Difference between revisions of "Team:SJTU-BioX-Shanghai/Design"

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                         <span class="footnote_txt">[2]Kumagai, H., Pham, W., Kataoka, M., Hiwatari, K., Mcbride, J., & Wilson, K. J., et al. (2013). Multifunctional nanobeacon for imaging thomsen-friedenreich antigen-associated colorectal cancer. International Journal of Cancer, 132(9), 2107-2117.
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                         <span class="footnote_txt">[2]Kumagai, H., Pham, W., Kataoka, M., Hiwatari, K., Mcbride, J., & Wilson, K. J., et al. (2013). Multifunctional nanobeacon for imaging thomsen-friedenreich antigen-associated colorectal cancer. International Journal of Cancer, 132(9), 2107-2117.</span>
 
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                         <span class="footnote_txt">[3]Nakase, H., Sakuma, S., Fukuchi, T., Yoshino, T., Mohri, K., & Miyata, K., et al. (2017). Evaluation of a novel fluorescent nanobeacon for targeted imaging of thomsen-friedenreich associated colorectal cancer:. International Journal of Nanomedicine, 12, 1747-1755.
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                         <span class="footnote_txt">[4]Liu, R., Li, X., Xiao, W., & Lam, K. S. (2017). Tumor-targeting peptides from combinatorial libraries. Adv Drug Deliv Rev, 110-111, 13-37.
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                         <span class="footnote_txt">[4]Liu, R., Li, X., Xiao, W., & Lam, K. S. (2017). Tumor-targeting peptides from combinatorial libraries. Adv Drug Deliv Rev, 110-111, 13-37.</span>
 
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                         <span class="footnote_txt">[3]Nakase, H., Sakuma, S., Fukuchi, T., Yoshino, T., Mohri, K., & Miyata, K., et al. (2017). Evaluation of a novel fluorescent nanobeacon for targeted imaging of thomsen-friedenreich associated colorectal cancer:. International Journal of Nanomedicine, 12, 1747-1755.
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Revision as of 15:31, 24 September 2018

Design

The CRC targeting module enables bacteria to specifically adhere to CRC lesions in the lumen. To this end, E.coli is designed to display a CRC antigen binding moiety on its surface, through which it can be tethered on the foci of CRC. For surface display vectors, we choose two engineered bacterial outer membrane proteins—OmpA (BBa_K1489002) and ice nucleation protein [1] Reference 1 [1]Bao, S., Yu, S., Guo, X., Zhang, F., Sun, Y., & Tan, L., et al. (2015). Construction of a cell-surface display system based on the n-terminal domain of ice nucleation protein and its application in identification of mycoplasma adhesion proteins. Journal of Applied Microbiology, 119(1), 236-244. , which are commonly used as carriers of protein/peptide to the outer surface of gram-negative bacteria.

As for the antigens to be targeted, there exist few choices. Despite the abundance of antigens we could think of regarding CRC, such as CEA and EGFR, the mucus layer in the gut prevents direct contact between cancer cells and microorganism. Therefore, a mucus related CRC antigen--Thomsen-Friedenreich (TF-antigen), is chosen as the target. TF-antigen is an epitope on mucin specifically secreted by most CRC cells, against which various targeting nanoprobes have been developed as optical imaging agents for early-stage CRC to assist colonoscopy [2] Reference 2 [2]Kumagai, H., Pham, W., Kataoka, M., Hiwatari, K., Mcbride, J., & Wilson, K. J., et al. (2013). Multifunctional nanobeacon for imaging thomsen-friedenreich antigen-associated colorectal cancer. International Journal of Cancer, 132(9), 2107-2117. [3] Reference 3 [3]Nakase, H., Sakuma, S., Fukuchi, T., Yoshino, T., Mohri, K., & Miyata, K., et al. (2017). Evaluation of a novel fluorescent nanobeacon for targeted imaging of thomsen-friedenreich associated colorectal cancer:. International Journal of Nanomedicine, 12, 1747-1755. .

For TF-antigen targeting, we find out two oligopeptides from a phage display library that bind specifically to TF-antigen [4] Reference 4 [4]Liu, R., Li, X., Xiao, W., & Lam, K. S. (2017). Tumor-targeting peptides from combinatorial libraries. Adv Drug Deliv Rev, 110-111, 13-37. . Moreover, these relatively hydrophilic peptides are supposed to inhibit non-specific interactions between the bacteria to the mucosa [3] Reference 3 [3]Nakase, H., Sakuma, S., Fukuchi, T., Yoshino, T., Mohri, K., & Miyata, K., et al. (2017). Evaluation of a novel fluorescent nanobeacon for targeted imaging of thomsen-friedenreich associated colorectal cancer:. International Journal of Nanomedicine, 12, 1747-1755. [5] Reference 5 [5]Lukic, J., Strahinic, I., Milenkovic, M., Nikolic, M., Tolinacki, M., & Kojic, M., et al. (2014). Aggregation factor as an inhibitor of bacterial binding to gut mucosa. Microbial Ecology, 68(3), 633-644.

The ultrasonic reporting module xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxxxxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxxxxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx

Section3

xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx. The text-link template is here.

2018 Interlab Plate Reader Protocol
Protocols/Transformation

section4

xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx The figure template is here.

Fig 1. The particle standard curve obtained form the 2nd calibration experiment.

xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx.

The table template is here.

Table 1. Colony forming units per 0.1 OD600

samples dilution factor CFU/mL
8×104 8×105 8×106
1.1 TNTC 48 11 3.84E+07
1.2 248 41 10 3.28E+07
1.3 172 54 5 4.32E+07
2.1 TNTC 143 20 1.14E+08
2.2 TNTC 153 25 1.22E+08
2.3 TNTC 151 18 1.21E+08
3.1 TNTC 119 16 9.52E+07
3.2 TNTC 125 19 1.00E+08
3.3 TNTC 89 18 7.12E+07
4.1 TNTC 209 16 1.67E+08
4.2 TNTC 130 17 1.04E+08
4.3 TNTC 164 10 1.31E+08

Section5

XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX XXX