Difference between revisions of "Team:NCKU Tainan/Notebook"

 
(22 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 11: Line 11:
 
     <!--Page_Content-->
 
     <!--Page_Content-->
 
     <div class="container content">
 
     <div class="container content">
 +
        <div class="headstyle">
 +
            <h1 class="head">Notebook</h1>
 +
        </div>
 +
        <div class="righttitle">
 +
            <h6 class="subtitle">Of Blood, Sweat and Tears</h6>
 +
        </div>
 
         <div class="navbar-example">
 
         <div class="navbar-example">
 
             <div class="row">
 
             <div class="row">
 
                 <div class="col-2 side">
 
                 <div class="col-2 side">
−
                     <div id="sidelist" class="list-Fgroup">
+
                     <div id="sidelist" class="list-group">
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-1">Construction of Pasr and
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#Pasr_and_Pgada">P<sub>asr</sub> and P<sub>gadA</sub></a>
−
                            Pgada</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#pH_sensor_test">pH Sensor Test</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-2">The pH sensor test</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#CA">CA</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-3">CA</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#RbcL">RbcL</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-4">RbcL</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#RbcXS">RbcXS</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-5">RbcXS</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#PRK">PRK</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-6">PRK</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#Whole_Construction">Whole Construction</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-7">Whole construction</a>
+
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#Total_Solution">Total Solution</a>
−
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-8">Total solution</a>
+
 
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#"><i class="fa fa-arrow-up fa-1x"
 
                         <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#"><i class="fa fa-arrow-up fa-1x"
 
                                 aria-hidden="true"></i>
 
                                 aria-hidden="true"></i>
Line 31: Line 36:
 
                 <div class="col-10">
 
                 <div class="col-10">
 
                     <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
 
                     <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
−
 
+
                         <div id="Pasr_and_Pgada">
−
                        <h1 class="head2">Notebook</h1></br></br>
+
                             <h3>Construction of P<sub>asr</sub> and P<sub>gadA</sub></h3></br>
−
 
+
−
 
+
−
                         <div id="list-item-1">
+
−
                             </br></br></br>
+
−
                            <h3>Construction of Pasr and Pgada</h3></br>
+
  
 
                             <p class="pcontent">4/26~4/27</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">4/26~4/27</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>PCR Pasr and Pgada from E. coli MG1655 chromosome. Confirmed and extracted
+
                                 <li>PCR P<sub>asr</sub> and P<sub>gadA</sub> from <i>E. coli</i> MG1655 chromosome. Confirmed and extracted
 
                                     products by DNA gel. </li>
 
                                     products by DNA gel. </li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
Line 47: Line 47:
 
                             <p class="pcontent">4/28</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">4/28</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Digested the pSB1C3-sfGFP plasmid. Ligase the plasmid with Pasr / Pgada and
+
                                 <li>Digested the pSB1C3-GFP plasmid. Ligase the plasmid with P<sub>asr</sub> / P<sub>gadA</sub> and
 
                                     RiboJ by PCR. Confirmed by DNA gel electrophoresis. Transformed the gene in DH5
 
                                     RiboJ by PCR. Confirmed by DNA gel electrophoresis. Transformed the gene in DH5
 
                                     alpha and spread the bacteria on LB plates.</li>
 
                                     alpha and spread the bacteria on LB plates.</li>
Line 61: Line 61:
 
                             <p class="pcontent">5/9</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">5/9</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Store the correct colonies in glycerol in -80O C.</li>
+
                                 <li>Store the correct colonies in glycerol in -80°C.</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
Line 72: Line 72:
  
  
−
                         <div id="list-item-2">
+
                         <div id="pH_sensor_test">
−
                            </br></br></br>
+
 
                             <h3>The pH sensor test</h3></br>
 
                             <h3>The pH sensor test</h3></br>
  
Line 83: Line 82:
 
                             <p class="pcontent">5/11</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">5/11</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Pre-cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain.</li>
+
                                 <li>Pre-cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -P<sub>asr</sub>-sfGFP strain.</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
 
                             <p class="pcontent">5/12</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">5/12</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain in M9 medium in different pH
+
                                 <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -P<sub>asr</sub>-sfGFP strain in M9 medium in different pH
 
                                     value.
 
                                     value.
−
                                     Measured the OD600 value and fluorescence every hour.</li>
+
                                     Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
 
                             <p class="pcontent">5/18</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">5/18</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Pre-cultured DH5 alpha-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain.</li>
+
                                 <li>Pre-cultured DH5 alpha-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain.</li>
 
                                 <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
 
                                 <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
Line 101: Line 100:
 
                             <p class="pcontent">5/19</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">5/19</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain in M9 medium in different
+
                                 <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain in M9 medium in different
 
                                     pH
 
                                     pH
−
                                     value. Measured the OD600 value and fluorescence every hour.</li>
+
                                     value. Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
Line 113: Line 112:
 
                             <p class="pcontent">7/29</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">7/29</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasrr-sfGFP strain</li>
+
                                 <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>asr</sub>-sfGFP strain</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
 
                             <p class="pcontent">7/30</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">7/30</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasr -sfGFP strain on 96 well plate in different pH
+
                                 <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>asr</sub> -sfGFP strain on 96 well plate in different pH
 
                                     value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
 
                                     value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
Line 124: Line 123:
 
                             <p class="pcontent">9/4</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">9/4</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain</li>
+
                                 <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
 
                             <p class="pcontent">9/5</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">9/5</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pgada-RiboJ-sfGFP strain strain on 96 well plate in
+
                                 <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain strain on 96 well plate in
 
                                     different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
 
                                     different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
Line 138: Line 137:
  
  
−
                         <div id="list-item-3">
+
                         <div id="CA">
−
                             </br></br></br><h3>Construction of CA</h3></br>
+
                             <h3>Construction of CA</h3></br>
  
 
                             <p class="pcontent">7/2</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">7/2</br> </p>
Line 173: Line 172:
 
                             <p class="pcontent">7/12</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">7/12</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Transformed the pSB1C3-PT7-CA into DH5 alpha. </li>
+
                                 <li>Transformed the pSB1C3-P<sub>T7</sub>-CA into DH5 alpha. </li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
Line 184: Line 183:
  
  
−
                         <div id="list-item-4">
+
                         <div id="RbcL">
−
                            </br></br></br>
+
 
                             <h3>Construction of RbcL</h3></br>
 
                             <h3>Construction of RbcL</h3></br>
  
Line 213: Line 211:
 
                             <p class="pcontent">8/1</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">8/1</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Ligate the RbcL with PlacI.</li>
+
                                 <li>Ligate the RbcL with P<sub>LacI</sub>.</li>
−
                                 <li>Transformed the pSB1C3-PT7-RbcL and pSB1C3-PlacI-RbcL into DH5 alpha.</li>
+
                                 <li>Transformed the pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL and pSB1C3-P<sub>LacI</sub>-RbcL into DH5 alpha.</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
 
                             <p class="pcontent">8/3 </br> </p>
 
                             <p class="pcontent">8/3 </br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Confirmed the pSB1C3-PT7-RbcL construct by colony PCR.</li>
+
                                 <li>Confirmed the pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL construct by colony PCR.</li>
 
                                 <li>Sent the gene to sequencing</li>
 
                                 <li>Sent the gene to sequencing</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
Line 227: Line 225:
  
  
−
                         <div id="list-item-5">
+
                         <div id="RbcXS">
−
                            </br></br></br>
+
 
                             <h3>Construction of RbcXS</h3></br>
 
                             <h3>Construction of RbcXS</h3></br>
  
Line 256: Line 253:
  
  
−
                         <div id="list-item-6">
+
                         <div id="PRK">
−
                            </br></br></br>
+
 
                             <h3>Construction of PRK</h3></br>
 
                             <h3>Construction of PRK</h3></br>
  
Line 273: Line 269:
 
                             <p class="pcontent">8/1</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">8/1</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Ligated PRK with PlacI and PT7.</li>
+
                                 <li>Ligated PRK with P<sub>LacI</sub> and P<sub>T7</sub>.</li>
 
                                 <li>Transformed into DH5 alpha.
 
                                 <li>Transformed into DH5 alpha.
  
Line 287: Line 283:
  
  
−
                         <div id="list-item-7">
+
                         <div id="Whole_Construction">
−
                            </br></br></br>
+
 
                             <h3>Whole construction</h3></br>
 
                             <h3>Whole construction</h3></br>
  
 
                             <p class="pcontent">8/8</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">8/8</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Ligated PT7-CA with PLacI-PRK on pSB1C3</li>
+
                                 <li>Ligated P<sub>T7</sub>-CA with P<sub>LacI</sub>-PRK on pSB1C3</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
 
                             <p class="pcontent">8/9</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">8/9</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Ligated PT7-RbcL with PT7-RbcXS on pSB1C3</li>
+
                                 <li>Ligated P<sub>T7</sub>-RbcL with P<sub>T7</sub>-RbcXS on pSB1C3</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
 
                             <p class="pcontent">8/28</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">8/28</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li>Inserted PT7-CA with PLacI-PRK into pSB3K3</li>
+
                                 <li>Inserted P<sub>T7</sub>-CA with P<sub>LacI</sub>-PRK into pSB3K3</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
 
                         </div>
 
                         </div>
Line 309: Line 304:
  
  
−
                         <div id="list-item-8">
+
                         <div id="Total_Solution">
−
                            </br></br></br>
+
 
                             <h3>SDS PAGE, Functional test and Total solution</h3></br>
 
                             <h3>SDS PAGE, Functional test and Total solution</h3></br>
  
Line 335: Line 329:
 
                             <p class="pcontent">9/2</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">9/2</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li> Ran SDS-PAGE of pSB1C3-PT7-RbcL-PT7-RbcXS and pSB3K3-Plac-PRK-PT7-CA</li>
+
                                 <li> Ran SDS-PAGE of pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL-P<sub>T7</sub>-RbcXS and pSB3K3-P<sub>LacI</sub>-PRK-P<sub>T7</sub>-CA</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
 
                             <p class="pcontent">9/3</br> </p>
 
                             <p class="pcontent">9/3</br> </p>
 
                             <ul>
 
                             <ul>
−
                                 <li> Transformed pSB1C3-PT7-RbcL-PT7-RbcXS and pSB3K3-Plac-PRK-PT7-CA into W3110</li>
+
                                 <li> Transformed pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL-P<sub>T7</sub>-RbcXS and pSB3K3-P<sub>LacI</sub>-PRK-P<sub>T7</sub>-CA into W3110</li>
 
                             </ul></br>
 
                             </ul></br>
  
Line 360: Line 354:
 
         $(document).ready(function () {
 
         $(document).ready(function () {
 
             $(window).scroll(function () {
 
             $(window).scroll(function () {
−
                 if ($(this).scrollTop() >= 90) {
+
                 if ($(this).scrollTop() >= 500) {
 
                     var position = $("#sidelist").position();
 
                     var position = $("#sidelist").position();
 
                     if (position == undefined) {} else {
 
                     if (position == undefined) {} else {

Latest revision as of 20:13, 17 October 2018

Notebook

Of Blood, Sweat and Tears

Construction of Pasr and PgadA


4/26~4/27

  • PCR Pasr and PgadA from E. coli MG1655 chromosome. Confirmed and extracted products by DNA gel.

4/28

  • Digested the pSB1C3-GFP plasmid. Ligase the plasmid with Pasr / PgadA and RiboJ by PCR. Confirmed by DNA gel electrophoresis. Transformed the gene in DH5 alpha and spread the bacteria on LB plates.

4/30~5/1

  • Confirmed the transformation by colony PCR ,enzyme digestion and DNA gel electrophoresis. Selected the correct colonies for sequencing and cultured them on LB plates.

5/9

  • Store the correct colonies in glycerol in -80°C.

6/1

  • Transformed each plasmid into BL21(DE3)

The pH sensor test


5/9

  • Prepared the M9 medium in different pH value.

5/11

  • Pre-cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain.

5/12

  • Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain in M9 medium in different pH value. Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.

5/18

  • Pre-cultured DH5 alpha-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain.
  • Prepared the M9 medium in different pH value.

5/19

  • Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain in M9 medium in different pH value. Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.

6/2~6/3

  • Repeated the experiment on 5/11~5/12

7/29

  • Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasr-sfGFP strain

7/30

  • Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasr -sfGFP strain on 96 well plate in different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.

9/4

  • Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain

9/5

  • Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain strain on 96 well plate in different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.

Construction of CA


7/2

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis. Extracted the gene from DNA gel.

7/5

  • PCR the CA. Confirmed by DNA gel electrophoresis and extracted the gene from DNA gel.

7/6

  • Digested and ligase the pSB1C3 plasmid and CA gene.

7/10~7/11

  • Repeated the PCR of CA, digestion, ligation.

7/12

  • Transformed the pSB1C3-PT7-CA into DH5 alpha.

7/19

  • Send the plasmid to sequencing

Construction of RbcL


7/2

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
  • Extracted the gene from DNA gel.

7/11

  • PCR the RbcL with new primer.

7/20

  • PCR the RbcL with old and new primer.

7/21~24

  • Repeated the PCR of RbcL

8/1

  • Ligate the RbcL with PLacI.
  • Transformed the pSB1C3-PT7-RbcL and pSB1C3-PLacI-RbcL into DH5 alpha.

8/3

  • Confirmed the pSB1C3-PT7-RbcL construct by colony PCR.
  • Sent the gene to sequencing

Construction of RbcXS


7/2

  • Prepared the M9 medium in different pH value.

7/3~7/21

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
  • Extracted the gene from DNA gel.

7/23

  • PCR normal/mutant RbcXS with old and new primer.

7/24

  • Confirmed by DNA gel.

Construction of PRK


7/2

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
  • Extracted the gene from DNA gel.

7/3~8/2

  • PCR PRK.

8/1

  • Ligated PRK with PLacI and PT7.
  • Transformed into DH5 alpha.

8/2

  • Confirmed by colony PCR. Selected the colony with correct length and sent to sequencing.

Whole construction


8/8

  • Ligated PT7-CA with PLacI-PRK on pSB1C3

8/9

  • Ligated PT7-RbcL with PT7-RbcXS on pSB1C3

8/28

  • Inserted PT7-CA with PLacI-PRK into pSB3K3

SDS PAGE, Functional test and Total solution


7/25~7/30, 8/4~8/5, 8/11~8/12

  • Ran SDS-PAGE of CA, normal-RbcXS

8/7, 8/9, 8/10

  • Ran SDS-PAGE of RbcL and PRK

8/16

  • Ran the SDS-PAGE of RbcL, RbcXS and PRK

8/18~8/19

  • Activity test of CA

9/2

  • Ran SDS-PAGE of pSB1C3-PT7-RbcL-PT7-RbcXS and pSB3K3-PLacI-PRK-PT7-CA

9/3

  • Transformed pSB1C3-PT7-RbcL-PT7-RbcXS and pSB3K3-PLacI-PRK-PT7-CA into W3110

9/5~9/17

  • Total solution.

Follow us
Contact us

igem.ncku.tainan@gmail.com
No.1, Daxue Rd., East Dist., Tainan City 701, Taiwan (R.O.C.)