Difference between revisions of "Team:Peking/InterLab"

 
(11 intermediate revisions by 3 users not shown)
Line 66: Line 66:
 
             position: relative;
 
             position: relative;
 
         }
 
         }
 +
        #page-wrap a:hover {color:#6495ED;}
 
          
 
          
 
         #sidebar {
 
         #sidebar {
Line 169: Line 170:
 
          
 
          
 
         .coll p a{
 
         .coll p a{
−
             color:#5c9085 !important;
+
             color:#6495ED !important;
 
         }
 
         }
 
         .coll p a:hover{
 
         .coll p a:hover{
−
             color:#11abb0 !important;
+
             color:#6495ED !important;
 
         }
 
         }
 
         .coll {
 
         .coll {
Line 242: Line 243:
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 
                             </li>
 
                             </li>
−
                             <li class="dropdown menu-3"><a class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" href="#" >Modeling</a>
+
                             <li class="menu-3"><a class="colapse-menu1" href="https://2018.igem.org/Team:Peking/Model">Modeling</a>
−
                                <ul class="dropdown-menu">
+
−
                                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Peking/Model">Overview</a></li>
+
−
                                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Peking/SPOT_Formation" class="barfont1">SPOT Formation</a></li>
+
−
                                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Peking/Application" class="barfont1">Application</a></li>
+
−
                                </ul>
+
 
                             </li>
 
                             </li>
 
                             <li class="menu-4"><a class="colapse-menu1" href="https://2018.igem.org/Team:Peking/Software">Software</a>
 
                             <li class="menu-4"><a class="colapse-menu1" href="https://2018.igem.org/Team:Peking/Software">Software</a>
Line 303: Line 299:
 
                             <div id="page-wrap">
 
                             <div id="page-wrap">
 
                                 <div id="sidebar" style="color:#000000">
 
                                 <div id="sidebar" style="color:#000000">
−
                                     <h4><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('A')">Introduction</a></h4>
+
                                     <h4><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('A')">&bull;Introduction</a></h4>
−
                                     <h4><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('B')">Equipment&nbsp;Information</a></h4>
+
                                     <h4><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('B')">&bull;Equipment&nbsp;Information</a></h4>
−
                                     <h4><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('C')">Results</a></h4>
+
                                     <h4><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('C')">&bull;Results</a></h4>
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('D')">Calibration&nbsp;1</a></li>
 
                                         <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('D')">Calibration&nbsp;1</a></li>
−
                                         <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('E')">Liquid&#8722;like&nbsp;Properties</a></li>
+
                                         <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('E')">Calibration&nbsp;2</a></li>
−
                                         <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('F')">Calibration&nbsp;2</a></li>
+
                                         <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('F')">Calibration&nbsp;3</a></li>
−
                                         <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('G')">Calibration&nbsp;3</a></li>
+
                                         <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('G')">Cell&nbsp;Measurement</a></li>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('H')">Plate&nbsp;Reader</a></li>
 +
                                        <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('I')">Flow&nbsp;Cytometry</a></li>
 +
                                    </ul>
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
−
                                    <h6><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('H')">Plate&nbsp;Reader</a></h6>
 
−
                                    <h6><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('I')">Flow&nbsp;Cytometry</a></h6>
 
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('J')">Colony&nbsp;Forming&nbsp;Units</a></li>
 
                                         <li><a href="javascript:void(0);" onclick="naver('J')">Colony&nbsp;Forming&nbsp;Units</a></li>
Line 323: Line 321:
 
                         <div class="nine columns">
 
                         <div class="nine columns">
 
                              
 
                              
−
                             <div class="texttitle">Introduction
+
                             <div class="texttitle"><a id="A"></a>Introduction
−
<a id="A"></a></div>  
+
</div>  
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#666666">
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#666666">
  
Line 364: Line 362:
 
                                
 
                                
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                             <div class="texttitle">Equipment Information
+
                             <div class="texttitle"><a id="B"></a>Equipment Information
−
<a id="B"></a></div>  
+
</div>  
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#666666">
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#666666">
  
 
                             <div class="coll">
 
                             <div class="coll">
 
                                                                 <div class="info">
 
                                                                 <div class="info">
−
<a id="B1"></a>
 
 
                                    
 
                                    
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 413: Line 410:
 
                      
 
                      
  
−
<div class="texttitle">Results
+
<div class="texttitle"><a id="C"></a>Results
  
−
<a id="C"></a></div>
+
</div>
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#1E90FF">
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#1E90FF">
 
                     <div class="coll">
 
                     <div class="coll">
Line 580: Line 577:
 
                             <div class="coll">
 
                             <div class="coll">
 
                                 <div class="info">
 
                                 <div class="info">
−
<a id="B2"></a>
 
 
                                      
 
                                      
  
Line 596: Line 592:
  
  
−
<div class="texttitle">Cell Measurement
+
<div class="texttitle"><a id="G"></a>Cell Measurement
  
−
<a id="G"></a></div>
+
</div>
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#1E90FF">
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#1E90FF">
 
                     <div class="coll">
 
                     <div class="coll">
Line 776: Line 772:
 
                              
 
                              
  
−
                             <div class="texttitle">Colony Forming Units per 0.1 OD600 E. coli cultures
+
                             <div class="texttitle"><a id="J"></a>Colony Forming Units per 0.1 OD600 E. coli cultures
−
<a id="J"></a></div>
+
</div>
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#666666">
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#666666">
 
                             <div class="coll">
 
                             <div class="coll">
Line 800: Line 796:
 
                              
 
                              
  
−
                             <div class="texttitle">References
+
                             <div class="texttitle"><a id="K"></a>References
−
<a id="D"></a></div>
+
</div>
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#666666">
 
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#666666">
 
                             <div class="coll">
 
                             <div class="coll">
Line 807: Line 803:
  
 
                                     <p>
 
                                     <p>
−
[1]<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/09/2018_InterLab_Plate_Reader_Protocol.pdf">https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/09/2018_InterLab_Plate_Reader_Protocol.pdf<a/>
+
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/09/2018_InterLab_Plate_Reader_Protocol.pdf"> [1] https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/09/2018_InterLab_Plate_Reader_Protocol.pdf<a/>
 
</p>
 
</p>
 
<p>
 
<p>
−
[2]<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/ec/2018_InterLab_Flow_Cytometry_Protocol.pdf">https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/ec/2018_InterLab_Flow_Cytometry_Protocol.pdf<a/>
+
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/ec/2018_InterLab_Flow_Cytometry_Protocol.pdf"> [2] https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/ec/2018_InterLab_Flow_Cytometry_Protocol.pdf<a/>
 
<br/>
 
<br/>
 
<br/>
 
<br/>
Line 872: Line 868:
 
                     <ul class="copyright">
 
                     <ul class="copyright">
 
                         <!--<li>&copy; 2014 Sparrow</li> -->
 
                         <!--<li>&copy; 2014 Sparrow</li> -->
−
                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Peking">Home</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:indigomad@pku.edu.cn">Contact</a></li>
+
                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Peking">Home</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:pekingigem2018@126.com">Contact</a></li>
 
                         <span> &copy;2018 PEKING IGEM. All Rights Reserved.</span>
 
                         <span> &copy;2018 PEKING IGEM. All Rights Reserved.</span>
 
                         <li><a href="http://getbootstrap.com/2.3.2/">Based on Bootstrap</a></li>
 
                         <li><a href="http://getbootstrap.com/2.3.2/">Based on Bootstrap</a></li>

Latest revision as of 00:28, 18 October 2018

Interlab

Introduction

Peking 2018 joined the fifth Interlab measurement study. This year we helped to answer this question: Can we reduce lab-to-lab variability in fluorescence measurements by normalizing to absolute cell count or colony-forming units (CFUs) instead of OD?

The introduction of this year Interlab: https://2018.igem.org/Measurement/InterLab

 

Equipment Information

Plate Reader: Perkin Elemer EnSpire TM Multilabel Reader 2300

Flow Cytometry: BD LSRFortessa TM Cell Analyzer

96 - Well Pate: Corning Incorporated Costar®️ 3603

 

Results

 

1.

Calibration 1: OD600 Reference point - LUDOX

 

Figure. 1 The result of LUDOX calibration. The correction factor of our plate reader is 3.316


 

2.

Calibration 2: Particle Standard Curve – Microsphere

 

Figure. 2 The result of particle calibration.


(a) Particle Standard Curve - Linear (b) Particle Standard Curve - Log Scale
Figure. 3 The result of particle standard curve

 

3.

Calibration 3: Fluorescence standard curve – Fluorescein

 

Figure. 4 The result of fluorescein calibration.


(a) Fluorescence Standard Curve - Linear (b) Fluorescence Standard Curve - Log Scale
Figure. 5 The result of fluorescence standard curve

 

Cell Measurement

 

Materials:

Competent cells (Escherichia coli strain DH5α)
LB (Luria Bertani) media
Chloramphenicol (stock concentration 25 mg/mL dissolved in EtOH)
50 ml Falcon tube (or equivalent, preferably amber or covered in foil to block light) Incubator at 37°C
1.5 ml eppendorf tubes for sample storage
Ice bucket with ice
Micropipettes and tips
96 well plate, black with clear flat bottom preferred

Figure. 6 The required test devices.



Figure. 7 The localization of each device on the 96-well plate.


1.

Plate Reader


Figure. 8 The raw readings of Abs 600 and fluorescence by the plate reader.




Figure. 9 The fluorescence per OD.




Figure. 10 The fluorescence per particle.

2.

Flow Cytometry


(a) Colony 1 (b) Colony 2
Figure. 11 The result of flow cytometry at 0h.

(a) Colony 1 (b) Colony 2
Figure. 12 The result of flow cytometry at 6h.
Colony Forming Units per 0.1 OD600 E. coli cultures

Figure. 13 The count of colony forming units per 0.1 OD600 E. coli cultures.

References

[1] https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/09/2018_InterLab_Plate_Reader_Protocol.pdf

[2] https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/ec/2018_InterLab_Flow_Cytometry_Protocol.pdf