Difference between revisions of "Team:SKLMT-China/Notebook Overview"

Line 22: Line 22:
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseOne">
 
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseOne">
−
                             week1-4
+
                             Week 5
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </h4>
 
                     </h4>
Line 28: Line 28:
 
                 <div id="collapseOne" class="panel-collapse collapse">
 
                 <div id="collapseOne" class="panel-collapse collapse">
 
                     <div class="panel-body">
 
                     <div class="panel-body">
−
                    <h3 class="title">Team registration and brainstorm</h3>
+
                        Find promoters with various strength in the light of transcriptom references. Take the sequence from the upstream of a specific gene.
−
<p>During this time, we registrated the team SKLMT-China in iGEM. In order to verify the feasibility of our project, we discussed with professors and experts and did some human practice work.</p>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
−
           
 
−
                        <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week5
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
<h3 class="title">Find promoters with various strength in the light of transcriptom references. Take the sequence from the upstream of a specific gene. </h3>
 
−
<div class="table-wrapper">
 
−
                <table class="alt">
 
−
                    <thead>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <th>Number</th>
 
−
                            <th> Promoter </th>
 
−
                            <th> Sequence 5'-3'</th>
 
−
<th> Length</th>
 
−
                        </tr>
 
−
                    </thead>
 
−
                    <tbody>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>01</td>
 
−
                            <td>PampC</td>
 
−
                            <td> ACGCCGGGGCCGCAAAGCCGCTGGGACAAACGCGGCGTACATAACCAGAACCCAGGGAAACCAACCAATC </td>
 
−
<td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>02</td>
 
−
<td>ParaA</td>
 
−
                            <td>CTACGACGGCTTCCTGACCCTATAGCTCTAGCAACACCCCCGATTGTTTTGTCTCTGGAGGATCACAGTA</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>03</td>
 
−
<td>PfabD</td>
 
−
                            <td>TGTCAGTTTCTTGCGTCCACCACGGTGTGACGTCAATTCTCCGACGACAAGATCATTAGGGGCTTGTTAC</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>04</td>
 
−
<td>PccmD</td>
 
−
                            <td>AGGTGCTCAAGCGTGAAGCCCGGACCAGTTGGGTCAAGGCCGAAGTCCAACGCAGCCTGGAGGCCGCCCG</td>
 
−
                            <td>70 </td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>05</td>
 
−
<td>PfliA</td>
 
−
                            <td>CGGCGAACCCACGCGGGCATCTGGAGTTTTTTGTCGAGCGGCTAGTGCATCAAACAGCGGGACCGGTGCT</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                    <tr>
 
−
                            <td>06</td>
 
−
<td>PltR</td>
 
−
                            <td>GGCTGTCATGATCTATTTGTAATTTGCCTTTACAAAAATAAGACACTAAAAATTCTAAAAGGATTTAGGA</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>07</td>
 
−
<td>PproC</td>
 
−
                            <td>GCGCTGTTTGGTGCCCGCGACTACAGTCAGTCCTGATGCGACTGACCCCGACCTCTTGTAAGGACCTGTC</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>08</td>
 
−
<td>PrecA</td>
 
−
                            <td>GCTGTGGAATAATACTGGCTACTTATACAGGTGTTGGCCGTCAGGCCTTATTGATTACGTGAGGACTTTA</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>09</td>
 
−
<td>PrpoD</td>
 
−
                            <td>TGAGGTCATAGCTCGGGTATAATCCTCGGCTTGTTTTTTGCCCGCCAAGACCTTCAGTGGATAGGGTGTT</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>10</td>
 
−
<td>PrpoS</td>
 
−
                            <td>AGGCTCCAGCGTTGCCAGGGATAAAGGCGCCGCTTGAGCCTGAGGTCGAACTCACCAAAGGACTATAACA</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>11</td>
 
−
<td>PdnaA</td>
 
−
                            <td>TAAGTGGGCGGCTGATCGCTACAATGGCCGCTTGTTTTTGCCTCACCGGCTTTCAACTTAGGGGATATCC</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>12</td>
 
−
<td>Ppol</td>
 
−
                            <td>ACCTTGTCCCTTTGTCGTCAACGGTCCCGCTATTCTAGCGCCGGACCCGCCGAAAAGGTTGATCCCGCTC</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>13</td>
 
−
<td>P16s</td>
 
−
                            <td>CGAGAAATCAAAGATGTAACCAACGATTGCTGAGCCAAGTTTAGGGTTTTCTCAAAACCCAAAGATGTTT</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>14</td>
 
−
<td>Psig</td>
 
−
                            <td>TGCCAAATCGATAAAGCCTCAATGACAATGCGACTAATTATCATTAGTGACACTCAGGCAGTCCGCGTCC</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>15</td>
 
−
<td>Patf</td>
 
−
                            <td>GTCGCCGGGCGTAAAGTGATCGCCGTTTGCGCGGCCCGATTGTCCGGCCGCCCGAGTAAGGAGTCTTATC</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>16</td>
 
−
<td>Pfme</td>
 
−
                            <td>ATGACCGTCTTGCAAAGGCTTGCTACGGCAAGCCTTTTTCTTTTCCGCATGTTTAACATCGAGAATTCCC</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>17</td>
 
−
<td>Pmem</td>
 
−
                            <td>GGTTAATCCGGGGTTTGTCGTTTCTGCCCGCCCCGCTATCATTCGCCGCATCTTTCGAGGGGTATGACCG</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>18</td>
 
−
<td>Pfat</td>
 
−
                            <td>CGTTTACGGCTAGCGCCCGGAGCCGGGGCTCGGGGCAGGATGCACACATCACTGACCAGAGGATGGAATC</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>19</td>
 
−
<td>Pami</td>
 
−
                            <td>GGTTTGGGGTTGCGCACTAACTTGCGCAGTGGCGATATAAGCGCCCTATAACAATTCCAGGGGTCGTTGT</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>20</td>
 
−
<td>Prib</td>
 
−
                            <td>TTCGCGCCCTAATTCGTGCGGTATTCAACAATAGTGTTGGGTGGCGGCACGCTAGCCTGAGGAATACACC</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>21</td>
 
−
<td>Pabc</td>
 
−
                            <td>CCCGCAAATAAAATTGCCGGCCCAGGCCGGCAGGCGCCCGGGGTCGGGCGACTTACAAGGAGCTTGTTGG</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>22</td>
 
−
<td>Pedo</td>
 
−
                            <td>TGAAGGCGCGCTGAGCGTGGCTGACCAGTTGATCGCCAAAGAGCGCGCAGCCAAGTAAGCGCCCGCCGCC</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>23</td>
 
−
<td>Ptox</td>
 
−
                            <td>AAAGACGCGGGCCTTGAGTGCTCTAACACCCAAGACCCGCTAACCACAAGCAGCTAAACAGGAGCTGAAT</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>24</td>
 
−
                    <td>Pdiv</td>
 
−
 
−
                            <td>GAGCTGACCCGGCGCACCCTCAAGCAAGGTCTGGAACTGCTGGGCCTCAAAGTCCTGGAGCAAATGTAAG</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                        <tr>
 
−
                            <td>25</td>
 
−
                    <td>Plip</td>
 
−
                            <td>AGGTTCTGATGTTTTCCGGGCAAGGCCTGAAGTAAAAAAACCGGGGCTTCGGGCCCACGGGAGAAAAATA</td>
 
−
                            <td>70</td>
 
−
                        </tr>
 
−
                    </tbody>
 
−
                   
 
−
                </table>
 
−
            </div>
 
−
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
 
 
             <div class="panel panel-default">
 
             <div class="panel panel-default">
 
                 <div class="panel-heading">
 
                 <div class="panel-heading">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
−
                          week6
+
                            Week 6
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </h4>
 
                     </h4>
Line 227: Line 42:
 
                 <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
                 <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
                     <div class="panel-body">
 
                     <div class="panel-body">
−
<p>design the PAGE-purified oligonucleotides used to amplify the chloramphenicol</p>
+
                        design the PAGE-purified oligonucleotides used to amplify the chloramphenicol and add homology arm for rencombination.
−
 
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
−
           
 
 
             <div class="panel panel-default">
 
             <div class="panel panel-default">
 
                 <div class="panel-heading">
 
                 <div class="panel-heading">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                     <h4 class="panel-title">
−
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseTwo">
+
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseThree">
−
                          week7&8
+
                            Week 7 & 8
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </h4>
 
                     </h4>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                 <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
+
                 <div id="collapseThree" class="panel-collapse collapse">
 
                     <div class="panel-body">
 
                     <div class="panel-body">
−
<p>amplify the chloramphnicol and promoter segment and add vector homology arms via series PCR. Purify the PCR products using the TianGen PCR Purification Kit and elute into 30ul of autoclaved ddH2O. Quantify the elution using a NanoDrop UV spectrophotometer, store them at 4℃。</p>
+
                        amplify the chloramphnicol and promoter segment and add vector homology arms via series PCR. Purify the PCR products using the TianGen PCR Purification Kit and elute into 30ul of autoclaved ddH2O. Quantify the elution using a NanoDrop UV spectrophotometer, store them at 4℃
−
<p>In order to obtain an artificial promoter library suitable for cloning, promoter sequence flanked by homology arms was added a chloramphenicol selection marker. This sequence was synthesized by sangon ®.  </p>
+
−
<p>TABLE 2 Oligonucleotides used for PCR of the DNA segment containing the promoter and chloramphenicol selective marker </p>
+
−
<div class="table-wrapper">
+
−
                <table class="alt">
+
−
                    <thead>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <th>Primer</th>
+
−
                            <th> Sequence 5'-3'</th>
+
−
<th>length</th>
+
−
                        </tr>
+
−
                    </thead>
+
−
                    <tbody>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Syn-primer 1</td>
+
−
                            <td> AATGAATTACAACAGTTTTTATGCAGATATCAATTAATTTGGTTATGTGTGGGAGGGCTA </td>
+
−
                            <td>60</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> ampC-2 </td>
+
−
                            <td>TGGGTTCTGGTTATGTACGCCGCGTTTGTCCCAGCGGCTTTGCGGCCCCGGCGTATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>araA-2 </td>
+
−
                            <td>AGACAAAACAATCGGGGGTGTTGCTAGAGCTATAGGGTCAGGAAGCCGTCGTAGATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>fabD-2 </td>
+
−
                            <td>GATCTTGTCGTCGGAGAATTGACGTCACACCGTGGTGGACGCAAGAAACTGACAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>ccmD-2 </td>
+
−
                            <td>TGCGTTGGACTTCGGCCTTGACCCAACTGGTCCGGGCTTCACGCTTGAGCACCTATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> fliA-2 </td>
+
−
                            <td>TTTGATGCACTAGCCGCTCGACAAAAAACTCCAGATGCCCGCGTGGGTTCGCCGATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> pltR-2 </td>
+
−
                            <td>AATTTTTAGTGTCTTATTTTTGTAAAGGCAAATTACAAATAGATCATGACAGCCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> proC-2 </td>
+
−
                            <td>AGGTCGGGGTCAGTCGCATCAGGACTGACTGTAGTCGCGGGCACCAAACAGCGCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> recA-2 </td>
+
−
                            <td>TCAATAAGGCCTGACGGCCAACACCTGTATAAGTAGCCAGTATTATTCCACAGCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> rpoD-2 </td>
+
−
                            <td>AAGGTCTTGGCGGGCAAAAAACAAGCCGAGGATTATACCCGAGCTATGACCTCAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> rpoS-2 </td>
+
−
                            <td>TGAGTTCGACCTCAGGCTCAAGCGGCGCCTTTATCCCTGGCAACGCTGGAGCCTATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>8f0</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> dnaA-2 </td>
+
−
                            <td>GAAAGCCGGTGAGGCAAAAACAAGCGGCCATTGTAGCGATCAGCCGCCCACTTAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> pol-2 </td>
+
−
                            <td>TTCGGCGGGTCCGGCGCTAGAATAGCGGGACCGTTGACGACAAAGGGACAAGGtATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> 16s-2 </td>
+
−
                            <td>TGAGAAAACCCTAAACTTGGCTCAGCAATCGTTGGTTACATCTTTGATTTCTCGATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>sig-2 </td>
+
−
                            <td>AGTGTCACTAATGATAATTAGTCGCATTGTCATTGAGGCTTTATCGATTTGGCAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>atf-2 </td>
+
−
                            <td>CGGGCGGCCGGACAATCGGGCCGCGCAAACGGCGATCACTTTACGCCCGGCGACATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>fme-2 </td>
+
−
                            <td>AAACATGCGGAAAAGAAAAAGGCTTGCCGTAGCAAGCCTTTGCAAGACGGTCATATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>mem-2 </td>
+
−
                            <td>AAGATGCGGCGAATGATAGCGGGGCGGGCAGAAACGACAAACCCCGGATTAACCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>fat-2 </td>
+
−
                            <td>CAGTGATGTGTGCATCCTGCCCCGAGCCCCGGCTCCGGGCGCTAGCCGTAAACGATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>ami-2 </td>
+
−
                            <td>TTGTTATAGGGCGCTTATATCGCCACTGCGCAAGTTAATGCGCAACCCCAAACCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>rib-2 </td>
+
−
                            <td>TAGCGTGCCGCCACCCAACACTATTGTTGAATACCGCACGAATTAGGGCGCGAAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>abc-2 </td>
+
−
                            <td>AAGTCGCCCGACCCCGGGCGCCTGCCGGCCTGGGCCGGCAATTTTATTTGCGGGATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>edo-2 </td>
+
−
                            <td>TTGGCTGCGCGCTCTTTGGCGATCAACTGGTCAGCCACGCTCAGCGCGCCTTCAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>tox-2 </td>
+
−
                            <td>GCTGCTTGTGGTTAGCGGGTCTTGGGTGTTAGAGCACTCAAGGCCCGCGTCTTTATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>div-2 </td>
+
−
                            <td>GACTTTGAGGCCCAGCAGTTCCAGACCTTGCTTGAGGGTGCGCCGGGTCAGCTCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>lip-2 </td>
+
−
                            <td>GCCCGAAGCCCCGGTTTTTTTACTTCAGGCCTTGCCCGGAAAACATCAGAACCTATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
 
+
−
                    </tbody>
+
−
                   
+
−
                </table>
+
−
</div>
+
−
<h5 class="title">Set up the PCR reaction using pR6K-cm-ccdB as a template. Typically, set up the PCR reaction (50ul in total) to obtain sufficient amounts of DNA.</h5>
+
−
<div class="table-wrapper">
+
−
                <table class="alt">
+
−
                    <thead>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <th>Component</th>
+
−
                            <th>Amount(ul)</th>
+
−
                            <th>Final</th>
+
−
                        </tr>
+
−
                    </thead>
+
−
                    <tbody>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Autoclaved ddH2O</td>
+
−
                            <td>22</td>
+
−
                            <td></td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>2×primeSTAR max premix</td>
+
−
                            <td>25</td>
+
−
                            <td>1×</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Template, 50ng ul<sub>-1</sub></td>
+
−
                            <td>1</td>
+
−
                            <td>50 ng</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Syn-promoter-1 Oligo(10uM)</td>
+
−
                            <td>1</td>
+
−
                            <td>30 pmol</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>promoter-2 Oligo(10uM)</td>
+
−
                            <td>1</td>
+
−
                            <td>30 pmol</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                    </tbody>
+
−
                    <tfoot>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Total</td>
+
−
                            <td>50</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                    </tfoot>
+
−
                </table>
+
−
            </div>
+
−
<p>Carry out the PCR in a thermal cycle following the instructions below:</p>
+
−
<div class="table-wrapper">
+
−
                <table class="alt">
+
−
                    <thead>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <th>Cycle number</th>
+
−
                            <th> Denaturation </th>
+
−
                            <th> Annealing </th>
+
−
<th> Termination </th>
+
−
                        </tr>
+
−
                    </thead>
+
−
                    <tbody>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>1</td>
+
−
                            <td>94℃,4min </td>
+
−
                            <td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>2~31</td>
+
−
                            <td>98℃, 15s </td>
+
−
<td>59℃, 15s</td>
+
−
                            <td>72℃, 15s </td>
+
−
<td></td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>32</td>
+
−
                            <td></td>
+
−
                            <td> </td>
+
−
                            <td>72℃, 4min</td>
+
−
<td></td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>33</td>
+
−
                            <td></td>
+
−
                            <td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td>10℃, hold </td>
+
−
                        </tr>
+
−
                 
+
−
                    </tbody>
+
−
                 
+
−
                </table>
+
−
            </div>
+
−
<p>Add vector homology arms to the PCR products purified</p>
+
−
<p>Using the purified PCR products from last step as a template. Use the PAGE-purified oligonucleotides ,Syn-promoter-3 and promoter-4 (Table3), to amplify the cm-promoter. </p>
+
−
<p>TABLE 3 Oligonucleotides used for PCR of the DNA segment containing the promoter and chloramphenicol selective marker</p>
+
−
<div class="table-wrapper">
+
−
                <table class="alt">
+
−
                    <thead>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <th>Primer</th>
+
−
                            <th> Sequence 5'-3'</th>
+
−
<th>length</th>
+
−
                        </tr>
+
−
                    </thead>
+
−
                    <tbody>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Syn-primer 3</td>
+
−
                            <td> AATGAATTACAACAGTTTTTAT</td>
+
−
                            <td>22</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> ampC-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATGATTGGTTGGTTTCCCTGGGTTCTGGTTATGTACGC </td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>araA-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATTACTGTGATCCTCCAGAGACAAAACAATCGGGGGTG</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>fabD-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATGTAACAAGCCCCTAATGATCTTGTCGTCGGAGAATT</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>ccmD-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATCGGGCGGCCTCCAGGCTGCGTTGGACTTCGGCCTTGA</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> fliA-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATAGCACCGGTCCCGCTGTTTGATGCACTAGCCGCTCG</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> pltR-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATTCCTAAATCCTTTTAGAATTTTTAGTGTCTTATTTT</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> proC-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATGACAGGTCCTTACAAGAGGTCGGGGTCAGTCGCATC</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> recA-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATTAAAGTCCTCACGTAATCAATAAGGCCTGACGGCCA</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> rpoD-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATAACACCCTATCCACTGAAGGTCTTGGCGGGCAAAAA</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> rpoS-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATTGTTATAGTCCTTTGGTGAGTTCGACCTCAGGCTCA</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> dnaA-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATggatatcccctaagttgaaagccggtgaggcaaaaa</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> pol-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATgagcgggatcaaccttttcggcgggtccggcgctag</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td> 16s-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATaaacatctttgggttttgagaaaaccctaaacttgg</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>sig-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATggacgcggactgcctgagtgtcactaatgataatta</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>atf-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATgataagactccttactcgggcggccggacaatcggg</td>
+
−
                            <td>80</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>fme-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATgggaattctcgatgttaaacatgcggaaaagaaaaa</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>mem-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATcggtcatacccctcgaaagatgcggcgaatgatagc</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>fat-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATgattccatcctctggtcagtgatgtgtgcatcctgc</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>ami-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATacaacgacccctggaattgttatagggcgcttatat</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>rib-4</td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATggtgtattcctcaggctagcgtgccgccacccaaca</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>abc-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATccaacaagctccttgtaagtcgcccgaccccgggcg</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>edo-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATggcggcgggcgcttacttggctgcgcgctctttggc</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>tox-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATattcagctcctgtttagctgcttgtggttagcgggt </td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>div-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATcttacatttgctccaggactttgaggcccagcagtt</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
<tr>
+
−
                            <td>lip-4 </td>
+
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATtatttttctcccgtgggcccgaagccccggtttttt</td>
+
−
                            <td>76</td>
+
−
                        </tr>
+
−
 
+
−
                    </tbody>
+
−
                   
+
−
                </table>
+
−
            </div>
+
−
<p>Using the purified PCR products from step2 as a template. set up the PCR reaction (50ul in total) to obtain sufficient amounts of DNA</p>
+
−
<div class="table-wrapper">
+
−
                <table class="alt">
+
−
                    <thead>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <th>Component</th>
+
−
                            <th>Amount(ul)</th>
+
−
                            <th>Final</th>
+
−
                        </tr>
+
−
                    </thead>
+
−
                    <tbody>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Autoclaved ddH2O</td>
+
−
                            <td>22</td>
+
−
                            <td></td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>2×primeSTAR max premix</td>
+
−
                            <td>25</td>
+
−
                            <td>1×</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Template, 50ng ul<sub>-1</sub></td>
+
−
                            <td>1</td>
+
−
                            <td>50 ng</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Syn-promoter-3 Oligo(10uM)</td>
+
−
                            <td>1</td>
+
−
                            <td>30 pmol</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>promoter-4 Oligo(10uM)</td>
+
−
                            <td>1</td>
+
−
                            <td>30 pmol</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                    </tbody>
+
−
                    <tfoot>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>Total</td>
+
−
                            <td>50</td>
+
−
                        </tr>
+
−
                    </tfoot>
+
−
                </table>
+
−
            </div>
+
−
<p>Carry out the PCR in a thermal cycle following the instructions below:</p>
+
−
<div class="table-wrapper">
+
−
                <table class="alt">
+
−
                    <thead>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <th>Cycle number</th>
+
−
                            <th> Denaturation </th>
+
−
                            <th> Annealing </th>
+
−
<th> Termination </th>
+
−
                        </tr>
+
−
                    </thead>
+
−
                    <tbody>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>1</td>
+
−
                            <td>94℃,4min </td>
+
−
                            <td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td></td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>2~31</td>
+
−
                            <td>98℃, 15s </td>
+
−
                            <td>52~59℃, 15s, 15s </td>
+
−
                            <td>72℃, 15s </td>
+
−
<td></td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>32</td>
+
−
                            <td></td>
+
−
                            <td> </td>
+
−
                            <td>72℃, 4min</td>
+
−
<td></td>
+
−
                        </tr>
+
−
                        <tr>
+
−
                            <td>33</td>
+
−
                            <td></td>
+
−
                            <td></td>
+
−
<td></td>
+
−
<td>10℃, hold </td>
+
−
                        </tr>
+
−
                 
+
−
                    </tbody>
+
−
                 
+
−
                </table>
+
−
            </div>
+
−
<p>Purify the PCR products using the TianGen PCR Purification Kit and elute into 30ul of autoclaved ddH2O. Quantify the elution using a NanoDrop UV spectrophotometer.</p>
+
−
<img src="T--SKLMT-China--promoter11-15.png" width="400" height="400"/>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 727: Line 63:
 
                 <div class="panel-heading">
 
                 <div class="panel-heading">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                     <h4 class="panel-title">
−
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseTwo">
+
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseFour">
−
                          week9
+
                            Week 9
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </h4>
 
                     </h4>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                 <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
+
                 <div id="collapseFour" class="panel-collapse collapse">
 
                     <div class="panel-body">
 
                     <div class="panel-body">
−
<h4 class="title"> transform the plasmid pBBR1-kan-amp-ccdb-BAD-GFP-firefly into GB05 red gyrA462 via electroporation. Do Mini-Prep and screen correct plasmid by restriction analysis</h4>
+
                        transform the plasmid pBBR1-kan-amp-ccdb-BAD-GFP-firefly into GB05 red gyrA462 via electroporation. Do Mini-Prep and screen correct plasmid by restriction analysis.
−
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 742: Line 77:
 
                 <div class="panel-heading">
 
                 <div class="panel-heading">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                     <h4 class="panel-title">
−
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseTwo">
+
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseFive">
−
                          week10
+
                            Week 10
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </h4>
 
                     </h4>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                 <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
+
                 <div id="collapseFive" class="panel-collapse collapse">
 
                     <div class="panel-body">
 
                     <div class="panel-body">
−
<p>construct the plasmid pBBR1-kan-cm-promoter(1-25)-firefly via liner circular recombination in GB05 red gyrA462. Do Mini-Prep and screen correct recombinants by restriction analysis. </p>
+
                        construct the plasmid pBBR1-kan-cm-promoter(1-25)-firefly via liner circular recombination in GB05 red gyrA462. Do Mini-Prep and screen correct recombinants by restriction analysis.
−
 
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 757: Line 91:
 
                 <div class="panel-heading">
 
                 <div class="panel-heading">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                     <h4 class="panel-title">
−
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseTwo">
+
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseSix">
−
                          week11
+
                            Week 11
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </h4>
 
                     </h4>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                 <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
+
                 <div id="collapseSix" class="panel-collapse collapse">
 
                     <div class="panel-body">
 
                     <div class="panel-body">
−
<p>transform the plasmid pBBR1-kan-amp-ccdb-BAD-GFP-firefly into p.fluorescence pf-5 via electroporation. </p>
+
                        transform the plasmid pBBR1-kan-amp-ccdb-BAD-GFP-firefly into p.fluorescence pf-5 via electroporation.
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 771: Line 105:
 
                 <div class="panel-heading">
 
                 <div class="panel-heading">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                     <h4 class="panel-title">
−
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseTwo">
+
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseSeven">
−
                          week12
+
                            Week 12 & 13
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </h4>
 
                     </h4>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                 <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
+
                 <div id="collapseSeven" class="panel-collapse collapse">
 
                     <div class="panel-body">
 
                     <div class="panel-body">
−
<p>Chracterize the strength of different promoters by luciferase firefly assay. </p>
+
                        chracterize the strength of different promoters by luciferase firefly assay.
−
<p>Colleborate with seven Chinese iGEM teams to characterize the promoter strength under differdent conditions.</p>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 786: Line 119:
 
                 <div class="panel-heading">
 
                 <div class="panel-heading">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                     <h4 class="panel-title">
−
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseTwo">
+
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseEight">
−
                          week13
+
                            Week 14 - 17
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </h4>
 
                     </h4>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                 <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
+
                 <div id="collapseEight" class="panel-collapse collapse">
 
                     <div class="panel-body">
 
                     <div class="panel-body">
−
<p>modeling </p>
+
                        modeling
−
 
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 801: Line 133:
 
                 <div class="panel-heading">
 
                 <div class="panel-heading">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                     <h4 class="panel-title">
−
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseTwo">
+
                         <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseNine">
−
                          week14
+
                            Week 17 - 20
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </h4>
 
                     </h4>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
                 <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
+
                 <div id="collapseNine" class="panel-collapse collapse">
 
                     <div class="panel-body">
 
                     <div class="panel-body">
−
<p>constract our software tool </p>
+
                        constract our software tool
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
−
            <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week15
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week16
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week17
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week18
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week19
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week19
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week20
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week21
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week22
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week23
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
            <div class="panel panel-default">
 
−
                <div class="panel-heading">
 
−
                    <h4 class="panel-title">
 
−
                        <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion"  href="#collapseTwo">
 
−
                          week24
 
−
                        </a>
 
−
                    </h4>
 
−
                </div>
 
−
                <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
−
                    <div class="panel-body">
 
−
 
−
                    </div>
 
−
                </div>
 
−
            </div>
 
−
        </div>
 
−
 
−
 
−
       
 
−
            </article>
 
 
         </div>
 
         </div>
−
 
−
    </section>
 
−
 
−
</html>
 
−
 
−
{{SKLMT-China/footer}}
 

Revision as of 14:09, 15 October 2018

  1. Home
  2. Topic
  3. Article

Week 5

Find promoters with various strength in the light of transcriptom references. Take the sequence from the upstream of a specific gene.

Week 6

design the PAGE-purified oligonucleotides used to amplify the chloramphenicol and add homology arm for rencombination.

Week 7 & 8

amplify the chloramphnicol and promoter segment and add vector homology arms via series PCR. Purify the PCR products using the TianGen PCR Purification Kit and elute into 30ul of autoclaved ddH2O. Quantify the elution using a NanoDrop UV spectrophotometer, store them at 4℃

Week 9

transform the plasmid pBBR1-kan-amp-ccdb-BAD-GFP-firefly into GB05 red gyrA462 via electroporation. Do Mini-Prep and screen correct plasmid by restriction analysis.

Week 10

construct the plasmid pBBR1-kan-cm-promoter(1-25)-firefly via liner circular recombination in GB05 red gyrA462. Do Mini-Prep and screen correct recombinants by restriction analysis.

Week 11

transform the plasmid pBBR1-kan-amp-ccdb-BAD-GFP-firefly into p.fluorescence pf-5 via electroporation.

Week 12 & 13

chracterize the strength of different promoters by luciferase firefly assay.

Week 14 - 17

modeling

Week 17 - 20

constract our software tool