Difference between revisions of "Team:Fudan/Notebook"

(Prototype team page)
 
m
 
(12 intermediate revisions by 3 users not shown)
Line 1: Line 1:
 
{{Fudan}}
 
{{Fudan}}
−
<html>
+
<html lang="en">
 +
<!--
 +
This html document is created by Tian Huang for Team Fudan iGEM 2018.
 +
We make it compatible on laptop and mobile devices by using Materialize 1.0.0-rc.2.
 +
-->
 +
<!-- LC check on 2018-10-18 -->
 +
<head>
 +
    <meta charset="UTF-8">
  
 +
    <!-- CSS -->
 +
    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/css.css&action=raw&ctype=text/css" />
  
−
<div class="column full_size">
+
    <!-- Font-awesome icons 4.7.0 -->
 +
    <link href="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/font-awesome.css&action=raw&ctype=text/css" rel="stylesheet" />
  
−
<h1>Notebook</h1>
+
    <!-- Materialize 1.0.0-rc.2 (Material Design like) -->
−
<p> Document the dates you worked on your project. This should be a detailed account of the work done each day for your project.</p>
+
    <link rel="stylesheet" href="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/materialize.css&action=raw&ctype=text/css">
  
−
</div>
+
    <!-- Clear default CSS settings; CSS reset -->
−
<div class="clear"></div>
+
    <style>
 +
        *{margin: 0;padding: 0;list-style: none;}
 +
        /* via: https://blog.csdn.net/weixin_41014370/article/details/79523637 */
  
 +
        /** 清除内外边距 **/
 +
        body, h1, h3, h3, h4, h5, h6, hr, p, blockquote, /* structural elements 结构元素 */
 +
        dl, dt, dd, ul, ol, li, /* list elements 列表元素 */
 +
        pre, /* text formatting elements 文本格式元素 */
 +
        form, fieldset, legend, button, input, textarea, /* form elements 表单元素 */
 +
        th, td /* table elements 表格元素 */ {
 +
            margin: 0;
 +
            padding: 0;
 +
        }
  
 +
        /** 设置默认字体 **/
  
−
<div class="column two_thirds_size">
+
        h1, h3, h3, h4, h5, h6 { font-size: 100%; }
−
<h3>What should this page have?</h3>
+
        address, cite, dfn, em, var { font-style: normal; } /* 将斜体扶正 */
 +
        code, kbd, pre, samp { font-family: courier new, courier, monospace; } /* 统一等宽字体 */
 +
        small { font-size: 12px; } /* 小于 12px 的中文很难阅读，让 small 正常化 */
 +
 
 +
        /** 重置列表元素 **/
 +
        ul, ol { list-style: none; }
 +
 
 +
        /** 重置文本格式元素 **/
 +
        a { text-decoration: none; }
 +
        a:hover { text-decoration: underline; }
 +
 
 +
 
 +
        /** 重置表单元素 **/
 +
        legend { color: #000; } /* for ie6 */
 +
        fieldset, img { border: 0; } /* img 搭车：让链接里的 img 无边框 */
 +
        button, input, select, textarea { font-size: 100%; } /* 使得表单元素在 ie 下能继承字体大小 */
 +
        /* 注：optgroup 无法扶正 */
 +
 
 +
        /** 重置表格元素 **/
 +
        table { border-collapse: collapse; border-spacing: 0; }
 +
    </style>
 +
    <title>2018 iGEM Team:Fudan - Notebook</title>
 +
</head>
 +
 
 +
<body>
 +
<!-- Fudan div at igem.org -->
 +
<div id="FudanWrapper" class="white">
 +
    <div id="FudanBody" class="white">
 +
        <header>
 +
            <!-- empty bar -->
 +
            <div id="emptyBar" style="position:relative;width: 100%;"></div>
 +
 
 +
            <!-- Navigation bar -->
 +
            <nav id="topNav" class="white z-depth-0_5">
 +
                <div class="nav-wrapper">
 +
                    <div id="teamLogo" class="brand-logo">
 +
                        <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan" target="_self"><img alt="2018 team Fudan logo" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c4/T--Fudan--teamLogo.svg"></a>
 +
                    </div>
 +
                    <ul id="nav-mobile" class="right blueBorder">
 +
                        <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown1">Project</a></li>
 +
                        <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown2">Dry lab</a></li>
 +
                        <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger thisPageLink" data-target="dropdown3">Wet lab</a></li>
 +
                        <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown4">Toolbox</a></li>
 +
                        <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown5">Outreach</a></li>
 +
                        <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown6">Team</a></li>
 +
                        <li>
 +
                            <a id="navList" data-target="slide-out" class="waves-effect waves-light sidenav-trigger right">
 +
                                <i class="fa fa-navicon" style="font-size: 24px"></i>
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                </div>
 +
            </nav>
 +
 
 +
            <!-- Dropdown and List elements in navigation bar -->
 +
            <ul id="dropdown1" class="dropdown-content">
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
 +
 
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 +
            </ul>
 +
            <ul id="dropdown2" class="dropdown-content">
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Model#NotchLigandKinetics">Model: Notch-ligand&nbsp;kinetics</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Software">Software</a></li>
 +
            </ul>
 +
            <ul id="dropdown3" class="dropdown-content">
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/InterLab">iGEM interLab</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Notebook">Our notebook</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Primers">Primers used</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Protocols">Protocols</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Safety">Safety</a></li>
 +
            </ul>
 +
            <ul id="dropdown4" class="dropdown-content">
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Basic_Parts">Basic parts</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Composite_Parts">Composite parts</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Optimization">Optimization</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Parts_Collection">Parts collection</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Improve">Parts improvement</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Measurement">Quantification</a></li>
 +
            </ul>
 +
            <ul id="dropdown5" class="dropdown-content">
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Bio-Art">Bio-Art display</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Collaborations">Collaborations</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Design_Intention">Design intention</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Human_Practices">Human practices</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Public_Engagement">Public engagement</a></li>
 +
            </ul>
 +
            <ul id="dropdown6" class="dropdown-content">
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Acknowledgement">Acknowledgement</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Attributions">Attributions</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Heritage">Heritage</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Team">Members</a></li>
 +
                <li><a href="/Team:Fudan/Sponsors">Sponsors</a></li>
 +
            </ul>
 +
 
 +
            <!-- Slide-out navigator contents -->
 +
            <ul id="slide-out" class="sidenav">
 +
                <li style="padding: 0"><div class="sidenavBanner">
 +
                    <div class="background">
 +
                    </div>
 +
                    <p style="width: 100%;text-align: center;font-size: 24px"><span class="white-text">Our notebook</span></p>
 +
                </div></li>
 +
                <li>
 +
                    <ul class="collapsible expandable">
 +
                        <li>Navigator on wiki</li>
 +
                        <li>
 +
                            <div class="collapsible-header">Project</div>
 +
                            <div class="collapsible-body">
 +
                                <ul>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
 +
 
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 +
                                </ul>
 +
                            </div>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <div class="collapsible-header">Dry Lab</div>
 +
                            <div class="collapsible-body">
 +
                                <ul>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Model#NotchLigandKinetics">Model: Notch-ligand&nbsp;kinetics</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Software">Software</a></li>
 +
                                </ul>
 +
                            </div>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <div class="collapsible-header">Wet Lab</div>
 +
                            <div class="collapsible-body">
 +
                                <ul>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/InterLab">iGEM interLab</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Notebook">Our notebook</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Primers">Primers used</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Protocols">Protocols</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Safety">Safety</a></li>
 +
                                </ul>
 +
                            </div>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <div class="collapsible-header">Toolbox</div>
 +
                            <div class="collapsible-body">
 +
                                <ul>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Basic_Parts">Basic parts</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Composite_Parts">Composite parts</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Optimization">Optimization</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Parts_Collection">Parts collection</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Improve">Parts improvement</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Measurement">Quantification</a></li>
 +
                                </ul>
 +
                            </div>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <div class="collapsible-header">Outreach</div>
 +
                            <div class="collapsible-body">
 +
                                <ul>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Bio-Art">Bio-Art display</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Collaborations">Collaborations</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Design_Intention">Design intention</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Human_Practices">Human practices</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Public_Engagement">Public engagement</a></li>
 +
                                </ul>
 +
                            </div>
 +
                        </li>
 +
                        <li>
 +
                            <div class="collapsible-header">Team</div>
 +
                            <div class="collapsible-body">
 +
                                <ul>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Acknowledgement">Acknowledgement</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Attributions">Attributions</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Heritage">Heritage</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Team">Members</a></li>
 +
                                    <li><a href="/Team:Fudan/Sponsors">Sponsors</a></li>
 +
                                </ul>
 +
                            </div>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
 
 +
                </li>
 +
                <li><div class="placeHolder"></div></li>
 +
            </ul>
 +
        </header>
 +
 
 +
        <div id="pageContent" style="">
 +
            <div id="contentBanner" class="figureBanner">
 +
                <div class="row">
 +
                    <div class="col s12 m6 valign-wrapper hide-on-med-and-up">
 +
                        <h1>Our notebook</h1>
 +
                    </div>
 +
                    <div class="col s12 m6 valign-wrapper hide-on-med-and-up">
 +
                        <span>Here we present a main outline of our progress throughout the year.</span>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
                <div id="figureBannerTitle" class="hide-on-small-only">
 +
                    <h1>Our notebook</h1>
 +
                    <p><span>Here we present a main outline of our progress throughout the year.</span></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="hide-on-small-only">
 +
                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/ba/T--Fudan--title_notebook.jpg">
 +
                    <svg width="10" height="10" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" style="position:absolute; left:0;top:0; width: 4%;height: 100%;">
 +
                        <defs>
 +
                            <linearGradient y2="0%" x2="100%" y1="0%" x1="0%" id="blackgraleft">
 +
                                <stop stop-color="rgb(0,0,0)" stop-opacity="1" offset="0%"/>
 +
                                <stop stop-color="rgb(0,0,0)" stop-opacity="0" offset="100%"/>
 +
                            </linearGradient>
 +
                        </defs>
 +
                        <g>
 +
                            <rect id="svg_1" fill="url(#blackgraleft)" height="100%" width="100%"/>
 +
                        </g>
 +
                    </svg>
 +
                    <svg width="10" height="10" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" style="position:absolute; right:0;top:0; width: 4%;height: 100%;">
 +
                        <defs>
 +
                            <linearGradient y2="0%" x2="100%" y1="0%" x1="0%" id="blackgraright">
 +
                                <stop stop-color="rgb(0,0,0)" stop-opacity="0" offset="0%"/>
 +
                                <stop stop-color="rgb(0,0,0)" stop-opacity="1" offset="100%"/>
 +
                            </linearGradient>
 +
                        </defs>
 +
                        <g>
 +
                            <rect id="svg_2" fill="url(#blackgraright)" height="100%" width="100%"/>
 +
                        </g>
 +
                    </svg>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
 
 +
            <!-- main content of the page -->
 +
            <div class="container">
 +
                <!-- side navigator of page content -->
 +
                <!--<ul id="pageContentNav" class="hide-on-med-and-down z-depth-0">
 +
                    <li><a href="/Team:Fudan/InterLab">iGEM interLab</a></li>
 +
                    <li><a href="/Team:Fudan/Notebook">Our notebook</a></li>
 +
                    <li><a href="/Team:Fudan/Primers">Primers used</a></li>
 +
                    <li><a href="/Team:Fudan/Protocols">Protocols</a></li>
 +
                    <li><a href="/Team:Fudan/Safety">Safety</a></li>
 +
 
 +
                    <li class="onThisPageNav"><a href="#section1">General safety concerns</a></li>
 +
                    <li class="onThisPageNav"><a href="#section2">Laboratory practice</a></li>
 +
                    <li class="onThisPageNav"><a href="#section3">Specific safety concerns</a></li>
 +
                </ul>-->
 +
                <main style="margin:0">
 +
                    <div class="section container">
 +
                        <h2>Monthly Highlights</h2>
 +
<h3>April</h3>
 
<ul>
 
<ul>
−
<li>Chronological notes of what your team is doing.</li>
+
<li>First functional SynNotch constructed
−
<li> Brief descriptions of daily important events.</li>
+
</li><li>Developed a simple testification method of SynNotch—shaking beads linked with antigen
−
<li>Pictures of your progress. </li>
+
</li><li>Transcription factor and promotor pairs constructed and tested</li>
−
<li>Mention who participated in what task.</li>
+
 
</ul>
 
</ul>
 +
<h3>May</h3>
 +
<ul>
 +
<li>SynNotch leakage problem detection
 +
</li><li>Successfully constructed and tested the first mutated version of SynNotch
 +
</li><li>Started constructing composite promoters for logic gates</li>
 +
</ul>
 +
<h3>June</h3>
 +
<ul>
 +
<li>SynNotch with various extra- and intra-cellular domain construction
 +
</li><li>SynNotch and composite promoter verification in cell</li>
 +
</ul>
 +
<h3>August</h3>
 +
<ul>
 +
<li>Batch construction of plasmids used in “amplifier” and “combiner” layers for all sixteen logic
 +
</li><li>Continual construction and testification of various mutation versions of SynNotch</li>
 +
</ul>
 +
<h3>September</h3>
 +
<ul>
 +
<li>Successfully constructed double-stable cell line of two SynNotch receptors
 +
</li><li>Finished constructing plasmids used in logic gates</li>
 +
</ul>
 +
<h3>October</h3>
 +
<ul>
 +
<li>Parts construction
 +
</li><li>All sixteen logic testification in cell</li>
 +
</ul>
 +
<ul class="collapsible expandable">
 +
                            <li style="list-style-type: none">
 +
                                <div class="collapsible-header">Click to see details</div>
 +
                                <div class="collapsible-body">
 +
                                    <embed src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/32/T--Fudan--Notebook.pdf" width="100%" height="800px">
 +
                                </div>
 +
                            </li>
 +
                        </ul>
  
−
</div>
+
                    </div>
 +
                </main>
 +
            </div>
  
−
<div class="column third_size">
+
            <!--Abstract on content page-->
−
<div class="highlight decoration_A_full">
+
            <div id="abstractContent" class="z-depth-2">
−
<h3>Inspiration</h3>
+
                <a href="#!"><img alt="2018 team Fudan abstract" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/96/T--Fudan--X.svg"></a>
−
<p>You can see what others teams have done to organize their notes:</p>
+
                <div class="container">
 +
                    <h2 style="margin: 0;padding: 10px 0;">Abstract</h2>
 +
                    <p style="margin: 0">Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological
 +
                        events, yet customizing contact-dependent signal transduction between
 +
                        cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a
 +
                        complete set of transmembrane binary logic gates. Each gate consists of
 +
                        3 layers: Receptor, Amplifier, and Combiner. We first optimized synthetic
 +
                        Notch receptors to enable cells to respond to different signals across the
 +
                        membrane reliably. These signals, individually amplified intracellularly by
 +
                        transcription, are further combined for computing. Our engineered zinc finger-based
 +
                        transcription factors perform binary computation and output designed products.
 +
                        In summary, we have combined spatially different signals in mammalian cells,
 +
                        and revealed new potentials for biological oscillators, tissue engineering,
 +
                        cancer treatments, bio-computing, etc. ENABLE is a toolbox for constructing
 +
                        contact-dependent signaling networks in mammals. The 3-layer design principle
 +
                        underlying ENABLE empowers any future development of transmembrane logic circuits,
 +
                        thus contributes a foundational advance to Synthetic Biology.
 +
                    </p>
 +
                </div>
 +
            </div>
  
−
<ul>  
+
            <!-- Floating Btns -->
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:ATOMS-Turkiye/Notebook">2014 ATOMS-Turkiye</a></li>
+
            <div class="floatingBtn">
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Tec-Monterrey/ITESM14_project.html#tab_notebook">2014 Tec Monterrey</a></li>
+
                <a href="#!" id="abstractBtn" class="btn">
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Kyoto/Notebook/Magnetosome_Formation#title">2014 Kyoto</a></li>
+
                    <i class="fa fa-sticky-note" style="font-size: 30px;line-height: 50px"></i>
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Cornell/notebook">2014 Cornell</a></li>
+
                </a>
−
</ul>
+
                <a href="#FudanWrapper" class="btn">
−
</div>
+
                    <i class="fa fa-angle-up" style="font-size: 48px;line-height: 45px"></i>
 +
                </a>
 +
            </div>
 +
 
 +
            <!-- Footer with sponsors and contact methods -->
 +
            <footer id="FudanFooter" class="page-footer grey">
 +
                <div class="container">
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div id="sponsor" class="col m3 s12 row">
 +
                            <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan" target="_blank"><img alt="2018 Team:Fudan logo white" class="col s3 m6 l3" style="position:relative; padding: 0 0.3rem; margin:-0.15rem 0; left: -0.45rem;" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/73/T--Fudan--teamLogoWhite.png">
 +
                            </a><a href="http://www.fudan.edu.cn/en/" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" alt="Fudan University" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/f7/T--Fudan--schoolLogo.png">
 +
                        </a><a href="http://life.fudan.edu.cn/" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" style="margin-bottom: 4%;/* 该图比其他小一点，排版需要 */" alt="School of Life Sciences, Fudan University" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/1d/T--Fudan--schoolOfLifeSciencesIcon.png">
 +
                        </a><a href="http://www.yfc.cn/en/" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" style="padding: 0.15rem 0.9rem;" alt="Yunfeng Capital" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e2/T--Fudan--yunfengLogo.png">
 +
                        </a>
 +
                            <h3 class="col s12" style="text-align: left; color: rgba(255, 255, 255, 0.8); font-size: 18px">ENABLE: making cells even smarter</h3>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="usefulLinks" class="col m9 s12 row">
 +
                            <div class="col s12 l6 row">
 +
                                <div class="col s12 m4">
 +
                                    <span>Project</span>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
 +
 
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 +
                                        <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan">2017.iGEM</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col s12 m4">
 +
                                    <span>Dry lab</span>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Model#NotchLigandKinetics">Model: Notch-ligand&nbsp;kinetics</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Software">Software</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col s12 m4 active">
 +
                                    <span>Wet lab</span>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/InterLab">iGEM interLab</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Notebook">Our notebook</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Primers">Primers used</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Protocols">Protocols</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Safety">Safety</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="col s12 l6 row">
 +
                                <div class="col s12 m4">
 +
                                    <span>Toolbox</span>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Basic_Parts">Basic parts</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Composite_Parts">Composite parts</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Optimization">Optimization</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Parts_Collection">Parts collection</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Improve">Parts improvement</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Measurement">Quantification</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col s12 m4">
 +
                                    <span>Outreach</span>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Bio-Art">Bio-Art display</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Collaborations">Collaborations</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Design_Intention">Design intention</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Human_Practices">Human practices</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Public_Engagement">Public engagement</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col s12 m4">
 +
                                    <span>Team</span>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Acknowledgement">Acknowledgement</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Attributions">Attributions</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Heritage">Heritage</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Team">Members</a></li>
 +
                                        <li><a href="/Team:Fudan/Sponsors">Sponsors</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
                <div class="footer-copyright">
 +
                    <div class="container">
 +
                        <div class="contactUS row">
 +
                          <div class="col s12 m6 l4"><i class="fa fa-location-arrow"></i> Life Sci Bldg E301, 2005 Songhu Rd, Shanghai
 +
                          </div><div class="col s12 m6 l2"><i class="fa fa-fax"></i> +86-21-31246727
 +
                          </div><div class="col s12 m6 l2"><i class="fa fa-envelope-o"></i> igem@fudan.edu.cn
 +
                          </div><div class="col s12 m6 l4"><i class="fa fa-twitter"></i> <i class="fa fa-wechat"></i> Fudan_iGEM
 +
                          </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </footer>
 +
 
 +
        </div>
 +
    </div>
 
</div>
 
</div>
  
 +
 +
<!-- Javascript files -->
 +
<!-- Materialize 1.0.0-rc.2 -->
 +
<script src="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/materialize.js&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
 +
<!-- Javascript -->
 +
<script src="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/js.js&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
 +
 +
</body>
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 15:18, 7 November 2018

2018 iGEM Team:Fudan - Notebook

Our notebook

Here we present a main outline of our progress throughout the year.

Our notebook

Here we present a main outline of our progress throughout the year.

Monthly Highlights

April

  • First functional SynNotch constructed
  • Developed a simple testification method of SynNotch—shaking beads linked with antigen
  • Transcription factor and promotor pairs constructed and tested

May

  • SynNotch leakage problem detection
  • Successfully constructed and tested the first mutated version of SynNotch
  • Started constructing composite promoters for logic gates

June

  • SynNotch with various extra- and intra-cellular domain construction
  • SynNotch and composite promoter verification in cell

August

  • Batch construction of plasmids used in “amplifier” and “combiner” layers for all sixteen logic
  • Continual construction and testification of various mutation versions of SynNotch

September

  • Successfully constructed double-stable cell line of two SynNotch receptors
  • Finished constructing plasmids used in logic gates

October

  • Parts construction
  • All sixteen logic testification in cell
2018 team Fudan abstract

Abstract

Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological events, yet customizing contact-dependent signal transduction between cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a complete set of transmembrane binary logic gates. Each gate consists of 3 layers: Receptor, Amplifier, and Combiner. We first optimized synthetic Notch receptors to enable cells to respond to different signals across the membrane reliably. These signals, individually amplified intracellularly by transcription, are further combined for computing. Our engineered zinc finger-based transcription factors perform binary computation and output designed products. In summary, we have combined spatially different signals in mammalian cells, and revealed new potentials for biological oscillators, tissue engineering, cancer treatments, bio-computing, etc. ENABLE is a toolbox for constructing contact-dependent signaling networks in mammals. The 3-layer design principle underlying ENABLE empowers any future development of transmembrane logic circuits, thus contributes a foundational advance to Synthetic Biology.