Difference between revisions of "Team:NCKU Tainan/Notebook"

Line 13: Line 13:
 
         <div class="navbar-example">
 
         <div class="navbar-example">
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
−
                 <div id="sidelist" class="list-Fgroup">
+
                 <div class="col-10">
−
                    <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-1">Accomplishment</a>
+
                    <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
−
                    <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-2">Introduction</a>
+
 
−
                    <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-3">Device design</a>
+
                        <h1 class="head2">Notebook</h1></br></br>
−
                    <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-4">Bioreactor</a>
+
 
−
                    <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-5">Nutrient tank</a>
+
                        <h3>Construction of Pasr and Pgada</h3></br>
−
                    <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#"><i class="fa fa-arrow-up fa-1x"
+
 
−
                             aria-hidden="true"></i>
+
                        <p class="pcontent">4/26~4/27</br> </p>
−
                    </a>
+
                        <ul>
−
                </div>
+
                            <li>PCR Pasr and Pgada from E. coli MG1655 chromosome. Confirmed and extracted
−
            </div>
+
                                products by DNA gel. </li>
−
            <div class="col-10">
+
                        </ul></br>
−
                <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
+
 
 +
                        <p class="pcontent">4/28</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Digested the pSB1C3-sfGFP plasmid. Ligase the plasmid with Pasr / Pgada and
 +
                                RiboJ by PCR. Confirmed by DNA gel electrophoresis. Transformed the gene in DH5
 +
                                alpha and spread the bacteria on LB plates.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">4/30~5/1</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Confirmed the transformation by colony PCR ,enzyme digestion and DNA gel
 +
                                electrophoresis. Selected the correct colonies for sequencing and cultured them
 +
                                on LB plates.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">5/9</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Store the correct colonies in glycerol in -80O C.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">6/1</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Transformed each plasmid into BL21(DE3)</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                     
 +
                     
 +
                     
 +
                     
 +
                        <h3>Construction of Pasr and Pgada</h3></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">5/9</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">5/11</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Pre-cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">5/12</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain in M9 medium in different pH value.
 +
                                Measured the OD600 value and fluorescence every hour.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">5/18</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Pre-cultured DH5 alpha-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain.</li>
 +
                            <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">5/19</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain in M9 medium in different pH
 +
                                value. Measured the OD600 value and fluorescence every hour.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">6/2~6/3</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Repeated the experiment on 5/11~5/12</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">7/29</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasrr-sfGFP strain</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">7/30</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasr -sfGFP strain on 96 well plate in different pH
 +
                                value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">9/4</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">9/5</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain strain on 96 well plate in
 +
                                different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                     
 +
                     
 +
                     
 +
                     
 +
                     
 +
                        <h3>Construction of CA</h3></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">7/2</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
 +
                                Extracted the gene from DNA gel.
 +
 
 +
                            </li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">7/5</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>PCR the CA. Confirmed by DNA gel electrophoresis and extracted the gene from DNA gel.
 +
 
 +
                            </li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">
 +
                            7/6
 +
                            </br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Digested and ligase the pSB1C3 plasmid and CA gene.
 +
 
 +
                            </li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">7/10~7/11</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                             <li>Repeated the PCR of CA, digestion, ligation.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">7/12</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Transformed the pSB1C3-PT7-CA into DH5 alpha. </li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">7/19</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Send the plasmid to sequencing</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
                        <h3>Construction of RbcL</h3></br>
 +
 
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">7/2</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.</li>
 +
                            <li>Extracted the gene from DNA gel.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">7/11</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>PCR the RbcL with new primer.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">7/20</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>PCR the RbcL with old and new primer.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">7/21~24</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Repeated the PCR of RbcL</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">8/1</br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Ligate the RbcL with PlacI.</li>
 +
                            <li>Transformed the pSB1C3-PT7-RbcL and pSB1C3-PlacI-RbcL into DH5 alpha.</li>
 +
                        </ul></br>
 +
 
 +
                        <p class="pcontent">8/3 </br> </p>
 +
                        <ul>
 +
                            <li>Confirmed the pSB1C3-PT7-RbcL construct by colony PCR.</li>
 +
                            <li>Sent the gene to sequencing</li>
 +
                        </ul></br>
  
−
                    <h1 class="head2">Notebook</h1></br></br>
 
−
                    <h3>Construction of Pasr and Pgada</h3></br>
 
  
−
                    <p class="pcontent">4/26~4/27</br> </p>
 
−
                    <ul>
 
−
                        <li>PCR Pasr and Pgada from E. coli MG1655 chromosome. Confirmed and extracted
 
−
                            products by DNA gel. </li>
 
−
                    </ul></br>
 
  
−
                    <p class="pcontent">4/28</br> </p>
 
−
                    <ul>
 
−
                        <li>Digested the pSB1C3-sfGFP plasmid. Ligase the plasmid with Pasr / Pgada and
 
−
                            RiboJ by PCR. Confirmed by DNA gel electrophoresis. Transformed the gene in DH5
 
−
                            alpha and spread the bacteria on LB plates.</li>
 
−
                    </ul></br>
 
  
−
                    <p class="pcontent">4/30~5/1</br> </p>
 
−
                    <ul>
 
−
                        <li>Confirmed the transformation by colony PCR ,enzyme digestion and DNA gel
 
−
                            electrophoresis. Selected the correct colonies for sequencing and cultured them
 
−
                            on LB plates.</li>
 
−
                    </ul></br>
 
  
−
                    <p class="pcontent">5/9</br> </p>
 
−
                    <ul>
 
−
                        <li>Store the correct colonies in glycerol in -80O C.</li>
 
−
                    </ul></br>
 
  
−
                    <p class="pcontent">6/1</br> </p>
 
−
                    <ul>
 
−
                        <li>Transformed each plasmid into BL21(DE3)</li>
 
−
                    </ul></br>
 
  
−
                    <h3>Construction of Pasr and Pgada</h3></br>
 
  
−
                    </br></br>
 
−
                    <p class="pcontent">5/9</br> </p>
 
−
                    <ul>
 
−
                        <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
 
−
                    </ul></br>
 
  
−
                    <p class="pcontent">5/11</br> </p>
 
−
                    <ul>
 
−
                        <li>Pre-cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain.</li>
 
−
                    </ul></br>
 
  
−
                    <p class="pcontent">5/12</br> </p>
+
                         <h3>Construction of RbcXS</h3></br>
−
                    <ul>
+
−
                         <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain in M9 medium in different pH value.
+
−
                            Measured the OD600 value and fluorescence every hour.</li>
+
−
                    </ul></br>
+
  
−
                    <p class="pcontent">5/18</br> </p>
+
                        <p class="pcontent">5/9</br> </p>
−
                    <ul>
+
                        <ul>
−
                        <li>Pre-cultured DH5 alpha-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain.</li>
+
                            <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
−
                        <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
+
                        </ul></br>
−
                    </ul></br>
+
  
−
                    <p class="pcontent">5/19</br> </p>
 
−
                    <ul>
 
−
                        <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain in M9 medium in different pH
 
−
                            value. Measured the OD600 value and fluorescence every hour.</li>
 
−
                    </ul></br>
 
  
−
                    <p class="pcontent">6/2~6/3</br> </p>
 
−
                    <ul>
 
−
                        <li>Repeated the experiment on 5/11~5/12</li>
 
−
                    </ul></br>
 
  
−
                    <p class="pcontent">7/29</br> </p>
 
−
                    <ul>
 
−
                        <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasrr-sfGFP strain</li>
 
−
                    </ul></br>
 
  
−
                    <p class="pcontent">7/30</br> </p>
+
                          
−
                    <ul>
+
−
                         <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasr -sfGFP strain on 96 well plate in different pH
+
−
                            value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
+
−
                    </ul></br>
+
  
−
                    <p class="pcontent">9/4</br> </p>
+
                         <h3>CConstruction of PRK</h3></br>
−
                    <ul>
+
−
                         <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain</li>
+
−
                    </ul></br>
+
  
−
                    <p class="pcontent">9/5</br> </p>
+
                        <p class="pcontent">5/9</br> </p>
−
                    <ul>
+
                        <ul>
−
                        <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain strain on 96 well plate in
+
                            <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
−
                            different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
+
                        </ul></br>
−
                    </ul></br>
+
  
  
 +
                    </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
−
    </div>
 
 
     </div>
 
     </div>
 
</body>
 
</body>

Revision as of 05:24, 22 September 2018

Notebook



Construction of Pasr and Pgada


4/26~4/27

  • PCR Pasr and Pgada from E. coli MG1655 chromosome. Confirmed and extracted products by DNA gel.

4/28

  • Digested the pSB1C3-sfGFP plasmid. Ligase the plasmid with Pasr / Pgada and RiboJ by PCR. Confirmed by DNA gel electrophoresis. Transformed the gene in DH5 alpha and spread the bacteria on LB plates.

4/30~5/1

  • Confirmed the transformation by colony PCR ,enzyme digestion and DNA gel electrophoresis. Selected the correct colonies for sequencing and cultured them on LB plates.

5/9

  • Store the correct colonies in glycerol in -80O C.

6/1

  • Transformed each plasmid into BL21(DE3)

Construction of Pasr and Pgada


5/9

  • Prepared the M9 medium in different pH value.

5/11

  • Pre-cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain.

5/12

  • Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain in M9 medium in different pH value. Measured the OD600 value and fluorescence every hour.

5/18

  • Pre-cultured DH5 alpha-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain.
  • Prepared the M9 medium in different pH value.

5/19

  • Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain in M9 medium in different pH value. Measured the OD600 value and fluorescence every hour.

6/2~6/3

  • Repeated the experiment on 5/11~5/12

7/29

  • Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasrr-sfGFP strain

7/30

  • Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasr -sfGFP strain on 96 well plate in different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.

9/4

  • Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain

9/5

  • Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain strain on 96 well plate in different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.

Construction of CA


7/2

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis. Extracted the gene from DNA gel.

7/5

  • PCR the CA. Confirmed by DNA gel electrophoresis and extracted the gene from DNA gel.

7/6

  • Digested and ligase the pSB1C3 plasmid and CA gene.

7/10~7/11

  • Repeated the PCR of CA, digestion, ligation.

7/12

  • Transformed the pSB1C3-PT7-CA into DH5 alpha.

7/19

  • Send the plasmid to sequencing

Construction of RbcL


7/2

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
  • Extracted the gene from DNA gel.

7/11

  • PCR the RbcL with new primer.

7/20

  • PCR the RbcL with old and new primer.

7/21~24

  • Repeated the PCR of RbcL

8/1

  • Ligate the RbcL with PlacI.
  • Transformed the pSB1C3-PT7-RbcL and pSB1C3-PlacI-RbcL into DH5 alpha.

8/3

  • Confirmed the pSB1C3-PT7-RbcL construct by colony PCR.
  • Sent the gene to sequencing

Construction of RbcXS


5/9

  • Prepared the M9 medium in different pH value.

CConstruction of PRK


5/9

  • Prepared the M9 medium in different pH value.

Follow us
Contact us

igem.ncku.tainan@gmail.com
No.1, Daxue Rd., East Dist., Tainan City 701, Taiwan (R.O.C.)