Difference between revisions of "Team:Tartu TUIT/Notebook"

m (fiddling around in notebook subpage)
Line 1: Line 1:
−
{{Tartu_TUIT}}
+
{{Tartu_TUIT/header}}
 +
{{Tartu_TUIT/reset}}
 +
{{Tartu_TUIT/style}}
 +
{{Tartu_TUIT/nav}}
 +
 
 
<html>
 
<html>
 +
        <section id="banner" class="banner">
 +
            <div class="title text-glow-blue">NOTEBOOK</div>
 +
        </section>
 +
<i id="header-trigger"></i>
 +
        <section class="notebook notebook-blue  ">
 +
                <div class="contetn">
 +
                    <div class="event" data-event-date="06.04.2018" data-event-type="">
 +
                        <div class="details">
 +
                            <p>Searched for the pathway of synthesis of mycosporine-like amino acids from the genes of different organisms. Actinosynnema mirum DSM with the gene names amir_4256, amir_4257, amir_4258, amir_4259. And Nostoc commune with the gene names mysA, mysB mysC and mysD.<img src="notebook1.jpg"></p>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
   
 +
   
 +
                    <div class="event" data-event-date="22.05.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p>iGEM distribution kit arrived.<img src="notebook2.jpg"></p>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                       
 +
                        <div class="event" data-event-date="31.05.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p>Ordered synthetic DNA to initiate the lab work process.</p>       
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                       
 +
                       
 +
                        <div class="event" data-event-date="06.06.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">         
 +
                                <p>Ordered primers for biobricks.</p>
 +
                            </div>
 +
                        </div>     
 +
   
 +
                                            <div class="event" data-event-date="20.06.2018" data-event-type="">
 +
                                                    <div class="details">
 +
                                                            <p>Primers arrived.<img src="notebook3.jpg"></p>
 +
                                                    </div>
 +
                                            </div>
 +
                       
 +
                        <div class="event" data-event-date="21.06.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p>Started the first cloning process Biobricks with PCR, followed by restriction and overnight ligation.<img src="notebook4.jpg"></p>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                     
 +
                        <div class="event" data-event-date="22.06.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p>First bacterial transformation. Resulting  colonies on most of the plates.</p>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                       
 +
                        <div class="event" data-event-date="02.07.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p>Obtained mysA biobrick sent for sequence determination. Positive result.</p>
 +
                                                            <p>Interlab: we took two colonies from each of transofrmation plates and inoculated them in seperate tubes of 5 mL of LB+CAM.</p>
 +
                                                    </div>
 +
                        </div>
 +
                                           
 +
                                            <div class="event" data-event-date="04.07.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p>Team photoshoot. <img src="notebook5.jpg"></p>
 +
                                                    </div>
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                       
 +
                        <div class="event" data-event-date="13.07.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p>CPEC, gybson, vegas cloning initiation. PCR with Phusion Polymerase.<img src="notebook6.png"></p>
 +
                                    <table>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>H<sub>2</sub>O</td>
 +
                                            <td>31.6</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>5xHF buffer</td>
 +
                                            <td>10</td>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>25mM dNTP's (,,Template DNA)</td>
 +
                                            <td>0.4</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Forward primer</td>
 +
                                            <td>2.5</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Reverse primer</td>
 +
                                            <td>2.5</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Template DNA</td>
 +
                                            <td>1</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>DM50</td>
 +
                                            <td>1.5</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Phusion polymerase</td>
 +
                                            <td>0.5</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                       
 +
   
 +
                                            <div class="event" data-event-date="19.07.2018" data-event-type="">
 +
                                                    <div class="details">
 +
                                                            <p>-Skype conference with Ecuador team<img src="notebook7.jpg"></p>
 +
                                                    </div>
 +
                                            </div>
 +
                                           
 +
                       
 +
                        <div class="event" data-event-date="30.07.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p>Successfully completed interlab. <strong>�Achievement</strong>- Fulfilled the bronze metal requirement.</p>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                       
 +
                       
 +
                        <div class="event" data-event-date="02.08.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p>Primers for gene one by one insertion, After having realized that instead of constructing a complex of wished genes and insert it to another does notlead to anything, We started to approach our goal by changing our mechanism and switching to one by one insertion of genes.</p>
 +
                                                            <p>Started using the blue-white screening technique while transforming samples to the plates.</p>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                       
 +
                       
 +
                        <div class="event" data-event-date="14.08.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p>Lab technician day.Prepared LB media, different volume tips for autoclaving.</p>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                       
 +
                        <div class="event" data-event-date="24.08.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p>No colonies present of p8, p9, p10. Restared with digestion of those 3 for 3 days with ECORi PSTI restrictases.</p>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                       
 +
                       
 +
                        <div class="event" data-event-date="07.09.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p> p37, p39, p41. LIac mediated yeast transformation. First transformation into the yeast. Successful.</p>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                       
 +
                        <div class="event" data-event-date="13.10.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p> last transformation to the yeast.</p>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                                            <div class="event" data-event-date="15.10.2018" data-event-type="">
 +
                            <div class="details">
 +
                                <p> Characterization of the biobrick BBa_K2576009 (pRPL18B promoter).</p>
 +
                                                            <p> Strains used:</p>
 +
                                                            <ul>
 +
                                                                <li>YST1 (CEN.PK-2-1C: MATa ura3-52 trp1-289 leu2-3,112 his3 [pRS306, ApaI])</li>
 +
                                                                <li>YST2 (CEN.PK-2-1C: MATa ura3-52 trp1-289 leu2-3,112 his3 [pRS306 pRPL18B-EGFP-tCYC1,ApaI])</li>
 +
                                                                <li>YST3 (CEN.PK-2-1C: MATa ura3-52 trp1-289 leu2-3,112 his3 [pRS306 pTDH3-EGFP-tCYC1,ApaI])</li>
 +
                                                            </ul>
 +
   
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="actions"><a class="button" href="">Read the whole notebook in PDF format</a></div>
 +
                </div>         
 +
            </section>
  
 +
</html>
  
−
<div class="column full_size">
+
{{Tartu_TUIT/footer}}
−
 
+
−
<h1>Notebook</h1>
+
−
<p> Document the dates you worked on your project. This should be a detailed account of the work done each day for your project.</p>
+
−
 
+
−
</div>
+
−
<div class="clear"></div>
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
<div class="column two_thirds_size">
+
−
<h3>What should this page have?</h3>
+
−
<ul>
+
−
<li>Chronological notes of what your team is doing. (would be great if mentioned at least week when particular thing was done)</li>
+
−
<li> Brief descriptions of daily important events.</li>
+
−
<li>Pictures of your progress. </li>
+
−
<li>Mention who participated in what task. (ex. lab team name (since we have 4 lab teams) and etc.)</li>
+
−
</ul>
+
−
 
+
−
</div>
+
−
<div class="column second_size">
+
−
 
+
−
<h2>(_here_week_is written_)</h2>
+
−
<p> Week writen as number and word week using h2 opening and h2 closing marker. </p>
+
−
<h3>(_here_should be team name written_)</h3>
+
−
<p> We have divided work on project in few groups, specify the group you are working in using h3 opening and h3 closing marker. </p>
+
−
<p> (_here in short write what has been done_) for this use opening p and closing p marker at the start and at the end of paragraph </p>
+
−
 
+
−
</div>
+
−
<div class="clear"></div>
+
−
 
+
−
<div class="column third_size">
+
−
<div class="highlight decoration_A_full">
+
−
<h3>Inspiration</h3>
+
−
<p>You can see what others teams have done to organize their notes:</p>
+
−
 
+
−
<ul>
+
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:ATOMS-Turkiye/Notebook">2014 ATOMS-Turkiye</a></li>
+
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Tec-Monterrey/ITESM14_project.html#tab_notebook">2014 Tec Monterrey</a></li>
+
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Kyoto/Notebook/Magnetosome_Formation#title">2014 Kyoto</a></li>
+
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Cornell/notebook">2014 Cornell</a></li>
+
−
</ul>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
 
+
−
</html>
+

Revision as of 22:45, 17 October 2018

Searched for the pathway of synthesis of mycosporine-like amino acids from the genes of different organisms. Actinosynnema mirum DSM with the gene names amir_4256, amir_4257, amir_4258, amir_4259. And Nostoc commune with the gene names mysA, mysB mysC and mysD.

iGEM distribution kit arrived.

Ordered synthetic DNA to initiate the lab work process.

Ordered primers for biobricks.

Primers arrived.

Started the first cloning process Biobricks with PCR, followed by restriction and overnight ligation.

First bacterial transformation. Resulting colonies on most of the plates.

Obtained mysA biobrick sent for sequence determination. Positive result.

Interlab: we took two colonies from each of transofrmation plates and inoculated them in seperate tubes of 5 mL of LB+CAM.

Team photoshoot.

CPEC, gybson, vegas cloning initiation. PCR with Phusion Polymerase.

H2O 31.6
5xHF buffer 10
25mM dNTP's (,,Template DNA) 0.4
Forward primer 2.5
Reverse primer 2.5
Template DNA 1
DM50 1.5
Phusion polymerase 0.5

-Skype conference with Ecuador team

Successfully completed interlab. �Achievement- Fulfilled the bronze metal requirement.

Primers for gene one by one insertion, After having realized that instead of constructing a complex of wished genes and insert it to another does notlead to anything, We started to approach our goal by changing our mechanism and switching to one by one insertion of genes.

Started using the blue-white screening technique while transforming samples to the plates.

Lab technician day.Prepared LB media, different volume tips for autoclaving.

No colonies present of p8, p9, p10. Restared with digestion of those 3 for 3 days with ECORi PSTI restrictases.

p37, p39, p41. LIac mediated yeast transformation. First transformation into the yeast. Successful.

last transformation to the yeast.

Characterization of the biobrick BBa_K2576009 (pRPL18B promoter).

Strains used:

  • YST1 (CEN.PK-2-1C: MATa ura3-52 trp1-289 leu2-3,112 his3 [pRS306, ApaI])
  • YST2 (CEN.PK-2-1C: MATa ura3-52 trp1-289 leu2-3,112 his3 [pRS306 pRPL18B-EGFP-tCYC1,ApaI])
  • YST3 (CEN.PK-2-1C: MATa ura3-52 trp1-289 leu2-3,112 his3 [pRS306 pTDH3-EGFP-tCYC1,ApaI])
Read the whole notebook in PDF format

SPONSORS