Difference between revisions of "Team:NCKU Tainan/Analysis"

 
(6 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 6: Line 6:
 
     <body data-spy="scroll" data-target=".navbar-example">
 
     <body data-spy="scroll" data-target=".navbar-example">
 
         <div class="container content">
 
         <div class="container content">
        <h1 class="head">CO<sub>2</sub> utilization result analysis</h1>
+
            <div class="headstyle">
 +
                <h1 class="head">CO<sub>2</sub> Utilization Result Analysis</h1>
 +
            </div>
 +
            <div class="righttitle">
 +
                <h6 class="subtitle">Let Numbers Talk</h6>
 +
            </div>
 
             <div class="navbar-example">
 
             <div class="navbar-example">
 
                 <div class="row">
 
                 <div class="row">
Line 24: Line 29:
 
                                 <div id="Analysis">
 
                                 <div id="Analysis">
 
                                     <h3>Analysis</h3>
 
                                     <h3>Analysis</h3>
                                     <p class="pcontent">There are three major questions we have answer in result analysis</p>
+
                                     <p class="pcontent">There are three major questions we have answered in result analysis</p>
 
                                     <ol>
 
                                     <ol>
 
                                         <li class="licontent"><a class="link" href="#CO2_uptake">How much CO<sub>2</sub> (air) uptake by engineering <i>E. coli</i>?</a></li>
 
                                         <li class="licontent"><a class="link" href="#CO2_uptake">How much CO<sub>2</sub> (air) uptake by engineering <i>E. coli</i>?</a></li>
Line 166: Line 171:
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <div class="col-12">
 
                                             <div class="col-12">
                                                 <p class="pcenter">Fig 2. result of xylose and pyruvate under A, B, C, time interval</p>
+
                                                 <p class="pcenter">Fig 2. Result of xylose and pyruvate under A, B, C, time interval</p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
Line 236: Line 241:
 
                                             <p class="pcontent">a:3PGA generated from the central pathway</p>
 
                                             <p class="pcontent">a:3PGA generated from the central pathway</p>
 
                                             <p class="pcontent">b:CO<sub>2</sub> fixed by the CO<sub>2</sub> bypass pathway</p>
 
                                             <p class="pcontent">b:CO<sub>2</sub> fixed by the CO<sub>2</sub> bypass pathway</p>
                                             <p class="pcontent">c:mol of 3PGA<sub>0</sub> into downstream</p>
+
                                             <p class="pcontent">c:mole of 3PGA<sub>0</sub> into downstream</p>
                                             <p class="pcontent">d : mol of 3PGA’ into downstream</p>
+
                                             <p class="pcontent">d : mole of 3PGA’ into downstream</p>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                     <p class="pcontent">To define the MFI<sub>CO<sub>2</sub></sub>, we use CO<sub>2</sub> fixed by the CO<sub>2</sub> bypass pathway,  
 
                                     <p class="pcontent">To define the MFI<sub>CO<sub>2</sub></sub>, we use CO<sub>2</sub> fixed by the CO<sub>2</sub> bypass pathway,  
 
                                         noted as b, divided by the 3PGA generated from the central pathway,  
 
                                         noted as b, divided by the 3PGA generated from the central pathway,  
                                         noted as a. We also assume c is mol of 3PGA¬0 and d is mol of 3PGA’ that channels into downsteam metabolism.  
+
                                         noted as a. We also assume c is mole of 3PGA¬0 and d is mole of 3PGA’ that channels into downsteam metabolism.  
                                         After metabolism, (a+b) mol of 3PGA<sub>0</sub> and b mol of 3PGA’ are generated.
+
                                         After metabolism, (a+b) mole of 3PGA<sub>0</sub> and b mole of 3PGA’ are generated.
 
                                     </p>
 
                                     </p>
 
                                     <p class="pcontent">Besides, X and Y represent the actual 3PGA detected from the original pathway and CO<sub>2</sub> bypass pathway,  
 
                                     <p class="pcontent">Besides, X and Y represent the actual 3PGA detected from the original pathway and CO<sub>2</sub> bypass pathway,  
Line 259: Line 264:
 
                                     <p class="pcontent">$${MFI(Metabolic \ flux \ index) = {b \over a} = {{0.97y-0.03x} \over {1.03x-0.97y}}}$$</p>
 
                                     <p class="pcontent">$${MFI(Metabolic \ flux \ index) = {b \over a} = {{0.97y-0.03x} \over {1.03x-0.97y}}}$$</p>
 
                                     <p class="pcontent">As a result, we only need the amount of 3PGA<sub>0</sub> and 3PGA’ to calculate MFI<sub>CO<sub>2</sub></sub>.  
 
                                     <p class="pcontent">As a result, we only need the amount of 3PGA<sub>0</sub> and 3PGA’ to calculate MFI<sub>CO<sub>2</sub></sub>.  
                                         Through modelling, we supply 0.4% xylose and 5% CO<sub>2</sub> to get the data of 3PGA<sub>0</sub> and 3PGA’,  
+
                                         Through modelling, we supply 4 (g/l) xylose and 5% CO<sub>2</sub> to get the data of 3PGA<sub>0</sub> and 3PGA’,  
 
                                         which helps us to adjust the rate between xylose and CO<sub>2</sub> sources.
 
                                         which helps us to adjust the rate between xylose and CO<sub>2</sub> sources.
 
                                     </p>
 
                                     </p>
 
                                     <div id="centerimg">
 
                                     <div id="centerimg">
 
                                         <img class="oneimg" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/cd/T--NCKU_Tainan--analysis_3PGA.png">
 
                                         <img class="oneimg" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/cd/T--NCKU_Tainan--analysis_3PGA.png">
                                         <p class="pcenter">Fig 6. The result of 3PGA produced form PP pathway (original metabolism) and from CO<sub>2</sub> bypass pathway.</p>
+
                                         <p class="pcenter">Fig 5. The result of 3PGA produced form PP pathway (original metabolism) and from CO<sub>2</sub> bypass pathway.</p>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                     <div class="card card-body">
 
                                     <div class="card card-body">
                                        <table>
+
                                      <p class="pcenter">Table 3 MFI<sub>CO<sub>2</sub></sub> at different time</p>
 +
                                        <table>
 
                                             <tr>
 
                                             <tr>
 
                                                 <th colspan="1">Time</th>
 
                                                 <th colspan="1">Time</th>
Line 285: Line 291:
 
                                             </tr>
 
                                             </tr>
 
                                         </table>
 
                                         </table>
                                         <p class="pcenter">Table 3 MFI<sub>CO<sub>2</sub></sub> at different time</p>
+
                                          
 
                                     </div>
 
                                     </div>
  
Line 301: Line 307:
 
                                         <div id="centerimg">
 
                                         <div id="centerimg">
 
                                             <img class="oneimg" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e6/T--NCKU_Tainan--kinetic_law_fig6.png">
 
                                             <img class="oneimg" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e6/T--NCKU_Tainan--kinetic_law_fig6.png">
                                             <p class="pcenter">Fig 7. pyruvate produced under different CO<sub>2</sub> uptake condition (model result)</p>
+
                                             <p class="pcenter">Fig 6. pyruvate produced under different CO<sub>2</sub> uptake condition (model result)</p>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
 
                                         <div id="centerimg">
 
                                         <div id="centerimg">
 
                                             <img class="oneimg" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/12/T--NCKU_Tainan--analysis_p3_cell_growth.png">
 
                                             <img class="oneimg" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/12/T--NCKU_Tainan--analysis_p3_cell_growth.png">
                                             <p class="pcenter">Fig 8. cell growth under different CO<sub>2</sub> conditions (experimental data)</p>
+
                                             <p class="pcenter">Fig 7. cell growth under different CO<sub>2</sub> conditions (experimental data)</p>
 +
                                            <p class="pcenter" style="font-size: 15px;">* LXSPC = Engineered <i>E. coli</i> contains PRK, Rubisco, and CA</p>
 +
 
 
                                         </div>
 
                                         </div>
 
                                         <p class="pcontent">The final goal of our project is to prove that our engineered <i>E. coli</i> could  
 
                                         <p class="pcontent">The final goal of our project is to prove that our engineered <i>E. coli</i> could  
Line 359: Line 367:
 
               }
 
               }
 
             } else {
 
             } else {
               if ($(this).scrollTop() >= 90) {
+
               if ($(this).scrollTop() >= 500) {
 
                 var position = $("#sidelist").position();
 
                 var position = $("#sidelist").position();
 
                 if(position == undefined){}
 
                 if(position == undefined){}

Latest revision as of 02:16, 18 October 2018

CO2 Utilization Result Analysis

Let Numbers Talk
Follow us

Contact us

igem.ncku.tainan@gmail.com
No.1, Daxue Rd., East Dist., Tainan City 701, Taiwan (R.O.C.)