Difference between revisions of "Team:Vilnius-Lithuania/Model"

Line 23: Line 23:
 
     <div class="modal-close"></div>
 
     <div class="modal-close"></div>
 
     <div class="modal-content">
 
     <div class="modal-content">
        <h1>EAM - MEMBERS (+)
+
  <section class="design_subsections">
                ATTRIBUTIONS (+)
+
  <h1 id="Edinburgh_model">Edinburgh_model</h1>
                SPONSORS (+)
+
  <div class="third_level_links">
                EAM - MEMBERS (+)
+
      <a href="#Edinburgh_model">Edinburgh model</a>
ATTRIBUTIONS (+)
+
      <a href="#Groeningen_model">Groeningen model</a>
SPONSORS (+)
+
      <a href="#COMSOL_model">COMSOL model</a>
</h1>
+
      <a href="#Thermo_Switches_model">Thermo Switches model</a>
        <p></p>
+
  </div>
        <p></p>
+
  <div>
        <h2>What is SynORI?</h2>
+
      Lorem ipsum dolor, sit amet consectetur adipisicing elit. Esse beatae assumenda eaque ex recusandae pariatur sunt soluta modi facere laborum exercitationem odio iure magnam obcaecati quos voluptatibus placeat, ratione harum!
        <p>SynORI stands for synthetic origin of replication. It is a framework designed to make working with single
+
      Provident, maxime ipsum veniam, rerum facere ad vero fugit ipsa natus recusandae sit voluptatum architecto laudantium vitae necessitatibus! Nesciunt illum porro sint odio sequi reprehenderit. Sint eligendi ex impedit recusandae!
            and multi-plasmid systems precise, easy and on top of that - more functional.</p>
+
      Alias obcaecati impedit iure recusandae quas asperiores tempore sint, consectetur veniam provident iste nulla fugit velit aliquam expedita, assumenda repellat dolorem dolore! Sit quis dolorem ad pariatur repellat reiciendis officiis.
        <p>The SynORI framework enables scientists to build a multi-plasmid system in a standardized manner by:</p>
+
      Asperiores molestiae eos quo inventore recusandae quae placeat delectus, natus sint. Ullam quas culpa nobis exercitationem omnis animi velit, deleniti fugit! Sapiente aperiam sit minima nostrum, rerum quae laudantium vero?
        <ol>
+
      Qui blanditiis, excepturi veritatis eaque temporibus voluptate maxime facere laborum voluptatem rerum ex a ipsum voluptatibus tempore, saepe sunt omnis nostrum sint? Voluptatum facilis omnis ea accusantium explicabo magnam architecto!
            <li>Selecting the number of plasmid groups</li>
+
      Repellendus incidunt doloremque, a cum voluptates esse officia quia veniam architecto. Quibusdam deserunt nulla, dolore perspiciatis accusantium ad aliquam voluptatem iste iure, quae minus ipsa voluptates, sit voluptatum consequatur tempora?
            <li>Choosing the copy number of each group</li>
+
      Architecto impedit in repellendus, quo dolorum sequi voluptatum omnis maxime perspiciatis aspernatur obcaecati sint iusto tenetur praesentium labore. Natus eveniet quaerat recusandae dignissimos nam sed distinctio quos fugiat aliquid eligendi.
            <li>Picking the type of copy number control (specific to one group or regulating all of them at once).</li>
+
      Molestias inventore nobis minus aspernatur recusandae asperiores excepturi ipsam voluptas quos, quae voluptatem voluptatibus vero veniam dolores fuga aliquid neque ut dolorem beatae cum temporibus tempora? Iure expedita debitis corrupti.
 
+
      Quae quam earum impedit laborum, nobis aspernatur fugit enim consequuntur provident laboriosam obcaecati doloremque ipsam quis modi quos ratione ipsum beatae? Voluptas, debitis eum! Dolorem accusantium et rem. Veniam, dicta!
        </ol>
+
      Sequi aut, eos id nemo maiores iste! Dicta cum eos, incidunt aperiam voluptate facilis vero vel deleniti inventore accusantium cupiditate saepe dolore atque quisquam voluptates aliquam amet a! Hic, consectetur.
        </p>
+
  </div>
 
+
</section>
        <p></p>
+
<section class="design_subsections">
        <p>The framework also includes a possibility of adding a selection system that reduces the usage of antibiotics
+
  <h1 id="Groeningen_model">Groeningen model</h1>
            (only 1 antibiotic for up to 5 different plasmids!) and an active partitioning system to make sure that low
+
  <div class="third_level_links">
            copy number plasmid groups are not lost during the division.
+
      <a href="#Edinburgh_model">Edinburgh model</a>
        </p>
+
      <a href="#Groeningen_model">Groeningen model</a>
        <p></p>
+
      <a href="#COMSOL_model">COMSOL model</a>
        <div class="img-cont">
+
      <a href="#Thermo_Switches_model">Thermo Switches model</a>
            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/parts/8/84/Collect.png" alt="img">
+
  </div>
            <div class="img-label">
+
  <div>
            </div>
+
      Lorem ipsum dolor, sit amet consectetur adipisicing elit. Esse beatae assumenda eaque ex recusandae pariatur sunt soluta modi facere laborum exercitationem odio iure magnam obcaecati quos voluptatibus placeat, ratione harum!
        </div>
+
      Provident, maxime ipsum veniam, rerum facere ad vero fugit ipsa natus recusandae sit voluptatum architecto laudantium vitae necessitatibus! Nesciunt illum porro sint odio sequi reprehenderit. Sint eligendi ex impedit recusandae!
        <h2>Applications</h2>
+
      Alias obcaecati impedit iure recusandae quas asperiores tempore sint, consectetur veniam provident iste nulla fugit velit aliquam expedita, assumenda repellat dolorem dolore! Sit quis dolorem ad pariatur repellat reiciendis officiis.
        <p>
+
      Asperiores molestiae eos quo inventore recusandae quae placeat delectus, natus sint. Ullam quas culpa nobis exercitationem omnis animi velit, deleniti fugit! Sapiente aperiam sit minima nostrum, rerum quae laudantium vero?
            <h5>Everyday lab work</h5>
+
      Qui blanditiis, excepturi veritatis eaque temporibus voluptate maxime facere laborum voluptatem rerum ex a ipsum voluptatibus tempore, saepe sunt omnis nostrum sint? Voluptatum facilis omnis ea accusantium explicabo magnam architecto!
            <p>
+
      Repellendus incidunt doloremque, a cum voluptates esse officia quia veniam architecto. Quibusdam deserunt nulla, dolore perspiciatis accusantium ad aliquam voluptatem iste iure, quae minus ipsa voluptates, sit voluptatum consequatur tempora?
                A multi-plasmid system that is easy to assemble and control. With our framework the need to limit your
+
      Architecto impedit in repellendus, quo dolorum sequi voluptatum omnis maxime perspiciatis aspernatur obcaecati sint iusto tenetur praesentium labore. Natus eveniet quaerat recusandae dignissimos nam sed distinctio quos fugiat aliquid eligendi.
                research to a particular plasmid copy number just because there are not enough right replicons to
+
      Molestias inventore nobis minus aspernatur recusandae asperiores excepturi ipsam voluptas quos, quae voluptatem voluptatibus vero veniam dolores fuga aliquid neque ut dolorem beatae cum temporibus tempora? Iure expedita debitis corrupti.
                choose from, is eliminated. With SynORI you can easily create a vector with a desired copy number that
+
      Quae quam earum impedit laborum, nobis aspernatur fugit enim consequuntur provident laboriosam obcaecati doloremque ipsam quis modi quos ratione ipsum beatae? Voluptas, debitis eum! Dolorem accusantium et rem. Veniam, dicta!
                suits your needs.</li>
+
      Sequi aut, eos id nemo maiores iste! Dicta cum eos, incidunt aperiam voluptate facilis vero vel deleniti inventore accusantium cupiditate saepe dolore atque quisquam voluptates aliquam amet a! Hic, consectetur.
            </p>
+
  </div>
            <h5>Biological computing</h5>
+
</section>
            <p>
+
<section class="design_subsections">
                The ability to choose a wide range of copy number options and their control types will make the
+
  <h1 id="COMSOL_model">COMSOL model</h1>
                synthetic biology engineering much more flexible and predictable. Introduction of plasmid copy number
+
  <div class="third_level_links">
                regulation is equivalent to adding a global parameter to a computer system. It enables the coordination
+
      <a href="#Edinburgh_model">Edinburgh model</a>
                of multiple gene group expression.
+
      <a href="#Groeningen_model">Groeningen model</a>
            </p>
+
      <a href="#COMSOL_model">COMSOL model</a>
            <h5>Smart assembly of large protein complexes</h5>
+
      <a href="#Thermo_Switches_model">Thermo Switches model</a>
            <p>
+
  </div>
                The co-expression of multi-subunit complexes using different replicons brings incoherency to an already
+
  <div>
                chaotic cell system. This can be avoided by using SynORI, as in this framework every plasmid group uses
+
      Lorem ipsum dolor, sit amet consectetur adipisicing elit. Esse beatae assumenda eaque ex recusandae pariatur sunt soluta modi facere laborum exercitationem odio iure magnam obcaecati quos voluptatibus placeat, ratione harum!
                the same type of control, and in addition can act in a group-specific manner.</p>
+
      Provident, maxime ipsum veniam, rerum facere ad vero fugit ipsa natus recusandae sit voluptatum architecto laudantium vitae necessitatibus! Nesciunt illum porro sint odio sequi reprehenderit. Sint eligendi ex impedit recusandae!
 
+
      Alias obcaecati impedit iure recusandae quas asperiores tempore sint, consectetur veniam provident iste nulla fugit velit aliquam expedita, assumenda repellat dolorem dolore! Sit quis dolorem ad pariatur repellat reiciendis officiis.
            <h5>Metabolic engineering</h5>
+
      Asperiores molestiae eos quo inventore recusandae quae placeat delectus, natus sint. Ullam quas culpa nobis exercitationem omnis animi velit, deleniti fugit! Sapiente aperiam sit minima nostrum, rerum quae laudantium vero?
            <p>
+
      Qui blanditiis, excepturi veritatis eaque temporibus voluptate maxime facere laborum voluptatem rerum ex a ipsum voluptatibus tempore, saepe sunt omnis nostrum sint? Voluptatum facilis omnis ea accusantium explicabo magnam architecto!
                A big challenge for heterologous expression of multiple gene pathways is to accurately adjust the
+
      Repellendus incidunt doloremque, a cum voluptates esse officia quia veniam architecto. Quibusdam deserunt nulla, dolore perspiciatis accusantium ad aliquam voluptatem iste iure, quae minus ipsa voluptates, sit voluptatum consequatur tempora?
                levels of each enzyme to achieve optimal production efficiency. Precise promoter tuning in
+
      Architecto impedit in repellendus, quo dolorum sequi voluptatum omnis maxime perspiciatis aspernatur obcaecati sint iusto tenetur praesentium labore. Natus eveniet quaerat recusandae dignissimos nam sed distinctio quos fugiat aliquid eligendi.
                transcriptional control and synthetic ribosome binding sites in translational control are already
+
      Molestias inventore nobis minus aspernatur recusandae asperiores excepturi ipsam voluptas quos, quae voluptatem voluptatibus vero veniam dolores fuga aliquid neque ut dolorem beatae cum temporibus tempora? Iure expedita debitis corrupti.
                widely used to maintain expression levels. In addition to current approaches, our framework allows a
+
      Quae quam earum impedit laborum, nobis aspernatur fugit enim consequuntur provident laboriosam obcaecati doloremque ipsam quis modi quos ratione ipsum beatae? Voluptas, debitis eum! Dolorem accusantium et rem. Veniam, dicta!
                simultaneous multiple gene control. Furthermore, an inducible regulation that we offer, can make the
+
      Sequi aut, eos id nemo maiores iste! Dicta cum eos, incidunt aperiam voluptate facilis vero vel deleniti inventore accusantium cupiditate saepe dolore atque quisquam voluptates aliquam amet a! Hic, consectetur.
                search for perfect conditions a lot easier.
+
  </div>
 
+
</section>
 
+
<section class="design_subsections">
 
+
  <h1 id="Thermo_Switches_model">Thermo Switches model</h1>
            </p>
+
  <div class="third_level_links">
 
+
      <a href="#Edinburgh_model">Edinburgh model</a>
 
+
      <a href="#Groeningen_model">Groeningen model</a>
        </p>
+
      <a href="#COMSOL_model">COMSOL model</a>
        <p>
+
      <a href="#Thermo_Switches_model">Thermo Switches model</a>
        </p>
+
  </div>
        <table style="width:100%">
+
  <div>
<thead>
+
      Lorem ipsum dolor, sit amet consectetur adipisicing elit. Esse beatae assumenda eaque ex recusandae pariatur sunt soluta modi facere laborum exercitationem odio iure magnam obcaecati quos voluptatibus placeat, ratione harum!
<td align='center'>Species sign in ODE system</td>
+
      Provident, maxime ipsum veniam, rerum facere ad vero fugit ipsa natus recusandae sit voluptatum architecto laudantium vitae necessitatibus! Nesciunt illum porro sint odio sequi reprehenderit. Sint eligendi ex impedit recusandae!
<td align='center'>Species</td>
+
      Alias obcaecati impedit iure recusandae quas asperiores tempore sint, consectetur veniam provident iste nulla fugit velit aliquam expedita, assumenda repellat dolorem dolore! Sit quis dolorem ad pariatur repellat reiciendis officiis.
<td align='center'>Initial concentration (M)</td>
+
      Asperiores molestiae eos quo inventore recusandae quae placeat delectus, natus sint. Ullam quas culpa nobis exercitationem omnis animi velit, deleniti fugit! Sapiente aperiam sit minima nostrum, rerum quae laudantium vero?
</thead>
+
      Qui blanditiis, excepturi veritatis eaque temporibus voluptate maxime facere laborum voluptatem rerum ex a ipsum voluptatibus tempore, saepe sunt omnis nostrum sint? Voluptatum facilis omnis ea accusantium explicabo magnam architecto!
<tbody>
+
      Repellendus incidunt doloremque, a cum voluptates esse officia quia veniam architecto. Quibusdam deserunt nulla, dolore perspiciatis accusantium ad aliquam voluptatem iste iure, quae minus ipsa voluptates, sit voluptatum consequatur tempora?
<tr>
+
      Architecto impedit in repellendus, quo dolorum sequi voluptatum omnis maxime perspiciatis aspernatur obcaecati sint iusto tenetur praesentium labore. Natus eveniet quaerat recusandae dignissimos nam sed distinctio quos fugiat aliquid eligendi.
<td align='center'>A</td>
+
      Molestias inventore nobis minus aspernatur recusandae asperiores excepturi ipsam voluptas quos, quae voluptatem voluptatibus vero veniam dolores fuga aliquid neque ut dolorem beatae cum temporibus tempora? Iure expedita debitis corrupti.
<td align='center'>pDNA+RNA I+RNAII early</td>
+
      Quae quam earum impedit laborum, nobis aspernatur fugit enim consequuntur provident laboriosam obcaecati doloremque ipsam quis modi quos ratione ipsum beatae? Voluptas, debitis eum! Dolorem accusantium et rem. Veniam, dicta!
<td align='center'>0</td>
+
      Sequi aut, eos id nemo maiores iste! Dicta cum eos, incidunt aperiam voluptate facilis vero vel deleniti inventore accusantium cupiditate saepe dolore atque quisquam voluptates aliquam amet a! Hic, consectetur.
</tr>
+
  </div>
<tr>
+
</section>
<td align='center'>B</td>
+
<td align='center'>pDNA+RNA II short</td>
+
<td align='center'>0</td>
+
</tr>
+
<tr>
+
<td align='center'>RNAI</td>
+
<td align='center'>RNA I</td>
+
<td align='center'>1E-6</td>
+
</tr>
+
<tr>
+
<td align='center'>D</td>
+
<td align='center'>pDNA+RNA II long</td>
+
<td align='center'>0</td>
+
</tr>
+
<tr>
+
<td align='center'>E</td>
+
<td align='center'>pDNA+RNAII primer</td>
+
<td align='center'>0</td>
+
</tr>
+
<tr>
+
<td align='center'>F</td>
+
<td align='center'>RNA II long</td>
+
<td align='center'>0</td>
+
</tr>
+
<tr>
+
<td align='center'>G</td>
+
<td align='center'>pDNA</td>
+
<td align='center'>4E-8*</td>
+
</tr>
+
<tr>
+
<td align='center'>H</td>
+
<td align='center'>pDNA+RNA II+RNA I late</td>
+
<td align='center'>0</td>
+
</tr>
+
<tr>
+
<td align='center'>RNA II</td>
+
<td align='center'>RNA II</td>
+
<td align='center'>0</td>
+
</tr>
+
<tr>
+
<td align='center'>J</td>
+
<td align='center'>RNAI+RNAII</td>
+
<td align='center'>0</td>
+
</tr>
+
</tbody>
+
</table>
+
    </div>
+
 
</div>
 
</div>
 
             </div>
 
             </div>

Revision as of 21:35, 17 October 2018

Modeling

Lorem ipsum, dolor sit amet consectetur adipisicing

Mathematical models and computer simulations provide a great way to describe the function and operation of BioBrick Parts and Devices. Synthetic Biology is an engineering discipline, and part of engineering is simulation and modeling to determine the behavior of your design before you build it. Designing and simulating can be iterated many times in a computer before moving to the lab. This award is for teams who build a model of their system and use it to inform system design or simulate expected behavior in conjunction with experiments in the wetlab

invert