Difference between revisions of "Team:NCKU Tainan/Model"

(Prototype team page)
 
Line 1: Line 1:
−
{{NCKU_Tainan}}
+
{{NCKU_Tainan/header}} {{NCKU_Tainan/navbar}} {{NCKU_Tainan/style}}
 
<html>
 
<html>
 +
    <head>
 +
        <link rel="stylesheet" href="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/css/model?action=raw&ctype=text/css">
 +
    </head>
 +
    <body data-spy="scroll" data-target=".navbar-example">
 +
        <div class="container content">
 +
        <h1 class="head">Model</h1>
 +
            <div class="navbar-example">
 +
                <div class="row">
 +
                    <div class="col-2 side">     
 +
                        <div id="sidelist" class="list-group">
 +
                            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#achievement">Achievement</a>
 +
                            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#purpose">Purpose</a>
 +
                            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#CO2_uptake">CO<sub>2</sub> uptake</a>
 +
                            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#CO2_metabolism">CO<sub>2</sub> metabolism</a>
 +
                            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#CO2_vs_xylose">Analysis</a>
 +
                            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#reference">Reference</a>
 +
                            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#"><i class="fa fa-arrow-up fa-1x" aria-hidden="true"></i></a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                    <div class="col-10">
 +
                        <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
 +
                            <div class="container">
 +
                                <div id="achievement">
 +
                                    <h3>Achievement</h3>
 +
                                    <p></p>
 +
                                </div>
 +
                                <div id="purpose">
 +
                                    <h3>Purpose</h3>
 +
                                    <p></p>
 +
                                </div>
 +
                                <div id="CO2_uptake">
 +
                                    <h3>CO<sub>2</sub> uptake</h3>
 +
                                    <p></p>
 +
                                    <img class="col-md-12 smallimg" src="uptake.png">
 +
                                        <div>
 +
                                            <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#co2_uptake" role="button" aria-expanded="false" aria-controls="multiCollapseExample1">
 +
                                                CO<sub>2</sub> uptake
 +
                                                <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
 +
                                            </a>
 +
                                            <div class="collapse multi-collapse" id="co2_uptake">
 +
                                                <div class="card card-body">
 +
                                                    <table width="100%">
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <th colspan="4">CO<sub>2</sub> uptake</th>
 +
                                                        <th colspan="2">Kf</th>
 +
                                                        <th colspan="2">Kr</th>                                                       
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">R1</td>
 +
                                                        <td colspan="3">$${[CO_2]_{air} \rightarrow [CO_2]_uptake}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="2">9.23E-04</td>
 +
                                                        <td colspan="2">4.78E-04</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">R2</td>
 +
                                                        <td colspan="3">$${[CO_2]_{uptake} + [H_2O] \rightarrow [H_2CO_3]}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="2">0.062</td>
 +
                                                        <td colspan="2">23.7</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">R3</td>
 +
                                                        <td colspan="3">$${[H_2CO_3] \rightarrow [H^+] + [HCO_3^-]}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="2">8000000</td>
 +
                                                        <td colspan="2">4.7E10</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">R4</td>
 +
                                                        <td colspan="3">$${[HCO_3^-] \rightarrow [H^+] + [CO_3^{2-}]}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="2">3</td>
 +
                                                        <td colspan="2">5E10</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1" rowspan="2">R5</td>
 +
                                                        <td colspan="3" rowspan="2">$${[H^+] + [HCO_3^-] \longleftrightarrow [H_2O] + [CO_2]_{uptake}}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="2">Vmax</td>
 +
                                                        <td colspan="2">Km</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="2">0.47333</td>
 +
                                                        <td colspan="2">0.0062</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    </table>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                </div>
 +
                               
 +
                                <div id="CO2_metabolism">
 +
                                    <h3>CO<sub>2</sub> Metabolism</h3>
 +
                                    <div>
 +
                                        <div class="table">
 +
                                            <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#species" role="button" aria-expanded="false" aria-controls="multiCollapseExample1">
 +
                                                    Species
 +
                                                <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
 +
                                            </a>
 +
                                            <div class="collapse multi-collapse" id="species">
 +
                                                <div class="card card-body">
 +
                                                    <table width="100%" class="bbg">
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>E4P</td>
 +
                                                        <td>erythrose-4-phosphate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>F6P</td>
 +
                                                        <td>fructose-6-phosphate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>FBP</td>
 +
                                                        <td>fructose-1,6-bisphosphate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>G6P</td>
 +
                                                        <td>glucose-6-phosphate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>GAP</td>
 +
                                                        <td>glyceraldehyde-3-phosphate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>PEP</td>
 +
                                                        <td>phosphoenol pyruvate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>PYR</td>
 +
                                                        <td>pyruvate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>R5P</td>
 +
                                                        <td>ribose-5-phosphate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>Ru5P</td>
 +
                                                        <td>ribulose-5-phosphate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>S7P</td>
 +
                                                        <td>sedoheptulose-7-phosphate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>X5P</td>
 +
                                                        <td>xylulose-5-phosphate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>6PG</td>
 +
                                                        <td>6-phosphogluconate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>DHAP</td>
 +
                                                        <td>Dihydroxyacetone phosphate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>3PG</td>
 +
                                                        <td>3-Phosphoglyceric acid</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>RuBP</td>
 +
                                                        <td>ribulose-1,5-bisphosphate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>PRK</td>
 +
                                                        <td>Phosphoribulokinase</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>Rubisco</td>
 +
                                                        <td>Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/ oxygenase</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>AcCoA</td>
 +
                                                        <td>Acetyl-CoA</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>CIT</td>
 +
                                                        <td>Citrate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>ICIT</td>
 +
                                                        <td>Isocitrate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>AKG</td>
 +
                                                        <td>Alpha-ketoglutarate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>SUCCoA</td>
 +
                                                        <td>Succinyl-CoA</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>SUCC</td>
 +
                                                        <td>Succinate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>FUM</td>
 +
                                                        <td>Fumarate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>MAL</td>
 +
                                                        <td>Malate </td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>OAA</td>
 +
                                                        <td>Oxaloacetic acid</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>GOX</td>
 +
                                                        <td>Glyoxylate</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    </table>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <h3>Pathway</h3> 
 +
                                    <div>
 +
                                        <img class="col-md-6 smallimg contentimg" src="easy_pathway.png">
 +
                                        <img class="col-md-6 contentimg" src="model_pathway.png">
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="table">
 +
                                        <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#co2_bypass" role="button" aria-expanded="false" aria-controls="multiCollapseExample1">
 +
                                            Parameters of CO<sub>2</sub> bypass pathway
 +
                                            <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
 +
                                        </a>
 +
                                        <div class="collapse multi-collapse" id="co2_bypass">
 +
                                            <div class="card card-body">
 +
                                                <table width="100%">
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <th colspan="8">CO<sub>2</sub> bypass pathway</th>
 +
                                                        <th colspan="3">Vmax (1/S)</th>
 +
                                                        <th colspan="3">KM (mM)</th>                                                       
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                            <td colspan="2">A1</td>
 +
                                                        <td colspan="6">$${Xylose \rightarrow Xylulose}$$
 +
                                                            $${Xylulose + ATP \rightarrow X5P}$$
 +
                                                        </td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.02456</td>
 +
                                                        <td colspan="3">124.55879</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="2">A2</td>
 +
                                                        <td colspan="6">$${X5P \rightarrow Ru5P}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.08</td>
 +
                                                        <td colspan="3">12.5</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="2">A3</td>
 +
                                                        <td colspan="6">$${Ru5P \xrightarrow{PRK} RuBP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">225.81858</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.27</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td rowspan="2" colspan="2">A4</td>
 +
                                                        <td rowspan="2" colspan="6">$${RuBP + CO_2 \xrightarrow{RuBisCO} 3PG}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="2">Vmax</td>
 +
                                                        <td colspan="2">Krubp</td>
 +
                                                        <td colspan="2">KCO<sub>2</sub></td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="2">333.33</td>
 +
                                                        <td colspan="2">53</td>
 +
                                                        <td colspan="2">2.7</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                </table>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div> 
  
 +
                                    <div class="table">
 +
                                        <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#ppp" role="button" aria-expanded="false" aria-controls="multiCollapseExample1">
 +
                                            Parameters of PPP pathway
 +
                                            <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
 +
                                        </a>
 +
                                        <div class="collapse multi-collapse" id="ppp">
 +
                                            <div class="card card-body">
 +
                                                <table width="100%">
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <th colspan="13">Pentose Phosphate Pathway</th>
 +
                                                        <th colspan="6">Vmax (1/S)</th>
 +
                                                        <th colspan="6">KM (mM)</th>                                                       
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">B1</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${Ru5P \rightarrow R5P}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.13672</td>
 +
                                                        <td colspan="6">12.5</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td rowspan="5" colspan="1">B2</td>
 +
                                                        <td colspan="24">$${X5P + R5P \rightarrow S7P + GAP}$$</td>                                              </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${X5P \rightarrow S7P}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">58.27</td>
 +
                                                        <td colspan="6">4.96E-09</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${X5P \rightarrow GAP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">58.27</td>
 +
                                                        <td colspan="6">48</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${R5P \rightarrow S7P}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">58.27</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.008</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${R5P \rightarrow GAP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">58.27</td>
 +
                                                        <td colspan="6">3.05E-07</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td rowspan="5" colspan="1">B3</td>
 +
                                                        <td colspan="24">$${S7P + GAP \rightarrow F6P + E4P}$$</td>                                              </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${S7P \rightarrow E4P}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">58.27</td>
 +
                                                        <td colspan="6">2.524</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${S7P \rightarrow F6P}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">58.27</td>
 +
                                                        <td colspan="6">6.10E-09</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${GAP \rightarrow E4P}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">58.27</td>
 +
                                                        <td colspan="6">1.73E-07</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${GAP \rightarrow F6P}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">58.27</td>
 +
                                                        <td colspan="6">8.23E-09</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td rowspan="5" colspan="1">B4</td>
 +
                                                        <td colspan="24">$${E4P + X5P \rightarrow F6P + GAP}$$</td>                                              </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${E4P \rightarrow F6P}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">1</td>
 +
                                                        <td colspan="6">1</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${E4P \rightarrow GAP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">5.827E-4</td>
 +
                                                        <td colspan="6">1.733E-7</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${X5P \rightarrow F6P}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.05827</td>
 +
                                                        <td colspan="6">1.733E-7</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="12">$${X5P \rightarrow GAP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.005827</td>
 +
                                                        <td colspan="6">48.8</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">B5</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${FBP \rightarrow GAP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">135.425</td>
 +
                                                        <td colspan="6">4</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td rowspan="2" colspan="1">B6</td>
 +
                                                        <td rowspan="2" colspan="12">$${DHAP \longleftrightarrow GAP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">Vmf</td>
 +
                                                        <td colspan="3">Vmr</td>
 +
                                                        <td colspan="3">Km<sub>DHAP</sub></td>
 +
                                                        <td colspan="3">Km<sub>GAP</sub></td>                                                 
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="3">0.2394</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.24</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.812</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.245</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">B7</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${FBP \rightarrow DHAP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.0001247</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.04</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">B8</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${F6P + ATP \rightarrow FBP + ADP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">88.2533</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.017</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">B9</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${F6P \rightarrow G6P}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">88.2353</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.017</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td rowspan="2" colspan="1">B10</td>
 +
                                                        <td rowspan="2" colspan="12">$${G6P + NADP^+ \rightarrow 6PG + NADPH}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="4">Vmax</td>
 +
                                                        <td colspan="4">Km<sub>G6P</sub></td>
 +
                                                        <td colspan="4">Km<sub>NADP</sub></td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="4">11.736</td>
 +
                                                        <td colspan="4">0.12</td>
 +
                                                        <td colspan="4">0.0123</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">B11</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${6PG + NADP^+ \rightarrow Ru5P + NADPH}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">1.0</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.044</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">B12</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${GAP + NADP^+ + ADP \rightarrow 3PGA + NADPH + ATP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.4</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.013</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">B13</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${3PGA \rightarrow PEP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.43478</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.23</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">B14</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${PEP \rightarrow PYR}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.23148</td>
 +
                                                        <td colspan="6">0.45</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                </table>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
  
 +
                                    <div class="table">
 +
                                        <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#tca" role="button" aria-expanded="false" aria-controls="multiCollapseExample1">
 +
                                            Parameters of TCA cycle
 +
                                            <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
 +
                                        </a>
 +
                                        <div class="collapse multi-collapse" id="tca">
 +
                                            <div class="card card-body">
 +
                                                <table width="100%">
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <th colspan="13">TCA cycle</th>
 +
                                                        <th colspan="3">Vmf (mM/min)</th>
 +
                                                        <th colspan="3">Vmr (mM/min)</th>
 +
                                                        <th colspan="3">Ks (mM)</th>
 +
                                                        <th colspan="3">Kp (mM)</th>                                                     
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C1</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${PEP + HCO_3^- + NAD^+ \rightarrow OAA + NADH}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">1</td>
 +
                                                        <td colspan="3">1</td>
 +
                                                        <td colspan="3">1</td>
 +
                                                        <td colspan="3">1</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C2</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${AcCoA \rightarrow CIT}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">64.8</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.648</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.05</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.12</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C3</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${CIT \rightarrow ICIT}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">31.2</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.312</td>
 +
                                                        <td colspan="3">1.7</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.7</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C4</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${ICIT + NADP^+ \rightarrow AKG + NADPH + CO_2}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">10.2</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.102</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.03</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.3</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C5</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${AKG + NAD^+ \rightarrow AKG + NADPH + CO_2}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">57.344</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.57344</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.1</td>
 +
                                                        <td colspan="3">1.0</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C6</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${SUCCoA + ADP \rightarrow SUCC + ATP}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">6.54</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.0651</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.015</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.15</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C7</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${SUCC + FAD \rightarrow FUM + FADH_2}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">1.02</td>
 +
                                                        <td colspan="3">1.02</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.12</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.15</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C8</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${FUM \rightarrow MAL}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">887.7</td>
 +
                                                        <td colspan="3">87.7</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.25</td>
 +
                                                        <td colspan="3">2.38</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C9</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${MAL + NAD^+ \rightarrow OAA + NADH}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">184</td>
 +
                                                        <td colspan="3">184</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.833</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.0443</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C10</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${OAA \rightarrow CIT}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">64.8</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.648</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.012</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.12</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td rowspan="2" colspan="1">C11</td>
 +
                                                        <td rowspan="2" colspan="12">$${PYR \rightarrow NADH + AcCoA + CO_2}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="6">Vmax (1/s)</td>
 +
                                                        <td colspan="6">KM (mM)</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="6">0.00518</td>
 +
                                                        <td colspan="6">1.5</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C12</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${ICIT \rightarrow GOX}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">1.172</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.01172</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.145</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.13</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="1">C13</td>
 +
                                                        <td colspan="12">$${GOX \rightarrow MAL}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">20</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.2</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.057</td>
 +
                                                        <td colspan="3">1.0</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td rowspan="2" colspan="1">C14</td>
 +
                                                        <td rowspan="2" colspan="12">$${ICIT \rightarrow SUCC + GOX}$$</td>
 +
                                                        <td colspan="3">Vmf (mM/min)</td>
 +
                                                        <td colspan="3">Vmr (mM/min)</td>
 +
                                                        <td colspan="2">Kicit (mM)</td>
 +
                                                        <td colspan="2">Ksucc (mM)</td>
 +
                                                        <td colspan="2">Kgox (mM)</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td colspan="3">1.172</td>
 +
                                                        <td colspan="3">0.012</td>
 +
                                                        <td colspan="2">0.145</td>
 +
                                                        <td colspan="2">0.59</td>
 +
                                                        <td colspan="2">0.13</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                </table>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
  
−
<div class="column full_size judges-will-not-evaluate">
+
                                    <div id="CO2_vs_xylose">
−
<h3>★  ALERT! </h3>
+
                                        <h3>CO<sub>2</sub> v.s. Xylose</h3>
−
<p>This page is used by the judges to evaluate your team for the <a href="https://2018.igem.org/Judging/Medals">medal criterion</a> or <a href="https://2018.igem.org/Judging/Awards"> award listed below</a>. </p>
+
                                    </div>
−
<p> Delete this box in order to be evaluated for this medal criterion and/or award. See more information at <a href="https://2018.igem.org/Judging/Pages_for_Awards"> Instructions for Pages for awards</a>.</p>
+
−
</div>
+
−
 
+
−
 
+
−
<div class="clear"></div>
+
−
 
+
−
 
+
−
<div class="column full_size">
+
−
<h1> Modeling</h1>
+
−
 
+
−
<p>Mathematical models and computer simulations provide a great way to describe the function and operation of BioBrick Parts and Devices. Synthetic Biology is an engineering discipline, and part of engineering is simulation and modeling to determine the behavior of your design before you build it. Designing and simulating can be iterated many times in a computer before moving to the lab. This award is for teams who build a model of their system and use it to inform system design or simulate expected behavior in conjunction with experiments in the wetlab.</p>
+
−
 
+
−
</div>
+
−
<div class="clear"></div>
+
−
 
+
−
<div class="column full_size">
+
−
<h3> Gold Medal Criterion #3</h3>
+
−
<p>
+
−
Convince the judges that your project's design and/or implementation is based on insight you have gained from modeling. This could be either a new model you develop or the implementation of a model from a previous team. You must thoroughly document your model's contribution to your project on your team's wiki, including assumptions, relevant data, model results, and a clear explanation of your model that anyone can understand.
+
−
<br><br>
+
−
The model should impact your project design in a meaningful way. Modeling may include, but is not limited to, deterministic, exploratory, molecular dynamic, and stochastic models. Teams may also explore the physical modeling of a single component within a system or utilize mathematical modeling for predicting function of a more complex device.
+
−
</p>
+
−
 
+
−
<p>
+
−
Please see the <a href="https://2018.igem.org/Judging/Medals"> 2018
+
−
Medals Page</a> for more information.
+
−
</p>
+
−
</div>
+
−
 
+
−
<div class="column two_thirds_size">
+
−
<h3>Best Model Special Prize</h3>
+
−
 
+
−
<p>
+
−
To compete for the <a href="https://2018.igem.org/Judging/Awards">Best Model prize</a>, please describe your work on this page  and also fill out the description on the <a href="https://2018.igem.org/Judging/Judging_Form">judging form</a>. Please note you can compete for both the gold medal criterion #3 and the best model prize with this page.
+
−
<br><br>
+
−
You must also delete the message box on the top of this page to be eligible for the Best Model Prize.
+
−
</p>
+
−
 
+
−
</div>
+
−
 
+
−
 
+
−
<div class="column third_size">
+
−
<div class="highlight decoration_A_full">
+
−
<h3> Inspiration </h3>
+
−
<p>
+
−
Here are a few examples from previous teams:
+
−
</p>
+
−
<ul>
+
−
<li><a href="https://2016.igem.org/Team:Manchester/Model">2016 Manchester</a></li>
+
−
<li><a href="https://2016.igem.org/Team:TU_Delft/Model">2016 TU Delft</li>
+
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:ETH_Zurich/modeling/overview">2014 ETH Zurich</a></li>
+
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Waterloo/Math_Book">2014 Waterloo</a></li>
+
−
</ul>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
 +
                                    <div id="reference">
 +
                                        <h3>Reference</h3>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
    <script>
 +
        $(document).ready(function() {
 +
          $(window).scroll(function() {
 +
            var scrollPercentage = (document.documentElement.scrollTop + document.body.scrollTop) / (document.documentElement.scrollHeight - document.documentElement.clientHeight);     
 +
            if(scrollPercentage >= 0.97) {
 +
              var position = $("#sidelist").position();
 +
              if(position == undefined){}
 +
              else{
 +
                $('#sidelist').css({"position": "fixed", "top": "105px"});
 +
              }
 +
            } else {
 +
              if ($(this).scrollTop() >= 90) {
 +
                var position = $("#sidelist").position();
 +
                if(position == undefined){}
 +
                else{
 +
                  $('#sidelist').css({"position": "fixed", "top": "145px", "margin-top": "0px"});
 +
                }
 +
              } else {
 +
                $('#sidelist').removeAttr('style');
 +
              }
 +
            } 
 +
          });
 +
          $(function(){
 +
            $('i.fa-arrow-up').click(function(){
 +
            $('html, body').animate({scrollTop:0},600);
 +
              return false;
 +
            });
 +
          });
 +
          $(".contentimg").click(function(){
 +
            if (this.classList.contains('clicked')) {
 +
              $('img').removeClass("clicked");
 +
              this.classList.remove('clicked');
 +
            } else {
 +
              $('img').removeClass("clicked");
 +
              this.classList.add('clicked');
 +
            }
 +
          });
 +
        });
 +
        <script src="https://2018.igem.org/Team:NCKU_Tainan/js/frame/T--NCKU_Tainan--jquery-1_12_4_min_js?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
 +
        <script src="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/js/bootstrap_min_js?action=raw&amp;ctype=text/javascript">
 +
        <script src="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/js/model?action=raw&amp;ctype=text/javascript">
 +
    </script>
 +
    </body>
 
</html>
 
</html>
 +
{{NCKU_Tainan/footer}}

Revision as of 14:57, 20 September 2018

Model

Achievement

Purpose

CO2 uptake

CO2 uptake Kf Kr
R1 $${[CO_2]_{air} \rightarrow [CO_2]_uptake}$$ 9.23E-04 4.78E-04
R2 $${[CO_2]_{uptake} + [H_2O] \rightarrow [H_2CO_3]}$$ 0.062 23.7
R3 $${[H_2CO_3] \rightarrow [H^+] + [HCO_3^-]}$$ 8000000 4.7E10
R4 $${[HCO_3^-] \rightarrow [H^+] + [CO_3^{2-}]}$$ 3 5E10
R5 $${[H^+] + [HCO_3^-] \longleftrightarrow [H_2O] + [CO_2]_{uptake}}$$ Vmax Km
0.47333 0.0062

CO2 Metabolism

E4P erythrose-4-phosphate
F6P fructose-6-phosphate
FBP fructose-1,6-bisphosphate
G6P glucose-6-phosphate
GAP glyceraldehyde-3-phosphate
PEP phosphoenol pyruvate
PYR pyruvate
R5P ribose-5-phosphate
Ru5P ribulose-5-phosphate
S7P sedoheptulose-7-phosphate
X5P xylulose-5-phosphate
6PG 6-phosphogluconate
DHAP Dihydroxyacetone phosphate
3PG 3-Phosphoglyceric acid
RuBP ribulose-1,5-bisphosphate
PRK Phosphoribulokinase
Rubisco Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/ oxygenase
AcCoA Acetyl-CoA
CIT Citrate
ICIT Isocitrate
AKG Alpha-ketoglutarate
SUCCoA Succinyl-CoA
SUCC Succinate
FUM Fumarate
MAL Malate
OAA Oxaloacetic acid
GOX Glyoxylate

Pathway

CO2 bypass pathway Vmax (1/S) KM (mM)
A1 $${Xylose \rightarrow Xylulose}$$ $${Xylulose + ATP \rightarrow X5P}$$ 0.02456 124.55879
A2 $${X5P \rightarrow Ru5P}$$ 0.08 12.5
A3 $${Ru5P \xrightarrow{PRK} RuBP}$$ 225.81858 0.27
A4 $${RuBP + CO_2 \xrightarrow{RuBisCO} 3PG}$$ Vmax Krubp KCO2
333.33 53 2.7
Pentose Phosphate Pathway Vmax (1/S) KM (mM)
B1 $${Ru5P \rightarrow R5P}$$ 0.13672 12.5
B2 $${X5P + R5P \rightarrow S7P + GAP}$$
$${X5P \rightarrow S7P}$$ 58.27 4.96E-09
$${X5P \rightarrow GAP}$$ 58.27 48
$${R5P \rightarrow S7P}$$ 58.27 0.008
$${R5P \rightarrow GAP}$$ 58.27 3.05E-07
B3 $${S7P + GAP \rightarrow F6P + E4P}$$
$${S7P \rightarrow E4P}$$ 58.27 2.524
$${S7P \rightarrow F6P}$$ 58.27 6.10E-09
$${GAP \rightarrow E4P}$$ 58.27 1.73E-07
$${GAP \rightarrow F6P}$$ 58.27 8.23E-09
B4 $${E4P + X5P \rightarrow F6P + GAP}$$
$${E4P \rightarrow F6P}$$ 1 1
$${E4P \rightarrow GAP}$$ 5.827E-4 1.733E-7
$${X5P \rightarrow F6P}$$ 0.05827 1.733E-7
$${X5P \rightarrow GAP}$$ 0.005827 48.8
B5 $${FBP \rightarrow GAP}$$ 135.425 4
B6 $${DHAP \longleftrightarrow GAP}$$ Vmf Vmr KmDHAP KmGAP
0.2394 0.24 0.812 0.245
B7 $${FBP \rightarrow DHAP}$$ 0.0001247 0.04
B8 $${F6P + ATP \rightarrow FBP + ADP}$$ 88.2533 0.017
B9 $${F6P \rightarrow G6P}$$ 88.2353 0.017
B10 $${G6P + NADP^+ \rightarrow 6PG + NADPH}$$ Vmax KmG6P KmNADP
11.736 0.12 0.0123
B11 $${6PG + NADP^+ \rightarrow Ru5P + NADPH}$$ 1.0 0.044
B12 $${GAP + NADP^+ + ADP \rightarrow 3PGA + NADPH + ATP}$$ 0.4 0.013
B13 $${3PGA \rightarrow PEP}$$ 0.43478 0.23
B14 $${PEP \rightarrow PYR}$$ 0.23148 0.45
TCA cycle Vmf (mM/min) Vmr (mM/min) Ks (mM) Kp (mM)
C1 $${PEP + HCO_3^- + NAD^+ \rightarrow OAA + NADH}$$ 1 1 1 1
C2 $${AcCoA \rightarrow CIT}$$ 64.8 0.648 0.05 0.12
C3 $${CIT \rightarrow ICIT}$$ 31.2 0.312 1.7 0.7
C4 $${ICIT + NADP^+ \rightarrow AKG + NADPH + CO_2}$$ 10.2 0.102 0.03 0.3
C5 $${AKG + NAD^+ \rightarrow AKG + NADPH + CO_2}$$ 57.344 0.57344 0.1 1.0
C6 $${SUCCoA + ADP \rightarrow SUCC + ATP}$$ 6.54 0.0651 0.015 0.15
C7 $${SUCC + FAD \rightarrow FUM + FADH_2}$$ 1.02 1.02 0.12 0.15
C8 $${FUM \rightarrow MAL}$$ 887.7 87.7 0.25 2.38
C9 $${MAL + NAD^+ \rightarrow OAA + NADH}$$ 184 184 0.833 0.0443
C10 $${OAA \rightarrow CIT}$$ 64.8 0.648 0.012 0.12
C11 $${PYR \rightarrow NADH + AcCoA + CO_2}$$ Vmax (1/s) KM (mM)
0.00518 1.5
C12 $${ICIT \rightarrow GOX}$$ 1.172 0.01172 0.145 0.13
C13 $${GOX \rightarrow MAL}$$ 20 0.2 0.057 1.0
C14 $${ICIT \rightarrow SUCC + GOX}$$ Vmf (mM/min) Vmr (mM/min) Kicit (mM) Ksucc (mM) Kgox (mM)
1.172 0.012 0.145 0.59 0.13

CO2 v.s. Xylose

Reference

Follow us
Contact us

igem.ncku.tainan@gmail.com
No.1, Daxue Rd., East Dist., Tainan City 701, Taiwan (R.O.C.)