Difference between revisions of "Team:Fudan/Acknowledgement"

Line 1: Line 1:
−
{{Fudan}}
+
<!DOCTYPE html>
 
<html lang="en">
 
<html lang="en">
 +
<!--
 +
This html document is created by Tian Huang for Team Fudan iGEM 2018.
 +
We make it compatible on laptop and mobile devices by using Materialize 1.0.0-rc.2.
 +
-->
 
<head>
 
<head>
 
     <meta charset="UTF-8">
 
     <meta charset="UTF-8">
Line 19: Line 23:
  
 
         /** 清除内外边距 **/
 
         /** 清除内外边距 **/
−
         body, h1, h3, h3, h4, h5, h6, hr, p, blockquote, /* structural elements 结构元素 */
+
         body, h1, h2, h2, h4, h5, h6, hr, p, blockquote, /* structural elements 结构元素 */
 
         dl, dt, dd, ul, ol, li, /* list elements 列表元素 */
 
         dl, dt, dd, ul, ol, li, /* list elements 列表元素 */
 
         pre, /* text formatting elements 文本格式元素 */
 
         pre, /* text formatting elements 文本格式元素 */
Line 30: Line 34:
 
         /** 设置默认字体 **/
 
         /** 设置默认字体 **/
  
−
         h1, h3, h3, h4, h5, h6 { font-size: 100%; }
+
         h1, h2, h2, h4, h5, h6 { font-size: 100%; }
 
         address, cite, dfn, em, var { font-style: normal; } /* 将斜体扶正 */
 
         address, cite, dfn, em, var { font-style: normal; } /* 将斜体扶正 */
 
         code, kbd, pre, samp { font-family: courier new, courier, monospace; } /* 统一等宽字体 */
 
         code, kbd, pre, samp { font-family: courier new, courier, monospace; } /* 统一等宽字体 */
Line 55: Line 59:
 
             list-style-type: disc;
 
             list-style-type: disc;
 
             margin: 0 0 0 16px;
 
             margin: 0 0 0 16px;
−
             font-size: 17px;
+
             font-size: 19px;
 
             text-align: justify;
 
             text-align: justify;
 +
        }
 +
        #pageContent .section ul{
 +
            font-size: 19px;
 +
            margin-top: 23px;
 
         }
 
         }
 
         #acknowledgementPhoto>div.row:nth-child(1)>div{
 
         #acknowledgementPhoto>div.row:nth-child(1)>div{
Line 78: Line 86:
 
                         <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan" target="_self"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c4/T--Fudan--teamLogo.svg"></a>
 
                         <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan" target="_self"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c4/T--Fudan--teamLogo.svg"></a>
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                     <ul id="nav-mobile" class="right">
+
                     <ul id="nav-mobile" class="right orangeBorder">
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown1">Project</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown1">Project</a></li>
−
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown2">Dry Lab</a></li>
+
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown2">Dry lab</a></li>
−
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown3">Wet Lab</a></li>
+
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown3">Wet lab</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown4">Toolbox</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown4">Toolbox</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown5">Outreach</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown5">Outreach</a></li>
Line 97: Line 105:
 
             <ul id="dropdown1" class="dropdown-content">
 
             <ul id="dropdown1" class="dropdown-content">
 
                 <li><a href="">Demonstration</a></li>
 
                 <li><a href="">Demonstration</a></li>
−
                 <li><a href="">Transmembrane Logic</a></li>
+
                 <li><a href="">Research background</a></li>
−
                 <li><a href="">SynNotch Research</a></li>
+
                 <li><a href="">Transmembrane logic</a></li>
 
             </ul>
 
             </ul>
 
             <ul id="dropdown2" class="dropdown-content">
 
             <ul id="dropdown2" class="dropdown-content">
−
                 <li><a href="">Model</a></li>
+
                <li><a href="">Addon: <sub>ENABLE</sub><sup>ribo</sup></a></li>
 +
                <li><a href="">Addon: <sub>ENABLE</sub><sup>TALE</sup></a></li>
 +
                <li><a href="">Addon: <sub>ENABLE</sub><sup>T2</sup></a></li>
 +
                 <li><a href="">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 +
                <li><a href="">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
 
                 <li><a href="">Software</a></li>
 
                 <li><a href="">Software</a></li>
 
             </ul>
 
             </ul>
 
             <ul id="dropdown3" class="dropdown-content">
 
             <ul id="dropdown3" class="dropdown-content">
−
                 <li><a href="">Interlab</a></li>
+
                 <li><a href="">iGEM interLab</a></li>
−
                 <li><a href="">Notebook</a></li>
+
                 <li><a href="">Our notebook</a></li>
 +
                <li><a href="">Primers used</a></li>
 +
                <li><a href="">Protocols</a></li>
 
                 <li><a href="">Safety</a></li>
 
                 <li><a href="">Safety</a></li>
 
             </ul>
 
             </ul>
 
             <ul id="dropdown4" class="dropdown-content">
 
             <ul id="dropdown4" class="dropdown-content">
−
                 <li><a href="">Basic Parts</a></li>
+
                 <li><a href="">Basic parts</a></li>
−
                 <li><a href="">Composite Parts</a></li>
+
                 <li><a href="">Composite parts</a></li>
−
                 <li><a href="">Parts Collection</a></li>
+
                <li><a href="">Optimization</a></li>
−
                 <li><a href="">Measurement</a></li>
+
                 <li><a href="">Parts collection</a></li>
 +
                 <li><a href="">Quantification</a></li>
 
             </ul>
 
             </ul>
 
             <ul id="dropdown5" class="dropdown-content">
 
             <ul id="dropdown5" class="dropdown-content">
−
                 <li><a href="">Human Practices</a></li>
+
                 <li><a href="">Bio-ART display</a></li>
−
                <li><a href="">Education & Public Engagement</a></li>
+
 
                 <li><a href="">Collaborations</a></li>
 
                 <li><a href="">Collaborations</a></li>
 +
                <li><a href="">Design intention</a></li>
 +
                <li><a href="">Human practices</a></li>
 +
                <li><a href="">Public engagement</a></li>
 
             </ul>
 
             </ul>
 
             <ul id="dropdown6" class="dropdown-content">
 
             <ul id="dropdown6" class="dropdown-content">
−
                <li><a href="">Members</a></li>
 
−
                <li><a href="">Attributions</a></li>
 
 
                 <li><a href="">Acknowledgement</a></li>
 
                 <li><a href="">Acknowledgement</a></li>
 +
                <li><a href="">Attributions</a></li>
 +
                <li><a href="">Heritage</a></li>
 +
                <li><a href="">Members</a></li>
 +
                <li><a href="">Sponsors</a></li>
 
             </ul>
 
             </ul>
  
Line 141: Line 160:
 
                                 <ul>
 
                                 <ul>
 
                                     <li><a href="">Demonstration</a></li>
 
                                     <li><a href="">Demonstration</a></li>
−
                                     <li><a href="">Transmembrane Logic</a></li>
+
                                     <li><a href="">Research background</a></li>
−
                                     <li><a href="">SynNotch Research</a></li>
+
                                     <li><a href="">Transmembrane logic</a></li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 
                             </div>
 
                             </div>
Line 150: Line 169:
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                                 <ul>
 
                                 <ul>
−
                                     <li><a href="">Model</a></li>
+
                                    <li><a href="">Addon: <sub>ENABLE</sub><sup>ribo</sup></a></li>
 +
                                    <li><a href="">Addon: <sub>ENABLE</sub><sup>TALE</sup></a></li>
 +
                                    <li><a href="">Addon: <sub>ENABLE</sub><sup>T2</sup></a></li>
 +
                                     <li><a href="">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 +
                                    <li><a href="">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
 
                                     <li><a href="">Software</a></li>
 
                                     <li><a href="">Software</a></li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
Line 159: Line 182:
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                                 <ul>
 
                                 <ul>
−
                                     <li><a href="">Interlab</a></li>
+
                                     <li><a href="">iGEM interLab</a></li>
−
                                     <li><a href="">Notebook</a></li>
+
                                     <li><a href="">Our notebook</a></li>
 +
                                    <li><a href="">Primers used</a></li>
 +
                                    <li><a href="">Protocols</a></li>
 
                                     <li><a href="">Safety</a></li>
 
                                     <li><a href="">Safety</a></li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
Line 169: Line 194:
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                                 <ul>
 
                                 <ul>
−
                                     <li><a href="">Basic Parts</a></li>
+
                                     <li><a href="">Basic parts</a></li>
−
                                     <li><a href="">Composite Parts</a></li>
+
                                     <li><a href="">Composite parts</a></li>
−
                                     <li><a href="">Parts Collection</a></li>
+
                                    <li><a href="">Optimization</a></li>
−
                                     <li><a href="">Measurement</a></li>
+
                                     <li><a href="">Parts collection</a></li>
 +
                                     <li><a href="">Quantification</a></li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 
                             </div>
 
                             </div>
Line 180: Line 206:
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                                 <ul>
 
                                 <ul>
−
                                     <li><a href="">Human Practices</a></li>
+
                                     <li><a href="">Bio-ART display</a></li>
−
                                    <li><a href="">Education & Public Engagement</a></li>
+
 
                                     <li><a href="">Collaborations</a></li>
 
                                     <li><a href="">Collaborations</a></li>
 +
                                    <li><a href="">Design intention</a></li>
 +
                                    <li><a href="">Human practices</a></li>
 +
                                    <li><a href="">Public engagement</a></li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 
                             </div>
 
                             </div>
Line 190: Line 218:
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                                 <ul>
 
                                 <ul>
−
                                     <li><a href="">Members</a></li>
+
                                     <li><a href="">Acknowledgement</a></li>
 
                                     <li><a href="">Attributions</a></li>
 
                                     <li><a href="">Attributions</a></li>
−
                                     <li><a href="" class="thisPageLink">Acknowledgement</a></li>
+
                                     <li><a href="">Heritage</a></li>
 +
                                    <li><a href="">Members</a></li>
 +
                                    <li><a href="">Sponsors</a></li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 
                             </div>
 
                             </div>
Line 204: Line 234:
  
 
         <div id="pageContent" style="">
 
         <div id="pageContent" style="">
−
             <div id="contentBanner">
+
             <div id="contentBanner" class="figureBanner">
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
−
                     <div class="col s12 m6 valign-wrapper">
+
                     <div class="col s12 m6 valign-wrapper hide-on-med-and-up">
 
                         <h1>Acknowledgement</h1>
 
                         <h1>Acknowledgement</h1>
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                     <div class="col s12 m6 valign-wrapper">
+
                     <div class="col s12 m6 valign-wrapper hide-on-med-and-up">
 
                         <span>Let us express the most sincere thanks to those
 
                         <span>Let us express the most sincere thanks to those
 
                             who rendered their warm help to us. A successful
 
                             who rendered their warm help to us. A successful
Line 215: Line 245:
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                 <!--
+
                 <div id="figureBannerTitle" class="hide-on-small-only">
−
                 <img src="../img/example.jpg" style="width: 100%">-->
+
                    <h1>Acknowledgement</h1>
 +
                    <p><span>Let us express the most sincere thanks to those
 +
                            who rendered their warm help to us. A successful
 +
                            team can’t be constructed without them.</span></p>
 +
                 </div>
 +
                <div>
 +
                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7f/T--Fudan--safety_big.jpg" class="hide-on-small-only">
 +
                </div>
 
             </div>
 
             </div>
 +
 
             <!-- main content of the page -->
 
             <!-- main content of the page -->
 
             <div class="container">
 
             <div class="container">
−
                 <main style="margin:0">
+
                 <main style="margin-right:0;">
 
                     <div id="section1" class="section container scrollspy">
 
                     <div id="section1" class="section container scrollspy">
−
                         <h3>Team and project</h3>
+
                         <h2>Acknowledgement</h2>
 
                         <ul>
 
                         <ul>
−
                             <li>Daru Lu, Liang Cai helped us set up our team.
+
                             <li>
−
                             </li><li>
+
                                We thank <a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan/Teamers" target="_blank">Zijie Yang</a> for his practical guidance in <a href="/protocols">molecular cloning</a>,
−
                             Daru Lu, Liang Cai, Xiaoming Ding, Qiang Huang, Jiang Zhong
+
                                <a href="/primers">primers design</a>, <a href="/protocols">cell culture</a> and <a href="/measurements">flow data analysis</a>.
−
                             and Ting Ni gave us valuable suggestions through the initial
+
                                He also helped us to start the <a href="/measurements">FACS</a> Jazz machine whenever we need.
−
                             brainstorm and during every project progress report held by the School
+
                             </li>
−
                             of Life Sciences of Fudan University.</li><li>
+
                            <li>
−
                            Team Fudan 2017 and team Fudan_China 2017 guided us enthusiastically during the winter vacation before we set up the team.</li><li>
+
                                We thank <a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan/Teamers" target="_blank">Yiheng Wang</a> for teaching us to model
−
                            Zijie Yang’s wonderful design of our 3-layer transmembrane binary logic gates.</li><li>
+
                                <a href="/model#1">DNA and transcription factor binding</a> using his previous \[model](link to 2017.model).
−
                            Yufang Zheng gave us basic information on the metalloprotease ADAM10 and ADAM17.</li><li>
+
                             </li>
−
                             Roman Jerala led us to the possible application of oscillator construction.</li><li>
+
                             <li>
−
                             Discussion with Stephen Blacklow brought us fresh thoughts on Notch core optimization.</li><li>
+
                                We thank <a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan_China/Member" target="_blank">Tian Huang</a> for providing us with a <a href="https://materializecss.com/" target="_blank">Materialize</a>
−
                            Lixin Yang, Xiaoying Bi, Ganjun Yu from Changhai Hospital of
+
                                based wiki template and teaching us with basic knowledge about HTML and CSS.
−
                                    Shanghai gave us brilliant advice on the application of our project.</li><li>
+
                             </li>
−
                             Haotian Guo’s incisive comments on prompted us to refine the our presentation method.</li>
+
                             <li>
 +
                                We thank <a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan/Teamers" target="_blank">Yiming Cai</a> for giving us
 +
                                advice on purifying EGFP protein, which was used in \[the beads assay](link to others) at the early
 +
                                stage of the project.
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                We thank <a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan/Teamers" target="_blank">Yijie Pan</a> for giving us practical suggestions
 +
                                on \[repeated fragment](link to protocol) molecular cloning and \[BioBrick parts](link to parts) documentation.
 +
                            </li>
 +
                            <li>We thank <a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan/Teamers" target="_blank">Xinxuan Xiong</a> and <a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan_China/Member" target="_blank">Xinyi Xu</a>
 +
                                for giving us useful advice about the \[Bio-ART](link to the page) display and actively helping us in preparation for the display.
 +
                            </li>
 +
                            <li>
 +
                                We thank <a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan/Teamers" target="_blank">Ao Feng</a> for helpful discussions on human practice.
 +
                            </li><li>We thank Jingyi Hu for helping us taking bacteria on the morning, and playing an active role in some of our \[human practice](link to).
 +
                            </li><li>We thank Haotian Guo for incisive comments on refining our presentation during and immediately after \[CCiC](link to).
 +
                             </li><li>We thank Professor [Xu Wei]’s advice on performing flow cytometry and doing the flow data analysis.
 +
                            </li><li>We thank Professor [Yufang Zheng] for helpful discussions on the known Notch regulation and unpublished insight from her study with metalloprotease [ADAM10] and [ADAM17].
 +
                             </li><li>We thank Professor [Stephen Blacklow] on email and face-to-face discussions on engineered Notch receptor optimization.
 +
                            </li><li>We thank Doctor Lixin Yang, Doctor Ganjun Yu, Doctor Xiaoying Bi, and Doctor Pengfei Luo for sparing precise time to have the discussion on xxxx. 需要链接到对应的HP页面部分。医生有主页要放
 +
                            </li><li>We thank Professor \[Xin Yuan](link to), in the Department of Philosophy, for attending our Bio-Ethic大小写统一 debate and his comments enriched our understanding.
 +
                            </li><li>We thank Professor Jiang Zhong, Professor Xiaoming Ding, Professor Qiang Huang, and Professor Ting Ni for giving us valuable suggestions and feeds at different stages of the project, from the initial brainstorm to the middle project progress and the pre-departure presentations. 需要添加各个老师的学院网站链接
 +
                            </li><li>We thank \[the Club of FDU Bertalanffy Society](link to page or wx) for helping to rent the space for [Bio-ART] display.
 +
                             </li><li>We thank teachers in Qibao Dwight High School, Shanghai Jincai High School, the High School Affiliated to Fudan University for offering us with opportunities to implement \[our HP](link to HP). 需要添加各个学校网址
 +
                            </li><li>We thank \[Team:Fudan\_China](link to) for teaching us how to use the xxxx brand plate reader.
 +
                            </li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
−
                        <h3>Lab and technique support</h3>
+
 
−
                        <ul>
+
                         <h2>Photos</h2>
−
                            <li>Liang Cai offered his lab space, gave us kind guidance along the way and helped with our funding.</li><li>
+
−
                            Graduates of Cai lab also helped us in experiments.</li><li>
+
−
                            Wei Xu gave us advice on conducting flow cytometry.</li><li>
+
−
                            Jingyi Hu, our helpful pal, also an undergraduate of Cai Lab,
+
−
                            always helped us in doing mini-prep and gel purification, thus having the nickname "long-term worker of Fudan iGEM".</li><li>
+
−
                            Yiming Cai and Yijie Pan gave us practical advice on lab skills.</li>
+
−
                        </ul>
+
−
                        <h3>HP</h3>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li>Xin Yuan, professor of philosophy department of Fudan University,
+
−
                                    attended our bio-ethic debate and his profound thinking enriched our understanding.</li><li>
+
−
                            Xinxuan Xiong and Xinyi Xu gave us useful advice about the bio-art display. They also took an active part in the preparation of the exhibition.</li><li>
+
−
                            Ao Feng gave us some general suggestions on human practice.</li><li>
+
−
                            FDU Bertalanffy Society supported us in information publishing and renting of activity space.</li><li>
+
−
                            School of Life Sciences, Qibao Dwight High School, Shanghai Jincai High School, The High School Affiliated to Fudan University, Changhai Hospital of Shanghai, Fudan University offered us opportunities to implement our HP.</li>
+
−
                        </ul>
+
−
                        <h3>Funding</h3>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li>YunFeng Capital;</li><li>
+
−
                            The National Top Talent Undergraduate Training Grant;</li><li>
+
−
                            Fudan Discipline Development Funds.</li>
+
−
                        </ul>
+
−
                        <h3>Sponsor</h3>
+
−
                        <ul><li>Snapgene provided us with software which helped us design and organize circuit plasmid.</li></ul>
+
−
                        <h3>Interlab</h3>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li>Team Fudan-CHINA 2018 gave us a hand in completing interlab work on plate reader experiments.</li></ul>
+
−
                        <h3>Modeling&Software</h3>
+
−
                        <ul><li>Yiheng Wang constructed our elegant amplifier model.</li></ul>
+
−
                        <h3>Wiki</h3>
+
−
                        <ul><li>Tian Huang helped us tremendously in wiki code writing and editing.</li></ul>
+
−
                        <br>
+
−
                        <br>
+
−
                        <br>
+
−
                        <br>
+
−
                         <h3>Photos</h3>
+
 
                         <div id="acknowledgementPhoto">
 
                         <div id="acknowledgementPhoto">
 
                             <h4>People</h4>
 
                             <h4>People</h4>
Line 316: Line 343:
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Fudan--Tian_Huang.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Fudan--Tian_Huang.jpg">
 
                                     <span>Tian Huang</span>
 
                                     <span>Tian Huang</span>
−
                                </div>
 
−
                                <div class="col s12 m3 l2">
 
−
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e5/T--Fudan--Roman_Jerala.jpg">
 
−
                                    <span>Roman Jerala</span>
 
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col s12 m3 l2">
 
                                 <div class="col s12 m3 l2">
Line 376: Line 399:
 
                             <h4>Labs, Organizations & Schools</h4>
 
                             <h4>Labs, Organizations & Schools</h4>
 
                             <div class="row">
 
                             <div class="row">
−
                                <div class="col s12 m3 l2">
 
−
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/40/T--Fudan--Cai_Lab.jpg">
 
−
                                    <span>Cai Lab</span>
 
−
                                </div>
 
−
                                <div class="col s12 m3 l2">
 
−
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/4a/T--Fudan--Beitalangfeishe.png">
 
−
                                    <span>FDU Bertalanffy Society</span>
 
−
                                </div>
 
 
                                 <div class="col s12 m3 l2">
 
                                 <div class="col s12 m3 l2">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/fd/T--Fudan--Changhai_Hospital.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/fd/T--Fudan--Changhai_Hospital.jpg">
Line 425: Line 440:
 
                 <a href="#!"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/96/T--Fudan--X.svg"></a>
 
                 <a href="#!"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/96/T--Fudan--X.svg"></a>
 
                 <div class="container">
 
                 <div class="container">
−
                     <h3 style="margin: 0">Abstract</h3>
+
                     <h2 style="margin: 0;padding: 10px 0;">Abstract</h2>
−
                     <p>Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological
+
                     <p style="margin: 0">Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological
−
                            events, yet customizing contact-dependent signal transduction between
+
                        events, yet customizing contact-dependent signal transduction between
−
                            cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a
+
                        cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a
−
                            complete set of transmembrane binary logic gates. Each gate consists of
+
                        complete set of transmembrane binary logic gates. Each gate consists of
−
                            3 layers: Receptor, Amplifier, and Combiner. We first optimized synthetic
+
                        3 layers: Receptor, Amplifier, and Combiner. We first optimized synthetic
−
                            Notch receptors to enable cells to respond to different signals across the
+
                        Notch receptors to enable cells to respond to different signals across the
−
                            membrane reliably. These signals, individually amplified intracellularly by
+
                        membrane reliably. These signals, individually amplified intracellularly by
−
                            transcription, are further combined for computing. Our engineered zinc finger-based
+
                        transcription, are further combined for computing. Our engineered zinc finger-based
−
                            transcription factors perform binary computation and output designed products.
+
                        transcription factors perform binary computation and output designed products.
−
                            In summary, we have combined spatially different signals in mammalian cells,
+
                        In summary, we have combined spatially different signals in mammalian cells,
−
                            and revealed new potentials for biological oscillators, tissue engineering,
+
                        and revealed new potentials for biological oscillators, tissue engineering,
−
                            cancer treatments, bio-computing, etc. ENABLE is a toolbox for constructing
+
                        cancer treatments, bio-computing, etc. ENABLE is a toolbox for constructing
−
                            contact-dependent signaling networks in mammals. The 3-layer design principle
+
                        contact-dependent signaling networks in mammals. The 3-layer design principle
−
                            underlying ENABLE empowers any future development of transmembrane logic circuits,
+
                        underlying ENABLE empowers any future development of transmembrane logic circuits,
−
                            thus contributes a foundational advance to Synthetic Biology. </p>
+
                        thus contributes a foundational advance to Synthetic Biology.
 +
                    </p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
−
 
−
 
  
 
             <!-- Floating Btns -->
 
             <!-- Floating Btns -->
Line 455: Line 469:
 
                 </a>
 
                 </a>
 
             </div>
 
             </div>
−
 
  
 
             <!-- Footer with sponsors and contact methods -->
 
             <!-- Footer with sponsors and contact methods -->
Line 461: Line 474:
 
                 <div class="container">
 
                 <div class="container">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
−
                         <div class="col l5 m3 s12 row">
+
                         <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" style="position:relative; padding: 0 0.3rem; margin:-0.15rem 0; left: -0.45rem;" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/73/T--Fudan--teamLogoWhite.png">
−
                            <div class="col s12">
+
                        </a><a href="http://www.fudan.edu.cn/en/" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" alt="Fudan University" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/f7/T--Fudan--schoolLogo.png">
−
                                <h3 class="white-text">Sponsors</h3>
+
                    </a><a href="http://life.fudan.edu.cn/" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" style="margin-bottom: 4%;/* 该图比其他小一点，排版需要 */" alt="School of Life Sciences, Fudan University" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/1d/T--Fudan--schoolOfLifeSciencesIcon.png">
−
                            </div>
+
                    </a><a href="http://www.yfc.cn/en/" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" style="padding: 0.15rem 0.9rem;" alt="Yunfeng Capital" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e2/T--Fudan--yunfengLogo.png">
−
                            <img class="circle sponsors col s6 l3" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/19/T--Fudan--schoolLogo.jpg">
+
                    </a>
−
                            <img class="sponsors col s6 l3 circle" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/4d/T--Fudan--schoolOfLifeSciencesIcon.jpeg">
+
                            <h3 class="col s12" style="text-align: left; color: rgba(255, 255, 255, 0.8); font-size: 18px">ENABLE: making cells even smarter</h3>
−
                            <img class="sponsors col s6 l3" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e2/T--Fudan--yunfengLogo.png">
+
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                         <div class="col l6 offset-l1 m8 offset-m1 s12 row">
+
                         <div id="usefulLinks" class="col m9 s12 row">
−
                             <div class="col s12">
+
                             <div class="col s12 l6 row">
−
                                 <h3 class="white-text">Contact Us</h3>
+
                                 <div class="col s12 m4">
 +
                                    <span>Project</span>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="">Demonstration</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Research background</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Transmembrane logic</a></li>
 +
                                        <li><a href="">2017.iGEM</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col s12 m4">
 +
                                    <span>Dry lab</span>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="">Addon: <sub>ENABLE</sub><sup>ribo</sup></a></li>
 +
                                        <li><a href="">Addon: <sub>ENABLE</sub><sup>TALE</sup></a></li>
 +
                                        <li><a href="">Addon: <sub>ENABLE</sub><sup>T2</sup></a></li>
 +
                                        <li><a href="">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Software</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col s12 m4 active">
 +
                                    <span>Wet lab</span>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="">iGEM interLab</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Our notebook</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Primers used</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Protocols</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Safety</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                             <div class="col s12 m4">
+
                             <div class="col s12 l6 row">
−
                                 <ul class="contactUS">
+
                                 <div class="col s12 m4">
−
                                     <li><i class="fa fa-location-arrow"></i> Address:<br>E301, School of Life Sciences, Fudan University
+
                                     <span>Toolbox</span>
−
                                         2005 Songhu Road, Yangpu, Shanghai, China</li>
+
                                    <ul>
−
                                 </ul>
+
                                        <li><a href="">Basic parts</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Composite parts</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Optimization</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Parts collection</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Quantification</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col s12 m4">
 +
                                    <span>Outreach</span>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="">Bio-ART display</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Collaborations</a></li>
 +
                                         <li><a href="">Design intention</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Human practices</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Public engagement</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                 </div>
 +
                                <div class="col s12 m4">
 +
                                    <span>Team</span>
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><a href="">Acknowledgement</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Attributions</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Heritage</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Members</a></li>
 +
                                        <li><a href="">Sponsors</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                            <div class="col s12 m4">
 
−
                                <ul class="contactUS">
 
−
                                    <li><i class="fa fa-envelope-o"></i> E-mail:<br>igem@fudan.edu.cn</li>
 
−
 
−
                                </ul>
 
−
                            </div>
 
−
                            <div class="col s12 m4">
 
−
                                <ul class="contactUS">
 
−
                                    <li>
 
−
                                        <i class="fa fa-wechat"></i> WeChat:<br>Fudan_iGEM
 
−
                                    </li>
 
−
                                </ul>
 
−
                            </div>
 
−
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 498: Line 551:
 
                 <div class="footer-copyright">
 
                 <div class="footer-copyright">
 
                     <div class="container">
 
                     <div class="container">
−
                         Have a nice day!
+
                         <div class="contactUS row">
−
                        <!--
+
                            <div class="col s12 m6 l5"><i class="fa fa-location-arrow"></i> Life Sci Bldg E301, 2005 Songhu Rd, Shanghai
−
                        <a class="grey-text text-lighten-4 right" href="">More Links</a>-->
+
                            </div><div class="col s12 m6 l3"><i class="fa fa-envelope-o"></i> igem@fudan.edu.cn
 +
                        </div><div class="col s12 m6 l2"><i class="fa fa-wechat"></i> Fudan_iGEM
 +
                        </div><div class="col s12 m6 l2"><i class="fa fa-fax"></i> +86-21-51630727
 +
                        </div>
 +
                        </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 508: Line 565:
 
     </div>
 
     </div>
 
</div>
 
</div>
−
 
−
 
 
<!-- Javascript files -->
 
<!-- Javascript files -->
 
<!-- Materialize 1.0.0-rc.2 -->
 
<!-- Materialize 1.0.0-rc.2 -->
Line 516: Line 571:
 
<!-- Javascript -->
 
<!-- Javascript -->
 
<script src="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/js.js&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
<script src="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/js.js&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
  
 
</body>
 
</body>
 
</html>
 
</html>

Revision as of 09:01, 11 October 2018

<!DOCTYPE html>

Acknowledgement

Let us express the most sincere thanks to those who rendered their warm help to us. A successful team can’t be constructed without them.

Acknowledgement

Let us express the most sincere thanks to those who rendered their warm help to us. A successful team can’t be constructed without them.

Acknowledgement

  • We thank Zijie Yang for his practical guidance in molecular cloning, primers design, cell culture and flow data analysis. He also helped us to start the FACS Jazz machine whenever we need.
  • We thank Yiheng Wang for teaching us to model DNA and transcription factor binding using his previous \[model](link to 2017.model).
  • We thank Tian Huang for providing us with a Materialize based wiki template and teaching us with basic knowledge about HTML and CSS.
  • We thank Yiming Cai for giving us advice on purifying EGFP protein, which was used in \[the beads assay](link to others) at the early stage of the project.
  • We thank Yijie Pan for giving us practical suggestions on \[repeated fragment](link to protocol) molecular cloning and \[BioBrick parts](link to parts) documentation.
  • We thank Xinxuan Xiong and Xinyi Xu for giving us useful advice about the \[Bio-ART](link to the page) display and actively helping us in preparation for the display.
  • We thank Ao Feng for helpful discussions on human practice.
  • We thank Jingyi Hu for helping us taking bacteria on the morning, and playing an active role in some of our \[human practice](link to).
  • We thank Haotian Guo for incisive comments on refining our presentation during and immediately after \[CCiC](link to).
  • We thank Professor [Xu Wei]’s advice on performing flow cytometry and doing the flow data analysis.
  • We thank Professor [Yufang Zheng] for helpful discussions on the known Notch regulation and unpublished insight from her study with metalloprotease [ADAM10] and [ADAM17].
  • We thank Professor [Stephen Blacklow] on email and face-to-face discussions on engineered Notch receptor optimization.
  • We thank Doctor Lixin Yang, Doctor Ganjun Yu, Doctor Xiaoying Bi, and Doctor Pengfei Luo for sparing precise time to have the discussion on xxxx. 需要链接到对应的HP页面部分。医生有主页要放
  • We thank Professor \[Xin Yuan](link to), in the Department of Philosophy, for attending our Bio-Ethic大小写统一 debate and his comments enriched our understanding.
  • We thank Professor Jiang Zhong, Professor Xiaoming Ding, Professor Qiang Huang, and Professor Ting Ni for giving us valuable suggestions and feeds at different stages of the project, from the initial brainstorm to the middle project progress and the pre-departure presentations. 需要添加各个老师的学院网站链接
  • We thank \[the Club of FDU Bertalanffy Society](link to page or wx) for helping to rent the space for [Bio-ART] display.
  • We thank teachers in Qibao Dwight High School, Shanghai Jincai High School, the High School Affiliated to Fudan University for offering us with opportunities to implement \[our HP](link to HP). 需要添加各个学校网址
  • We thank \[Team:Fudan\_China](link to) for teaching us how to use the xxxx brand plate reader.

Photos

People

Listed by alphabetical order of surnames.

Xiaoying Bi
Stephen Blacklow
Yiming Cai
Xiaoming Ding
Ao Feng
Haotian Guo
Jingyi Hu
Qiang Huang
Tian Huang
Pengfei Luo
Ting Ni
Yijie Pan
Yiheng Wang
Xinxuan Xiong
Wei Xu
Xinyi Xu
Lixing Yang
Shunhua Yang
Ganjun Yu
Xin Yuan
Jiang Zhong
Yufang Zheng

Labs, Organizations & Schools

Changhai Hospital
Jincai High School
High School Affiliated to Fudan University
Shanghai Qibao Dwight High School

iGEM Teams

Fudan-CHINA 2018
Fudan 2017
Fudan_China 2017

Abstract

Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological events, yet customizing contact-dependent signal transduction between cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a complete set of transmembrane binary logic gates. Each gate consists of 3 layers: Receptor, Amplifier, and Combiner. We first optimized synthetic Notch receptors to enable cells to respond to different signals across the membrane reliably. These signals, individually amplified intracellularly by transcription, are further combined for computing. Our engineered zinc finger-based transcription factors perform binary computation and output designed products. In summary, we have combined spatially different signals in mammalian cells, and revealed new potentials for biological oscillators, tissue engineering, cancer treatments, bio-computing, etc. ENABLE is a toolbox for constructing contact-dependent signaling networks in mammals. The 3-layer design principle underlying ENABLE empowers any future development of transmembrane logic circuits, thus contributes a foundational advance to Synthetic Biology.

Life Sci Bldg E301, 2005 Songhu Rd, Shanghai
igem@fudan.edu.cn
Fudan_iGEM
+86-21-51630727