Difference between revisions of "Team:Peking/Notebook"

 
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         <!-- Fix  Overwrite the original iGEM style=================================================== -->
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−
                                <li class="dropdown menu-6"><a class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" href="#">Human Practices</a>
+
                            <li class="menu-6"><a class="colapse-menu1" href="https://2018.igem.org/Team:Peking/Human_Practices">Human Practices</a>
−
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+
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+
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                                </li>
+
 
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                                 <li class="dropdown menu-7"><a class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" href="#" >Achievement</a>
 
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                                     <ul class="dropdown-menu">
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                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Peking/Collaborations" class="barfont1">Collaborations</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Peking/Collaborations" class="barfont1">Collaborations</a></li>
 
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                                                                            <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Peking/Acknowledgement" class="barfont1">Acknowledgement</a></li></ul>
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                                        <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Peking/Acknowledgement" class="barfont1">Acknowledgement</a></li>
 +
                                       
 +
                                    </ul>
 
                                 </li>
 
                                 </li>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
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                 <div class="twelve columns centered text-center">
 
                 <div class="twelve columns centered text-center">
 
                     <h1>Notebook</h1>
 
                     <h1>Notebook</h1>
−
                    <p class="title1" style="text-align:center">In this section, you could see the Notebook.</p>
+
 
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
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<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/5/57/T--Peking--Carotene_Extraction_Protocol.pdf">Carotene Extraction Protocol.pdf</a><br/>
 
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/5/57/T--Peking--Carotene_Extraction_Protocol.pdf">Carotene Extraction Protocol.pdf</a><br/>
  
−
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7e/T--Peking--Carotene_Identify_Protocol.pdf">Carotene Identify Protocol.pdf</a><br/>
+
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7e/T--Peking--Carotene_Identify_Protocol.pdf">Carotene Identification Protocol.pdf</a><br/>
  
 
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/24/T--Peking--Carotene_Production_Protocol.pdf">Carotene Production Protocol.pdf</a><br/>
 
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/24/T--Peking--Carotene_Production_Protocol.pdf">Carotene Production Protocol.pdf</a><br/>
  
−
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/cd/T--Peking--Molecular_Cloning_%28Plasmid_extraction_DNA_electrophoresis_DNA_clean%29.pdf">Molecular Cloning Plasmid extraction DNA electrophoresis DNA clean.pdf</a><br/>
+
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/cd/T--Peking--Molecular_Cloning_%28Plasmid_extraction_DNA_electrophoresis_DNA_clean%29.pdf">Molecular Cloning Plasmid extraction/DNA electrophoresis/DNA clean.pdf</a><br/>
  
−
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/49/T--Peking--Molecular_Cloning_Protocol_%28DNA_recombanation%29.pdf">Molecular Cloning Protocol DNA recombanation.pdf</a><br/>
+
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/49/T--Peking--Molecular_Cloning_Protocol_%28DNA_recombanation%29.pdf">Molecular Cloning Protocol DNA recombination.pdf</a><br/>
  
 
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/9d/T--Peking--Molecular_Cloning_Protocol_%28E_coli_transformation%29.pdf">Cloning Protocol E.coli transformation.pdf</a><br/>
 
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/9d/T--Peking--Molecular_Cloning_Protocol_%28E_coli_transformation%29.pdf">Cloning Protocol E.coli transformation.pdf</a><br/>
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<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/cd/T--Peking--Yeast_Transformation_Protocol.pdf">Yeast Transformation Protocol.pdf</a><br/>
 
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/cd/T--Peking--Yeast_Transformation_Protocol.pdf">Yeast Transformation Protocol.pdf</a><br/>
 +
 +
<a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/96/T--Peking--yeastweighprotocol.pdf">Yeast Dry Weight and OD Measurement Protocol.pdf</a><br/>
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                                 </p></div>
 
                                 </p></div>
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                                 <div class="info">
 
                                 <div class="info">
 
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                                     <div class="ordi">1.</div>
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                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="content">
 
                                 <div class="content">
Line 394: Line 390:
 
Yeast transformation test.  
 
Yeast transformation test.  
 
</p>
 
</p>
 +
                                </div>
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                            </div>  <div class="coll">
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                                    <div class="ordi">2</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.5.21-2018.5.27
 +
</h3>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
Line 400: Line 405:
  
 
                                 <div class="content">
 
                                 <div class="content">
−
                                     <p>As the model predicts, the concentration of components and the interaction strength affect the kinetics of phase separation. First we controlled the expression levels of components by using several stable or inducible promoters and observe the system's behavior. We found that the formation of organelles happened in specific promoter combinations and can be controlled by inducible promoters. The analysis result does not only fit well with the simulation, but provides potential methods to control the organelles in applications. </p>
+
                                     <p>Modeling beginning.  
 +
</p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
  <div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">3</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.5.28-2018.6.3
 +
 
 +
</h3>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                              
 
                              
 
                             <div class="coll">
 
                             <div class="coll">
−
<br/>
 
−
Figure2 (a) Phase diagram of a phase separation system with three components(simulation). To fit our system, the x-axis and the y-axis stands for the two components in the granules. The asymmetry comes from the assumption that the two components have different interactions with water.
 
−
(b) Fluorescence movies of different promoter combinations of FKBP-Frb mediated system after adding rapamycin. Only in specific combinations, synthetic organelles can be formed by phase separation.
 
−
(c) The formation process of SUMO-SIM mediated synthetic organelles can be controlled by inducible promoters. While the expression of Tet07-SIM-mCherry-HoTag6 is induced by dox gradually, the granules will occur abruptly in some time.<br/><br/>
 
  
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <p>Plasmid backbone propagation：<br/>
 +
<I>E. coli</I> expression: pET-28a<br/>
 +
yeast expression: pNH603, pNH604, pNH605, pNH606<br/>
 +
Required gene segment synthesis beginning.
 +
</p>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 +
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">4</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.6.4-2018.6.10
 +
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
 
                             <div class="coll">
 
                             <div class="coll">
  
 
                                 <div class="content">
 
                                 <div class="content">
−
                                     <p>The strength of interaction modules can be also controlled. In the rapamycin-induced organelle system, changing the concentration of rapamycin will affect the apparent value of K, a parameter reflecting the interaction strength in our model. In a gradient rapamycin-inducing experiment, the delay time from adding inducer to granules formation was found to be shorter when concentration of rapamycin increases. So we have confirmed the influence of two parameters in models and increased the flexibility of our synthetic organelles.</p>
+
                                     <p>Gibson assembly, golden gate assembly, and other seamless cloning test.<br/>
 +
IPTG induced expression test.  
 +
 
 +
</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 +
                           
 +
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">5</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.6.11-2018.6.17
 +
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
 
                             <div class="coll">
 
                             <div class="coll">
−
<br/>
+
 
−
Figure3 (a) A simulation of organelle formation process in different interaction strength of components.
+
                                <div class="content">
−
(b) The speed of FKBP-Frb mediated organelle formation increases with the increasing concentration of rapamycin.
+
                                    <p>Restriction recombination test. <br/>
 +
Began to construct SUMO-SIM system.
 +
 
 +
 
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 +
 
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</p>
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                                </div>
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                            </div>
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<div class="coll">
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                                <div class="info">
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                              <div class="ordi">6</div>
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                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.6.18-2018.6.24
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
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                            <div class="coll">
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                                <div class="content">
 +
                                    <p>Construction <I>E. coli</I> expression plasmid：<br/>
 +
pET-28a-FKBP-yEGFP-HOTag3<br/>
 +
pET-28a-Frb-yEGFP-HOTag6<br/>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
</p>
 +
                                </div>
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                            </div>
 +
<div class="coll">
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                                <div class="info">
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                              <div class="ordi">7</div>
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                                </div>
 +
                                <div class="content">
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                                    <h3>2018.6.25-2018.7.1
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
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                            </div>
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                            <div class="coll">
 +
 
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <p>Fluorescence observation test.
 +
 
 +
 
 +
 
 +
</p>
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                                </div>
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                            </div>
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                                <div class="info">
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                              <div class="ordi">8</div>
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                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.7.2-2018.7.8
 +
 
 +
</h3>
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                                </div>
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                            </div>
 +
                           
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                            <div class="coll">
 +
 
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <p>Joined iGEM conference at Nankai University held by NKU_CHINA.
 +
 
 +
 
 +
 
 +
</p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
<div class="coll">
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                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">9</div>
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                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.7.9-2018.7.15
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                            <div class="coll">
 +
 
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <p>Construction yeast transformation plasmid of carotene synthesis:<br/>
 +
pNH603-crtE/crtI/crtYB<br/>
 +
pNH604-crtE/crtI/crtYB<br/>
 +
pNH605-crtE/crtI/crtYB<br/>
 +
pNH606-crtE/crtI/crtYB<br/>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
</p>
 +
                              </div>
 +
                            </div>
 +
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">10</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.7.16-2018.7.22
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                            <div class="coll">
 +
 
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <p>Meeting up with Fudan-CHINA.<br/>
 +
Insert 4 kinds of promoters PDH3, TEF1, Ura3, Tet07 into 4 kinds of yeast transformation plasmids pNH603, pNH604, pNH605, pNH606. <br/>
 +
 
 +
</p>                                </div>
 +
                            </div>
 +
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">11</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.7.23-2018.7.29
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                            <div class="coll">
 +
 
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <p>Construction yeast transformation plasmids of SPOT:<br/>
 +
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-FKBP-yEGFP-HOTag3<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-yEGFP-HOTag6<br/>
 +
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SUMO-yEGFP-HOTag3<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-yEGFP-HOTag6<br/>
 +
 
 +
 
 +
</p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">12</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.7.30-2018.8.5
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                            <div class="coll">
 +
 
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <p>Transferred FKBP-Frb SPOT system and SUMO-SIM SPOT system into yeast. <br/>
 +
Nucleic localization test.<br/>
 +
Fluorescence microscope observation and flow cytometry measurement of transformed yeast cell lines.
 +
 
 +
 
 +
 
 +
</p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">13</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.8.6-2018.8.12
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                            <div class="coll">
 +
 
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <p>Rapamycin induction concentration test of FKBP-Frb SPOT system.<br/><br/>
 +
 
 +
Construction yeast transformation plasmids of carotene production:<br/>
 +
pNH603-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtI-HOTag6<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtE-HOTag6<br/>
 +
pNH606-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtYB-HOTag6<br/><br/>
 +
 
 +
Construction yeast transformation plasmids of light induced SPOT system:<br/><br/>
 +
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-phyB-yEGFP-HOTag3<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-PIF-yEGFP-HOTag6<br/>
 +
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-VVDn-yEGFP-HOTag3<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-VVDp-yEGFP-HOTag6<br/>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
</p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">14</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.8.13-2018.8.19
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                            <div class="coll">
 +
 
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <p>Carotene production and extraction test.  
 
<br/><br/>
 
<br/><br/>
 +
Construction yeast transformation plasmids of carotene production with SPOT:<br/>
 +
pNH603--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtI-HOTag6<br/>
 +
pNH605--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtE-HOTag6<br/>
 +
pNH606--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtYB-HOTag6<br/>
 +
pNH603--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtI-HOTag6<br/>
 +
pNH605--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtE-HOTag6<br/>
 +
pNH606--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtYB-HOTag6<br/>
  
−
                             </div>                          
+
 
 +
 
 +
 
 +
</p>
 +
                                </div>
 +
                             </div>
 +
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">15</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.8.20-2018.8.26
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
 
                             <div class="coll">
 
                             <div class="coll">
  
 
                                 <div class="content">
 
                                 <div class="content">
−
                                     <p>We also tried to characterized other properties, like the liquid-like property of the synthetic organelles, as they may affect the functions. See more details about our characterizations in <a href="https://2018.igem.org/Team:Peking/Phase_Separation_D"/>DataPage Phase separation</a>.</p><br/><br/><br/>
+
                                     <p>Carotene production and extraction test.  
 +
<br/><br/>
 +
Construction yeast transformation plasmids of carotene production with SPOT:<br/>
 +
pNH603--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtI-HOTag6<br/>
 +
pNH605--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtE-HOTag6<br/>
 +
pNH606--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtYB-HOTag6<br/>
 +
pNH603--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtI-HOTag6<br/>
 +
pNH605--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtE-HOTag6<br/>
 +
pNH606--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtYB-HOTag6<br/>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 +
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">16</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.8.27-2018.9.2
  
−
                       
+
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 
                              
 
                              
 +
                            <div class="coll">
  
−
                            <div class="texttitle">Functional Organelles
+
                                <div class="content">
−
<a id="C"></a></div>
+
                                    <p>Carotene production and extraction test.
−
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#666666">
+
<br/><br/>
 +
Construction the control group plasmids of SPOT:<br/><br/>
 +
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-FKBP-yEGFP<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-yEGFP<br/>
 +
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SUMO-yEGFP<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-yEGFP<br/>
 +
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-FKBP-mCherry<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-mCherry<br/>
 +
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SUMO-mCherry<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-mCherry<br/>
 +
pNH603-H2A-CFP<br/><br/>
 +
 
 +
Joined the 5th CCiC at ShanghaiTech.
 +
</p>
 +
                                </div>
 +
                             </div>
 +
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">17</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.9.3-2018.9.9
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
 
                             <div class="coll">
 
                             <div class="coll">
 +
 
                                 <div class="content">
 
                                 <div class="content">
−
                                     <p>Since SPOT can form in the cell and be controlled, we go further to consider the functions of SPOT. The functions of SPOT can be descripted in three catalogs: Spatial segmentation, Sensor and metabolic regulation. We verified the spatial segmentation with the condensation of substrates, also we can load the protein we want by fusing it with nanobody. We then verified the sensor with detecting rapamycin and ABA, which shows strong relativity between the concentration and the proportion of yeasts with SPOT. To find the law behind metabolism in the SPOT, we fuse the enzymes that can produce β-carotene into SPOT and measure the difference between with or without SPOT in produce of β-carotene.</p>
+
                                     <p>Growth curve measurement of the SPOT system yeast. <br/>
 +
Characterization of the carotene production by SPOT system.  
 +
 
 +
 
 +
</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
−
                                                       
+
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
 +
                              <div class="ordi">18</div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.9.10-2018.9.16
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                           
 
                             <div class="coll">
 
                             <div class="coll">
−
Figure4 (organization hub)
 
−
Design of GFP-nanobody based system
 
−
fluorescence images of GFP-nanobody based system
 
−
Figure5 (sensor)
 
−
(a)~(?) fluorescence images of sensor based system
 
−
Figure6 (metabolism)
 
−
Characterization of carotene production system
 
−
（phase内和phase外的胡萝卜素生产实验）<br/><br/><br/><br/><br/>
 
  
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <p>The ability of phase separation induced by rapamycin in FKBP-Frb SPOT system test and longer time observation.<br/>
 +
Yeast fermentation test.
 +
 +
 +
 +
</p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
<div class="coll">
 +
                                <div class="info">
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                                <div class="content">
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                                    <h3>2018.9.17-2018.9.23
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</h3>
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                                </div>
 
                             </div>
 
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                            <div class="texttitle">Perspective
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                                <div class="content">
−
<a id="D"></a></div>
+
                                    <p>Completed the two kinds of fluorescence repeat in both FKBP-Frb and SUMO-SIM SPOT system.<br/>
−
                             <hr style="border:2px dashed; height:2px" color="#666666">
+
Carotene production and quantification test.<br/>
 +
<br/>
 +
 
 +
Construction yeast transformation plasmids of ABA induced SPOT system:<br/>
 +
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-ABI-yEGFP-HOTag3<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-PYL1-yEGFP-HOTag6<br/><br/>
 +
 
 +
Construction yeast transformation plasmids of GA induced SPOT system:<br/>
 +
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-GAI-yEGFP-HOTag3<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-GID-yEGFP-HOTag6<br/>
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 +
 
 +
 
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</p>
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                                </div>
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<div class="coll">
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                                <div class="info">
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                              <div class="ordi">20</div>
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                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.9.24-2018.9.30
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
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                            </div>
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                                 <div class="content">
 
                                 <div class="content">
−
                                     <p>SPOT has been well verified and has various functions. And in the future, this modular system will have great potential in science and practice using. SPOT can change the modules to gain more different properties like diverse inducing method, we can also use it as a platform and then load other protein with some interactions like the interaction between nanobody and GFP. What’s more, we might have the ability to form differernt SPOTs in the cell and regulate them respectively. The functions of SPOT can also diverse. We can build a real time sensor for molecule in living cells to monitoring the concentration changing in environment or in cells. More metabolism pathway can be test in SPOT and we will find some laws of the function of regulate the metabolism. To be summary, more achievement is coming true with SPOT.</p>
+
                                     <p>FRAP test of FKBP-Frb SPOT system.<br/>
 +
BioBrick submitted bioparts construction.
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</p>
 
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                                </div>
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                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.10.1-2018.10.7
 +
 
 +
</h3>
 +
                                </div>
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                            </div>
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                            <div class="coll">
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 +
                                <div class="content">
 +
                                    <p>Construction yeast transformation plasmids of GFP nanobody SPOT system:<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-GFPnanobody-HOTag3<br/><br/>
 +
 
 +
Construction yeast transformation plasmids of NAD sensor SPOT system:<br/>
 +
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-NAD1A-yEGFP-HOTag3<br/>
 +
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-NAD1B-yEGFP-HOTag6<br/>
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</p>
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                                </div>
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                              <div class="ordi">22</div>
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                                </div>
 +
                                <div class="content">
 +
                                    <h3>2018.10.8-2018.10.14
 +
 
 +
</h3>
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                                </div>
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                            </div>
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 +
                                    <p>Data collection and modeling processing.<br/>
 +
HPLC quantification of carotene.
 +
 
 +
 
 +
 
 +
</p>
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                              </div>
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                                </div>
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                                <div class="content">
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                                    <h3>2018.10.15-2018.10.17
 +
 
 +
</h3>
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                                </div>
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                            </div>
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                                <div class="content">
 +
                                    <p>WIKI and poster making.<br/>
 +
Presentation preparation.
 +
 
 +
 
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</p>                                </div>
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                         <span> &copy;2018 PEKING IGEM. All Rights Reserved.</span>
 
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                         <li><a href="http://getbootstrap.com/2.3.2/">Based on Bootstrap</a></li>
 
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+
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+
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−
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</html>
 
</html>

Latest revision as of 00:37, 18 October 2018

Notebook

Protocol

Carotene Extraction Protocol.pdf
Carotene Identification Protocol.pdf
Carotene Production Protocol.pdf
Molecular Cloning Plasmid extraction/DNA electrophoresis/DNA clean.pdf
Molecular Cloning Protocol DNA recombination.pdf
Cloning Protocol E.coli transformation.pdf
Molecular Cloning Protocol PCR.pdf
Yeast Transformation Protocol.pdf
Yeast Dry Weight and OD Measurement Protocol.pdf

Diary
0

2018.5.13

Confirmed project plan.
Prepared experiment equipment and reagents.

1

2018.5.14-2018.5.20

Molecular cloning test.
Yeast transformation test.

2

2018.5.21-2018.5.27

Modeling beginning.

3

2018.5.28-2018.6.3

Plasmid backbone propagation：
E. coli expression: pET-28a
yeast expression: pNH603, pNH604, pNH605, pNH606
Required gene segment synthesis beginning.

4

2018.6.4-2018.6.10

Gibson assembly, golden gate assembly, and other seamless cloning test.
IPTG induced expression test.

5

2018.6.11-2018.6.17

Restriction recombination test.
Began to construct SUMO-SIM system.

6

2018.6.18-2018.6.24

Construction E. coli expression plasmid：
pET-28a-FKBP-yEGFP-HOTag3
pET-28a-Frb-yEGFP-HOTag6

7

2018.6.25-2018.7.1

Fluorescence observation test.

8

2018.7.2-2018.7.8

Joined iGEM conference at Nankai University held by NKU_CHINA.

9

2018.7.9-2018.7.15

Construction yeast transformation plasmid of carotene synthesis:
pNH603-crtE/crtI/crtYB
pNH604-crtE/crtI/crtYB
pNH605-crtE/crtI/crtYB
pNH606-crtE/crtI/crtYB

10

2018.7.16-2018.7.22

Meeting up with Fudan-CHINA.
Insert 4 kinds of promoters PDH3, TEF1, Ura3, Tet07 into 4 kinds of yeast transformation plasmids pNH603, pNH604, pNH605, pNH606.

11

2018.7.23-2018.7.29

Construction yeast transformation plasmids of SPOT:
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-FKBP-yEGFP-HOTag3
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-yEGFP-HOTag6
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SUMO-yEGFP-HOTag3
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-yEGFP-HOTag6

12

2018.7.30-2018.8.5

Transferred FKBP-Frb SPOT system and SUMO-SIM SPOT system into yeast.
Nucleic localization test.
Fluorescence microscope observation and flow cytometry measurement of transformed yeast cell lines.

13

2018.8.6-2018.8.12

Rapamycin induction concentration test of FKBP-Frb SPOT system.

Construction yeast transformation plasmids of carotene production:
pNH603-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtI-HOTag6
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtE-HOTag6
pNH606-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtYB-HOTag6

Construction yeast transformation plasmids of light induced SPOT system:

pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-phyB-yEGFP-HOTag3
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-PIF-yEGFP-HOTag6
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-VVDn-yEGFP-HOTag3
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-VVDp-yEGFP-HOTag6

14

2018.8.13-2018.8.19

Carotene production and extraction test.

Construction yeast transformation plasmids of carotene production with SPOT:
pNH603--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtI-HOTag6
pNH605--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtE-HOTag6
pNH606--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtYB-HOTag6
pNH603--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtI-HOTag6
pNH605--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtE-HOTag6
pNH606--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtYB-HOTag6

15

2018.8.20-2018.8.26

Carotene production and extraction test.

Construction yeast transformation plasmids of carotene production with SPOT:
pNH603--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtI-HOTag6
pNH605--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtE-HOTag6
pNH606--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-crtYB-HOTag6
pNH603--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtI-HOTag6
pNH605--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtE-HOTag6
pNH606--PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-crtYB-HOTag6

16

2018.8.27-2018.9.2

Carotene production and extraction test.

Construction the control group plasmids of SPOT:

pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-FKBP-yEGFP
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-yEGFP
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SUMO-yEGFP
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-yEGFP
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-FKBP-mCherry
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-mCherry
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SUMO-mCherry
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-SIM-mCherry
pNH603-H2A-CFP

Joined the 5th CCiC at ShanghaiTech.

17

2018.9.3-2018.9.9

Growth curve measurement of the SPOT system yeast.
Characterization of the carotene production by SPOT system.

18

2018.9.10-2018.9.16

The ability of phase separation induced by rapamycin in FKBP-Frb SPOT system test and longer time observation.
Yeast fermentation test.

19

2018.9.17-2018.9.23

Completed the two kinds of fluorescence repeat in both FKBP-Frb and SUMO-SIM SPOT system.
Carotene production and quantification test.

Construction yeast transformation plasmids of ABA induced SPOT system:
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-ABI-yEGFP-HOTag3
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-PYL1-yEGFP-HOTag6

Construction yeast transformation plasmids of GA induced SPOT system:
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-GAI-yEGFP-HOTag3
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-GID-yEGFP-HOTag6

20

2018.9.24-2018.9.30

FRAP test of FKBP-Frb SPOT system.
BioBrick submitted bioparts construction.

21

2018.10.1-2018.10.7

Construction yeast transformation plasmids of GFP nanobody SPOT system:
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-Frb-GFPnanobody-HOTag3

Construction yeast transformation plasmids of NAD sensor SPOT system:
pNH604-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-NAD1A-yEGFP-HOTag3
pNH605-PDH3/TEF1/Ura3/Tet07-NAD1B-yEGFP-HOTag6

22

2018.10.8-2018.10.14

Data collection and modeling processing.
HPLC quantification of carotene.

23

2018.10.15-2018.10.17

WIKI and poster making.
Presentation preparation.