Difference between revisions of "Team:Fudan"

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We make it compatible on laptop and mobile devices by using Materialize 1.0.0-rc.2.
 
We make it compatible on laptop and mobile devices by using Materialize 1.0.0-rc.2.
 
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<!-- LC check on 2018-10-18 -->
 
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<!-- CSS -->
 
<!-- CSS -->
 
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     <!-- Font-awesome icons 4.7.0 -->
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     <!-- Materialize 1.0.0-rc.2 (Material Design like) -->
 
     <!-- Materialize 1.0.0-rc.2 (Material Design like) -->
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     <!-- Clear default CSS settings; CSS reset -->
 
     <!-- Clear default CSS settings; CSS reset -->
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         /* via: https://blog.csdn.net/weixin_41014370/article/details/79523637 */
 
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     <!-- init 2018-10-16 -->
 
     <!-- init 2018-10-16 -->
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    <title>2018 iGEM Team:Fudan</title>
 
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             <!-- Dropdown and List elements in navigation bar -->
 
             <!-- Dropdown and List elements in navigation bar -->
 
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             <ul id="dropdown4" class="dropdown-content">
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             <ul id="dropdown6" class="dropdown-content">
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             </ul>
  
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                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Bio-Art">Bio-Art display</a></li>
+
                                     <li><a href="./Bio-Art">Bio-Art display</a></li>
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Collaborations">Collaborations</a></li>
+
                                     <li><a href="./Collaborations">Collaborations</a></li>
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Design_Intention">Design intention</a></li>
+
                                     <li><a href="./Design_Intention">Design intention</a></li>
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Human_Practices">Human practices</a></li>
+
                                     <li><a href="./Human_Practices">Human practices</a></li>
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Public_Engagement">Public engagement</a></li>
+
                                     <li><a href="./Public_Engagement">Public engagement</a></li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 
                             </div>
 
                             </div>
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                             <div class="collapsible-body">
 
                             <div class="collapsible-body">
 
                                 <ul>
 
                                 <ul>
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Acknowledgement">Acknowledgement</a></li>
+
                                     <li><a href="./Acknowledgement">Acknowledgement</a></li>
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Attributions">Attributions</a></li>
+
                                     <li><a href="./Attributions">Attributions</a></li>
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Heritage">Heritage</a></li>
+
                                     <li><a href="./Heritage">Heritage</a></li>
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Team">Members</a></li>
+
                                     <li><a href="./Team">Members</a></li>
                                     <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Sponsors">Sponsors</a></li>
+
                                     <li><a href="./Sponsors">Sponsors</a></li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 
                             </div>
 
                             </div>
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                 <div style="position: relative;top:0;width: 100%;">
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                     <div id="animation_container" style="position:relative;background-color:rgba(255, 255, 255, 1.00); width:1920px; height:1080px">
 
                     <div id="animation_container" style="position:relative;background-color:rgba(255, 255, 255, 1.00); width:1920px; height:1080px">
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                         <p>To survive, cells must identify and integrate various signals from the environment. Cells utilize their transmembrane receptors to recognize extracellular signals to execute a myriad of tasks ranging from cell-mediated immunity to tissue formation and regeneration.
 
                         <p>To survive, cells must identify and integrate various signals from the environment. Cells utilize their transmembrane receptors to recognize extracellular signals to execute a myriad of tasks ranging from cell-mediated immunity to tissue formation and regeneration.
 
                         </p>
 
                         </p>
                         <div style="position: relative"><img class="figure" style="width: 100%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/6e/T--Fudan--111111.png"><p class="figureCaption">Figure: A cell using its specific transmembrane receptor, recognizes an external signal, integrates and output corresponding cellular decision.</p></div>
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                         <div style="position: relative"><img class="figure" style="width: 100%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/6e/T--Fudan--111111.png" alt="frontpage image 1" /><p class="figureCaption">A cell using its specific transmembrane receptor, recognizes an external signal, integrates and output corresponding cellular decision.</p></div>
 
                         <p>
 
                         <p>
 
                             Therefore, in the field of synthetic biology, it would be especially impactful if cells could be programmed to recognize external environmental signals, generate contact-dependent signaling, and perform reliable logical computations.
 
                             Therefore, in the field of synthetic biology, it would be especially impactful if cells could be programmed to recognize external environmental signals, generate contact-dependent signaling, and perform reliable logical computations.
 
                         </p>
 
                         </p>
                         <div style="position: relative"><img class="figure" style="width: 100%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7a/T--Fudan--2222222.png"><p class="figureCaption" style="display: none">Figure: Cells, armed with our transmembrane logic gates, can perform various tasks. We have made them even smarter.</p></div>
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                         <div style="position: relative"><img class="figure" style="width: 100%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7a/T--Fudan--2222222.png" alt="frontpage image 2" /><p class="figureCaption">Cells, armed with our transmembrane logic gates, can perform various tasks. We have made them even smarter.</p></div>
 
                         <p>
 
                         <p>
 
                             Our project ENABLE (ENgineered, Across membrane, Binary Logic in Eukaryotes) offers the first toolbox for mammalian cells to generate contact-dependent signaling from the external environment and Boolean output decisions. We believe this is a foundational advance for synthetic biology, and enables a wide range of opportunities.
 
                             Our project ENABLE (ENgineered, Across membrane, Binary Logic in Eukaryotes) offers the first toolbox for mammalian cells to generate contact-dependent signaling from the external environment and Boolean output decisions. We believe this is a foundational advance for synthetic biology, and enables a wide range of opportunities.
 
                         </p>
 
                         </p>
                         <img style="width: 100%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/71/T--Fudan--333333.png">
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                         <img style="width: 100%" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/71/T--Fudan--333333.png" alt="frontpage image 3" />
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</div>
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                    <div class="section container">
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                        <p style="text-align:center">We gave the public presentation on #iGEM2018 between 9:00 and 9:25,
 +
                          Oct 25<sup>th</sup> 2018,
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                          Room 311, Hynes Convention Center in Boston, USA. This video was originally recorded by
 +
                          <a href="https://v.douyu.com/show/GnzXvb8263zM462l" target=_blank>douyu</a>,
 +
                          and later uploaded to <a href="https://youtu.be/hWuCCksK9d4" target=_blank>youtube</a>.</p>
 +
<div style="width:560px;margin:0 auto;">
 +
<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/hWuCCksK9d4" frameborder="0" allow="autoplay; encrypted-media" allowfullscreen></iframe>
 +
<!-- iframe src="https://v.douyu.com/video/share/index?vid=GnzXvb8263zM462l" frameborder="0" allowfullscreen="true" width="480" height="350"></iframe -->
 
</div>
 
</div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <div class="section" style="margin-bottom: 150px">
 
                     <div class="section" style="margin-bottom: 150px">
 
 
                         <h2 style="font-weight: 900; margin-bottom: 30px;color:#377893;">Highlights</h2>
 
                         <h2 style="font-weight: 900; margin-bottom: 30px;color:#377893;">Highlights</h2>
 
 
 
                         <div id="highlight1">
 
                         <div id="highlight1">
 
                             <div class="highlight">
 
                             <div class="highlight">
                                 <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/65/T--Fudan--highlights_demonstration.png"></a>
+
                                 <a href="./Demonstrate"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/65/T--Fudan--highlights_demonstration.png" alt="frontpage demonstration" /></a>
 
                                 Demonstration
 
                                 Demonstration
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                             <div class="highlight">
 
                             <div class="highlight">
                                 <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Public_Engagement"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/02/T--Fudan--highlights_education.png"></a>
+
                                 <a href="./Public_Engagement"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/02/T--Fudan--highlights_education.png" alt="frontpage education" /></a>
 
                                 Public&nbsp;engagement
 
                                 Public&nbsp;engagement
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                             <div class="highlight">
 
                             <div class="highlight">
                                 <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/b9/T--Fudan--highlights_model.png"></a>
+
                                 <a href="./Model"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/b9/T--Fudan--highlights_model.png" alt="frontpage model" /></a>
 
                                 Model
 
                                 Model
 
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                             </div>
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                             <div class="highlight">
 
                             <div class="highlight">
                                 <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Human_Practices"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3b/T--Fudan--highlights_integrated.png"></a>
+
                                 <a href="./Human_Practices"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3b/T--Fudan--highlights_integrated.png" alt="frontpage human practices" /></a>
 
                                 Human&nbsp;practices
 
                                 Human&nbsp;practices
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                             <div class="highlight">
 
                             <div class="highlight">
                                 <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Parts_Collection"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e3/T--Fudan--highlights_parts.png"></a>
+
                                 <a href="./Parts_Collection"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e3/T--Fudan--highlights_parts.png" alt="frontpage parts" /></a>
 
                                 Parts&nbsp;collection
 
                                 Parts&nbsp;collection
 
+
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             </main>
 
             </main>
 
  
 
             <!--Abstract on content page-->
 
             <!--Abstract on content page-->
 
             <div id="abstractContent" class="z-depth-2">
 
             <div id="abstractContent" class="z-depth-2">
                 <a href="#!"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/96/T--Fudan--X.svg"></a>
+
                 <a href="#!"><img alt="2018 team Fudan abstract" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/96/T--Fudan--X.svg"></a>
 
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                 <div class="container">
 
                     <h2 style="margin: 0;padding: 10px 0;">Abstract</h2>
 
                     <h2 style="margin: 0;padding: 10px 0;">Abstract</h2>
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             </div>
 
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                     <i class="fa fa-angle-up" style="font-size: 48px;line-height: 45px"></i>
 
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             <!-- Footer with sponsors and contact methods -->
 
             <!-- Footer with sponsors and contact methods -->
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                         <div id="sponsor" class="col m3 s12 row">
 
                         <div id="sponsor" class="col m3 s12 row">
                             <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" style="position:relative; padding: 0 0.3rem; margin:-0.15rem 0; left: -0.45rem;" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/73/T--Fudan--teamLogoWhite.png">
+
                             <a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan" target="_blank"><img alt="2018 Team:Fudan logo white" class="col s3 m6 l3" style="position:relative; padding: 0 0.3rem; margin:-0.15rem 0; left: -0.45rem;" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/73/T--Fudan--teamLogoWhite.png">
 
                             </a><a href="http://www.fudan.edu.cn/en/" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" alt="Fudan University" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/f7/T--Fudan--schoolLogo.png">
 
                             </a><a href="http://www.fudan.edu.cn/en/" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" alt="Fudan University" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/f7/T--Fudan--schoolLogo.png">
 
                         </a><a href="http://life.fudan.edu.cn/" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" style="margin-bottom: 4%;/* 该图比其他小一点,排版需要 */" alt="School of Life Sciences, Fudan University" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/1d/T--Fudan--schoolOfLifeSciencesIcon.png">
 
                         </a><a href="http://life.fudan.edu.cn/" target="_blank"><img class="col s3 m6 l3" style="margin-bottom: 4%;/* 该图比其他小一点,排版需要 */" alt="School of Life Sciences, Fudan University" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/1d/T--Fudan--schoolOfLifeSciencesIcon.png">
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                                     <span>Project</span>
 
                                     <span>Project</span>
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Demonstrate">Demonstration</a></li>
+
                                         <li><a href="./Demonstrate">Demonstration</a></li>
<li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
+
<li><a href="./Antigen_Receptors">Antigen, Receptors</a></li>
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Results">Transmembrane logic</a></li>
+
                                         <li><a href="./Results">Transmembrane logic</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan">2017.iGEM</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2017.igem.org/Team:Fudan">2017.iGEM</a></li>
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
Line 421: Line 421:
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
  
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
+
                                         <li><a href="./Addon#ribo">Addon: ribo</a></li>
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
+
                 <li><a href="./Addon#TALE">Addon: TALE</a></li>
                 <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Addon#T2">Addon: T2</a></li>
+
                 <li><a href="./Addon#T2">Addon: T2</a></li>
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
+
                                         <li><a href="./Model#Transcriptional_Amplifer">Model: transcriptional amplifer</a></li>
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Model#War_Predictor">Model: war&nbsp;predictor</a></li>
+
                                         <li><a href="./Model#NotchLigandKinetics">Model: Notch-ligand&nbsp;kinetics</a></li>
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Software">Software</a></li>
+
                                         <li><a href="./Software">Software</a></li>
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 432: Line 432:
 
                                     <span>Wet lab</span>
 
                                     <span>Wet lab</span>
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/InterLab">iGEM interLab</a></li>
+
                                         <li><a href="./InterLab">iGEM interLab</a></li>
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Notebook">Our notebook</a></li>
+
                                         <li><a href="./Notebook">Our notebook</a></li>
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Primers">Primers used</a></li>
+
                                         <li><a href="./Primers">Primers used</a></li>
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Protocols">Protocols</a></li>
+
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                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Safety">Safety</a></li>
+
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                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
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                                     <span>Toolbox</span>
 
                                     <span>Toolbox</span>
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Basic_Parts">Basic parts</a></li>
+
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                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Composite_Parts">Composite parts</a></li>
+
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+
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                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Parts_Collection">Parts collection</a></li>
+
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                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Improve">Parts improvement</a></li>
+
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                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Measurement">Quantification</a></li>
+
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                                     </ul>
 
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                                     <span>Outreach</span>
 
                                     <span>Outreach</span>
 
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+
                                         <li><a href="./Bio-Art">Bio-Art display</a></li>
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Collaborations">Collaborations</a></li>
+
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                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Design_Intention">Design intention</a></li>
+
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                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Human_Practices">Human practices</a></li>
+
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                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Fudan/Public_Engagement">Public engagement</a></li>
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                                 </div>
 
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                                     <span>Team</span>
 
                                     <span>Team</span>
 
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Revision as of 17:53, 6 November 2018

2018 iGEM Team:Fudan

To survive, cells must identify and integrate various signals from the environment. Cells utilize their transmembrane receptors to recognize extracellular signals to execute a myriad of tasks ranging from cell-mediated immunity to tissue formation and regeneration.

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A cell using its specific transmembrane receptor, recognizes an external signal, integrates and output corresponding cellular decision.

Therefore, in the field of synthetic biology, it would be especially impactful if cells could be programmed to recognize external environmental signals, generate contact-dependent signaling, and perform reliable logical computations.

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Cells, armed with our transmembrane logic gates, can perform various tasks. We have made them even smarter.

Our project ENABLE (ENgineered, Across membrane, Binary Logic in Eukaryotes) offers the first toolbox for mammalian cells to generate contact-dependent signaling from the external environment and Boolean output decisions. We believe this is a foundational advance for synthetic biology, and enables a wide range of opportunities.

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We gave the public presentation on #iGEM2018 between 9:00 and 9:25, Oct 25th 2018, Room 311, Hynes Convention Center in Boston, USA. This video was originally recorded by douyu, and later uploaded to youtube.

Highlights

frontpage demonstration Demonstration
frontpage education Public engagement
frontpage model Model
frontpage human practices Human practices
frontpage parts Parts collection
2018 team Fudan abstract

Abstract

Contact-dependent signaling is critical for multicellular biological events, yet customizing contact-dependent signal transduction between cells remains challenging. Here we have developed the ENABLE toolbox, a complete set of transmembrane binary logic gates. Each gate consists of 3 layers: Receptor, Amplifier, and Combiner. We first optimized synthetic Notch receptors to enable cells to respond to different signals across the membrane reliably. These signals, individually amplified intracellularly by transcription, are further combined for computing. Our engineered zinc finger-based transcription factors perform binary computation and output designed products. In summary, we have combined spatially different signals in mammalian cells, and revealed new potentials for biological oscillators, tissue engineering, cancer treatments, bio-computing, etc. ENABLE is a toolbox for constructing contact-dependent signaling networks in mammals. The 3-layer design principle underlying ENABLE empowers any future development of transmembrane logic circuits, thus contributes a foundational advance to Synthetic Biology.