Difference between revisions of "Team:NCKU Tainan/Notebook"

(Prototype team page)
 
 
(33 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 1: Line 1:
−
{{NCKU_Tainan}}
+
{{NCKU_Tainan/header}} {{NCKU_Tainan/navbar}} {{NCKU_Tainan/style}}
 +
 
 
<html>
 
<html>
  
 +
<head>
 +
    <link rel="stylesheet" href="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/css/safety?action=raw&ctype=text/css">
 +
</head>
 +
 +
<body>
 +
 +
    <!--Page_Content-->
 +
    <div class="container content">
 +
        <div class="headstyle">
 +
            <h1 class="head">Notebook</h1>
 +
        </div>
 +
        <div class="righttitle">
 +
            <h6 class="subtitle">Of Blood, Sweat and Tears</h6>
 +
        </div>
 +
        <div class="navbar-example">
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col-2 side">
 +
                    <div id="sidelist" class="list-group">
 +
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#Pasr_and_Pgada">P<sub>asr</sub> and P<sub>gadA</sub></a>
 +
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#pH_sensor_test">pH Sensor Test</a>
 +
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#CA">CA</a>
 +
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#RbcL">RbcL</a>
 +
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#RbcXS">RbcXS</a>
 +
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#PRK">PRK</a>
 +
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#Whole_Construction">Whole Construction</a>
 +
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#Total_Solution">Total Solution</a>
 +
                        <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#"><i class="fa fa-arrow-up fa-1x"
 +
                                aria-hidden="true"></i>
 +
                        </a>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
                <div class="col-10">
 +
                    <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
 +
                        <div id="Pasr_and_Pgada">
 +
                            <h3>Construction of P<sub>asr</sub> and P<sub>gadA</sub></h3></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">4/26~4/27</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR P<sub>asr</sub> and P<sub>gadA</sub> from <i>E. coli</i> MG1655 chromosome. Confirmed and extracted
 +
                                    products by DNA gel. </li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">4/28</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Digested the pSB1C3-GFP plasmid. Ligase the plasmid with P<sub>asr</sub> / P<sub>gadA</sub> and
 +
                                    RiboJ by PCR. Confirmed by DNA gel electrophoresis. Transformed the gene in DH5
 +
                                    alpha and spread the bacteria on LB plates.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">4/30~5/1</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Confirmed the transformation by colony PCR ,enzyme digestion and DNA gel
 +
                                    electrophoresis. Selected the correct colonies for sequencing and cultured them
 +
                                    on LB plates.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">5/9</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Store the correct colonies in glycerol in -80°C.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">6/1</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Transformed each plasmid into BL21(DE3)</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
 +
 +
 +
 +
                        <div id="pH_sensor_test">
 +
                            <h3>The pH sensor test</h3></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">5/9</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">5/11</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Pre-cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -P<sub>asr</sub>-sfGFP strain.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">5/12</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -P<sub>asr</sub>-sfGFP strain in M9 medium in different pH
 +
                                    value.
 +
                                    Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">5/18</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Pre-cultured DH5 alpha-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain.</li>
 +
                                <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">5/19</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain in M9 medium in different
 +
                                    pH
 +
                                    value. Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">6/2~6/3</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Repeated the experiment on 5/11~5/12</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/29</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>asr</sub>-sfGFP strain</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/30</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>asr</sub> -sfGFP strain on 96 well plate in different pH
 +
                                    value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">9/4</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">9/5</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –P<sub>gadA</sub>-RiboJ-sfGFP strain strain on 96 well plate in
 +
                                    different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
 +
 +
 +
 +
 +
 +
                        <div id="CA">
 +
                            <h3>Construction of CA</h3></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/2</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
 +
                                    Extracted the gene from DNA gel.
 +
 +
                                </li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/5</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR the CA. Confirmed by DNA gel electrophoresis and extracted the gene from DNA
 +
                                    gel.
 +
 +
                                </li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">
 +
                                7/6
 +
                                </br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Digested and ligase the pSB1C3 plasmid and CA gene.
 +
 +
                                </li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/10~7/11</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Repeated the PCR of CA, digestion, ligation.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/12</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Transformed the pSB1C3-P<sub>T7</sub>-CA into DH5 alpha. </li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/19</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Send the plasmid to sequencing</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
 +
 +
 +
 +
                        <div id="RbcL">
 +
                            <h3>Construction of RbcL</h3></br>
 +
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/2</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.</li>
 +
                                <li>Extracted the gene from DNA gel.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/11</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR the RbcL with new primer.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/20</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR the RbcL with old and new primer.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/21~24</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Repeated the PCR of RbcL</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
 +
                            <p class="pcontent">8/1</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Ligate the RbcL with P<sub>LacI</sub>.</li>
 +
                                <li>Transformed the pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL and pSB1C3-P<sub>LacI</sub>-RbcL into DH5 alpha.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">8/3 </br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Confirmed the pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL construct by colony PCR.</li>
 +
                                <li>Sent the gene to sequencing</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
 +
 +
 +
 +
 +
                        <div id="RbcXS">
 +
                            <h3>Construction of RbcXS</h3></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/2</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Prepared the M9 medium in different pH value.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/3~7/21</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.</li>
 +
                                <li> Extracted the gene from DNA gel.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/23</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR normal/mutant RbcXS with old and new primer.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/24 </br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Confirmed by DNA gel.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
 +
 +
 +
 +
 +
                        <div id="PRK">
 +
                            <h3>Construction of PRK</h3></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/2</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.</li>
 +
                                <li> Extracted the gene from DNA gel.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/3~8/2</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>PCR PRK.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">8/1</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Ligated PRK with P<sub>LacI</sub> and P<sub>T7</sub>.</li>
 +
                                <li>Transformed into DH5 alpha.
 +
 +
                                </li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">8/2</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Confirmed by colony PCR. Selected the colony with correct length and sent to
 +
                                    sequencing.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
 +
 +
 +
                        <div id="Whole_Construction">
 +
                            <h3>Whole construction</h3></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">8/8</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Ligated P<sub>T7</sub>-CA with P<sub>LacI</sub>-PRK on pSB1C3</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">8/9</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Ligated P<sub>T7</sub>-RbcL with P<sub>T7</sub>-RbcXS on pSB1C3</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">8/28</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Inserted P<sub>T7</sub>-CA with P<sub>LacI</sub>-PRK into pSB3K3</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
 +
 +
 +
 +
                        <div id="Total_Solution">
 +
                            <h3>SDS PAGE, Functional test and Total solution</h3></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">7/25~7/30, 8/4~8/5, 8/11~8/12</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Ran SDS-PAGE of CA, normal-RbcXS </li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">8/7, 8/9, 8/10</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li> Ran SDS-PAGE of RbcL and PRK</li>
 +
                            </ul></br>
 +
 +
                            <p class="pcontent">8/16 </br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Ran the SDS-PAGE of RbcL, RbcXS and PRK</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
<div class="column full_size">
+
                            <p class="pcontent">8/18~8/19</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Activity test of CA</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
<h1>Notebook</h1>
+
                            <p class="pcontent">9/2</br> </p>
−
<p> Document the dates you worked on your project. This should be a detailed account of the work done each day for your project.</p>
+
                            <ul>
 +
                                <li> Ran SDS-PAGE of pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL-P<sub>T7</sub>-RbcXS and pSB3K3-P<sub>LacI</sub>-PRK-P<sub>T7</sub>-CA</li>
 +
                            </ul></br>
  
−
</div>
+
                            <p class="pcontent">9/3</br> </p>
−
<div class="clear"></div>
+
                            <ul>
 +
                                <li> Transformed pSB1C3-P<sub>T7</sub>-RbcL-P<sub>T7</sub>-RbcXS and pSB3K3-P<sub>LacI</sub>-PRK-P<sub>T7</sub>-CA into W3110</li>
 +
                            </ul></br>
  
 +
                            <p class="pcontent">9/5~9/17</br> </p>
 +
                            <ul>
 +
                                <li> Total solution.</li>
 +
                            </ul></br>
 +
                        </div>
  
  
−
<div class="column two_thirds_size">
+
                    </div>
−
<h3>What should this page have?</h3>
+
                </div>
−
<ul>
+
            </div>
−
<li>Chronological notes of what your team is doing.</li>
+
        </div>
−
<li> Brief descriptions of daily important events.</li>
+
    </div>
−
<li>Pictures of your progress. </li>
+
−
<li>Mention who participated in what task.</li>
+
−
</ul>
+
  
−
</div>
 
  
−
<div class="column third_size">
+
    <script>
−
<div class="highlight decoration_A_full">
+
        $(document).ready(function () {
−
<h3>Inspiration</h3>
+
            $(window).scroll(function () {
−
<p>You can see what others teams have done to organize their notes:</p>
+
                if ($(this).scrollTop() >= 500) {
 +
                    var position = $("#sidelist").position();
 +
                    if (position == undefined) {} else {
 +
                        $('#sidelist').css({
 +
                            "position": "fixed",
 +
                            "top": "145px",
 +
                            "margin-top": "0px"
 +
                        });
 +
                    }
 +
                } else {
 +
                    $('#sidelist').removeAttr('style');
 +
                }
 +
            });
 +
            $(function () {
 +
                $('i.fa-arrow-up').click(function () {
 +
                    $('html, body').animate({
 +
                        scrollTop: 0
 +
                    }, 600);
 +
                    return false;
 +
                });
 +
            });
 +
        });
 +
    </script>
  
−
<ul>
+
</body>
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:ATOMS-Turkiye/Notebook">2014 ATOMS-Turkiye</a></li>
+
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Tec-Monterrey/ITESM14_project.html#tab_notebook">2014 Tec Monterrey</a></li>
+
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Kyoto/Notebook/Magnetosome_Formation#title">2014 Kyoto</a></li>
+
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Cornell/notebook">2014 Cornell</a></li>
+
−
</ul>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
 
</html>
 
</html>
 +
{{NCKU_Tainan/footer}}

Latest revision as of 20:13, 17 October 2018

Notebook

Of Blood, Sweat and Tears

Construction of Pasr and PgadA


4/26~4/27

  • PCR Pasr and PgadA from E. coli MG1655 chromosome. Confirmed and extracted products by DNA gel.

4/28

  • Digested the pSB1C3-GFP plasmid. Ligase the plasmid with Pasr / PgadA and RiboJ by PCR. Confirmed by DNA gel electrophoresis. Transformed the gene in DH5 alpha and spread the bacteria on LB plates.

4/30~5/1

  • Confirmed the transformation by colony PCR ,enzyme digestion and DNA gel electrophoresis. Selected the correct colonies for sequencing and cultured them on LB plates.

5/9

  • Store the correct colonies in glycerol in -80°C.

6/1

  • Transformed each plasmid into BL21(DE3)

The pH sensor test


5/9

  • Prepared the M9 medium in different pH value.

5/11

  • Pre-cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain.

5/12

  • Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 -Pasr-sfGFP strain in M9 medium in different pH value. Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.

5/18

  • Pre-cultured DH5 alpha-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain.
  • Prepared the M9 medium in different pH value.

5/19

  • Cultured the DH5 alpha-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain in M9 medium in different pH value. Measured the O.D. 600 value and fluorescence every hour.

6/2~6/3

  • Repeated the experiment on 5/11~5/12

7/29

  • Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasr-sfGFP strain

7/30

  • Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –Pasr -sfGFP strain on 96 well plate in different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.

9/4

  • Pre-culture the BL21(DE3)-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain

9/5

  • Cultured the BL21(DE3)-pSB1C3 –PgadA-RiboJ-sfGFP strain strain on 96 well plate in different pH value. Measure the fluorescence every 5 minutes in 30 minutes.

Construction of CA


7/2

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis. Extracted the gene from DNA gel.

7/5

  • PCR the CA. Confirmed by DNA gel electrophoresis and extracted the gene from DNA gel.

7/6

  • Digested and ligase the pSB1C3 plasmid and CA gene.

7/10~7/11

  • Repeated the PCR of CA, digestion, ligation.

7/12

  • Transformed the pSB1C3-PT7-CA into DH5 alpha.

7/19

  • Send the plasmid to sequencing

Construction of RbcL


7/2

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
  • Extracted the gene from DNA gel.

7/11

  • PCR the RbcL with new primer.

7/20

  • PCR the RbcL with old and new primer.

7/21~24

  • Repeated the PCR of RbcL

8/1

  • Ligate the RbcL with PLacI.
  • Transformed the pSB1C3-PT7-RbcL and pSB1C3-PLacI-RbcL into DH5 alpha.

8/3

  • Confirmed the pSB1C3-PT7-RbcL construct by colony PCR.
  • Sent the gene to sequencing

Construction of RbcXS


7/2

  • Prepared the M9 medium in different pH value.

7/3~7/21

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
  • Extracted the gene from DNA gel.

7/23

  • PCR normal/mutant RbcXS with old and new primer.

7/24

  • Confirmed by DNA gel.

Construction of PRK


7/2

  • PCR IDT products (RbcL, RbcXS, PRK, CA). Confirmed by DNA gel electrophoresis.
  • Extracted the gene from DNA gel.

7/3~8/2

  • PCR PRK.

8/1

  • Ligated PRK with PLacI and PT7.
  • Transformed into DH5 alpha.

8/2

  • Confirmed by colony PCR. Selected the colony with correct length and sent to sequencing.

Whole construction


8/8

  • Ligated PT7-CA with PLacI-PRK on pSB1C3

8/9

  • Ligated PT7-RbcL with PT7-RbcXS on pSB1C3

8/28

  • Inserted PT7-CA with PLacI-PRK into pSB3K3

SDS PAGE, Functional test and Total solution


7/25~7/30, 8/4~8/5, 8/11~8/12

  • Ran SDS-PAGE of CA, normal-RbcXS

8/7, 8/9, 8/10

  • Ran SDS-PAGE of RbcL and PRK

8/16

  • Ran the SDS-PAGE of RbcL, RbcXS and PRK

8/18~8/19

  • Activity test of CA

9/2

  • Ran SDS-PAGE of pSB1C3-PT7-RbcL-PT7-RbcXS and pSB3K3-PLacI-PRK-PT7-CA

9/3

  • Transformed pSB1C3-PT7-RbcL-PT7-RbcXS and pSB3K3-PLacI-PRK-PT7-CA into W3110

9/5~9/17

  • Total solution.

Follow us
Contact us

igem.ncku.tainan@gmail.com
No.1, Daxue Rd., East Dist., Tainan City 701, Taiwan (R.O.C.)