Difference between revisions of "Team:NCKU Tainan/Notebook"

 
(25 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 11: Line 11:
 
     <!--Page_Content-->
 
     <!--Page_Content-->
 
     <div class="container content">
 
     <div class="container content">
 +
        <div class="headstyle">
 +
            <h1 class="head">Notebook</h1>
 +
        </div>
 +
        <div class="righttitle">
 +
            <h6 class="subtitle">Of Blood, Sweat and Tears</h6>
 +
        </div>
 
         <div class="navbar-example">
 
         <div class="navbar-example">
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col-2 side">
 
                 <div class="col-2 side">
−
                     <div id="sidelist" class="list-Fgroup">
+
                     <div id="sidelist" class="list-group">
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-1">Accomplishment</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#Pasr_and_Pgada">P<sub>asr</sub> and P<sub>gadA</sub></a>
−
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-2">Introduction</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#pH_sensor_test">pH Sensor Test</a>
−
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-3">Device design</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#CA">CA</a>
−
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-4">Bioreactor</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#RbcL">RbcL</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-5">Nutrient tank</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#RbcXS">RbcXS</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-6">pH Meter</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#PRK">PRK</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-7">CO2 Sensor</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#Whole_Construction">Whole Construction</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-8">Temperature Sensor</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#Total_Solution">Total Solution</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-9">Wi-fi sensor</a>
+
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-10">Materials required</a>
+
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-11">Reference</a>
+
 
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#"><i class="fa fa-arrow-up fa-1x"
 
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#"><i class="fa fa-arrow-up fa-1x"
 
                                 aria-hidden="true"></i>
 
                                 aria-hidden="true"></i>
Line 33: Line 36:
 
                 <div class="col-10">
 
                 <div class="col-10">
 
                     <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
 
                     <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
 +
                        <div id="Pasr_and_Pgada">
 +
                            <h3>Construction of P<sub>asr</sub> and P<sub>gadA</sub></h3></br>
  
−
                        <h1 class="head2">Notebook</h1></br></br>
+
                            <p class="pcontent">4/26~4/27</br> </p>
−
 
+
                            <ul>
−
                        <h3>Construction of Pasr and Pgada</h3></br>
+
                                <li>PCR P<sub>asr</sub> and P<sub>gadA</sub> from <i>E. coli</i> MG1655 chromosome. Confirmed and extracted
−
 
+
                                    products by DNA gel. </li>
−
                        <p class="pcontent">4/26~4/27</br> </p>
+
                             </ul></br>
−
                        <ul>
+
−
                            <li>PCR Pasr and Pgada from E. coli MG1655 chromosome. Confirmed and extracted
+
−
                                products by DNA gel. </li>
+
−
                        </ul></br>
+
−
 
+
−
                        <p class="pcontent">4/28</br> </p>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li>Digested the pSB1C3-sfGFP plasmid. Ligase the plasmid with Pasr / Pgada and
+
−
                                RiboJ by PCR. Confirmed by DNA gel electrophoresis. Transformed the gene in DH5
+
−
                                alpha and spread the bacteria on LB plates.</li>
+
−
                        </ul></br>
+
−
 
+
−
                        <p class="pcontent">4/30~5/1</br> </p>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li>Confirmed the transformation by colony PCR ,enzyme digestion and DNA gel
+
−
                                electrophoresis. Selected the correct colonies for sequencing and cultured them
+
−
                                on LB plates.</li>
+
−
                        </ul></br>
+
−
 
+
−
                        <p class="pcontent">5/9</br> </p>
+
−
                        <ul>
+
−
                             <li>Store the correct colonies in glycerol in -80O C.</li>
+
−
                        </ul></br>
+
−
 
+
−
                        <p class="pcontent">6/1</br> </p>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li>Transformed each plasmid into BL21(DE3)</li>
+
−
                        </ul></br>
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
                        <h3>Construction of Pasr and Pgada</h3></br>
+
−
 
+
−
                        <p class="pcontent">5/9</br> </p>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
+
−
                        </ul></br>
+
−
 
+
−
                        <p class="pcontent">5/11</br> </p>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li>Pre-cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain.</li>
+
−
                        </ul></br>
+
−
 
+
−
                        <p class="pcontent">5/12</br> </p>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain in M9 medium in different pH value.
+
−
                                Measured the OD600 value and fluorescence every hour.</li>
+
−
                        </ul></br>
+
  
−
                        <p class="pcontent">5/18</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">4/28</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>Pre-cultured DH5 alpha-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain.</li>
+
                                <li>Digested the pSB1C3-GFP plasmid. Ligase the plasmid with P<sub>asr</sub> / P<sub>gadA</sub> and
−
                            <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
+
                                    RiboJ by PCR. Confirmed by DNA gel electrophoresis. Transformed the gene in DH5
−
                        </ul></br>
+
                                    alpha and spread the bacteria on LB plates.</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">5/19</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">4/30~5/1</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain in M9 medium in different pH
+
                                <li>Confirmed the transformation by colony PCR ,enzyme digestion and DNA gel
−
                                value. Measured the OD600 value and fluorescence every hour.</li>
+
                                    electrophoresis. Selected the correct colonies for sequencing and cultured them
−
                        </ul></br>
+
                                    on LB plates.</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">6/2~6/3</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">5/9</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>Repeated the experiment on 5/11~5/12</li>
+
                                <li>Store the correct colonies in glycerol in -80°C.</li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">7/29</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">6/1</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasrr-sfGFP strain</li>
+
                                <li>Transformed each plasmid into BL21(DE3)</li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
 +
                        </div>
  
−
                        <p class="pcontent">7/30</br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasr -sfGFP strain on 96 well plate in different pH
 
−
                                value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
−
                        <p class="pcontent">9/4</br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain</li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
−
                         <p class="pcontent">9/5</br> </p>
+
                         <div id="pH_sensor_test">
−
                        <ul>
+
                             <h3>The pH sensor test</h3></br>
−
                             <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain strain on 96 well plate in
+
−
                                different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
+
−
                        </ul></br>
+
  
 +
                            <p class="pcontent">5/9</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">5/11</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Pre-cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -P<sub>asr</sub>-sfGFP strain.</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">5/12</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -P<sub>asr</sub>-sfGFP strain in M9 medium in different pH
 +
                                    value.
 +
                                    Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">5/18</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Pre-cultured DH5 alpha-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain.</li>
 +
                                <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">5/19</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain in M9 medium in different
 +
                                    pH
 +
                                    value. Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                        <h3>Construction of CA</h3></br>
+
                            <p class="pcontent">6/2~6/3</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Repeated the experiment on 5/11~5/12</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">7/2</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">7/29</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
+
                                <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>asr</sub>-sfGFP strain</li>
−
                                Extracted the gene from DNA gel.
+
                            </ul></br>
  
−
                             </li>
+
                             <p class="pcontent">7/30</br> </p>
−
                        </ul></br>
+
                            <ul>
 +
                                <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>asr</sub> -sfGFP strain on 96 well plate in different pH
 +
                                    value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">7/5</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">9/4</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>PCR the CA. Confirmed by DNA gel electrophoresis and extracted the gene from DNA gel.
+
                                <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                             </li>
+
                             <p class="pcontent">9/5</br> </p>
−
                        </ul></br>
+
                            <ul>
 +
                                <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain strain on 96 well plate in
 +
                                    different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
  
−
                        <p class="pcontent">
 
−
                            7/6
 
−
                            </br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>Digested and ligase the pSB1C3 plasmid and CA gene.
 
  
−
                            </li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
−
                        <p class="pcontent">7/10~7/11</br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>Repeated the PCR of CA, digestion, ligation.</li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
−
                        <p class="pcontent">7/12</br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>Transformed the pSB1C3-PT7-CA into DH5 alpha. </li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
−
                         <p class="pcontent">7/19</br> </p>
+
                         <div id="CA">
−
                        <ul>
+
                             <h3>Construction of CA</h3></br>
−
                             <li>Send the plasmid to sequencing</li>
+
−
                        </ul></br>
+
  
 +
                            <p class="pcontent">7/2</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
 +
                                    Extracted the gene from DNA gel.
  
 +
                                </li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">7/5</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR the CA. Confirmed by DNA gel electrophoresis and extracted the gene from DNA
 +
                                    gel.
  
 +
                                </li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                        <h3>Construction of RbcL</h3></br>
+
                            <p class="pcontent">
 +
                                7/6
 +
                                </br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Digested and ligase the pSB1C3 plasmid and CA gene.
  
 +
                                </li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">7/2</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">7/10~7/11</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.</li>
+
                                <li>Repeated the PCR of CA, digestion, ligation.</li>
−
                             <li>Extracted the gene from DNA gel.</li>
+
                             </ul></br>
−
                        </ul></br>
+
  
−
                        <p class="pcontent">7/11</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">7/12</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>PCR the RbcL with new primer.</li>
+
                                <li>Transformed the pSB1C3-P<sub>T7</sub>-CA into DH5 alpha. </li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">7/20</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">7/19</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>PCR the RbcL with old and new primer.</li>
+
                                <li>Send the plasmid to sequencing</li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
 +
                        </div>
  
−
                        <p class="pcontent">7/21~24</br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>Repeated the PCR of RbcL</li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
  
−
                         <p class="pcontent">8/1</br> </p>
+
                         <div id="RbcL">
−
                        <ul>
+
                             <h3>Construction of RbcL</h3></br>
−
                             <li>Ligate the RbcL with PlacI.</li>
+
−
                            <li>Transformed the pSB1C3-PT7-RbcL and pSB1C3-PlacI-RbcL into DH5 alpha.</li>
+
−
                        </ul></br>
+
  
−
                        <p class="pcontent">8/3 </br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>Confirmed the pSB1C3-PT7-RbcL construct by colony PCR.</li>
 
−
                            <li>Sent the gene to sequencing</li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
 +
                            <p class="pcontent">7/2</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.</li>
 +
                                <li>Extracted the gene from DNA gel.</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">7/11</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR the RbcL with new primer.</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">7/20</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR the RbcL with old and new primer.</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">7/21~24</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Repeated the PCR of RbcL</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                        <h3>Construction of RbcXS</h3></br>
 
  
−
                        <p class="pcontent">7/2</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">8/1</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
+
                                <li>Ligate the RbcL with P<sub>LacI</sub>.</li>
−
                        </ul></br>
+
                                <li>Transformed the pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL and pSB1C3-P<sub>LacI</sub>-RbcL into DH5 alpha.</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">7/3~7/21</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">8/3 </br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.</li>
+
                                <li>Confirmed the pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL construct by colony PCR.</li>
−
                            <li> Extracted the gene from DNA gel.</li>
+
                                <li>Sent the gene to sequencing</li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
 +
                        </div>
  
−
                        <p class="pcontent">7/23</br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>PCR normal/mutant RbcXS with old and new primer.</li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
−
                        <p class="pcontent">7/24 </br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>Confirmed by DNA gel.</li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
  
 +
                        <div id="RbcXS">
 +
                            <h3>Construction of RbcXS</h3></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">7/2</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">7/3~7/21</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.</li>
 +
                                <li> Extracted the gene from DNA gel.</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">7/23</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR normal/mutant RbcXS with old and new primer.</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                        <h3>Construction of PRK</h3></br>
+
                            <p class="pcontent">7/24 </br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Confirmed by DNA gel.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
  
−
                        <p class="pcontent">7/2</br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.</li>
 
−
                            <li> Extracted the gene from DNA gel.</li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
−
                        <p class="pcontent">7/3~8/2</br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>PCR PRK.</li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
−
                        <p class="pcontent">8/1</br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>Ligated PRK with PlacI and PT7.</li>
 
−
                            <li>Transformed into DH5 alpha.
 
  
−
                            </li>
+
                        <div id="PRK">
−
                        </ul></br>
+
                            <h3>Construction of PRK</h3></br>
  
−
                        <p class="pcontent">8/2</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">7/2</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>Confirmed by colony PCR. Selected the colony with correct length and sent to
+
                                <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.</li>
−
                                 sequencing.</li>
+
                                 <li> Extracted the gene from DNA gel.</li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">7/3~8/2</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR PRK.</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">8/1</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Ligated PRK with P<sub>LacI</sub> and P<sub>T7</sub>.</li>
 +
                                <li>Transformed into DH5 alpha.
  
 +
                                </li>
 +
                            </ul></br>
  
−
                        <h3>Whole construction</h3></br>
+
                            <p class="pcontent">8/2</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Confirmed by colony PCR. Selected the colony with correct length and sent to
 +
                                    sequencing.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
  
−
                        <p class="pcontent">8/8</br> </p>
 
−
                        <ul>
 
−
                            <li>Ligated PT7-CA with PLacI-PRK on pSB1C3</li>
 
−
                        </ul></br>
 
  
−
                         <p class="pcontent">8/9</br> </p>
+
                         <div id="Whole_Construction">
−
                        <ul>
+
                             <h3>Whole construction</h3></br>
−
                             <li>Ligated PT7-RbcL with PT7-RbcXS on pSB1C3</li>
+
−
                        </ul></br>
+
  
−
                        <p class="pcontent">8/28</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">8/8</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>Inserted PT7-CA with PLacI-PRK into pSB3K3</li>
+
                                <li>Ligated P<sub>T7</sub>-CA with P<sub>LacI</sub>-PRK on pSB1C3</li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">8/9</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Ligated P<sub>T7</sub>-RbcL with P<sub>T7</sub>-RbcXS on pSB1C3</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">8/28</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Inserted P<sub>T7</sub>-CA with P<sub>LacI</sub>-PRK into pSB3K3</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
  
  
−
                        <h3>SDS PAGE, Functional test and Total solution</h3></br>
 
  
−
                         <p class="pcontent">7/25~7/30, 8/4~8/5, 8/11~8/12</br> </p>
+
                         <div id="Total_Solution">
−
                        <ul>
+
                             <h3>SDS PAGE, Functional test and Total solution</h3></br>
−
                             <li>Ran SDS-PAGE of CA, normal-RbcXS </li>
+
−
                        </ul></br>
+
  
−
                        <p class="pcontent">8/7, 8/9, 8/10</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">7/25~7/30, 8/4~8/5, 8/11~8/12</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li> Ran SDS-PAGE of RbcL and PRK</li>
+
                                <li>Ran SDS-PAGE of CA, normal-RbcXS </li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">8/16 </br> </p>
+
                            <p class="pcontent">8/7, 8/9, 8/10</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>Ran the SDS-PAGE of RbcL, RbcXS and PRK</li>
+
                                <li> Ran SDS-PAGE of RbcL and PRK</li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">8/18~8/19</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">8/16 </br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li>Activity test of CA</li>
+
                                <li>Ran the SDS-PAGE of RbcL, RbcXS and PRK</li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">9/2</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">8/18~8/19</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li> Ran SDS-PAGE of pSB1C3-PT7-RbcL-PT7-RbcXS and pSB3K3-Plac-PRK-PT7-CA</li>
+
                                <li>Activity test of CA</li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">9/3</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">9/2</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li> Transformed pSB1C3-PT7-RbcL-PT7-RbcXS and pSB3K3-Plac-PRK-PT7-CA into W3110</li>
+
                                <li> Ran SDS-PAGE of pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL-P<sub>T7</sub>-RbcXS and pSB3K3-P<sub>LacI</sub>-PRK-P<sub>T7</sub>-CA</li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
  
−
                        <p class="pcontent">9/5~9/17</br> </p>
+
                            <p class="pcontent">9/3</br> </p>
−
                        <ul>
+
                            <ul>
−
                            <li> Total solution.</li>
+
                                <li> Transformed pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL-P<sub>T7</sub>-RbcXS and pSB3K3-P<sub>LacI</sub>-PRK-P<sub>T7</sub>-CA into W3110</li>
−
                        </ul></br>
+
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">9/5~9/17</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li> Total solution.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
  
  
Line 347: Line 354:
 
         $(document).ready(function () {
 
         $(document).ready(function () {
 
             $(window).scroll(function () {
 
             $(window).scroll(function () {
−
                 if ($(this).scrollTop() >= 90) {
+
                 if ($(this).scrollTop() >= 500) {
 
                     var position = $("#sidelist").position();
 
                     var position = $("#sidelist").position();
 
                     if (position == undefined) {} else {
 
                     if (position == undefined) {} else {

Latest revision as of 20:13, 17 October 2018

Notebook

Of Blood, Sweat and Tears

Construction of Pasr and PgadA


4/26~4/27

  • PCR Pasr and PgadA from E. coli MG1655 chromosome. Confirmed and extracted products by DNA gel.

4/28

  • Digested the pSB1C3-GFP plasmid. Ligase the plasmid with Pasr / PgadA and RiboJ by PCR. Confirmed by DNA gel electrophoresis. Transformed the gene in DH5 alpha and spread the bacteria on LB plates.

4/30~5/1

  • Confirmed the transformation by colony PCR ,enzyme digestion and DNA gel electrophoresis. Selected the correct colonies for sequencing and cultured them on LB plates.

5/9

  • Store the correct colonies in glycerol in -80°C.

6/1

  • Transformed each plasmid into BL21(DE3)

The pH sensor test


5/9

  • Prepared the M9 medium in different pH value.

5/11

  • Pre-cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain.

5/12

  • Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain in M9 medium in different pH value. Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.

5/18

  • Pre-cultured DH5 alpha-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain.
  • Prepared the M9 medium in different pH value.

5/19

  • Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain in M9 medium in different pH value. Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.

6/2~6/3

  • Repeated the experiment on 5/11~5/12

7/29

  • Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasr-sfGFP strain

7/30

  • Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasr -sfGFP strain on 96 well plate in different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.

9/4

  • Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain

9/5

  • Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain strain on 96 well plate in different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.

Construction of CA


7/2

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis. Extracted the gene from DNA gel.

7/5

  • PCR the CA. Confirmed by DNA gel electrophoresis and extracted the gene from DNA gel.

7/6

  • Digested and ligase the pSB1C3 plasmid and CA gene.

7/10~7/11

  • Repeated the PCR of CA, digestion, ligation.

7/12

  • Transformed the pSB1C3-PT7-CA into DH5 alpha.

7/19

  • Send the plasmid to sequencing

Construction of RbcL


7/2

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
  • Extracted the gene from DNA gel.

7/11

  • PCR the RbcL with new primer.

7/20

  • PCR the RbcL with old and new primer.

7/21~24

  • Repeated the PCR of RbcL

8/1

  • Ligate the RbcL with PLacI.
  • Transformed the pSB1C3-PT7-RbcL and pSB1C3-PLacI-RbcL into DH5 alpha.

8/3

  • Confirmed the pSB1C3-PT7-RbcL construct by colony PCR.
  • Sent the gene to sequencing

Construction of RbcXS


7/2

  • Prepared the M9 medium in different pH value.

7/3~7/21

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
  • Extracted the gene from DNA gel.

7/23

  • PCR normal/mutant RbcXS with old and new primer.

7/24

  • Confirmed by DNA gel.

Construction of PRK


7/2

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
  • Extracted the gene from DNA gel.

7/3~8/2

  • PCR PRK.

8/1

  • Ligated PRK with PLacI and PT7.
  • Transformed into DH5 alpha.

8/2

  • Confirmed by colony PCR. Selected the colony with correct length and sent to sequencing.

Whole construction


8/8

  • Ligated PT7-CA with PLacI-PRK on pSB1C3

8/9

  • Ligated PT7-RbcL with PT7-RbcXS on pSB1C3

8/28

  • Inserted PT7-CA with PLacI-PRK into pSB3K3

SDS PAGE, Functional test and Total solution


7/25~7/30, 8/4~8/5, 8/11~8/12

  • Ran SDS-PAGE of CA, normal-RbcXS

8/7, 8/9, 8/10

  • Ran SDS-PAGE of RbcL and PRK

8/16

  • Ran the SDS-PAGE of RbcL, RbcXS and PRK

8/18~8/19

  • Activity test of CA

9/2

  • Ran SDS-PAGE of pSB1C3-PT7-RbcL-PT7-RbcXS and pSB3K3-PLacI-PRK-PT7-CA

9/3

  • Transformed pSB1C3-PT7-RbcL-PT7-RbcXS and pSB3K3-PLacI-PRK-PT7-CA into W3110

9/5~9/17

  • Total solution.

Follow us
Contact us

igem.ncku.tainan@gmail.com
No.1, Daxue Rd., East Dist., Tainan City 701, Taiwan (R.O.C.)