Difference between revisions of "Team:HUST-China/Part collection"

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       <div class="col-lg-12">
−
         <h2 class="pageTitle">Composite part</h2>
+
         <h2 class="pageTitle">Part collection</h2>
−
 
+
 
       </div>
 
       </div>
 
     </div>
 
     </div>
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             <div class="col-md-12 content-text">
 
             <div class="col-md-12 content-text">
 
                 <div class="about-logo">
 
                 <div class="about-logo">
−
               
+
                   <h3><strong>Part1: <span class="red-content">Bacteria and culture medium</span></strong></h3>
−
 
+
−
 
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+
−
                   <h3><strong>Part1: <span class="red-content">Photosynthetic microorganism system: optical energy→chemical energy</span></strong></h3>
+
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
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             <div class="col-md-12 info-blocks">
−
                 <i class="icon-info-blocks material-icons hidden-xs"><img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/8d/T--HUST-China--2018-lanzao01.png"></i>
+
                 <i class="icon-info-blocks material-icons"><img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/8d/T--HUST-China--2018-lanzao01.png"></i>
 
                       <div class="info-blocks-in" style="background-color: #ffffff; border: 1px solid #eeeeee;border-radius:5px;">
 
                       <div class="info-blocks-in" style="background-color: #ffffff; border: 1px solid #eeeeee;border-radius:5px;">
−
                              <h3>1.1 Synechocystis sp. PCC 6803(cyanobacteria)</h3>
 
 
                              
 
                              
−
                     
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                                </div> 
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                                 <table class="table table-bordered table-hover" style="text-align: center;">
 
                                 <table class="table table-bordered table-hover" style="text-align: center;">
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 +
                                        <th>Part Number</th>
 
                                         <th>Name</th>
 
                                         <th>Name</th>
 
                                         <th>Description</th>
 
                                         <th>Description</th>
−
                                     
 
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
−
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533000" style="color:blue;"><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533000" style="color:blue;">BBa_K2533000</td>
+
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533000" style="color:blue;">BBa_K2533000</a></td>
 
                                         <td>RBS-ldhD-RBS-lldP</td>
 
                                         <td>RBS-ldhD-RBS-lldP</td>
−
                                       
+
                                        <td>ldhD can produce lactate, and lldP can release it from cytoplasm to the environment</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
−
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533001" style="color:blue;">BBa_K2533001</a></td>
+
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533001" style="color:blue;">BBa_K2533001</td>
 
                                         <td>RBS-ldhDC-RBS-lldP</td>
 
                                         <td>RBS-ldhDC-RBS-lldP</td>
−
                                       
+
                                        <td>ldhDC can produce lactate, lldP can release it from cytoplasm to the environment</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533002" style="color:blue;">BBa_K2533002</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533002" style="color:blue;">BBa_K2533002</a></td>
−
                                         <td>RBS-ldhDnARSdR-lldP</td>
+
                                         <td>RBS-ldhDnARSdR-RBS-lldP</td>
−
                                       
+
                                        <td>ldhDnARSdR can produce lactate, and lldP can release it from cytoplasm to the environment.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533003" style="color:blue;">BBa_K2533003</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533003" style="color:blue;">BBa_K2533003</a></td>
−
                                         <td>RBS-ldhDARSdR-lldP</td>
+
                                         <td>RBS-ldhDARSdR-RBS-lldP</td>
−
                                     
+
                                        <td>ldhDARSdR can produce lactate, and lldP can release it from cytoplasm to the environment.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533014" style="color:blue;">BBa_K2533014</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533014" style="color:blue;">BBa_K2533014</a></td>
 
                                         <td>RBS-TH-RBS-gldA-RBS-LLDP</td>
 
                                         <td>RBS-TH-RBS-gldA-RBS-LLDP</td>
−
                                     
+
                                        <td>produce and release lactate</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
−
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533000" style="color:blue;">BBa_K2533016</a></td>
+
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533016" style="color:blue;">BBa_K2533016</a></td>
−
                                         <td>RBS-ldhD-FLAG-RBS-lldP-his tag</td>
+
                                         <td>RBS-ldhD-FLAG-lldP-his tag</td>
−
                                     
+
                                        <td>ldhD can produce lactate, lldP can release it from cytoplasm to the environment, and tags will show the expression of the protein.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533017" style="color:blue;">BBa_K2533017</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533017" style="color:blue;">BBa_K2533017</a></td>
−
                                         <td>RBS-ldhDC-FLAG-RBS-lldP-his tag</td>
+
                                         <td>RBS-ldhDC-FLAG-lldP-his tag</td>
−
                                     
+
                                        <td>ldhDC can produce lactate, lldP can release it from cytoplasm to the environment, and tags will show the expression of the protein.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533018" style="color:blue;">BBa_K2533018</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533018" style="color:blue;">BBa_K2533018</a></td>
 
                                         <td>RBS-ldhDnARSdR-FLAG-RBS-lldP-his tag</td>
 
                                         <td>RBS-ldhDnARSdR-FLAG-RBS-lldP-his tag</td>
−
                                     
+
                                        <td>ldhDnARSdR can produce lactate, lldP can release it from cytoplasm to the environment, and tags will show the expression of the protein.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533019" style="color:blue;">BBa_K2533019</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533019" style="color:blue;">BBa_K2533019</a></td>
 
                                         <td>RBS-ldhDARSdR-FLAG-RBS-lldP-his tag</td>
 
                                         <td>RBS-ldhDARSdR-FLAG-RBS-lldP-his tag</td>
−
                                     
+
                                        <td>ldhDARSdR can produce lactate, lldP can release it from cytoplasm to the environment, and tags will show the expression of the protein.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 +
                                     
 
                                 </table>
 
                                 </table>
 
                             </div>
 
                             </div>
 +
                            <div class="col-md-12  table-responsive" >
 +
                                <h3><strong>Circuit：</strong></h3>
 +
                               
 +
                                <div class="col-md-10 col-md-offset-1">
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                                  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163331%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png" class="img-responsive">
 +
                                  <p>Figure 1. Circuit of ldhD-lldP.</p>
 +
                                  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163357%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png"class="img-responsive">
 +
                                  <p>Figure 2. Circuit of ldhDC-lldP.</p>
 +
                                  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163418%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png" class="img-responsive">
 +
                                  <p>Figure 3. Circuit of ldhDnARSdR-lldP.</p>
 +
                                  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163427%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png"class="img-responsive">
 +
                                  <p >Figure 4. Circuit of ldhDARSdR-lldP.</p>
 +
                                            <p>
 +
                             
 +
                                The the secondary circuit is the optimized type of the firist one,while the fourth circuit is the optimized type of the third one.Last three circuit is trying to improve the production of lactate.
  
−
                          <div class="col-md-12">
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                                </p>
−
                           
+
                                          <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/93/T--HUST-China--2018-collection-pic13.png" class="img-responsive">
−
                              <p>BBa_K2533000, BBa_K2533001, BBa_K2533002, BBa_K2533003, BBa_K2533014</p>
+
                                  <p>Figure 5. Circuit of TH-gldA-lldP.<br/>
 +
 
 +
                                  The fifth circuit could help to contribute to produce more ldhD and lactate.
 +
                                  </p> 
 +
                                  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163451%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png" class="img-responsive">
 +
                                  <p>Figure 6. modified circuit of ldhD-lldP.</p> 
 +
 
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163500%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png" class="img-responsive">
 +
                                  <p>Figure 7. modified circuit of ldhDC-lldP.</p> 
 +
                                 
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163510%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png" class="img-responsive">
 +
                                  <p>Figure 8. modified circuit of ldhDnARSdR-lldP.</p> 
 +
                                 
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                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163521%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png" class="img-responsive">
 +
                                  <p>Figure 9. modified circuit of ldhDARSdR-lldP.</p> 
 +
                                 
 +
 
 +
                                  <p>This four circuit is used to show the expression of protein.</p>
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                                    </div>
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                                  </div>
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                          <div  class="col-md-5 col-md-offset-2" > <img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/21/T--HUST-China--2018-composite_part-picture1.png.png"></div>
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−
                              <p>BBa_K2533016, BBa_K2533017, BBa_K2533018, BBa_K2533019</p>
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                          <div  class="col-md-6 col-md-offset-2" > <img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/87/T--HUST-China--2018-composite_part-picture2.png.png"></div>
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                                </div>
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<!--part1-->
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      <div class="row">
 +
            <div class="col-md-12 content-text">
 +
                <div class="about-logo">
 +
                  <h3><strong>Part2: <span class="red-content">Rhodopseudomonas palustris</span></strong></h3>
 +
                </div>
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            </div>
 +
        </div>
 
           <div class="row">
 
           <div class="row">
−
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+
             <div class="cl-md-12 info-blocks">
−
                 <i class="icon-info-blocks material-icons hidden-xs"><img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/63/T--HUST-China--2018-zhaozehong01.png"></i>
+
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                       <div class="info-blocks-in" style="background-color: #ffffff; border: 1px solid #eeeeee;border-radius:5px;">
 
                       <div class="info-blocks-in" style="background-color: #ffffff; border: 1px solid #eeeeee;border-radius:5px;">
−
                              <h3>1.2. Rhodopseudomonas palustris</h3>
+
                   
−
                                <div class="col-md-10 col-md-offset-1 table-responsive">
+
                        <div class="col-md-10 col-md-offset-1 table-responsive">
 
                                 <table class="table table-bordered table-hover" style="text-align: center;">
 
                                 <table class="table table-bordered table-hover" style="text-align: center;">
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 +
                                        <th>Part Number</th>
 
                                         <th>Name</th>
 
                                         <th>Name</th>
 
                                         <th>Description</th>
 
                                         <th>Description</th>
−
                                     
 
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 +
                           
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533045" style="color:blue;">BBa_K2533045</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533045" style="color:blue;">BBa_K2533045</a></td>
 
                                         <td>RBS-mleS</td>
 
                                         <td>RBS-mleS</td>
−
                                          
+
                                         <td>It encodes malate dehydrogenase.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533046" style="color:blue;">BBa_K2533046</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533046" style="color:blue;">BBa_K2533046</a></td>
 
                                         <td>RBS-lldP</td>
 
                                         <td>RBS-lldP</td>
−
                                       
+
                                        <td>It encodes L-lactate permease.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533047" style="color:blue;">BBa_K2533047</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533047" style="color:blue;">BBa_K2533047</a></td>
 
                                         <td>RBS-ldhA</td>
 
                                         <td>RBS-ldhA</td>
−
                                          
+
                                         <td>It encodes D-lactate dehydrogenase.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
−
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533000" style="color:blue;">BBa_K2533048</a></td>
+
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533048" style="color:blue;">BBa_K2533048</a></td>
 
                                         <td>RBS-mleS-RBS-lldP</td>
 
                                         <td>RBS-mleS-RBS-lldP</td>
−
                                     
+
                                        <td>It encodes malate dehydrogenase & L-lactate permease.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                     
 +
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533049" style="color:blue;">BBa_K2533049</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533049" style="color:blue;">BBa_K2533049</a></td>
 
                                         <td>RBS-lldP-RBS-ldhA</td>
 
                                         <td>RBS-lldP-RBS-ldhA</td>
−
                                     
+
                                        <td>It encodes L-lactate permease & D-lactate dehydrogenase.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533050" style="color:blue;">BBa_K2533050</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533050" style="color:blue;">BBa_K2533050</a></td>
 
                                         <td>mleS-lldp-ldhA</td>
 
                                         <td>mleS-lldp-ldhA</td>
−
                                     
+
                                        <td>It encodes malate dehydrogenase & L-lactate permease & D-lactate dehydrogenase.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
−
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533051" style="color:blue;">BBa_K2533051</td>
+
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533051" style="color:blue;">BBa_K2533051</a></td>
 
                                         <td>mleS-lldP-TT</td>
 
                                         <td>mleS-lldP-TT</td>
−
                                     
+
                                        <td>It encodes malate dehydrogenase & L-lactate permease.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533052" style="color:blue;">BBa_K2533052</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533052" style="color:blue;">BBa_K2533052</a></td>
 
                                         <td>RBS-lldP-RBS-ldhA-TT</td>
 
                                         <td>RBS-lldP-RBS-ldhA-TT</td>
−
                                     
+
                                        <td>Product and transport of lactic acid.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533053" style="color:blue;">BBa_K2533053</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533053" style="color:blue;">BBa_K2533053</a></td>
 
                                         <td>RBS-mleS-RBS-lldP-RBS-ldhA-TT</td>
 
                                         <td>RBS-mleS-RBS-lldP-RBS-ldhA-TT</td>
−
                                     
+
                                        <td>Product and transport of lactic acid.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533054" style="color:blue;">BBa_K2533054</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533054" style="color:blue;">BBa_K2533054</a></td>
 
                                         <td>RBS-ldhA-RBS-lldP</td>
 
                                         <td>RBS-ldhA-RBS-lldP</td>
−
                                     
+
                                        <td>Product and transport of lactic acid.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533055" style="color:blue;">BBa_K2533055</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533055" style="color:blue;">BBa_K2533055</a></td>
 
                                         <td>RBS-ldhA-RBS-lldP-TT</td>
 
                                         <td>RBS-ldhA-RBS-lldP-TT</td>
−
                                     
+
                                        <td>Product and transport of lactic acid.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                 </table>
 
                                 </table>
−
                            </div>
 
−
                            <div class="col-md-12">
 
−
                           
 
−
                              <p>BBa_K2533050, BBa_K2533048, BBa_K2533054, BBa_K2533049</p>
 
−
                        </div>
 
−
<div  class="col-md-6 col-md-offset-2" > <img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/be/T--HUST-China--2018-composite_part-picture3.png.png"></div>
 
−
                               
 
−
                           
 
 
                            
 
                            
−
                          <div class="col-md-12">
 
−
                           
 
−
                              <p>Our photosynthetic microorganism system is consist of Synechocystis sp. PCC 6803(cyanobacteria) and Rhodopseudomonas palustris. They are all modified to produce lactate to improve the electrogenic efficiency of Shewanella(S.oneidensis).</p>
 
−
                        </div>
 
 
                          
 
                          
−
                       
+
                            <img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163529%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png">
−
                  </div>
+
                            <p>
 +
                              mleS：malate dehydrogenase, the conversion of malic acid to L-lactate.<br/>
 +
                                ldhA：fermentative D-lactate dehydrogenase, NAD-dependent, convert pyruvate to D-lactate.<br/>
 +
                                lldP：L-lactate permease, the lactate is transported out of the cell.
 +
 
 +
                            </p>
 +
                            <p>
 +
                              To validate our modeling results, we continue to build three different gene circuits which can determine the highest lactate production efficiency of our total circuit:
 +
                            </p>
 +
                            <img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163538%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png">
 +
                            <img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163547%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png">
 +
                            <img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017163602%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png">
 +
                     
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                  </div>      
 
               </div>
 
               </div>
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          </div>
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            </div>
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      </div>
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        <div class="row">
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          <div class="row">
 
             <div class="col-md-12 content-text">
 
             <div class="col-md-12 content-text">
 
                 <div class="about-logo">
 
                 <div class="about-logo">
−
                   <h3><strong>Part2: <span class="red-content">Electrogenic microorganism system: chemical energy→electric energy</span></strong></h3>
+
                   <h3><strong>Part3: <span class="red-content">Shewanella oneidensis</span></strong></h3>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
−
          <div class="row">
+
                <div class="row">
 
             <div class="col-md-12 info-blocks">
 
             <div class="col-md-12 info-blocks">
−
                 <i class="icon-info-blocks material-icons hidden-xs"><img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/0c/T--HUST-China--2018-xiwa01.png"></i>
+
                 <i class="icon-info-blocks material-icons"><img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/0c/T--HUST-China--2018-xiwa01.png"></i>
 
                       <div class="info-blocks-in" style="background-color: #ffffff; border: 1px solid #eeeeee;border-radius:5px;">
 
                       <div class="info-blocks-in" style="background-color: #ffffff; border: 1px solid #eeeeee;border-radius:5px;">
−
                        <h3>2.1. Shewanella(S.oneidensis)</h3>
+
                      <div class="col-md-10 col-md-offset-1 table-responsive">
−
                        <div class="col-md-10 col-md-offset-1 table-responsive">
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                                <table class="table table-bordered table-hover" style="text-align: center;">
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                                <table class="table table-bordered table-hover" style="text-align: center;">
+
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 +
                                        <th>Part Number</th>
 
                                         <th>Name</th>
 
                                         <th>Name</th>
 
                                         <th>Description</th>
 
                                         <th>Description</th>
−
                                     
 
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                 
 +
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533030" style="color:blue;">BBa_K2533030</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533030" style="color:blue;">BBa_K2533030</a></td>
 
                                         <td>RBS-dld</td>
 
                                         <td>RBS-dld</td>
−
                                          
+
                                         <td>It encodes D-lactate dehydrogenase.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533031" style="color:blue;">BBa_K2533031</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533031" style="color:blue;">BBa_K2533031</a></td>
 
                                         <td>RBS-lldEFG</td>
 
                                         <td>RBS-lldEFG</td>
−
                                       
+
                                        <td>produce L-lactate dehydrogenase complex protein.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533032" style="color:blue;">BBa_K2533032</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533032" style="color:blue;">BBa_K2533032</a></td>
 
                                         <td>RBS-dld-TT-Ptac-RBS-lldEFG</td>
 
                                         <td>RBS-dld-TT-Ptac-RBS-lldEFG</td>
−
                                          
+
                                         <td>It encodes FAD-dependent D-lactate dehydrogenase and L-lactate dehydrogenase complex protein.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533033" style="color:blue;">BBa_K2533033</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533033" style="color:blue;">BBa_K2533033</a></td>
 
                                         <td>RBS-gapA</td>
 
                                         <td>RBS-gapA</td>
−
                                     
+
                                        <td>It encodes glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533034" style="color:blue;">BBa_K2533034</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533034" style="color:blue;">BBa_K2533034</a></td>
 
                                         <td>RBS-mdh</td>
 
                                         <td>RBS-mdh</td>
−
                                     
+
                                        <td>It encodes NAD dependent malate dehydrogenase.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533035" style="color:blue;">BBa_K2533035</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533035" style="color:blue;">BBa_K2533035</a></td>
 
                                         <td>RBS-gapA-RBS-mdh-TT</td>
 
                                         <td>RBS-gapA-RBS-mdh-TT</td>
−
                                     
+
                                        <td>It encodes glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and NAD dependent malate dehydrogenase.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                       <tr>
+
                                   
−
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533036" style="color:blue;">BBa_K2533036</td>
+
                                        
 +
                                      <tr>
 +
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533036" style="color:blue;">BBa_K2533036</a></td>
 
                                         <td>RBS-pflB</td>
 
                                         <td>RBS-pflB</td>
−
                                     
+
                                        <td>It encodes pyruvate formate-lyase.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533037" style="color:blue;">BBa_K2533037</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533037" style="color:blue;">BBa_K2533037</a></td>
 
                                         <td>RBS-fdh</td>
 
                                         <td>RBS-fdh</td>
−
                                     
+
                                        <td>It encodes formate dehydrogenase cytochrome b.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
−
                                      <tr>
+
                                      <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533038" style="color:blue;">BBa_K2533038</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533038" style="color:blue;">BBa_K2533038</a></td>
 
                                         <td>RBS-pflB-RBS-fdh</td>
 
                                         <td>RBS-pflB-RBS-fdh</td>
−
                                     
+
                                        <td>It encodes pyruvate formate-lyase and formate.</td>
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 
                                       <tr>
 
                                       <tr>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533039" style="color:blue;">BBa_K2533039</a></td>
 
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533039" style="color:blue;">BBa_K2533039</a></td>
 
                                         <td>RBS-gapA-RBS-mdh-TT-Ptac-RBS-pflB-RBS-fdh</td>
 
                                         <td>RBS-gapA-RBS-mdh-TT-Ptac-RBS-pflB-RBS-fdh</td>
−
                                     
+
                                         <td>It encodes glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, NAD dependent malate dehydrogenase, pyruvate formate-lyase and formate dehydrogenase cytochrome b.</td>
−
                                      </tr>
+
−
                                      <tr>
+
−
                                         <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533056" style="color:blue;">BBa_K2533056</a></td>
+
−
                                        <td>PlacIq-lacI-Ptac-RBS-gapA</td>
+
−
                                     
+
−
                                      </tr>
+
−
                                      <tr>
+
−
                                        <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2533057" style="color:blue;">BBa_K2533057</a></td>
+
−
                                        <td>PlacIq-lacI-Ptac-RBS-mdh</td>
+
−
                                     
+
 
                                       </tr>
 
                                       </tr>
 +
                                   
 
                                 </table>
 
                                 </table>
−
                            </div>
 
  
−
                          <div class="col-md-12">
+
                                <p>This part collection well documents ten circuits in Shewanella oneidensis of our project with every detailed characterization of the transcriptional related proteins and promoters. The collection contains two primary circuits, where tac promoter and enhanced RBS are applied. </p>
−
                           
+
−
                              <p>BBa_K2533030, BBa_K2533031, BBa_K2533032, BBa_K2533033, BBa_K2533034, BBa_K2533036, BBa_K2533037 </p>
+
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                        </div>
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+
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                        <div class="col-md-4 col-md-offset-2" style="text-align: center;">
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                            <img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/f9/T--HUST-China--2018-composite_part-picture8.png.png">
+
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                        </div>
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                        <div class="container">
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                                  <div class="row"></div>
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                                </div>
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                        <div class="col-md-12">
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−
                              <p>BBa_K2533035, BBa_K2533038, BBa_K2533039 </p>
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                        </div>
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−
                        <div class="col-md-5 col-md-offset-2" style="text-align: center;">
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                                <h3>Circuit one:</h3>
−
                            <img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3a/T--HUST-China--2018-composite_part-picture5.png.png">
+
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                        </div>
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+
−
                                <p>Our MFC produces electricity by Shewanella(S.oneidensis) through transfer chemical energy into electric energy. As a result, we design these parts to strengthen the ability of Shewanella(S.oneidensis) to absorb lactate，with an intention to boost the efficiency of electrogenic microorganism system.</p>
+
 
                                  
 
                                  
 +
                                <img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/d/d3/T--HUST-China--2018-collection-pic1.png">
 +
                                <p>
 +
                                  This circuit aims at improving the efficiency of lactate generation. It contains two genes encoding D-lactate dehydrogenase and L-lactate dehydrogenase.
 +
                                </p>
 +
                                <h3>Circuit two:</h3>
 +
                                  <img class="img-responsive" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/d/d3/20181017175549%21T--HUST-China--2018-collection-pic1.png">
 +
                                  <p>
 +
                                    The secondary circuit is try to improve the production of NADH as which includes four genes responsible for certain reaction in the metabolism system.
 +
                                  </p>
 +
 +
                                <p>  To better verify and quantify the functions of the circuits, the secondary circuits and single sectors of them are included, and as a result, not only can this part collection be applied to realize an optimized generation of electricity in Shewanella oneidensis, but also it offers comprehensive options for users to achieve certain functions with different compositions of these circuits.</p>
 +
                            </div>
 
                                
 
                                
−
                            </div>     
 
 
                              
 
                              
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                        </div>
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                    </div>     
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              </div>
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              </div>
 
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            </div>
 
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          </div>
 
  
  
−
       
 
−
                       
 
  
−
              </div>
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<!--  wai-->
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            </div>
+
 
           </div>
 
           </div>
−
   
+
  </div>       
−
 
+
−
    </div>       
+
 
</section>
 
</section>
 
                                                            
 
                                                            

Revision as of 19:19, 17 October 2018

HillSide Multi purpose HTML5 Template

Part collection

Part Number Name Description
BBa_K2533000 RBS-ldhD-RBS-lldP ldhD can produce lactate, and lldP can release it from cytoplasm to the environment
BBa_K2533001 RBS-ldhDC-RBS-lldP ldhDC can produce lactate, lldP can release it from cytoplasm to the environment
BBa_K2533002 RBS-ldhDnARSdR-RBS-lldP ldhDnARSdR can produce lactate, and lldP can release it from cytoplasm to the environment.
BBa_K2533003 RBS-ldhDARSdR-RBS-lldP ldhDARSdR can produce lactate, and lldP can release it from cytoplasm to the environment.
BBa_K2533014 RBS-TH-RBS-gldA-RBS-LLDP produce and release lactate
BBa_K2533016 RBS-ldhD-FLAG-lldP-his tag ldhD can produce lactate, lldP can release it from cytoplasm to the environment, and tags will show the expression of the protein.
BBa_K2533017 RBS-ldhDC-FLAG-lldP-his tag ldhDC can produce lactate, lldP can release it from cytoplasm to the environment, and tags will show the expression of the protein.
BBa_K2533018 RBS-ldhDnARSdR-FLAG-RBS-lldP-his tag ldhDnARSdR can produce lactate, lldP can release it from cytoplasm to the environment, and tags will show the expression of the protein.
BBa_K2533019 RBS-ldhDARSdR-FLAG-RBS-lldP-his tag ldhDARSdR can produce lactate, lldP can release it from cytoplasm to the environment, and tags will show the expression of the protein.

Circuit：

Figure 1. Circuit of ldhD-lldP.

Figure 2. Circuit of ldhDC-lldP.

Figure 3. Circuit of ldhDnARSdR-lldP.

Figure 4. Circuit of ldhDARSdR-lldP.

The the secondary circuit is the optimized type of the firist one,while the fourth circuit is the optimized type of the third one.Last three circuit is trying to improve the production of lactate.

Figure 5. Circuit of TH-gldA-lldP.
The fifth circuit could help to contribute to produce more ldhD and lactate.

Figure 6. modified circuit of ldhD-lldP.

Figure 7. modified circuit of ldhDC-lldP.

Figure 8. modified circuit of ldhDnARSdR-lldP.

Figure 9. modified circuit of ldhDARSdR-lldP.

This four circuit is used to show the expression of protein.

Part Number Name Description
BBa_K2533045 RBS-mleS It encodes malate dehydrogenase.
BBa_K2533046 RBS-lldP It encodes L-lactate permease.
BBa_K2533047 RBS-ldhA It encodes D-lactate dehydrogenase.
BBa_K2533048 RBS-mleS-RBS-lldP It encodes malate dehydrogenase & L-lactate permease.
BBa_K2533049 RBS-lldP-RBS-ldhA It encodes L-lactate permease & D-lactate dehydrogenase.
BBa_K2533050 mleS-lldp-ldhA It encodes malate dehydrogenase & L-lactate permease & D-lactate dehydrogenase.
BBa_K2533051 mleS-lldP-TT It encodes malate dehydrogenase & L-lactate permease.
BBa_K2533052 RBS-lldP-RBS-ldhA-TT Product and transport of lactic acid.
BBa_K2533053 RBS-mleS-RBS-lldP-RBS-ldhA-TT Product and transport of lactic acid.
BBa_K2533054 RBS-ldhA-RBS-lldP Product and transport of lactic acid.
BBa_K2533055 RBS-ldhA-RBS-lldP-TT Product and transport of lactic acid.

mleS：malate dehydrogenase, the conversion of malic acid to L-lactate.
ldhA：fermentative D-lactate dehydrogenase, NAD-dependent, convert pyruvate to D-lactate.
lldP：L-lactate permease, the lactate is transported out of the cell.

To validate our modeling results, we continue to build three different gene circuits which can determine the highest lactate production efficiency of our total circuit:

Part Number Name Description
BBa_K2533030 RBS-dld It encodes D-lactate dehydrogenase.
BBa_K2533031 RBS-lldEFG produce L-lactate dehydrogenase complex protein.
BBa_K2533032 RBS-dld-TT-Ptac-RBS-lldEFG It encodes FAD-dependent D-lactate dehydrogenase and L-lactate dehydrogenase complex protein.
BBa_K2533033 RBS-gapA It encodes glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase.
BBa_K2533034 RBS-mdh It encodes NAD dependent malate dehydrogenase.
BBa_K2533035 RBS-gapA-RBS-mdh-TT It encodes glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and NAD dependent malate dehydrogenase.
BBa_K2533036 RBS-pflB It encodes pyruvate formate-lyase.
BBa_K2533037 RBS-fdh It encodes formate dehydrogenase cytochrome b.
BBa_K2533038 RBS-pflB-RBS-fdh It encodes pyruvate formate-lyase and formate.
BBa_K2533039 RBS-gapA-RBS-mdh-TT-Ptac-RBS-pflB-RBS-fdh It encodes glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, NAD dependent malate dehydrogenase, pyruvate formate-lyase and formate dehydrogenase cytochrome b.

This part collection well documents ten circuits in Shewanella oneidensis of our project with every detailed characterization of the transcriptional related proteins and promoters. The collection contains two primary circuits, where tac promoter and enhanced RBS are applied.

Circuit one:

This circuit aims at improving the efficiency of lactate generation. It contains two genes encoding D-lactate dehydrogenase and L-lactate dehydrogenase.

Circuit two:

The secondary circuit is try to improve the production of NADH as which includes four genes responsible for certain reaction in the metabolism system.

To better verify and quantify the functions of the circuits, the secondary circuits and single sectors of them are included, and as a result, not only can this part collection be applied to realize an optimized generation of electricity in Shewanella oneidensis, but also it offers comprehensive options for users to achieve certain functions with different compositions of these circuits.

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