Difference between revisions of "Team:METU HS Ankara/Experiments"

(Prototype team page)
 
Line 1: Line 1:
−
{{METU_HS_Ankara}}
+
{{METU_HS_Ankara/Inner_Header}}
 
<html>
 
<html>
  
−
<div class="column full_size">
+
    <header class="ct-pageHeader ct-pageHeader--type2 ct-u-shadowBottom--type2 ct-pageHeader--motive ct-pageHeader--hasDescription ct-u-paddingBoth10">
 +
        <div class="container ct-u-triangleBottomLeft">
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col-md-12">
 +
                    <h1 class="text-capitalize ct-fw-600 ct-u-colorWhite">
 +
                        Experiments
 +
                    </h1>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
    </header>
  
−
<h1>Experiments</h1>
+
    <section class="ct-u-paddingBoth50">
−
<p>Describe the research, experiments, and protocols you used in your iGEM project. These should be detailed enough for another team to repeat your experiments.</p>
+
        <div class="container">
  
−
<p>
+
            <p>
−
Please remember to put all characterization and measurement data for your parts on the corresponding Registry part pages.
+
                Materials:
−
</p>
+
                <ul>
 +
                    <li>dH2O</li>
 +
                    <li>iGEM Kit Plates</li>
 +
                    <li>Pipette</li>
 +
                </ul>
 +
            </p>
  
−
</div>
+
            <p>
 +
                Method:
 +
                <ol>
 +
                    <li>With a pipette tip, punch a hole through the foil cover into the corresponding well of the part desired.</li>
 +
                    <li>Pipette 10 µLof dH2O into the well. Pipette up and down several times and let sit for 5 minutes to make sure the dried DNA is fully resuspended. Resuspension will be in a crimson color, as the dried DNA has crisol dye.</li>
 +
                    <li>Transform resuspended DNA into an eppendorf tube.</li>
 +
                </ol>
 +
            </p>
  
 +
            <h4>Competent Cell Preparation Protocol:</h4>
  
 +
            <p>
 +
                <h5>Buffer 1:</h5>
 +
                <ul>
 +
                    <li>Potassium acetate 30 µL</li>
 +
                    <li>RbCl 100 µL</li>
 +
                    <li>CaCl 100 µL</li>
 +
                    <li>87% glycerol 4,3 mL</li>
 +
                    <li>Complete to 25 mL</li>
 +
                </ul>
 +
            </p>
  
−
<div class="column two_thirds_size">
+
            <p>
−
<h3>What should this page contain?</h3>
+
                <h5>Buffer 2:</h5>
−
<ul>
+
                <ul>
−
<li> Protocols </li>
+
                    <li>MOPS 10 µL</li>
−
<li> Experiments </li>
+
                    <li>RbCl 10 µL</li>
−
<li> Documentation of the development of your project </li>
+
                    <li>CaCl 75 µL</li>
−
</ul>
+
                    <li>87% glycerol 4,3 mL</li>
 +
                    <li>Complete to 25 mL</li>
 +
                </ul>
 +
            </p>
  
−
</div>
 
  
−
<div class="column third_size">
 
−
<div class="highlight decoration_A_full">
 
−
<h3>Inspiration</h3>
 
−
<ul>
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Colombia/Protocols">2014 Colombia </a></li>
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Imperial/Protocols">2014 Imperial </a></li>
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Caltech/Project/Experiments">2014 Caltech </a></li>
 
−
</ul>
 
−
</div>
 
−
</div>
 
  
 +
            <section class="ct-u-paddingTop50 ct-u-paddingBottom80 ct-u-borderBoth ct-u-backgroundGray">
 +
                <div class="container">
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div class="col-md-12">
 +
                            <div class="panel-group" id="accordion">
 +
                                <div class="panel panel-default">
 +
                                    <div class="panel-heading">
 +
                                        <h4 class="panel-title">
 +
                                            <a data-toggle="collapse" data-parent="#accordion" href="#collapseOne">
 +
                                                References
 +
                                            </a>
 +
                                        </h4>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div id="collapseOne" class="panel-collapse collapse">
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Allen, S. A., Clark, W., McCaffery, J. M., Cai, Z., Lanctot, A., Slininger, P. J., … Gorsich, S. W. (2010). Furfural
 +
                                                    induces reactive oxygen species accumulation and cellular damage in Saccharomyces cerevisiae.
 +
                                                    <i>Biotechnology for Biofuels</i>, 3, 2.
 +
                                                    <a href="http://doi.org/10.1186/1754-6834-3-2">http://doi.org/10.1186/1754-6834-3-2</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Almeida, J, R,. Modig, T., Petersson, A., Hahn-Hagerdal, B., Liden, G., Gorwa-Grauslund, M, F., (2007). Increased
 +
                                                    tolerance and conversion of inhibitors in lignocellulosic hydrolysates by Saccharomyces cerevisiae.
 +
                                                    <i>Journal of Chemical Technology and Biotechnology</i>. Vol: 82,4.
 +
                                                    <a href="https://doi.org/10.1002/jctb.1676">https://doi.org/10.1002/jctb.1676</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Ask, M., Bettiga, M., Mapelli, V., Olsson, L. (2013). The influence of HMF and furfural on redox-balance
 +
                                                    and energy-state of xylose-utilizing <i>Saccharomyces cerevisiae</i>. Retrieved from
 +
                                                    <a href="https://doi.org/10.1186/1754-6834-6-22">
 +
                                                        https://doi.org/10.1186/1754-6834-6-22
 +
                                                    </a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Ask, M., Mapelli, V., Höck, H., Olsson, L., Bettiga, M. (2013). Engineering glutathione biosynthesis of Saccharomyces
 +
                                                    cerevisiae increases robustness to inhibitors in pretreated lignocellulosic materials. <i>Microbial Cell Factories</i>. 12:87
 +
                                                    <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3817835/">
 +
                                                        https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3817835/
 +
                                                    </a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Burton, G. J., & Jauniaux, E. (2011). Oxidative stress. Best Practice & Research. Clinical Obstetrics & Gynaecology, 25(3), 287–299.
 +
                                                    <a href="http://doi.org/10.1016/j.bpobgyn.2010.10.016">http://doi.org/10.1016/j.bpobgyn.2010.10.016</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Dasari, S., Ganjayi, M.S., Origanti, L., Balaji, H., Meriga, B. (2017). Glutathione S-transferases Detoxify Endogenous
 +
                                                    and Exogenous Toxic Agents- Minireview. Retrieved from
 +
                                                    <a href="https://pdfs.semanticscholar.org/901b/a8c5eab4904637cc31b32b955f2a1df6821d.pdf">
 +
                                                        https://pdfs.semanticscholar.org/901b/a8c5eab4904637cc31b32b955f2a1df6821d.pdf
 +
                                                    </a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Deniz, I., Imamoglu, E., Sukan, F., V., (2015). Evaluation of scale-up parameters of bioethanol production from Escherichia
 +
                                                    coli KO11. <i>Turkish Journal of Biochemistry</i>. Vol 40, no 1, 74-80. Retrieved from: 
 +
                                                    <a href="http://www.turkjbiochem.com/2015/074-080.pdf">
 +
                                                        http://www.turkjbiochem.com/2015/074-080.pdf
 +
                                                    </a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Fuente-Hernandez, A., Lee, R., Beland, N., Zamboni, I., Lavoie, J.M. (2017). Reduction of Furfural to Furfuryl
 +
                                                    Alcohol in Liquid Phase over a Biochar-Supported Platinum Catalyst. Energies. 10(3).
 +
                                                    <a href="https://doi.org/10.3390/en10030286">
 +
                                                        https://doi.org/10.3390/en10030286
 +
                                                    </a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Höck, H., Ask, M., Mapelli, V., Olsson, L., Bettiga, M. (2013). Engineering glutathione biosynthesis of <i>Saccharomyces
 +
                                                    cerevisiae</i> increases robustness to inhibitors in pretreated lignocellulosic materials. <i>Microbial Cell Factories</i>. 12:87
 +
                                                    <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3817835/">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3817835/</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Kim, D., & Hahn, J.-S. (2013). Roles of the Yap1 Transcription Factor and Antioxidants in Saccharomyces Cerevisiae’s
 +
                                                    Tolerance to Furfural and 5-Hydroxymethylfurfural, Which Function as Thiol-Reactive Electrophiles Generating Oxidative Stress.
 +
                                                    <i>Applied and Environmental Microbiology</i>, 79(16), 5069–5077.
 +
                                                    <a href="http://doi.org/10.1128/AEM.00643-13">http://doi.org/10.1128/AEM.00643-13</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Kumar, A. K., & Sharma, S. (2017). Recent updates on different methods of pretreatment of lignocellulosic feedstocks: a review.
 +
                                                    <i>Bioresources and Bioprocessing</i>, 4(1), 7.
 +
                                                    <a href="http://doi.org/10.1186/s40643-017-0137-9">
 +
                                                        http://doi.org/10.1186/s40643-017-0137-9
 +
                                                    </a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Lu, S. C. (2013). Glutathione Synthesis. Biochemica et Biophysica Acta, 1830(5), 3143–3153.
 +
                                                    <a href="http://doi.org/10.1016/j.bbagen.2012.09.008">http://doi.org/10.1016/j.bbagen.2012.09.008</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    National Center for Biotechnology Information. PubChem Compound Database; CID=7362,
 +
                                                    <a href="https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/7362">
 +
                                                        https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/7362
 +
                                                    </a>
 +
                                                    (accessed Aug. 7, 2018).
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    National Center for Biotechnology Information. PubChem Compound Database; CID=237332,
 +
                                                    <a href="https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/237332">https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/237332</a>
 +
                                                    (accessed Aug. 7, 2018).
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    National Center for Biotechnology Information. PubChem Compound Database; CID=7361,
 +
                                                    <a href="https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/7361">https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/7361</a>
 +
                                                    (accessed Aug. 9, 2018).
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    ResearchGate, (2014), Scanning Electron Microscopy Image of Saccharomyces. Retrieved from:
 +
                                                    <a href="https://www.researchgate.net/figure/Scanning-electron-microscopy-image-of-Saccharomyces-cerevisiae-The-budding-yeast-cells_fig1_308144762">
 +
                                                        https://www.researchgate.net/figure/Scanning-electron-microscopy-image-of-Saccharomyces-cerevisiae-The-budding-yeast-cells_fig1_308144762
 +
                                                    </a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Wang, X., Miller, E. N., Yomano, L. P., Zhang, X., Shanmugam, K. T., & Ingram, L. O. (2011). Increased Furfural Tolerance Due to
 +
                                                    Overexpression of NADH-Dependent Oxidoreductase FucO in Escherichia coli Strains Engineered for the Production of Ethanol and Lactate.
 +
                                                    <i>Applied and Environmental Microbiology</i>, 77(15), 5132–5140.
 +
                                                    <a href="http://doi.org/10.1128/AEM.05008-11">http://doi.org/10.1128/AEM.05008-11</a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Wang, X., Miller, E. N., Yomano, L.P., Shanmugam,  K. T.  & Ingram, L.O (2012). Cryptic ucpA gene increases furan-tolerance in Escherichia coli,
 +
                                                    <i>Applied and Environmental Microbiology</i>, Volume 78, Issue 7,
 +
                                                    <a href="http://aem.asm.org/content/early/2012/01/18/AEM.07783-11.short">
 +
                                                        http://aem.asm.org/content/early/2012/01/18/AEM.07783-11.short
 +
                                                    </a>
 +
                                                </li>
 +
                                                <li>
 +
                                                    Zheng, H., Wang, X., Yomano, L.P., Geddes, R. D., Shanmugan, K. T., Ingram, L.O. (2013). Improving Escherichia coli FucO for
 +
                                                    Furfural Tolerance by Saturation Mutagenesis of Individual Amino Acid Positions.
 +
                                                    <i>Applied and Environmental Microbiology</i> Vol 79, no 10. 3202–3208.
 +
                                                    <a href="http://aem.asm.org/content/79/10/3202.full.pdf+html">http://aem.asm.org/content/79/10/3202.full.pdf+html</a>
 +
                                                </li>                                               
 +
                                            </ul>
 +
                                           
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </section>
  
−
<div class="clear"></div>
+
        </div>
 +
    </section>
  
 +
</html>
  
−
 
+
{{METU_HS_Ankara/footer}}
−
 
+
−
</html>
+

Revision as of 10:56, 15 October 2018

METU HS IGEM

METUHSIGEM_LOGO

Experiments

Materials:

  • dH2O
  • iGEM Kit Plates
  • Pipette

Method:

  1. With a pipette tip, punch a hole through the foil cover into the corresponding well of the part desired.
  2. Pipette 10 µLof dH2O into the well. Pipette up and down several times and let sit for 5 minutes to make sure the dried DNA is fully resuspended. Resuspension will be in a crimson color, as the dried DNA has crisol dye.
  3. Transform resuspended DNA into an eppendorf tube.

Competent Cell Preparation Protocol:

Buffer 1:
  • Potassium acetate 30 µL
  • RbCl 100 µL
  • CaCl 100 µL
  • 87% glycerol 4,3 mL
  • Complete to 25 mL

Buffer 2:
  • MOPS 10 µL
  • RbCl 10 µL
  • CaCl 75 µL
  • 87% glycerol 4,3 mL
  • Complete to 25 mL

References