzyme digestion/alkaline phosphatase treatment of iGEM plasmids and ligation</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
                     <div class="collapse" id="creationpolyacrylamideab">
+
                     <div class="collapse" id="ligacion">
−
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/19/T--TecCEM--Experiments-Reactants4.pdf"
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/39/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids4.pdf"
 
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                             width="100%" height="900px">
 
                         </object>
 
                         </object>
Line 476: Line 503:
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col">
 
                 <div class="col">
−
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationpolyacrylamideab" role="button"
+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#enzymelig" role="button"
−
                         aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamideab">
+
                         aria-expanded="false" aria-controls="enzymelig">
−
                         <h3>Protocol to make polyacrylamide AB</h3>
+
                         <h3>Protocol for enzyme ligation of iGEM parts</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
                     <div class="collapse" id="creationpolyacrylamideab">
+
                     <div class="collapse" id="enzymelig">
−
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/19/T--TecCEM--Experiments-Reactants4.pdf"
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/bd/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids5.pdf"
 
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                         </object>
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−
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+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#enzres" role="button" aria-expanded="false"
−
                        aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamideab">
+
                        aria-controls="enzres">
−
                         <h3>Protocol to make polyacrylamide AB</h3>
+
                         <h3>Protocol for enzyme restriction of IDT parts and iGEM plasmid</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
                     <div class="collapse" id="creationpolyacrylamideab">
+
                     <div class="collapse" id="enzres">
−
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/19/T--TecCEM--Experiments-Reactants4.pdf"
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/84/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids6.pdf"
 
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−
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#creationlysisbbuffer" role="button"
+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#protocolforcolonypcr" role="button"
−
                         aria-expanded="false" aria-controls="creationlysisbbuffer">
+
                         aria-expanded="false" aria-controls="protocolforcolonypcr">
−
                         <h3>Protocol for the creation of lysis buffer P</h3>
+
                         <h3>Protocol for Colony PCR</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
                     <div class="collapse" id="creationlysisbbuffer">
+
                     <div class="collapse" id="protocolforcolonypcr">
−
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e9/T--TecCEM--Experiments-Reactants1.pdf"
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/eb/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids7.pdf"
 
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−
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+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#protocolforpcrvrvf2primers" role="button"
−
                         aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamidegel">
+
                         aria-expanded="false" aria-controls="protocolforpcrvrvf2primers">
−
                         <h3>Protocol for the creation of polyacrylamide gel</h3>
+
                         <h3>Protocol for PCR using VR and VF2 primers</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
                     <div class="collapse" id="creationpolyacrylamidegel">
+
                     <div class="collapse" id="protocolforpcrvrvf2primers">
−
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c1/T--TecCEM--Experiments-Reactants2.pdf"
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3c/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids8.pdf"
 
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−
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+
                     <a class="btn-link text-notebook" data-toggle="collapse" href="#agarosebandpurification" role="button"
−
                         aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamideab">
+
                         aria-expanded="false" aria-controls="agarosebandpurification">
−
                         <h3>Protocol to make polyacrylamide AB</h3>
+
                         <h3>Agarose Band purification (GenElute - Sigma)</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
                     <div class="collapse" id="creationpolyacrylamideab">
+
                     <div class="collapse" id="agarosebandpurification">
−
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/19/T--TecCEM--Experiments-Reactants4.pdf"
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/44/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids9.pdf"
 
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−
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+
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−
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+
                         aria-expanded="false" aria-controls="alkalineplasmidpurification">
−
                         <h3>Protocol to make polyacrylamide AB</h3>
+
                         <h3>Alkaline plasmid purification protocol</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
                     <div class="collapse" id="creationpolyacrylamideab">
+
                     <div class="collapse" id="alkalineplasmidpurification">
−
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/19/T--TecCEM--Experiments-Reactants4.pdf"
+
                         <object type="application/pdf" data="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e4/T--TecCEM--Experiments-NucleicAcids10.pdf"
 
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−
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+
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−
                         aria-expanded="false" aria-controls="creationpolyacrylamideab">
+
                         aria-expanded="false" aria-controls="miniprepsigma">
−
                         <h3>Protocol to make polyacrylamide AB</h3>
+
                         <h3>MiniPrep Sigma extraction protocol</h3>
 
                     </a>
 
                     </a>
−
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+
                     <div class="collapse" id="miniprepsigma">
−
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+
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Latest revision as of 23:43, 17 October 2018

Cell Gif

Experiments

This is our experiment section. Here we compile important protocols for the development of TecTissue, ranging from our bacterial transformation procedures to our cell proliferation assays. We also address cell culture maintenance and protein loaded chitosan nanoparticles. Here you may find the protocol for our growth factor delivery to damaged cells and how much harm can be inflicted in vitro.

Protein

Chitosan nanoparticles

Polyacrylamide gel

Production/purification

Proteic quantification

Cells

Reactants

Nucleic acids

Cell transformation

Enzyme restriction

PCR

Plasmid extraction