Difference between revisions of "Team:HZAU-China/Notebook"

 
(11 intermediate revisions by 3 users not shown)
Line 246: Line 246:
 
         }
 
         }
  
−
         @media screen and (max-width: 900px) {
+
         @media screen and (max-width: 880px) {
  
 
             .daohang .caidan {
 
             .daohang .caidan {
Line 316: Line 316:
  
 
         .cebian {
 
         .cebian {
−
             width: 200px;
+
             width: 180px;
 
             /* height: 80vh; */
 
             /* height: 80vh; */
 
             float: left;
 
             float: left;
Line 343: Line 343:
  
 
         .h1 {
 
         .h1 {
−
             line-height: 55px;
+
            height: 80px;
 +
             line-height: 80px;
 
             font-weight: bold;
 
             font-weight: bold;
−
            height:auto;
 
 
             font-family: 'Product Sans', sans-serif;
 
             font-family: 'Product Sans', sans-serif;
 
             font-size: 40px;
 
             font-size: 40px;
Line 357: Line 357:
 
             line-height: 40px;
 
             line-height: 40px;
 
             font-weight: bold;
 
             font-weight: bold;
−
            height:auto;
 
 
             /* font-weight: bold; */
 
             /* font-weight: bold; */
 
             font-family: 'Product Sans', sans-serif;  
 
             font-family: 'Product Sans', sans-serif;  
Line 369: Line 368:
 
             line-height: 30px;
 
             line-height: 30px;
 
             font-weight: bold;
 
             font-weight: bold;
−
            height:auto;
 
 
             /* font-weight: bold; */
 
             /* font-weight: bold; */
 
             font-family: 'Product Sans', sans-serif;
 
             font-family: 'Product Sans', sans-serif;
Line 375: Line 373:
 
             color: #484848;
 
             color: #484848;
 
             /* margin-bottom: 20px; */
 
             /* margin-bottom: 20px; */
−
        }
 
−
       
 
−
        table {
 
−
            color: #3B3B3B;
 
 
         }
 
         }
  
Line 494: Line 488:
 
     <style>
 
     <style>
 
         #float01 {}
 
         #float01 {}
−
 
+
   
−
        #float02 {}
+
            #float02 {}
−
 
+
   
−
        div.floatCtro {
+
            div.floatCtro {
−
            width: 100%;
+
                width: 100%;
−
            /* height: auto; */
+
                /* height: auto; */
−
            margin: 0;
+
                margin: 0;
−
            position: relative;
+
                position: relative;
−
            background: #fff;
+
                background: #fff;
−
 
+
   
−
        }
+
−
 
+
−
        .daohangyi {
+
−
            display: block;
+
−
            width: 100%;
+
−
            /* height: auto; */
+
−
            /* text-align: left !important; */
+
−
            color: #ffffff !important;
+
−
            font-size: 16px;
+
−
            padding:0;
+
−
            background-color: #323643;
+
−
            border-bottom: 1px solid black;
+
−
            padding:0 3%;
+
−
            text-decoration: none !important;
+
−
        }
+
−
 
+
−
        div.floatCtro .daohanger {
+
−
            width: 100%;
+
−
            text-align: left !important;
+
−
            height: auto;
+
−
            line-height: 25px;
+
−
            font-family: Arial;
+
−
            font-size: 14px !important;
+
−
            color: #676767;
+
−
            margin: 0;
+
−
            padding:10px 8%;
+
−
            cursor: pointer;
+
−
            background: #fff;
+
−
        }
+
−
 
+
−
        div.floatCtro a {
+
−
            display: inline-block;
+
−
            display: none;
+
−
            width: 100%;
+
−
            height: 40px;
+
−
            padding:10px 8%;
+
−
            /* margin: 10px 0 0 0; */
+
−
            background: #FFF;
+
−
            color: #000 !important;
+
−
            vertical-align: middle;
+
−
            cursor: pointer;
+
−
        }
+
−
 
+
−
        div.floatCtro a span {
+
−
            display: block;
+
−
            height: auto;
+
−
            text-align: left !important;
+
−
            line-height: 18px;
+
−
            font-family: Arial;
+
−
            font-size: 16px;
+
−
        }
+
−
 
+
−
        div.floatCtro a:hover {
+
−
            /* background: #76b39d; */
+
−
            color: #EA0D04 !important;
+
−
            zoom: 1;
+
−
        }
+
−
 
+
−
        /* .cebian a:hover {
+
−
            color: #f6eee0 !important;
+
−
        } */
+
−
 
+
−
        div.floatCtro .daohanger:hover {
+
−
            /* background: #76b39d; */
+
−
            color: #1fa67a;
+
−
            text-decoration: underline !important;
+
−
        }
+
−
 
+
−
        div.floatCtro .daohanger.cur {
+
−
            /* background: #1fa67a; */
+
−
            color: #1fa67a;
+
−
        }
+
−
 
+
−
        .biaoti {
+
−
            display: inline-block;
+
−
            margin: 8px 0;
+
−
            /* width: 50%; */
+
−
            /* margin-left: 6%; */
+
−
            /* text-align: center; */
+
−
            text-decoration: none !important;
+
−
        }
+
−
 
+
−
        .daohangyi img {
+
−
            display: inline-block;
+
−
            width: 12px;
+
−
            height: 12px;
+
−
            vertical-align: middle;
+
−
            background-size: 100% 100%;
+
−
 
+
−
        }
+
−
        .cebian div:hover img{
+
−
            transform: rotateY(180deg);           
+
−
            -webkit-transform: rotateY(180deg);           
+
−
            -moz-transform: rotateY(180deg);           
+
−
            -o-transform: rotateY(180deg);           
+
−
            -ms-transform: rotateY(180deg);
+
−
            transition: all 0.5s ease-in-out;           
+
−
            -webkit-transition: all 0.5s ease-in-out;           
+
−
            -moz-transition: all 0.5s ease-in-out;           
+
−
            -o-transition: all 0.5s ease-in-out;
+
−
        }
+
−
        .cebian a:hover img{
+
−
            transform: rotate(360deg);           
+
−
            -webkit-transform: rotate(360deg);           
+
−
            -moz-transform: rotate(360deg);           
+
−
            -o-transform: rotate(360deg);           
+
−
            -ms-transform: rotate(360deg);
+
−
            transition: all 0.5s ease-in-out;           
+
−
            -webkit-transition: all 0.5s ease-in-out;           
+
−
            -moz-transition: all 0.5s ease-in-out;           
+
−
            -o-transition: all 0.5s ease-in-out;
+
−
        }
+
−
 
+
−
        @media screen and (max-width: 1200px) {           
+
−
         
+
−
            .cebian {
+
−
            width: 15%;
+
 
             }
 
             }
−
 
+
   
−
            .zhengwen {
+
−
            margin: 20px 20px 0 0;
+
−
 
+
 
             .daohangyi {
 
             .daohangyi {
−
                 font-size: 14px;
+
                display: block;
 +
                width: 100%;
 +
                /* height: auto; */
 +
                /* text-align: left !important; */
 +
                color: #ffffff !important;
 +
                 font-size: 16px;
 +
                padding:0;
 +
                background-color: #323643;
 +
                border-bottom: 1px solid black;
 +
                padding:0 3%;
 +
                text-decoration: none !important;
 
             }
 
             }
−
             .daohangyi img {
+
   
 +
             div.floatCtro .daohanger {
 +
                width: 100%;
 +
                text-align: left !important;
 +
                height: auto;
 +
                line-height: 25px;
 +
                font-family: Arial;
 +
                font-size: 14px !important;
 +
                color: #676767;
 +
                margin: 0;
 +
                padding:10px 8%;
 +
                cursor: pointer;
 +
                background: #fff;
 +
            }
 +
   
 +
            div.floatCtro a {
 +
                display: inline-block;
 
                 display: none;
 
                 display: none;
−
             }
+
                width: 100%;
−
        }
+
                height: 40px;
−
 
+
                padding:10px 8%;
−
        @media screen and (max-width: 900px) {
+
                /* margin: 10px 0 0 0; */
−
 
+
                background: #FFF;
 +
                color: #000 !important;
 +
                vertical-align: middle;
 +
                cursor: pointer;
 +
             }
 +
   
 +
            div.floatCtro a span {
 +
                display: block;
 +
                height: auto;
 +
                text-align: left !important;
 +
                line-height: 18px;
 +
                font-family: Arial;
 +
                font-size: 16px;
 +
            }
 +
   
 +
            div.floatCtro a:hover {
 +
                /* background: #76b39d; */
 +
                color: #EA0D04 !important;
 +
                zoom: 1;
 +
            }
 +
   
 +
            /* .cebian a:hover {
 +
                color: #f6eee0 !important;
 +
            } */
 +
   
 +
            div.floatCtro .daohanger:hover {
 +
                /* background: #76b39d; */
 +
                color: #1fa67a;
 +
                text-decoration: underline !important;
 +
            }
 +
   
 +
            div.floatCtro .daohanger.cur {
 +
                /* background: #1fa67a; */
 +
                color: #1fa67a;
 +
            }
 +
   
 +
            .biaoti {
 +
                display: inline-block;
 +
                margin: 8px 0;
 +
                /* width: 50%; */
 +
                /* margin-left: 6%; */
 +
                /* text-align: center; */
 +
                text-decoration: none !important;
 +
            }
 +
   
 
             .daohangyi img {
 
             .daohangyi img {
 +
                display: inline-block;
 +
                width: 12px;
 +
                height: 12px;
 +
                vertical-align: middle;
 +
                background-size: 100% 100%;
 +
   
 +
            }
 +
            .cebian div:hover img{
 +
                transform: rotateY(180deg);           
 +
                -webkit-transform: rotateY(180deg);           
 +
                -moz-transform: rotateY(180deg);           
 +
                -o-transform: rotateY(180deg);           
 +
                -ms-transform: rotateY(180deg);
 +
                transition: all 0.5s ease-in-out;           
 +
                -webkit-transition: all 0.5s ease-in-out;           
 +
                -moz-transition: all 0.5s ease-in-out;           
 +
                -o-transition: all 0.5s ease-in-out;
 +
            }
 +
            .cebian a:hover img{
 +
                transform: rotate(360deg);           
 +
                -webkit-transform: rotate(360deg);           
 +
                -moz-transform: rotate(360deg);           
 +
                -o-transform: rotate(360deg);           
 +
                -ms-transform: rotate(360deg);
 +
                transition: all 0.5s ease-in-out;           
 +
                -webkit-transition: all 0.5s ease-in-out;           
 +
                -moz-transition: all 0.5s ease-in-out;           
 +
                -o-transition: all 0.5s ease-in-out;
 +
            }
 +
   
 +
            @media screen and (max-width: 1200px) {           
 +
             
 +
                .cebian {
 +
                width: 15%;
 +
                }
 +
   
 +
                .zhengwen {
 +
                margin: 20px 20px 0 0;
 +
   
 +
                .daohangyi {
 +
                    font-size: 14px;
 +
                }
 +
                .daohangyi img {
 +
                    display: none;
 +
                } 
 +
            }
 +
   
 +
            @media screen and (max-width: 900px) {
 +
   
 +
                .daohangyi img {
 +
                    display: none;
 +
                } 
 +
               
 +
                .laoshi img {
 +
                    height: 30vh;
 +
                }
 +
            }
 +
    </style>
 +
    <!-- 折叠框CSS -->
 +
    <style>
 +
        .collapseDiv {
 +
              color: #333;
 +
              border-radius: 4px;
 +
              background-color: #F3F3F3;
 +
              border: 1px solid transparent;
 +
              border-color: #ddd;
 +
              box-shadow: 0 1px 1px #F3F3F3;
 +
              margin-top: 5px;
 +
              margin-bottom: 0;
 +
            }
 +
            .collapseDiv label {
 +
              cursor: pointer;
 +
              font-size: 24px  !important;
 +
              /* font-weight: bold; */
 +
              color: green  !important;
 +
              border-color: #F3F3F3  !important;
 +
              padding: 5px 15px 5px 18px  !important;
 +
              background-color: #f5f5f5  !important;
 +
              margin: 0  !important;
 +
              border-radius: 5px  !important;
 +
            }
 +
   
 +
            #zhedie-toggle1,
 +
            #zhedie-toggle2,
 +
            #zhedie-toggle3,
 +
            #zhedie-toggle4 {
 
                 display: none;
 
                 display: none;
−
             }
+
             }
 +
   
 +
            #zhedie1,
 +
            #zhedie2,
 +
            #zhedie3,
 +
            #zhedie4 {
 +
                display: none;
 +
                font-size: 18px;
 +
                padding: 0 50px 0 50px;
 +
                width: 100%;
 +
                margin: 0;
 +
                color: black;
 +
            }
 +
   
 +
            #zhedie-toggle1:checked+#zhedie1,
 +
            #zhedie-toggle2:checked+#zhedie2,
 +
            #zhedie-toggle3:checked+#zhedie3,
 +
            #zhedie-toggle4:checked+#zhedie4 {
 +
                display: block;
 +
            }
 +
   
 
              
 
              
−
             .laoshi img {
+
   
−
                height: 30vh;
+
   
 +
             .collapse_body {
 +
              background-color: #fff;
 +
              position: relative;
 +
              height: 0;
 +
              overflow: hidden;
 +
              -webkit-transition-timing-function: ease;
 +
              -o-transition-timing-function: ease;
 +
              transition-timing-function: ease;
 +
              -webkit-transition-duration: .35s;
 +
              -o-transition-duration: .35s;
 +
              transition-duration: .35s;
 +
              -webkit-transition-property: height, visibility;
 +
              -o-transition-property: height, visibility;
 +
              transition-property: height, visibility
 +
            }
 +
            .collapse_content {
 +
              font-size: 20px;
 +
              border-top: 1px solid #ddd;
 +
              background-color: #fff;
 +
              padding: 15px;
 
             }
 
             }
−
        }
 
 
     </style>
 
     </style>
−
 
  
 
</head>
 
</head>
Line 718: Line 786:
 
         <div class="zhengwen">
 
         <div class="zhengwen">
 
             <div id="float01" class="cur">
 
             <div id="float01" class="cur">
−
                 <div class="h1">Material</div>
+
                 <div class="h1">Processing of experiment results</div>
−
               
+
                 <h2><b>1.</b> Verification of Poisson distribution</h2>
−
                 <div class="h2"><b>1.</b>>Bacteria Strains used in this work</div>
+
                 <p>
−
                 <table class="table table-bordered table-hover">
+
                     We infect tumor cells (HeLa GSDMD KO cell line) with <i>Salmonella</i> carrying the GFP gene for a period of time and
−
                     <thead>
+
                    then count them, and the result is that the distribution of <i>Salmonella</i> in the tumor cells
−
                        <tr>
+
                    is consistent with a Poisson distribution.
−
                            <th>Strain</th>
+
                </p>
−
                            <th>Description</th>
+
                <br><br>
−
                            <th>Usage</th>
+
                <div style="width: 80%; margin: 20px auto">
−
<th>Sourse</th>
+
                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/86/T--HZAU-China--Notebook-fig1.png" width="100%" alt="">
−
                        </tr>
+
                </div>
−
                    </thead>
+
                <p style="width: 100%; text-align: center !important;"><b>Figure 1.</b> Infection of HeLa GSDMD KO cells by <i>Salmonella</i> and the result of analysis.</p><br>
−
                    <tbody>
+
                <p>The amounts of host cells and bacteria were measured in experiments.
−
                        <tr>
+
                 </p>
−
                            <td><i>E.coli</i> trans-5α</td>
+
−
                            <td class="success">Basic strain of calcium conversion</td>
+
−
                            <td class="success">plasmid constructe, molecular cloning</td>
+
−
<td class="success">Purchase by Shanghai Weidi Biotechnology</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td><i>E.coli</i> MG1655</td>
+
−
                            <td class="success">Type strain</td>
+
−
                            <td class="success"></td>
+
−
                            <td class="success">This work</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td><i>S. typhimurium</i>> SL1344</td>
+
−
                            <td class="success">Type strain</td>
+
−
                            <td class="success">Phenotypic validation</td>
+
−
                            <td class="success">Provide by Dr.Shan Li （Bio-Medical Center of HZAU</td>>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td><i>S. typhimurium</i>> SL1344(<i>ΔsifA</i>>）</td>
+
−
                            <td class="success">Decrease toxicity and infectivity</td>
+
−
                            <td class="success">Phenotypic validation</td>
+
−
                            <td class="success">This work</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td><i>S. typhimurium</i>> SL1344(<i>ΔsipD</i>>）</td>
+
−
                            <td class="success">knockout Type III secretion system</td>
+
−
                            <td class="success">Phenotypic validation</td>
+
−
                            <td class="success">This work</td>>
+
−
                        </tr>
+
−
                       
+
−
                    </tbody>
+
−
                 </table>
+
−
 
+
 
             </div>
 
             </div>
−
 
 
             <div id="float02">
 
             <div id="float02">
−
                <div class="h2"><b>2.</b>Culture Condition</div>
+
                 <p>The concentration of bacteria was calculated according to MOI (multiplicity of infection) and cell density.<br><br>
−
                <table class="table table-bordered table-hover">
+
                    We adjusted the parameter As to match the curve with the results of the Salmonella infection experiment. When As is
−
                    <thead>
+
                    equal to 0.0003, the curve simulated by the mathematical model matches the experimental measurements.
−
                        <tr>Culture medium</tr>
+
−
                        <tr>Compositions</tr>
+
−
                    </thead>
+
−
                    <tbody>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Luria Broth(LB)</td>
+
−
                            <td>0.5% yeast extraction,1% NaCL and 1% tryptone(add 15 g/L agar when prepare solid culture)</td>
+
−
 
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Super Optimal Broth(SOB)</td>
+
−
                            <td>0.5% yeast extraction, 0.05% NaCL and 2% tryptone(add 15 g/L agar when prepare solid culture) (add 5ml 2 mol/L MgCl<sub>2</sub> before use.)</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                    </tbody>
+
−
 
+
−
           
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
                <div class="h1">Method</div>
+
−
                <div class="h2"><b>1.</b>Plasmid construction</div>
+
−
                 <p>Our fragments was PCR amplified with KOD(TOYOBO<sup>®</sup>) or PrimeSTAR(Takara<sup>®</sup>) according to product length. <br>
+
−
                        Product is recycled with gel extraction kit from OMEGA<sup>®</sup> after electrophoresis. <br>
+
−
                        ClonExpress<sup>®</sup> II One Step Cloning Kit (Vyzyme) was used to ligate every fragment to construct the most plasmids. <br>
+
−
                        All plasmid constructs were confirmed by sequencing at Sangon<sup>®</sup>, Inc. (Wuhan,China).<br>
+
−
                        A single frozen glycerol stock was used throughout this study for each bacterial strain.<br>
+
 
                 </p>
 
                 </p>
−
 
+
                <div style="width: 80%; margin: 20px auto">
−
                 <div class="h2"><b>2.</b>Transformation</div>
+
                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/84/T--HZAU-China--Notebook-fig2.png" width="100%" alt="">
 +
                 </div>
 +
                <p style="width: 100%; text-align: center !important;"><b>Figure 2.</b> Parameter fitting of the tumor
 +
                    cells infection experiments. Red points are experimental results.
 +
                </p><br>
 
                 <p>
 
                 <p>
−
                        1. Add 3-5μl plasmid to 50μl F-trans5α(Weidi Biotechnology)competent cells and incubate 5min in ice
+
                    The parameters ‘Nsal’ and ‘Tumor’ are already known before the experiment. When the parameter ‘As’ is 0.0003,
−
                        , coated plates, select monoclonal colony PCR.Add  extra 42℃ heat shock 45s and incubate 10min step will increase  transformation efficiency.
+
                    the model results best fit the experimental results. </p>
−
                        Or 1.5kv, 4-5ms electroporate cell with 300-400 ng purified plasmid. Recover at 37°C 950rpm for 1h. <br>
+
−
                      2.Plated on LB agar plates containing appropriate concentration of antibody  for selection, grown overnight at 37°C. And prepare PCR reaction to select individual bacterial colony.
+
−
                </p>
+
−
                <div class="h2"><b>3.</b>Fluorescence/growth measurememt</div>
+
−
                <p>
+
−
                        Cell are cultured overnight in LB broth containing corresponding antibiotics, and diluted to OD is 0.1 with fresh LB broth.<br>
+
−
                        Expression was induced at early log phase by addition of different atc (40–140 ng/ml) concentrations. Culture the plate in 37℃ , 150 rpm. Every hour put it into a plate reader to measure its fluorescence/OD<sup>1</sup>.
+
−
                </p>
+
  
−
            <div id="float03">
 
−
                <div class="h1">Reference</div>
 
−
                <p>1.Becskel, A. & Serrano, L. Engineering stability in gene networks by autoregulation. Nature 405, 590–593 (2000).</p>
 
 
             </div>
 
             </div>
−
    </div>
 
−
</div>
 
−
        <!-- 侧边 -->
 
−
    <div class="cebian">
 
−
        <!-- 滚动菜单栏 -->
 
−
        <div class="daohangyi">
 
−
            <span class="biaoti">Safety</span>
 
−
            <span class="xsjPic"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/8d/T--HZAU-China--xjt.svg" alt=""></span>
 
 
         </div>
 
         </div>
−
         <div class="floatCtro">
+
        <!-- 侧边 -->
−
             <p class="daohanger">Introduction</p>
+
         <div class="cebian">
−
            <p class="daohanger">Lab Safety</p>
+
             <!-- 滚动菜单栏 -->
−
            <a>
+
            <a class="daohangyi" href="https://2018.igem.org/Team:HZAU-China/Experiments">
−
                 <span>Back&nbsp;to&nbsp;Top</span>
+
                <span class="biaoti">Experiments</span>
 +
                 <span class="xsjPic"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7c/T--HZAU-China--ysj.svg" alt=""></span>
 
             </a>
 
             </a>
 +
            <div class="daohangyi">
 +
                <span class="biaoti">Improve</span>
 +
                <span class="xsjPic"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7c/T--HZAU-China--ysj.svg" alt=""></span>
 +
            </div>
 +
            <a class="daohangyi" href="https://2018.igem.org/Team:HZAU-China/InterLab">
 +
                <span class="biaoti">InterLab</span>
 +
                <span class="xsjPic"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7c/T--HZAU-China--ysj.svg" alt=""></span>
 +
            </a>
 +
            <div class="daohangyi" href="#">
 +
                <span class="biaoti">Notebook</span>
 +
                <span class="xsjPic"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/8d/T--HZAU-China--xjt.svg" alt=""></span>
 +
 +
            </div>
 +
            <div class="floatCtro">
 +
                <!-- <p class="daohanger">Calibration</p>
 +
                <p class="daohanger">Cell Measurement</p>
 +
                <p class="daohanger">Summary</p> -->
 +
                <a>
 +
                    <span>Back&nbsp;to&nbsp;Top</span>
 +
                </a>
 +
            </div>
 +
            <div class="daohangyi" style="height:20px">
 +
            </div>
 +
            <!-- 滚动菜单栏 -->
 
         </div>
 
         </div>
−
        <a class="daohangyi" href="https://2018.igem.org/Team:HZAU-China/Human_Practices">
 
−
            <span class="biaoti">Human Practices</span>
 
−
            <span class="xsjPic"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7c/T--HZAU-China--ysj.svg" alt=""></span>
 
−
        </a>
 
−
        <a class="daohangyi" href="https://2018.igem.org/Team:HZAU-China/Public_Engagement">
 
−
            <span class="biaoti">Public Engagement</span>
 
−
            <span class="xsjPic"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7c/T--HZAU-China--ysj.svg" alt=""></span>
 
−
        </a>
 
−
        <!-- 滚动菜单栏 -->
 
−
    </div>
 
 
     </div>
 
     </div>
  
Line 870: Line 877:
 
                 fl = $('#float01').offset().top;
 
                 fl = $('#float01').offset().top;
 
                 f2 = $('#float02').offset().top;
 
                 f2 = $('#float02').offset().top;
 +
  
 
                 if (sTop <= f2 - 100) {
 
                 if (sTop <= f2 - 100) {

Latest revision as of 01:40, 18 October 2018

Processing of experiment results

1. Verification of Poisson distribution

We infect tumor cells (HeLa GSDMD KO cell line) with Salmonella carrying the GFP gene for a period of time and then count them, and the result is that the distribution of Salmonella in the tumor cells is consistent with a Poisson distribution.



Figure 1. Infection of HeLa GSDMD KO cells by Salmonella and the result of analysis.


The amounts of host cells and bacteria were measured in experiments.

The concentration of bacteria was calculated according to MOI (multiplicity of infection) and cell density.

We adjusted the parameter As to match the curve with the results of the Salmonella infection experiment. When As is equal to 0.0003, the curve simulated by the mathematical model matches the experimental measurements.

Figure 2. Parameter fitting of the tumor cells infection experiments. Red points are experimental results.


The parameters ‘Nsal’ and ‘Tumor’ are already known before the experiment. When the parameter ‘As’ is 0.0003, the model results best fit the experimental results.

Experiments
Improve
InterLab
Notebook
Back to Top