Difference between revisions of "Team:Ruia-Mumbai/Results"

(Prototype team page)
 
Line 1: Line 1:
 
{{Ruia-Mumbai}}
 
{{Ruia-Mumbai}}
−
<html>
+
<html lang="en">
 +
    <head>
  
 +
    <script type="text/javascript">
 +
   
  
−
<div class="column full_size">
+
        $(document).ready(function() {
−
<h1>Results</h1>
+
   
−
<p>Here you can describe the results of your project and your future plans. </p>
+
          // Initialize the plugin
−
</div>
+
          $('#fadeandscale1').popup({
 +
          transition: 'all 0.3s'
 +
          });
 +
   
 +
   
 +
          $('#fadeandscale2').popup({
 +
          transition: 'all 0.3s '
 +
          });
 +
   
 +
          $('#fadeandscale3').popup({
 +
          transition: 'all 0.3s '
 +
          });
 +
   
 +
          $('#fadeandscale4').popup({
 +
          transition: 'all 0.3s '
 +
          });
 +
   
 +
          $('#fadeandscale5').popup({
 +
          transition: 'all 0.3s '
 +
          });
 +
         
 +
          $('#fadeandscale6').popup({
 +
          transition: 'all 0.3s '
 +
          });
  
 +
          $('#fadeandscale7').popup({
 +
          transition: 'all 0.3s '
 +
          });
  
−
<div class="column third_size" >
+
          $('#fadeandscale8').popup({
 +
          transition: 'all 0.3s '
 +
          });
  
−
<h3>What should this page contain?</h3>
+
          $('#fadeandscale9').popup({
−
<ul>
+
          transition: 'all 0.3s '
−
<li> Clearly and objectively describe the results of your work.</li>
+
          });
−
<li> Future plans for the project. </li>
+
   
−
<li> Considerations for replicating the experiments. </li>
+
   
−
</ul>
+
   
−
</div>
+
        });
 +
   
 +
   
 +
      </script>
 +
      <style>
 +
          #fadeandscale {
 +
  transform: scale(0.8);
 +
}
 +
.popup_visible #fadeandscale {
 +
  transform: scale(1);
 +
  transition: .5s ease;
 +
}
 +
      </style>
 +
    <body style="width: 65%;margin: 0 auto">
 +
       
 +
        <div class="container">
 +
                <div class="row">
 +
                        &nbsp;
 +
                    </div>
 +
                 
 +
                    <div class="row">
 +
                        &nbsp;
 +
                    </div>
 +
           
 +
                    <div class="row">
 +
                            <b><u><h4>Experiment 1:</h4></u></b>
 +
                           
 +
                    </div>
 +
                    <b><u><h6>Catechu standardisation</h6></u></b>
 +
                    <div class="row">
 +
                        &nbsp;
 +
                    </div>
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div class="col-md-7"><p style="text-align: justify;">
 +
                                A successful attempt in standardising the ratio of catechu:slaked lime required for media formulation.  
 +
                        </p>
 +
                        <button class="card fadeandscale1_open">Learn More</button>
 +
                    </div>
 +
                    <div class="col-md-5">
 +
                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/33/T--Ruia-Mumbai--ajaybiotech.png" alt="" style="height:120px; display: block; margin: auto;"/>
 +
                    </div>
 +
             
 +
                    </div>
 +
                    <div class="row">
 +
                            <div class="card card-body" style="width: 50%; margin: 3rem auto; padding: 3rem; " id="fadeandscale1">
 +
                                    After interactive sessions with various paanwalas we learned that the amount of catechu applied to paan is high whereas the amount of slaked lime applied is quite low keeping in mind its inflammatory properties.
 +
       
 +
                                    With the above information we tried out various ratios of catechu:slaked lime so as to get the maximum intensity of the distinct red colour which is characteristic to the paan stains prevalent across the country.
 +
                                   
 +
                            </div>
 +
                    </div>
 +
                   
 +
                <hr>
 +
           
 +
                    <div class="row">
 +
                        &nbsp;
 +
                    </div>
  
  
 +
               
  
  
−
<div class="column two_thirds_size" >
 
−
<h3>Describe what your results mean </h3>
 
−
<ul>
 
−
<li> Interpretation of the results obtained during your project. Don't just show a plot/figure/graph/other, tell us what you think the data means. This is an important part of your project that the judges will look for. </li>
 
−
<li> Show data, but remember all measurement and characterization data must be on part pages in the Registry. </li>
 
−
<li> Consider including an analysis summary section to discuss what your results mean. Judges like to read what you think your data means, beyond all the data you have acquired during your project. </li>
 
−
</ul>
 
−
</div>
 
  
 +
                    <div class="row">
 +
                            &nbsp;
 +
                        </div>
 +
                     
 +
                        <div class="row">
 +
                            &nbsp;
 +
                        </div>
 +
               
 +
                        <div class="row">
 +
                                <b><u><h4>Experiment 2:</h4></u></b>
 +
                        </div>
 +
                        <b><u><h6>Media Formulation and Enrichment</h6></u></b>
 +
                        <div class="row">
 +
                            &nbsp;
 +
                        </div>
 +
                        <div class="row">
 +
                            <div class="col-md-7"><p style="text-align: justify;">
 +
                                    Various media formulations for enriching natural samples with the aim of finding catechu degrading isolates.
  
−
<div class="clear extra_space"></div>
+
                            </p>
 +
                            <button class="card fadeandscale2_open">Learn More</button>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-md-5">
 +
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/33/T--Ruia-Mumbai--ajaybiotech.png" alt="" style="height:120px; display: block; margin: auto;"/>
 +
                        </div>
 +
                 
 +
                        </div>
 +
                        <div class="card card-body" style="width: 50%; margin: 3rem auto; padding: 3rem; " id="fadeandscale2">
 +
                                We narrowed down to four variants of the minimal medium ,M9, for processing samples collected from different sources. The four different media used were:
 +
                                M9
 +
                                M9+Glucose
 +
                                M9+CS (catechu+slaked lime stock)
 +
                                M9+Glucose+CS  (catechu+slaked lime stock)
 +
                                The samples were processed (passed through bacterial proof filters of 0.22µ) before inoculation so as to eliminate chances of growth due to presence of carbon source in the collected sample.
 +
                                Hence a flask with M9 medium was also inoculated and checked for growth so as to ensure that the bacteria are not growing due to the carbon source in the sample but are using the carbon source provided in the medium.The choice of minimal medium was also made keeping in mind the single carbon source utilisation by the organisms.
 +
                                Growth was observed in all the flasks, except the flasks containing only M9 medium without any carbon source, in less than 72 hours of shaker incubation at room temperature.
 +
                                No growth/turbidity in the flasks containing only M9 medium proves that the carbon source from sample was successfully filtered & thus has proven to be an efficient negative control.
 +
                                Moreover, reduction in the intensity of the red colour (due to catechu extract in the medium) was observed after 24 hours.
 +
                               
 +
                               
 +
                        </div>
 +
                    <hr>
 +
               
 +
                        <div class="row">
 +
                            &nbsp;
 +
                        </div>
  
  
  
−
<div class="column two_thirds_size" >
 
−
<h3> Project Achievements </h3>
 
  
−
<p>You can also include a list of bullet points (and links) of the successes and failures you have had over your summer. It is a quick reference page for the judges to see what you achieved during your summer.</p>
 
  
−
<ul>
 
−
<li>A list of linked bullet points of the successful results during your project</li>
 
−
<li>A list of linked bullet points of the unsuccessful results during your project. This is about being scientifically honest. If you worked on an area for a long time with no success, tell us so we know where you put your effort.</li>
 
−
</ul>
 
  
−
</div>
+
                        <div class="row">
 +
                                &nbsp;
 +
                            </div>
 +
                         
 +
                            <div class="row">
 +
                                &nbsp;
 +
                            </div>
 +
                   
 +
                            <div class="row">
 +
                                    <b><u><h4>Experiment 3:</h4></u></b>
 +
                            </div>
 +
                            <b><u><h6>Isolation of organisms and identification by 16S rRNA sequencing</h6></u></b>
 +
                            <div class="row">
 +
                                &nbsp;
 +
                            </div>
 +
                            <div class="row">
 +
                                <div class="col-md-7"><p style="text-align: justify;">
 +
                                        Isolation on solid media after enrichment of samples and identification of the isolates by 16s rRNA sequencing
 +
   
 +
                                </p>
 +
                                <button class="card fadeandscale3_open">Learn More</button>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="col-md-5">
 +
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/33/T--Ruia-Mumbai--ajaybiotech.png" alt="" style="height:120px; display: block; margin: auto;"/>
 +
                            </div>
 +
                     
 +
                            </div>
 +
                            <div class="card card-body" style="width: 50%; margin: 3rem auto; padding: 3rem; " id="fadeandscale3">
 +
                                    Isolation was carried out by taking inoculum from the enrichment broths using various combinations (same as used for enrichment of samples) of solid media. Growth was seen on all the plates except on M9 minimal medium plates.
 +
Isolates which were showing prominent degradation of colour on the plates were sent for identification by 16s rRNA sequencing.
  
 +
Results from National Centre for Microbial Resource-NCCS for 16s rRNA sequencing:
  
 +
                            </div>
 +
                        <hr>
 +
                   
 +
                            <div class="row">
 +
                                &nbsp;
 +
                            </div>
  
−
<div class="column third_size" >
 
−
<div class="highlight decoration_A_full">
 
−
<h3>Inspiration</h3>
 
−
<p>See how other teams presented their results.</p>
 
−
<ul>
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:TU_Darmstadt/Results/Pathway">2014 TU Darmstadt </a></li>
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Imperial/Results">2014 Imperial </a></li>
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Paris_Bettencourt/Results">2014 Paris Bettencourt </a></li>
 
−
</ul>
 
−
</div>
 
−
</div>
 
  
  
Line 66: Line 208:
  
  
 +
 +
           
 +
 +
                            <div class="row">
 +
                                    &nbsp;
 +
                                </div>
 +
                             
 +
                                <div class="row">
 +
                                    &nbsp;
 +
                                </div>
 +
                       
 +
                                <div class="row">
 +
                                        <b><u><h4>Experiment 4:</h4></u></b>
 +
                                </div>
 +
                                <b><u><h6>In search of potential enzymes that degrade catechu!</h6></u></b>
 +
                                <div class="row">
 +
                                    &nbsp;
 +
                                </div>
 +
                                <div class="row">
 +
                                    <div class="col-md-7"><p style="text-align: justify;">
 +
                                           
 +
       
 +
                                    </p>
 +
                                    <button class="card fadeandscale4_open">Learn More</button>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-md-5">
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/33/T--Ruia-Mumbai--ajaybiotech.png" alt="" style="height:120px; display: block; margin: auto;"/>
 +
                                </div>
 +
                         
 +
                                </div>
 +
                                <div class="card card-body" style="width: 50%; margin: 3rem auto; padding: 3rem; " id="fadeandscale4">
 +
                                        Content not given
 +
   
 +
                                </div>
 +
                            <hr>
 +
                       
 +
                                <div class="row">
 +
                                    &nbsp;
 +
                                </div>
 +
 +
 +
 +
 +
                                <div class="row">
 +
                                        &nbsp;
 +
                                    </div>
 +
                                 
 +
                                    <div class="row">
 +
                                        &nbsp;
 +
                                    </div>
 +
                           
 +
                                    <div class="row">
 +
                                            <b><u><h4>Experiment 5:</h4></u></b>
 +
                                    </div>
 +
                                    <b><u><h6>DEGRADATION - Chewing Catechu</h6></u></b>
 +
                                    <div class="row">
 +
                                        &nbsp;
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="row">
 +
                                        <div class="col-md-7"><p style="text-align: justify;">
 +
                                               
 +
           
 +
                                        </p>
 +
                                        <button class="card fadeandscale5_open">Learn More</button>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="col-md-5">
 +
                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/33/T--Ruia-Mumbai--ajaybiotech.png" alt="" style="height:120px; display: block; margin: auto;"/>
 +
                                    </div>
 +
                             
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="card card-body" style="width: 50%; margin: 3rem auto; padding: 3rem; " id="fadeandscale5">
 +
                                            Content not given
 +
       
 +
                                    </div>
 +
                                <hr>
 +
                           
 +
                                    <div class="row">
 +
                                        &nbsp;
 +
                                    </div>
 +
 +
 +
 +
 +
                                    <div class="row">
 +
                                            &nbsp;
 +
                                        </div>
 +
                                     
 +
                                        <div class="row">
 +
                                            &nbsp;
 +
                                        </div>
 +
                               
 +
                                        <div class="row">
 +
                                                <b><u><h4>Experiment 6:</h4></u></b>
 +
                                        </div>
 +
                                        <b><u><h6>Cloning - Brings out the best in you!</h6></u></b>
 +
                                        <div class="row">
 +
                                            &nbsp;
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="row">
 +
                                            <div class="col-md-7"><p style="text-align: justify;">
 +
                                                    Molecular cloning of the gblock fragments in pSB1C3 backbone (digestion, ligation, transformation) and their confirmation by diagnostic digest agarose gel run.   
 +
               
 +
                                            </p>
 +
                                            <button class="card fadeandscale6_open">Learn More</button>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="col-md-5">
 +
                                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/33/T--Ruia-Mumbai--ajaybiotech.png" alt="" style="height:120px; display: block; margin: auto;"/>
 +
                                        </div>
 +
                                 
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="card card-body" style="width: 50%; margin: 3rem auto; padding: 3rem; " id="fadeandscale6">
 +
                                                Content not given
 +
           
 +
                                        </div>
 +
                                    <hr>
 +
                               
 +
                                        <div class="row">
 +
                                            &nbsp;
 +
                                        </div>
 +
 +
 +
 +
 +
 +
                                        <div class="row">
 +
                                                &nbsp;
 +
                                            </div>
 +
                                         
 +
                                            <div class="row">
 +
                                                &nbsp;
 +
                                            </div>
 +
                                   
 +
                                            <div class="row">
 +
                                                    <b><u><h4>Experiment 7:</h4></u></b>
 +
                                            </div>
 +
                                            <b><u><h6>SDS-PAGE Protein Characterisation</h6></u></b>
 +
                                            <div class="row">
 +
                                                &nbsp;
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="row">
 +
                                                <div class="col-md-7"><p style="text-align: justify;">
 +
                                                        After analysing a successful cloning, the plasmid DNA was then transferred into DH5a cells to have growing transformants for characterising protein expression.     
 +
                   
 +
                                                </p>
 +
                                                <button class="card fadeandscale7_open">Learn More</button>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-md-5">
 +
                                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/33/T--Ruia-Mumbai--ajaybiotech.png" alt="" style="height:120px; display: block; margin: auto;"/>
 +
                                            </div>
 +
                                     
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card card-body" style="width: 50%; margin: 3rem auto; padding: 3rem; " id="fadeandscale7">
 +
                                                    Content not given
 +
               
 +
                                            </div>
 +
                                        <hr>
 +
                                   
 +
                                            <div class="row">
 +
                                                &nbsp;
 +
                                            </div>
 +
 +
 +
 +
 +
 +
                                            <div class="row">
 +
                                                    &nbsp;
 +
                                                </div>
 +
                                             
 +
                                                <div class="row">
 +
                                                    &nbsp;
 +
                                                </div>
 +
                                       
 +
                                                <div class="row">
 +
                                                        <b><u><h4>Experiment 8:</h4></u></b>
 +
                                                </div>
 +
                                                <b><u><h6>Content not given</h6></u></b>
 +
                                                <div class="row">
 +
                                                    &nbsp;
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="row">
 +
                                                    <div class="col-md-7"><p style="text-align: justify;">
 +
                                                            Content not given
 +
                                                    </p>
 +
                                                    <button class="card fadeandscale8_open">Learn More</button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="col-md-5">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/33/T--Ruia-Mumbai--ajaybiotech.png" alt="" style="height:120px; display: block; margin: auto;"/>
 +
                                                </div>
 +
                                         
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="card card-body" style="width: 50%; margin: 3rem auto; padding: 3rem; " id="fadeandscale8">
 +
                                                        Content not given
 +
                   
 +
                                                </div>
 +
                                            <hr>
 +
                                       
 +
                                                <div class="row">
 +
                                                    &nbsp;
 +
                                                </div>
 +
 +
 +
 +
 +
 +
                                                <div class="row">
 +
                                                        &nbsp;
 +
                                                    </div>
 +
                                                 
 +
                                                    <div class="row">
 +
                                                        &nbsp;
 +
                                                    </div>
 +
                                           
 +
                                                    <div class="row">
 +
                                                            <b><u><h4>Experiment 9:</h4></u></b>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <b><u><h6>Versatility - Testing on dyes
 +
                                                        </h6></u></b>
 +
                                                    <div class="row">
 +
                                                        &nbsp;
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="row">
 +
                                                        <div class="col-md-7"><p style="text-align: justify;">
 +
                                                                Degradation of common lab dyes. Clearance around the colony observed on plates containing several dyes.
 +
 +
                                                        </p>
 +
                                                        <button class="card fadeandscale9_open">Learn More</button>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="col-md-5">
 +
                                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/33/T--Ruia-Mumbai--ajaybiotech.png" alt="" style="height:120px; display: block; margin: auto;"/>
 +
                                                    </div>
 +
                                             
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="card card-body" style="width: 50%; margin: 3rem auto; padding: 3rem; " id="fadeandscale9">
 +
                                                            Content not given
 +
                       
 +
                                                    </div>
 +
                                                <hr>
 +
                                           
 +
                                                    <div class="row">
 +
                                                        &nbsp;
 +
                                                    </div>
 +
        </div>
 +
    </body>
 
</html>
 
</html>
 +
{{Ruia-Mumbai/Footer}}

Revision as of 08:04, 17 October 2018

 
 

Experiment 1:
Catechu standardisation
 

A successful attempt in standardising the ratio of catechu:slaked lime required for media formulation.

After interactive sessions with various paanwalas we learned that the amount of catechu applied to paan is high whereas the amount of slaked lime applied is quite low keeping in mind its inflammatory properties. With the above information we tried out various ratios of catechu:slaked lime so as to get the maximum intensity of the distinct red colour which is characteristic to the paan stains prevalent across the country.
 
 
 

Experiment 2:
Media Formulation and Enrichment
 

Various media formulations for enriching natural samples with the aim of finding catechu degrading isolates.

We narrowed down to four variants of the minimal medium ,M9, for processing samples collected from different sources. The four different media used were: M9 M9+Glucose M9+CS (catechu+slaked lime stock) M9+Glucose+CS (catechu+slaked lime stock) The samples were processed (passed through bacterial proof filters of 0.22µ) before inoculation so as to eliminate chances of growth due to presence of carbon source in the collected sample. Hence a flask with M9 medium was also inoculated and checked for growth so as to ensure that the bacteria are not growing due to the carbon source in the sample but are using the carbon source provided in the medium.The choice of minimal medium was also made keeping in mind the single carbon source utilisation by the organisms. Growth was observed in all the flasks, except the flasks containing only M9 medium without any carbon source, in less than 72 hours of shaker incubation at room temperature. No growth/turbidity in the flasks containing only M9 medium proves that the carbon source from sample was successfully filtered & thus has proven to be an efficient negative control. Moreover, reduction in the intensity of the red colour (due to catechu extract in the medium) was observed after 24 hours.
 
 
 

Experiment 3:
Isolation of organisms and identification by 16S rRNA sequencing
 

Isolation on solid media after enrichment of samples and identification of the isolates by 16s rRNA sequencing

Isolation was carried out by taking inoculum from the enrichment broths using various combinations (same as used for enrichment of samples) of solid media. Growth was seen on all the plates except on M9 minimal medium plates. Isolates which were showing prominent degradation of colour on the plates were sent for identification by 16s rRNA sequencing. Results from National Centre for Microbial Resource-NCCS for 16s rRNA sequencing:
 
 
 

Experiment 4:
In search of potential enzymes that degrade catechu!
 

Content not given
 
 
 

Experiment 5:
DEGRADATION - Chewing Catechu
 

Content not given
 
 
 

Experiment 6:
Cloning - Brings out the best in you!
 

Molecular cloning of the gblock fragments in pSB1C3 backbone (digestion, ligation, transformation) and their confirmation by diagnostic digest agarose gel run.

Content not given
 
 
 

Experiment 7:
SDS-PAGE Protein Characterisation
 

After analysing a successful cloning, the plasmid DNA was then transferred into DH5a cells to have growing transformants for characterising protein expression.

Content not given
 
 
 

Experiment 8:
Content not given
 

Content not given

Content not given
 
 
 

Experiment 9:
Versatility - Testing on dyes
 

Degradation of common lab dyes. Clearance around the colony observed on plates containing several dyes.

Content not given
 

Our co-ordinates:

L .Nappo Road, Matunga
Dadar East,Mumbai,
Maharashtra 400019,
India

catechewingcoli@gmail.com

FOLLOW US ON: