Difference between revisions of "Team:Fudan/Notebook"

Line 7: Line 7:
 
<head>
 
<head>
 
     <meta charset="UTF-8">
 
     <meta charset="UTF-8">
−
 
+
   
 
     <!-- CSS -->
 
     <!-- CSS -->
 
     <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/css.css&action=raw&ctype=text/css" />
 
     <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/css.css&action=raw&ctype=text/css" />
Line 55: Line 55:
 
         /** 重置表格元素 **/
 
         /** 重置表格元素 **/
 
         table { border-collapse: collapse; border-spacing: 0; }
 
         table { border-collapse: collapse; border-spacing: 0; }
−
 
+
         </style>
−
         #section1 div img{
+
−
            margin: 20px;
+
−
        }
+
−
        #section1 div:not(#sponsor4){
+
−
            text-align: center;
+
−
            width: 100%;
+
−
        }
+
−
        #section1 div.sponsor{
+
−
            padding-bottom: 50px;
+
−
        }
+
−
        #sponsor4{
+
−
            width: 300px;
+
−
            margin: 0 auto;
+
−
        }
+
−
    </style>
+
 
</head>
 
</head>
  
 
<body>
 
<body>
−
 
 
<!-- Fudan div at igem.org -->
 
<!-- Fudan div at igem.org -->
 
<div id="FudanWrapper" class="white">
 
<div id="FudanWrapper" class="white">
−
     <div id="FudanBody" class="white orangeBg">
+
     <div id="FudanBody" class="white">
 
         <header>
 
         <header>
 
             <!-- empty bar -->
 
             <!-- empty bar -->
Line 88: Line 72:
 
                         <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan" target="_self"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c4/T--Fudan--teamLogo.svg"></a>
 
                         <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan" target="_self"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c4/T--Fudan--teamLogo.svg"></a>
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                     <ul id="nav-mobile" class="right orangeBorder">
+
                     <ul id="nav-mobile" class="right blueBorder">
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown1">Project</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown1">Project</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown2">Dry lab</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown2">Dry lab</a></li>
−
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown3">Wet lab</a></li>
+
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger thisPageLink" data-target="dropdown3">Wet lab</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown4">Toolbox</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown4">Toolbox</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown5">Outreach</a></li>
 
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown5">Outreach</a></li>
−
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger thisPageLink" data-target="dropdown6">Team</a></li>
+
                         <li class="hide-on-med-and-down"><a class="dropdown-trigger" data-target="dropdown6">Team</a></li>
 
                         <li>
 
                         <li>
 
                             <a id="navList" data-target="slide-out" class="waves-effect waves-light sidenav-trigger right">
 
                             <a id="navList" data-target="slide-out" class="waves-effect waves-light sidenav-trigger right">
Line 107: Line 91:
 
             <ul id="dropdown1" class="dropdown-content">
 
             <ul id="dropdown1" class="dropdown-content">
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
 +
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
Line 151: Line 136:
 
             <ul id="slide-out" class="sidenav">
 
             <ul id="slide-out" class="sidenav">
 
                 <li style="padding: 0"><div class="sidenavBanner">
 
                 <li style="padding: 0"><div class="sidenavBanner">
−
                     <div class="background orangeBg">
+
                     <div class="background">
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                     <p style="width: 100%;text-align: center;font-size: 24px"><span class="white-text">Sponsors</span></p>
+
                     <p style="width: 100%;text-align: center;font-size: 24px"><span class="white-text">Our notebook</span></p>
 
                 </div></li>
 
                 </div></li>
 
                 <li>
 
                 <li>
 
                     <ul class="collapsible expandable">
 
                     <ul class="collapsible expandable">
 +
                        <li>Navigator on this page</li>
 
                         <li>Navigator on wiki</li>
 
                         <li>Navigator on wiki</li>
 
                         <li>
 
                         <li>
Line 163: Line 149:
 
                                 <ul>
 
                                 <ul>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
−
                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
+
 
 +
                                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
Line 172: Line 159:
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                                 <ul>
 
                                 <ul>
−
                                  <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
+
                                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
−
                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
+
                                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
−
                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
+
                                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#War_Predictor">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
 
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#War_Predictor">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
Line 238: Line 225:
  
 
         <div id="pageContent" style="">
 
         <div id="pageContent" style="">
−
           
 
 
             <div id="contentBanner" class="figureBanner">
 
             <div id="contentBanner" class="figureBanner">
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
−
                     <div class="col s12 hide-on-med-and-up">
+
                     <div class="col s12 m6 valign-wrapper hide-on-med-and-up">
 
                         <h1>Our notebook</h1>
 
                         <h1>Our notebook</h1>
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                     <div class="col s12 hide-on-med-and-up">
+
                     <div class="col s12 m6 valign-wrapper hide-on-med-and-up">
−
                         <span>sadfsadfsadsa sadfsa  sadfsadf asdf.</span>
+
                         <span>...</span>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div id="figureBannerTitle" class="hide-on-small-only">
 
                 <div id="figureBannerTitle" class="hide-on-small-only">
 
                     <h1>Our notebook</h1>
 
                     <h1>Our notebook</h1>
−
                     <p><span>sadfsadf sadf sad fe asdffasd faew sfdadff. </span></p>
+
                     <p><span>...</span></p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="hide-on-small-only">
 
                 <div class="hide-on-small-only">
−
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/6c/T--Fudan--title_interlab.jpg">
+
                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/ba/T--Fudan--title_notebook.jpg">
 
                     <svg width="10" height="10" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" style="position:absolute; left:0;top:0; width: 4%;height: 100%;">
 
                     <svg width="10" height="10" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" style="position:absolute; left:0;top:0; width: 4%;height: 100%;">
 
                         <defs>
 
                         <defs>
Line 279: Line 265:
 
             </div>
 
             </div>
  
−
             <!-- @@@@ main content of the page -->
+
             <!-- main content of the page -->
 
             <div class="container">
 
             <div class="container">
 
                 <!-- side navigator of page content -->
 
                 <!-- side navigator of page content -->
 
                 <ul id="pageContentNav" class="hide-on-med-and-down z-depth-0">
 
                 <ul id="pageContentNav" class="hide-on-med-and-down z-depth-0">
−
                     <li><a href="./InterLab">iGEM interLab</a></li>
+
                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/InterLab">iGEM interLab</a></li>
−
                     <li>Our notebook</li>
+
                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Notebook">Our notebook</a></li>
−
                     <li><a href="./Primers">Primers used</a></li>
+
                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Primers">Primers used</a></li>
−
                     <li><a href="./Protocols">Protocols</a></li>
+
                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Protocols">Protocols</a></li>
−
                     <li style="margin-bottom: 10px;"><a href="./Safety">Safety</a></li>
+
                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Safety">Safety</a></li>
 +
                    <!--
 +
                    <li class="onThisPageNav"><a href="#section1">General safety concerns</a></li>
 +
                    <li class="onThisPageNav"><a href="#section2">Laboratory practice</a></li>
 +
                    <li class="onThisPageNav"><a href="#section3">Specific safety concerns</a></li>-->
 
                 </ul>
 
                 </ul>
 
                 <main>
 
                 <main>
−
                     <div class="section container">
+
                     <div id="section1" class="section container scrollspy">
−
                         <div class="figureHolder">
+
                         <div class="expFigureHolder width80 right-on-med-and-up"> <!-- width20到width80都有 大屏上宽是对应值 在小屏宽度100%；有大屏的右浮动和左浮动 -->
 +
                            <img class="responsive-img" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/4b/T--Fudan--model_wyh_2.png">
 +
 
 
                             <p>
 
                             <p>
−
                                 <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/c1/T--Fudan--interLab-fig4.png">
+
                                 Figure 2. Previous designs with single element are not able to handle transmembrane signal processing task. The input-output relationship of a single element is characterized by Hill Equation, which comes with a 'detection range' defined by Kd and n. When the input range does not match the detection range, the system cannot faithfully represent the on and off of the input.
−
                                Figure 4. Fluorescein Standard Curve (log scale) of Fluorescein Concentration (uM) to Fluorescence
+
 
                             </p>
 
                             </p>
−
                        </div>
 
  
−
                        <p>
+
                         </div>
−
                            F sadfsafffffeeesadfsafe
+
−
                         </p>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
−
 
 
                 </main>
 
                 </main>
 
             </div>
 
             </div>
Line 311: Line 298:
 
                 <div class="container">
 
                 <div class="container">
 
                     <h2 style="margin: 0;padding: 10px 0;">Abstract</h2>
 
                     <h2 style="margin: 0;padding: 10px 0;">Abstract</h2>
−
                     <p style="margin:0;">Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological
+
                     <p style="margin: 0">Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological
 
                         events, yet customizing contact-dependent signal transduction between
 
                         events, yet customizing contact-dependent signal transduction between
 
                         cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a
 
                         cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a
Line 328: Line 315:
 
                     </p>
 
                     </p>
 
                 </div>
 
                 </div>
 +
            </div>
 +
 +
            <!-- Floating Btns -->
 +
            <div class="floatingBtn">
 +
                <a href="#!" id="abstractBtn" class="btn">
 +
                    <i class="fa fa-sticky-note" style="font-size: 30px;line-height: 50px"></i>
 +
                </a>
 +
                <a href="#FudanWrapper" class="btn">
 +
                    <i class="fa fa-angle-up" style="font-size: 48px;line-height: 45px"></i>
 +
                </a>
 
             </div>
 
             </div>
  
Line 348: Line 345:
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
−
                                       
+
 
−
                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
+
                                        <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan">2017.iGEM</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan">2017.iGEM</a></li>
Line 358: Line 355:
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
−
                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
+
                                        <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
−
                <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
+
                                        <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#War_Predictor">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#War_Predictor">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
Line 365: Line 362:
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                 <div class="col s12 m4">
+
                                 <div class="col s12 m4 active">
 
                                     <span>Wet lab</span>
 
                                     <span>Wet lab</span>
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
Line 398: Line 395:
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                                 <div class="col s12 m4 active">
+
                                 <div class="col s12 m4">
 
                                     <span>Team</span>
 
                                     <span>Team</span>
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
Line 436: Line 433:
 
<!-- Javascript -->
 
<!-- Javascript -->
 
<script src="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/js.js&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
<script src="https://2018.igem.org/wiki/index.php?title=Template:Fudan/js.js&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
  
 
</body>
 
</body>
 
</html>
 
</html>

Revision as of 10:52, 17 October 2018

Our notebook

...

Our notebook

...

Figure 2. Previous designs with single element are not able to handle transmembrane signal processing task. The input-output relationship of a single element is characterized by Hill Equation, which comes with a 'detection range' defined by Kd and n. When the input range does not match the detection range, the system cannot faithfully represent the on and off of the input.

Abstract

Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological events, yet customizing contact-dependent signal transduction between cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a complete set of transmembrane binary logic gates. Each gate consists of 3 layers: Receptor, Amplifier, and Combiner. We first optimized synthetic Notch receptors to enable cells to respond to different signals across the membrane reliably. These signals, individually amplified intracellularly by transcription, are further combined for computing. Our engineered zinc finger-based transcription factors perform binary computation and output designed products. In summary, we have combined spatially different signals in mammalian cells, and revealed new potentials for biological oscillators, tissue engineering, cancer treatments, bio-computing, etc. ENABLE is a toolbox for constructing contact-dependent signaling networks in mammals. The 3-layer design principle underlying ENABLE empowers any future development of transmembrane logic circuits, thus contributes a foundational advance to Synthetic Biology.