Difference between revisions of "Team:NCKU Tainan/Protocol"

 
(188 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 2: Line 2:
  
 
<html>
 
<html>
 +
 
<head>
 
<head>
        <link rel="stylesheet" href="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/css/protocal?action=raw&ctype=text/css">
+
    <link rel="stylesheet" href="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/css/protocol_style?action=raw&ctype=text/css">
 
</head>
 
</head>
<body>
 
  
  <!--Page_Content-->
+
<body data-spy="scroll" data-target=".navbar-example">
  <div class="container content">
+
    <div class="container content">
    <div class="navbar-example">
+
         <div class="headstyle">
      <div class="row">
+
             <h1 class="head">Protocol</h1>
         <div class="col-2 side">
+
          <div id="sidelist" class="list-Fgroup">
+
             <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-1">Accomplishment</a>
+
            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-2">Introduction</a>
+
            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-3">Device design</a>
+
            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-4">Bioreactor</a>
+
            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-5">Nutrient tank</a>
+
            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#list-item-6">pH Meter</a>
+
            <a class="list-group-item list-group-item-action" href="#"><i class="fa fa-arrow-up fa-1x" aria-hidden="true"></i></a>
+
          </div>
+
 
         </div>
 
         </div>
         <div class="col-10">
+
         <div class="righttitle">
          <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
+
             <h6 class="subtitle">Read </h6>
             <div class="container">
+
              <h1 class="head2">Protocol</h1>
+
              <div id="list-item-1">
+
                <h3>Arduino1</h3>
+
               
+
              </div>
+
               
+
              <div id="list-item-2">
+
                <h3>Arduino</h3>
+
    <div>
+
        <div class="row">
+
            <a class="btn col-md-12" data-toggle="collapse" href="#test" role="button" aria-expanded="false"
+
                aria-controls="multiCollapseExample1">
+
                test
+
                <i class="fa fa-arrow-down fa-10" aria-hidden="true"></i>
+
            </a>
+
 
         </div>
 
         </div>
 +
        <div class="navbar-example">
 +
            <div class="row">
 +
                <div class="col-12">
 +
                    <div data-spy="scroll" data-target="#sidelist" data-offset="0" class="scrollspy-example">
 +
                        <div class="container">
 +
                            <div class="row">
 +
                                <div class="card-deck">
 +
                                    <div class="card col-md-4">
 +
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
 +
                                            data-target="#Dry_cell_weight">
 +
                                            <div class="post">
 +
                                                <span class="folded-corner"></span>
 +
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/1f/T--NCKU_Tainan--protocol_Dry_cell_weight.jpg"
 +
                                                    alt="Dry cell weight">
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">Dry Cell Weight</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="Dry_cell_weight" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">Dry Cell Weight
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Preculture the bacteria overnight in 4ml
 +
                                                            LB with selective antibiotic.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Refresh the precultured bacteria in 20 ml
 +
                                                            of M9 xylose in flask. </li>
 +
                                                        <li class="licontent">Culture the bacteria for 24 hr in normal
 +
                                                            incubator with 177 rpm and 37℃ condition in 24 hr.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Measure the optical density of the sample
 +
                                                            with 600 nm light wavelength, and then diluted the optical
 +
                                                            density value to 0.25 ,0.5, 0.75, 1 in 4ml of bacteria
 +
                                                            respectively.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Measure the weight of an empty eppendorf.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Transfer 4 ml of bacteria to eppendorf,
 +
                                                            and then centrifuge them at 16000xg for 3 min.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Put the eppendorfs in the 60℃
 +
                                                            high-temperature oven with cap opened for 12 hr.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Measure the net weight of the bacteria
 +
                                                            after 12 hr.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Analyze the dry cell weight and draw the
 +
                                                            regression line of it.</li>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
  
        <div class="collapse multi-collapse" id="test"">
+
                                    <div class="card col-md-4">
            <table class="card card-body">
+
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
                 <tr>
+
                                            data-target="#Minimal_Salts_Medium_Xylose_Preparation">
                     <th></th>
+
                                            <div class="post">
                     <th>20 μl system</th>
+
                                                <span class="folded-corner"></span>
                    <th>50 μl system</th>
+
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/4f/T--NCKU_Tainan--protocol_M9_Medium_Xylose_Preparation.jpg"
                </tr>
+
                                                    alt="assay">
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">Minimal Salts (M9) Medium Xylose Preparation</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="Minimal_Salts_Medium_Xylose_Preparation" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">Minimal Salts (M9) Medium Xylose Preparation
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <p class="blackp">
 +
                                                        M9 medium contains essential salts and nitrogen.
 +
                                                        It contains 33.9 g/L Na<sub>2</sub>HPO<sub>4</sub>·7H<sub>2</sub>O,
 +
                                                        15 g/L KH<sub>2</sub>PO<sub>4</sub>, 5 g/L NH<sub>4</sub>Cl and
 +
                                                        2.5 g/L NaCl;
 +
                                                        suitable for recombinant <i>E. coli</i> strains
 +
                                                    </p>
 +
                                                    <ul>
 +
                                                        <li class="licontent">Minimal salts (M9) medium is suitable for
 +
                                                            non-selective cultivation of <i>E. coli</i> strains for
 +
                                                            cloning,
 +
                                                            production of DNA, plasmid DNA and recombinant proteins.
 +
                                                        </li>
 +
                                                        <li class="licontent">Suitable for selective cultivation when
 +
                                                            appropriate antibiotics are added.</li>
 +
                                                    </ul>
 +
                                                    <table class="centertable">
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <th>Substances</th>
 +
                                                            <th></th>
 +
                                                            <th>Volume in ml</th>
 +
                                                            <th>Volume(M)</th>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td colspan="2">M9 salt solution (10X)</td>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                            <td>Na<sub>2</sub>HPO<sub>4</sub></td>
 +
                                                            <td rowspan="4">100</td>
 +
                                                            <td>33.7 mM</td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                            <td>KH<sub>2</sub>PO<sub>4</sub></td>
 +
                                                            <td>22.0 mM</td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                            <td>NH<sub>4</sub>Cl</td>
 +
                                                            <td>9.35 mM</td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                            <td>NaCl</td>
 +
                                                            <td>8.55 mM</td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>20% xylose</td>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                            <td>20</td>
 +
                                                            <td>0.4 %</td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>1 M MgSO<sub>4</sub></td>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                            <td>1</td>
 +
                                                            <td>1 mM</td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>1 M CaCl<sub>2</sub></td>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                            <td>0.3</td>
 +
                                                            <td>0.3 mM</td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <!--tr>
 +
                                                                <td>biotin (1 mg/ml)</td>
 +
                                                                <td></td>
 +
                                                                <td>1</td>
 +
                                                                <td>1 µg</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>thiamin (1 mg/ml)</td>
 +
                                                                <td></td>
 +
                                                                <td>1</td>
 +
                                                                <td>1 µg</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>trace elements solution (100X)</td>
 +
                                                                <td></td>
 +
                                                                <td>1</td>
 +
                                                                <td>1X</td>
 +
                                                            </tr-->
 +
                                                    </table>
 +
                                                    <ol>
 +
                                                        <li class="licontent">M9 salt solution (10X)</li>
 +
                                                        <p class="blackp">Na<sub>2</sub>HPO<sub>4</sub>·2H<sub>2</sub>O
 +
                                                            75.2 g/L</p>
 +
                                                        <p class="blackp">KH<sub>2</sub>PO<sub>4</sub> 30 g/L</p>
 +
                                                        <p class="blackp">NaCl 5 g/L</p>
 +
                                                        <p class="blackp">NH<sub>4</sub>Cl 5 g/L</p>
 +
                                                        <p class="blackp">- Dissolve the salts in 800 ml water</p>
 +
                                                        <p class="blackp">- Add water to a final volume of 1 L</p>
 +
                                                        <p class="blackp">- Autoclave for 15 min at 121°C</p>
  
                <tr>
+
                                                        <li class="licontent">20% Xylose</li>
                     <td>Template</td>
+
                                                        <p class="blackp">- Add 100 g xylose to 440 ml water</p>
                     <td>12~20 ng</td>
+
                                                        <p class="blackp">- Add water to final volume 500ml</p>
                    <td>30~50 ng</td>
+
                                                        <p class="blackp">- Autoclave for 15 min at 121°C</p>
                </tr>
+
  
                 <tr>
+
                                                        <li class="licontent">1 M MgSO<sub>4</sub></li>
                     <td>Forward primer</td>
+
                                                        <p class="blackp">- Dissolve 24.65 g MgSO<sub>4</sub>-7H<sub>2</sub>O
                     <td>1.0 μl</td>
+
                                                            in 87 ml water</p>
                    <td>2.5 μl</td>
+
                                                        <p class="blackp">- Add water to final volume 100ml</p>
                </tr>
+
                                                        <p class="blackp">- Autoclave for 15 min at 121°C</p>
  
                <tr>
+
                                                        <li class="licontent">1 M CaCl<sub>2</sub></li>
                     <td>Reverse primer</td>
+
                                                        <p class="blackp">- Dissolve 14.70 g CaCl<sub>2</sub>-2H<sub>2</sub>O
                     <td>1.0 μl</td>
+
                                                            in 94.5 ml water</p>
                    <td>2.5 μl</td>
+
                                                        <p class="blackp">- Autoclave for 15 min at 121°C</p>
                </tr>
+
  
                 <tr>
+
                                                        <!--li class="licontent">Biotin (1 mg/ml)</li>
                     <td>dNTP</td>
+
                                                            <p class="blackp">- Dissolve 50 mg biotin in 45 ml water</p>
                     <td>1.6 μl</td>
+
                                                            <p class="blackp">- Add small aliquots of 1N NaOH until the biotin has dissolved</p>
                    <td>4.0 μl</td>
+
                                                            <p class="blackp">- Add water to final volume 50ml</p>
                </tr>
+
                                                            <p class="blackp">- Sterilize the solution over a 0.22-µM filter</p>
 +
                                                            <p class="blackp">- Prepare 1 ml aliquots and store at -20°C</p>
  
                <tr>
+
                                                            <li class="licontent">Thiamin (1 mg/ml)</li>
                     <td>10x Buffer</td>
+
                                                            <p class="blackp">- Dissolve 50 mg thiamin-HCl in 45 ml water</p>
                     <td>2.0 μl</td>
+
                                                            <p class="blackp">- Add water to a final volume of 50 ml</p>
                    <td>5.0 μl</td>
+
                                                            <p class="blackp">- Sterilize the solution over a 0.22-µm filter</p>
                </tr>
+
                                                            <p class="blackp">- Prepare 1 ml aliquots and store at -20°C</p>
            </table>
+
  
            <table class="card card-body">
+
                                                            <li class="licontent">100X trace elements solution</li>
                 <tr>
+
                                                            <p class="blackp">498 mg FeCl<sub>3</sub> (anhydrous)</p>
                     <th>Temperature</th>
+
                                                            <p class="blackp">84 mg ZnCl<sub>2</sub></p>
                     <th>Time</th>
+
                                                            <p class="blackp">765 µl 0.1 M CuCl<sub>2</sub>-2H<sub>2</sub>O 1.70 g/100 ml</p>
                    <th></th>
+
                                                            <p class="blackp">210 µl 0.2 M CoCl<sub>2</sub>-6H<sub>2</sub>O 4.76 g/100 ml</p>
                </tr>
+
                                                            <p class="blackp">1.6 ml 0.1 M H<sub>3</sub>BO<sub>3</sub> 0.62 g/100 ml</p>
 +
                                                            <p class="blackp">8.1 µl 1 M MnCl<sub>2</sub>-4H<sub>2</sub>O 19.8 g/100 ml</p-->
 +
                                                    </ol>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
  
                <tr>
+
                                    <div class="card col-md-4">
                     <td>94 ℃</td>
+
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
                     <td>3 min.</td>
+
                                            data-target="#PRK_Toxicity_Test">
                    <td rowspan="3">25~30 cycles</td>
+
                                            <div class="post">
                </tr>
+
                                                <span class="folded-corner"></span>
 +
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/d/d9/T--NCKU_Tainan--protocol_PRK_Toxicity_Test.jpg"
 +
                                                    alt="Total solution">
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">PRK Toxicity Test</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="PRK_Toxicity_Test" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">PRK Toxicity Test
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Preculture the bacteria overnight in 4ml
 +
                                                            LB with antibiotic.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Refresh the precultured bacteria in 4ml
 +
                                                            of M9 xylose in test tube.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Culture in the normal incubator for 12 hr
 +
                                                            with 177 rpm</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Measure the optical density of the sample
 +
                                                            with 600 nm light wavelength at the beginning (0 hr) , and
 +
                                                            also measure them after 12 hr. All samples should be
 +
                                                            measured in triplicate.</li>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
  
                 <tr>
+
                            <div class="row">
                     <td>94 ℃</br>(Denaturation)</td>
+
                                <div class="card-deck">
                     <td>40 sec</td>
+
                                    <div class="card col-md-4">
                </tr>
+
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
 +
                                            data-target="#DNS_Reductive_Sugar_Measurement">
 +
                                            <div class="post">
 +
                                                <span class="folded-corner"></span>
 +
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/99/T--NCKU_Tainan--protocol_DNS.jpg"
 +
                                                    alt="DNS">
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">DNS Reductive Sugar Measurement</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="DNS_Reductive_Sugar_Measurement" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">DNS Reductive Sugar Measurement
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <h3>DNS solution preparation:</h3>
 +
                                                    <ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Disolve 2.5g of 3,5-Dinitrosalicylic acid
 +
                                                            (DNS) to 150ml double distilled water.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Heat to solution to 45 degree Celsius and
 +
                                                            add 4g of NaOH. Stir the solution until it is transparent.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Add 75g of potassium sodium tartrate and
 +
                                                            add water to 250 ml.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Keep the solution without light exposure.
 +
                                                            The solution can be used after 7 days.</li>
 +
                                                    </ol>
  
                <tr>
+
                                                    <h3>Principle:</h3>
                     <td>57.5 ℃</br>(Annealing)</td>
+
                                                    <p class="blackp">
                     <td>30 sec</td>
+
                                                        Under base solution, DNS will turn to brown color while
                </tr>
+
                                                        reacting with reductive sugar in high temperature. In the
 +
                                                        specific temperature
 +
                                                        range, the color will have linear relationship with the
 +
                                                        reductive sugar concentration.
 +
                                                    </p>
  
                 <tr>
+
                                                    <h3>Calibration:</h3>
                     <td>72 ℃</br>(Extension)</td>
+
                                                    <ol>
                     <td>Depend on sequence size</br>(2 kbp/min. for Taq)</td>
+
                                                        <li class="licontent">Prepare glucose or xylose water solution
                    <td></td>
+
                                                            to the following
                </tr>
+
                                                            concentration: 0, 0.2, 0.4, 0.8, 1.0, 1.2, 1.6, 2 g/L.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Take 200 ul of sample, add 200 ul of DNS
 +
                                                            solution.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Heat the sample at 100 degree Celsius for
 +
                                                            10mins.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Cool down the sample with ice to room
 +
                                                            temperature.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Measure the optical density of the sample
 +
                                                            with 540nm light wavelength.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Draw the graph of sugar concentration
 +
                                                            with respect to optical density.</li>
 +
                                                    </ol>
  
                <tr>
+
                                                    <h3>Calibration results:</h3>
                     <td>72 ℃</td>
+
                                                    <img class="contentimg" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/fa/T--NCKU_Tainan--home_42846829_332575510640801_8298239152197992448_n.png">
                     <td>5 min.</td>
+
                                                    <h3>Measurement:</h3>
                    <td></td>
+
                                                    <ol>
                </tr>
+
                                                        <li class="licontent">Take 200 ul of sample, add 200 ul of DNS
 +
                                                            solution.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Heat the sample at 100 degree Celsius for
 +
                                                            10mins.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Cool down the sample with ice to room
 +
                                                            temperature.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Measure the optical density of the sample
 +
                                                            with 540nm light wavelength.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Get the concentration of reductive sugar
 +
                                                            from the Calibration graph.</li>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
  
                <tr>
+
                                    <div class="card col-md-4">
                     <td>4 ℃</td>
+
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
                     <td></td>
+
                                            data-target="#Short_term">
                    <td></td>
+
                                            <div class="post">
                </tr>
+
                                                <span class="folded-corner"></span>
 +
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/10/T--NCKU_Tainan--protocol_short_term.jpg"
 +
                                                    alt="Short term">
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">Short Term pH Sensing Systen Measurement</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="Short_term" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">Short Term pH Sensing Systen Measurement
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Preculture the bacteria o/n in LB, and
 +
                                                            prepared 8 different
 +
                                                            (pH4, 4.25, 4.5, 4.75, 5, 5.5, 6,7) pH value of M9 buffer.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Culture the bacteria in 6 ml LB with
 +
                                                            selective antibiotic to O.D. 0.6 (about 1.5-2hr)</li></br>
 +
                                                        <li class="licontent">Divide 6 ml of bacteria into 8
 +
                                                            eppendorfs, and centrifuged them at 1300 rpm
 +
                                                            for 1 mins in 37 , then discard the supernatant
 +
                                                            completely.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Add 700 μl per different pH value of M9
 +
                                                            buffer into 8 different eppendorfs,
 +
                                                            respectively . And resuspend the cells completely by
 +
                                                            pipetting.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Add 200 μl of bacteria in 96 well (This
 +
                                                            step need triple repetition.)</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Measure the O.D.595 nm at the first and
 +
                                                            the last time point , and the
 +
                                                            fluorescence value (485-535nm ) at every 180 sec, within 30
 +
                                                            mins.</li>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
  
            </table>
+
                                    <div class="card col-md-4">
 +
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
 +
                                            data-target="#Long_term_pH_alert_system_measurement">
 +
                                            <div class="post">
 +
                                                <span class="folded-corner"></span>
 +
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/b2/T--NCKU_Tainan--protocol_Long_term.jpg"
 +
                                                    alt="Long term">
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">Long Term pH Sensing System Measurement</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="Long_term_pH_alert_system_measurement" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">Long Term pH Sensing System Measurement
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Preculture the bacteria o/n in LB, and
 +
                                                            prepared 8 different
 +
                                                            (pH4, 5, 6, 7) pH value of M9 buffer.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Add 1/100 of the bacteria in 20 ml of
 +
                                                            different pH value of M9 buffer with
 +
                                                            selective antibiotic.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Culture the bacteria in the incubator in
 +
                                                            37℃for 24 hr.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Measure the O.D. value (595 nm) and the
 +
                                                            fluorescence value (485-535nm ) at every 1 hr , within 24
 +
                                                            hr.</li>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
  
 +
                            <div class="row">
 +
                                <div class="card-deck">
 +
                                    <div class="card col-md-4">
 +
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
 +
                                            data-target="#Total_Solution">
 +
                                            <div class="post">
 +
                                                <span class="folded-corner"></span>
 +
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/84/T--NCKU_Tainan--protocol_total_solution.png"
 +
                                                    alt="Total solution">
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">Total Solution</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="Total_Solution" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">Total Solution
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Preculture the bacteria overnight by
 +
                                                            picking up a colony in 4ml LB with antibiotic.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Culture the bacteria in 30 ml LB by
 +
                                                            adding 1/100 of precultured broth, and selective antibiotic
 +
                                                            to log phase(about 3 hr).</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Centrifuge them in 22℃ ,3200xg for 5
 +
                                                            minutes , then refresh by the M9 medium with 4%xylose and
 +
                                                            0.1%LB.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Culture the bacteria for 24 hr in both O<sub>2</sub>
 +
                                                            and 5%CO<sub>2</sub> incubator, and test the O.D. value at
 +
                                                            every 6 hours.</li>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
  
        </div>
+
                                    <div class="card col-md-4">
    </div>
+
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
              </div>
+
                                            data-target="#Carbonic_Anhydrase_Activity_Assay">
 +
                                            <div class="post">
 +
                                                <span class="folded-corner"></span>
 +
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7b/T--NCKU_Tainan--protocol_Carbonic_anhydrase_activity_assay.jpg"
 +
                                                    alt="assay">
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">Carbonic Anhydrase Activity Assay</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="Carbonic_Anhydrase_Activity_Assay" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">Carbonic Anhydrase Activity Assay
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <h3>Materials:</h3>
 +
                                                    <p class="blackp">
 +
                                                        pH meter, enzyme samples, magnetic stirrer, saturated CO2
 +
                                                        solution, 20 mM Tris-HCl
 +
                                                        buffer (pH8.3), 20mL borosilicate glass vial
 +
                                                    </p>
 +
                                                    <h3>Method:</h3>
 +
                                                    <ul>
 +
                                                        <li class="licontent">Saturated CO2 solution preparation</li>
 +
                                                        <p class="blackp">Dissolve gaseous CO2 into deionized water (on
 +
                                                            ice) until it is saturated. (At least 30 min)</p>
 +
                                                        <li class="licontent">20 mM Tris HCl buffer (pH8.3) preparation</li>
 +
                                                        <ol>
 +
                                                            <li class="licontent">Dissolve 121.14 g Tris in 800 ml
 +
                                                                deionized water.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Add a pH meter into the solution to
 +
                                                                observe the pH.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Slowly add concentrated hydrochloric
 +
                                                                acid (HCl) solution to reduce the pH to
 +
                                                                8.3. Be careful not to add too much at a time, since
 +
                                                                the pH will change rapidly.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Once the desired pH has been reached,
 +
                                                                top up the solution to 1 L using deionized water.</li>
 +
                                                        </ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Performing Blank Reaction</li>
 +
                                                        <ol start="5">
 +
                                                            <li class="licontent">Add 9 mL ice-cold Tris−HCl (20 mM,
 +
                                                                pH8.3) buffer into a 20 mL borosilicate
 +
                                                                glass vial with further incubation at 0 °C with
 +
                                                                stirring.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Add 6 mL of ice-cold CO2-saturated
 +
                                                                solution immediately into the vial.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Record the time course, T<sub>0</sub>
 +
                                                                (in sec) of pH decrease from 8.3 to
 +
                                                                6.3. The pH meter must be preset to 0°C and calibrated.</li>
 +
                                                        </ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Performing Test-Sample Reaction</li>
 +
                                                        <ol start="8">
 +
                                                            <li class="licontent">Mix 9 mL ice-cold Tris−HCl (20 mM,
 +
                                                                pH8.3) buffer and 0.2 mL enzyme, transfer
 +
                                                                the mixture to a 20 mL borosilicate glass vial with
 +
                                                                further incubation at 0 °C with stirring.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Add 6 mL of ice-cold CO2-saturated
 +
                                                                solution immediately into the vial.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Record the time course, T (in sec) of
 +
                                                                pH decrease from 8.3 to 6.3. The pH
 +
                                                                meter must be preset to 0°C and calibrated.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Calculate CA activity using a
 +
                                                                Wilbur–Anderson unit (WAU) per milliliter of sample.</li>
 +
                                                        </ol>
 +
                                                    </ul>
 +
                                                    <h3>Calculation:</h3>
 +
                                                    <div>
 +
                                                        <p class="blackp">
 +
                                                            Units/ml of enzyme = (T<sub>0 Average</sub> - T<sub>Average</sub>
 +
                                                            ) (df) / (T<sub>Average</sub> )(E)
 +
                                                        </p>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <p class="blackp">T = Time (in seconds) required for pH to change
 +
                                                        from 8.3 to 6.3 as per Unit Definition</p>
 +
                                                    <p class="blackp">df = dilution factor</p>
 +
                                                    <p class="blackp">E= volume (in milliliters) of enzyme used</p>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
  
              <div id="list-item-3">
+
                                    <div class="card col-md-4">
                <h3>Arduino</h3>
+
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
             
+
                                            data-target="#Competent_Cell_Preparation">
              </div>
+
                                            <div class="post">
 +
                                                <span class="folded-corner"></span>
 +
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/38/T--NCKU_Tainan--protocol_competent.jpg"
 +
                                                    alt="Total solution">
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">Competent Cell Preparation</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="Competent_Cell_Preparation" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">Competent Cell Preparation
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <p class="blackp">For <i>E. coli</i> DH5α,BL21(DE3) and W3100(DE3)
 +
                                                        competent cell</p>
 +
                                                    <ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Streak out wild type <i>E. coli</i> on a
 +
                                                            plate (LB plate without antibiotics) overnight
 +
                                                            and pick one colony into 3 ml of media (LB) and grow
 +
                                                            overnight.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Transfer 0.4 ml of starter culture into
 +
                                                            40 ml of fresh LB and grow culture at 37 ℃.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">When the OD600 nm up to 0.35, put the
 +
                                                            cells on ice immediately.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Spin the cells at 4℃ for 10 minutes at
 +
                                                            4000 rpm.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Suspend the pellet on ice carefully with
 +
                                                            16 ml chilly Transformation Buffer 1(TFB1).</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Leave nicely suspended bugs on ice for 10
 +
                                                            minutes.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Spin the cells at 4℃ for 10 min. at 4000
 +
                                                            rpm.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Suspend the pellet on ice with 1.6 ml of
 +
                                                            Transformation Buffer 2 (TFB2).</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Leave on immediately on ice for 30
 +
                                                            minutes.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Aliquot 100 μl into 1.5 ml centrifuge
 +
                                                            tubes and snap freeze immediately with liquid nitrogen.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Store the frozen cells in the -80℃
 +
                                                            freezer.</li>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
  
              <div id="list-item-4">
+
                            <div class="row">
                <h3>Arduino</h3>
+
                                <div class="card-deck">
               
+
                                    <div class="card col-md-4">
              </div>
+
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
            </div>
+
                                            data-target="#PCR">
          </div>
+
                                            <div class="post">
        </div>
+
                                                <span class="folded-corner"></span>
      </div>
+
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/01/T--NCKU_Tainan--protocol_PCR.jpg"
    </div>
+
                                                    alt="PCR">
  </div>
+
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">PCR</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="PCR" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">PCR
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Gently mix the following reaction by
 +
                                                            pipetting and centrifuge briefly.</li>
 +
                                                        <table class="centertable">
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <th></th>
 +
                                                                <th>20 μl system</th>
 +
                                                                <th>50 μl system</th>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>Template</td>
 +
                                                                <td>12~20 ng</td>
 +
                                                                <td>30~50 ng</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>Forward primer</td>
 +
                                                                <td>1.0 μl</td>
 +
                                                                <td>2.5 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>Reverse primer</td>
 +
                                                                <td>1.0 μl</td>
 +
                                                                <td>2.5 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>dNTP</td>
 +
                                                                <td>1.6 μl</td>
 +
                                                                <td>4.0 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>10x Buffer</td>
 +
                                                                <td>2.0 μl</td>
 +
                                                                <td>5.0 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                        </table>
 +
                                                        <p class="blackp">Program of KOD DNA polymerase</p>
 +
                                                        <table class="centertable">
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <th>Temperature</th>
 +
                                                                <th>Time</th>
 +
                                                                <th>Repeat</th>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>94 ℃</td>
 +
                                                                <td>3 min.</td>
 +
                                                                <td></td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>94 ℃</br>(Denaturation)</td>
 +
                                                                <td>40 sec</td>
 +
                                                                <td rowspan="3">25~30 cycles</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>57.5 ℃</br>(Annealing)</td>
 +
                                                                <td>30 sec</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>72 ℃</br>(Extension)</td>
 +
                                                                <td>Depend on sequence size</br>(2 kbp/min. for Taq)</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>72 ℃</td>
 +
                                                                <td>5 min.</td>
 +
                                                                <td></td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>4 ℃</td>
 +
                                                                <td>∞</td>
 +
                                                                <td></td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                        </table>
 +
                                                        <li class="licontent">Confirm the size of the digested product
 +
                                                            by gel electrophoresis.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Gel purification of the target size.</li>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
  
<style>
+
                                    <div class="card col-md-4">
 +
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
 +
                                            data-target="#Plasmid_Construction">
 +
                                            <div class="post">
 +
                                                <span class="folded-corner"></span>
 +
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/41/T--NCKU_Tainan--protocol_plasmid.jpg"
 +
                                                    alt="Plasmid Construction">
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">Plasmid Construction</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="Plasmid_Construction" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">Plasmid Construction
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <div id="Plasmid_Construction">
 +
                                                        <ol>
 +
                                                            <li class="licontent">Digestion (vector)</li>
 +
                                                        </ol>
 +
                                                        <table class="centertable">
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <th>Plasmid</th>
 +
                                                                 <th>200 ng</th>
 +
                                                                <th>1000 ng</th>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>EcoRI-HF</td>
 +
                                                                <td>0.2 μl</td>
 +
                                                                <td>1 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>SpeI-HF</td>
 +
                                                                <td>0.2 μl</td>
 +
                                                                <td>1 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>CutSmart Buffer</td>
 +
                                                                <td>2 μl</td>
 +
                                                                <td>5 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>ddH<sub>2</sub>O</td>
 +
                                                                <td>17.6 μl</td>
 +
                                                                <td>43 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td><b>Total</b></td>
 +
                                                                <td><b>20 μl</b></td>
 +
                                                                <td><b>50 μl</b></td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>Digestion at 37℃ for 2.5hr</td>
 +
                                                                <td></td>
 +
                                                                <td></td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                        </table>
 +
                                                        <ol start="2">
 +
                                                            <li class="licontent">Digestion (insert)</li>
 +
                                                        </ol>
 +
                                                        <table class="centertable">
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <th>Plasmid</th>
 +
                                                                <th>200 ng</th>
 +
                                                                <th>1000 ng</th>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>EcoRI-HF</td>
 +
                                                                <td>0.2 μl</td>
 +
                                                                <td>1 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>XbaI</td>
 +
                                                                <td>0.2 μl</td>
 +
                                                                <td>1 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>CutSmart Buffer</td>
 +
                                                                <td>2 μl</td>
 +
                                                                <td>5 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>ddH<sub>2</sub>O</td>
 +
                                                                <td>17.6 μl</td>
 +
                                                                <td>43 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td><b>Total</b></td>
 +
                                                                <td><b>20 μl</b></td>
 +
                                                                <td><b>50 μl</b></td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>Digestion at 37℃ for 2.5hr</td>
 +
                                                                <td></td>
 +
                                                                <td></td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                        </table>
 +
                                                        <ol start="3">
 +
                                                            <li class="licontent">Confirm the size of the digested
 +
                                                                product by gel electrophoresis.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Gel purification of the target size.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Ligation</li>
 +
                                                        </ol>
 +
                                                        <table class="centertable">
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <th>Ingredient</th>
 +
                                                                <th>Volume</th>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>Vector (2 kbp)</td>
 +
                                                                <td rowspan="2">molar ratio = 1:3</br>(can be up to
 +
                                                                    1:10, depends on the sizes of DNA)</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>Insert (1.5 kbp)</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>Quick Ligase Reaction Buffer (2X)*</td>
 +
                                                                <td>10 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>Quick Ligase</td>
 +
                                                                <td>1 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>ddH<sub>2</sub>O</td>
 +
                                                                <td>Up to 20 μl</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                        </table>
 +
                                                        <ol start="6">
 +
                                                            <li class="licontent">Transform the product by heat shock.</li>
 +
                                                        </ol>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
  
  .head2 {
+
                                    <div class="card col-md-4">
      color: white;
+
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
      width: 26%;
+
                                            data-target="#PCR_Clean_Up">
      font-size: 50px;
+
                                            <div class="post">
      /* font-weight: 700; */
+
                                                <span class="folded-corner"></span>
      border-bottom: 10px solid #7ae26f !important;
+
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/34/T--NCKU_Tainan--protocol_PCR_cleanup.jpg"
      position: relative;
+
                                                    alt="Clean Up">
    }
+
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">PCR Clean-Up & Gel Extraction</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="PCR_Clean_Up" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">PCR Clean-Up & Gel Extraction
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <h3>Gel Dissociation</h3>
 +
                                                    <ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Gel Extraction</li>
 +
                                                        <ol>
 +
                                                            <li class="licontent">Excised the DNA fragment from the
 +
                                                                agarose gel.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Transferred up to 300 mg of the gel
 +
                                                                slice to a 1.5 ml microcentrifuge tube.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Added 500 μl of the Gel/PCR Bufffer
 +
                                                                to the sample and mixed by vortex.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Incubate at 55~60℃ for 10 minutes (or
 +
                                                                until the gel slice has completely dissolved).</li>
 +
                                                            <li class="licontent">During the incubation, mixed by
 +
                                                                vortexing the tube every 2~3 minutes.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Cooled the dissolved sample mixture
 +
                                                                to the room temperature.</li>
 +
                                                        </ol>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                    <h3>DNA Binding</h3>
 +
                                                    <ol start="2">
 +
                                                        <li class="licontent">Placed a PG Column in a Collection Tube.
 +
                                                            Apply the supernatant to the PG Column by decanting or
 +
                                                            pipetting.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Discarded the flow-through and place the
 +
                                                            PG Column back into the same collection tube.</li>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                    <h3>Wash</h3>
 +
                                                    <ol start="5">
 +
                                                        <li class="licontent">Added 400 μl of the Buffer W1 into the PG
 +
                                                            Column.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Discarded the flow-through and place the
 +
                                                            PG Column back into the same collection tube.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Added 600 μl of the Buffer W2 (ethanol
 +
                                                            added) into the PG Column.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Centrifuged at 16,000 xg for 30 seconds.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Discarded the flow-through and place the
 +
                                                            PG Column back into the same collection tube.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Centrifuged at 16,000 xg again for 2
 +
                                                            minutes to remove the residual Buffer W2.</li>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                    <h3>Elution</h3>
 +
                                                    <ol start="12">
 +
                                                        <li class="licontent">To elute the DNA, placed the PG Column in
 +
                                                            a clean 1.5 ml microcentrifuge tube.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Added 50 μl of the H<sub>2</sub>O (pH is
 +
                                                            between 7.0 and 8.5) to the center of each PG
 +
                                                            Column, let it stand for at least 2 minutes, and centrifuge
 +
                                                            at 16,000 xg for 2 min.
 +
                                                        </li>
 +
                                                    </ol>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-footer">
 +
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
  
  /* paragraph content*/
+
                            <div class="row">
  h10 {
+
                                <div class="card-deck">
    color: white;
+
                                    <div class="card col-md-4">
    font-size: 1.4rem;
+
                                        <div class="action-button" type="button" class="btn btn-primary" data-toggle="modal"
    line-height: 150%;
+
                                            data-target="#Plasmid_Extraction">
  }
+
                                            <div class="post">
 +
                                                <span class="folded-corner"></span>
 +
                                                <img class="card-img-top" src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/1a/T--NCKU_Tainan--protocol_extraction.jpg"
 +
                                                    alt="Extraction">
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="card-body">
 +
                                                <h5 class="card-title">Plasmid Extraction</h5>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="modal" id="Plasmid_Extraction" tabindex="-1" role="dialog">
 +
                                        <div class="modal-dialog" role="document">
 +
                                            <div class="modal-content">
 +
                                                <div class="modal-header">Plasmid Extraction
 +
                                                    <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close">
 +
                                                        <span aria-hidden="true">&times;</span>
 +
                                                    </button>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="modal-body">
 +
                                                    <ol>
 +
                                                        <li class="licontent">Transfer 1.4 ml of well-grown bacterial
 +
                                                            culture to a centrifuge tube.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Centrifuge the tube at 16,000 xg for 1
 +
                                                            minute to pellet the cells and
 +
                                                            discard the supernatant completely.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Add 200 µl of FAPD1 Buffer (RNaseA added)
 +
                                                            to the cell pellet and resuspend
 +
                                                            the cells completely by pipetting.</li>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li class="licontent">Make sure that RNaseA has been added
 +
                                                                into FAPD1 Buffer when first use.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">No cell pellet should be visible
 +
                                                                after resuspension of the cells.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                        <li class="licontent">Add 200 µl of FAPD2 Buffer and gently
 +
                                                            invert the tube 5 ~ 10 times.
 +
                                                            Incubate the sample mixture at room temperature for 2 ~ 5
 +
                                                            minutes to lyse the cells.
 +
                                                        </li>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li class="licontent">Do not vortex, vortex may shear
 +
                                                                genomic DNA. If necessary, continue
 +
                                                                inverting the tube until the lysate become clear.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Make sure the tube transfer to
 +
                                                                clarify from turbid.</li>
 +
                                                            <li class="licontent">Do not proceed with the incubation
 +
                                                                over 5 minutes.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                        <li class="licontent">Add 300 µl of FAPD3 Buffer and invert the
 +
                                                            tube 5 ~ 10 times immediately to neutralize the lysate.</li>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li class="licontent">Invert immediately after adding FAPD3
 +
                                                                Buffer will avoid asymmetric precipitation.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                        <li class="licontent">Centrifuge at 16,000 xg for 3 minutess.
 +
                                                            to clarify the lysate. During
 +
                                                            centrifugation, place a FAPD Column in a Collection Tube.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Transfer the supernatant carefully to the
 +
                                                            FAPD Column and centrifuge at
 +
                                                            16,000 xg for 1 minute. Discard the flow-through and place
 +
                                                            the column back to the Collection Tube.</li>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li class="licontent">Do not transfer any white pellet into
 +
                                                                the column.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                        <li class="licontent">Add 400 µl of W1 Buffer to the FAPD
 +
                                                            Column and centrifuge at 16,000 xg for 1
 +
                                                            minute. Discard the flow-through and place the column back
 +
                                                            to the Collection Tube.</li>
 +
                                                        <li class="licontent">Add 600 µl of Wash Buffer to the FAPD
 +
                                                            Column and centrifuge at 16,000 xg for
 +
                                                            1 minute. Discard the flow-through and place the column
 +
                                                            back to the Collection Tube.</li>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li class="licontent">Make sure that ethanol (96 ~ 100 %)
 +
                                                                has been added into Wash Buffer when first use.</li>
 +
                                                        </ul>
  
body {
+
                                                        <li class="licontent">Centrifuge at 16,000 xg for an additional
    background-color: #272625;
+
                                                            3 minutes to dry the FAPD Column.</li>
  }
+
                                                        <ul>
 +
                                                            <li class="licontent">Important step! The residual liquid
 +
                                                                should be removed thoroughly on this step.</li>
 +
                                                        </ul>
  
 
+
                                                        <li class="licontent">Place the FAPD Column to a new 1.5 ml
p {
+
                                                            microcentrifuge tube.</li>
  color: white;
+
                                                        <li class="licontent">Add 30 µl of Elution Buffer or ddH<sub>2</sub>O
  font-size: 20px;
+
                                                            to the membrane center of the FAPD
}
+
                                                            Column. Stand the column for 3 minute.
 
+
                                                        </li>
h3 {
+
                                                        <ul>
  color: white;
+
                                                            <li class="licontent">Important step! For effective
  font-size: 35px;
+
                                                                elution, make sure that the elution solution is
}
+
                                                                dispensed on the membrane center and is absorbed
 
+
                                                                completely.</li>
  .navbar {
+
                                                            <li class="licontent">Do not elute the DNA using less than
    padding-top: 10px;
+
                                                                suggested volume (50 µl). It will lower the final
    margin-bottom: 0;
+
                                                                yield.</li>
  }
+
                                                        </ul>
  .navbar-brand {
+
                                                        <li class="licontent">Centrifuge at 16,000 xg for 3 minute to
    font-size: 30px;
+
                                                            elute plasmid DNA and store the DNA at -20 ℃. </li>
  }
+
                                                    </ol>
  .nav-link {
+
                                                </div>
    font-size: 20px;
+
                                                <div class="modal-footer">
  }
+
                                                    <button type="button" class="btn btn-secondary" data-dismiss="modal">Close</button>
  a.dropdown-item {
+
                                                </div>
    color: #4F7F52;
+
                                            </div>
  }
+
                                        </div>
  a.dropdown-item:active {
+
                                    </div>
    background-color: #4F7F52;
+
                                    <div class="card col-md-4 disappear" style="background-color: #272625; border-style: none;"></div>
  }
+
                                    <div class="card col-md-4 disappear" style="background-color: #272625; border-style: none;"></div>
  .caret {
+
                                </div>
    display: inline-block;
+
                            </div>
    width: 0;
+
                        </div>
    height: 0;
+
                    </div>
    margin-left: 2px;
+
                </div>
    vertical-align: middle;
+
            </div>
    border-top: 4px solid;
+
        </div>
    border-right: 4px solid transparent;
+
     </div>
    border-left: 4px solid transparent;
+
    <script>
  }
+
  /*滑到navbar就展開*/
+
  .dropdown-menu li:hover .sub-menu {visibility: visible;}
+
  .dropdown:hover .dropdown-menu {display: block;}
+
 
+
  .head {
+
    color: white;
+
    width: 50%;
+
    font-size: 50px;
+
    font-weight: 700;
+
    border-bottom: 10px solid #7ae26f;
+
    position: relative;
+
    margin-top: 100px;
+
  }
+
  .container.content {
+
    margin-top: 80px;
+
  }
+
 
+
  @media (min-width: 992px) {
+
    .navbar {
+
      padding-left: 80px;
+
      padding-right: 80px;
+
    }
+
  }
+
  @media (max-width: 768px) {
+
    .navbar-right form {
+
      display: none;
+
    }
+
  }
+
  @media (max-width: 568px) {
+
    footer {
+
      text-align: center;
+
    }
+
    .list-group {
+
      display: none;
+
    }
+
  }
+
 
+
  /*folded-corner*/
+
  .post {
+
    position: relative;
+
  }
+
  .folded-corner {
+
    position: absolute;
+
    bottom: 0px; 
+
    right: 0px;
+
    border-width: 0;
+
    border-style: solid;
+
    background: hsla(260,100%,100%,0.2);
+
    box-shadow: 0px -4px 0px rgba(0,0,0,0.3), -1px -4px 0px rgba(0,0,0,0.1);
+
    border-radius: 15px 0 0 0;
+
    border-color: transparent #B9DEBB transparent transparent;
+
    transition: border-width 0.2s ease-out;
+
  }
+
  .post:hover .folded-corner {
+
    border-width: 40px 40px 0 0;
+
  }
+
  .photo .folded-corner {
+
    background: hsla(260,5%,75%,0.5);
+
  }
+
 
+
  [class*="col-"] {
+
    float: left;
+
    padding: 13px;
+
  }
+
  a.list-group-item:visited {
+
    color: white;
+
  }
+
  a:hover {
+
    background-color: transparent;
+
  }
+
  .list-group {
+
    margin-top: 100px;
+
  }
+
  .col-2.side {
+
    padding: 0;
+
  }
+
  .list-group-item {
+
    padding: .55rem .35rem;
+
    background-color: #272625;
+
    color: white;
+
    border: none;
+
    font-size: 19px;
+
  }
+
  a.list-group-item.list-group-item-action {
+
    background-color: transparent;
+
  }
+
  a.list-group-item.list-group-item-action:hover {
+
    color: #98CC9B;
+
  }
+
  a.list-group-item.list-group-item-action.active {
+
    background-color: transparent;
+
    color: #7ae26f;
+
  }
+
  .scrollspy-example h4{
+
    font-size: 2rem;
+
  }
+
 
+
 
+
 
+
  img.contentimg {
+
      width: 100%;
+
      margin: 20px 0;
+
  }
+
  a.link {
+
      font-size: 30px;
+
      color: #4F7F52;
+
  }
+
  #list-item-1 {
+
      padding-top: 0px;
+
  }
+
  #list-item-2 {
+
      padding-top: 0px;
+
  }
+
  #list-item-3 {
+
    padding-top: 0px;
+
  }
+
  #list-item-4 {
+
    padding-top: 0px;
+
  }
+
  #list-item-5 {
+
    padding-top: 0px;
+
  }
+
  a.reference {
+
    color: #4F7F52;
+
  }
+
 
+
  .btn {
+
    background-color: #98CC9B;
+
    color: #272625;
+
    border: none;
+
    font-size: 1.5rem;
+
  }
+
  .btn:hover {
+
    color: white;
+
    background-color: transparent;
+
    border-color: transparent;
+
    border-bottom: 3px;
+
    border-bottom-color: #98CC9B;
+
    border-bottom-style: solid;
+
    border-radius: 0rem;
+
  }
+
  .btn.focus, .btn:focus {
+
    box-shadow: none;
+
  }
+
  td {
+
    text-align: center;
+
    color: black !important;
+
    border: 2px solid black !important;
+
    background-color: white !important;
+
  }
+
  table {
+
     border: 3px solid white;
+
    text-align: center;
+
    width: 100%;
+
  }
+
  th {
+
    background-color: #262624 !important;
+
    color: white !important;
+
    border: 2px solid white !important;
+
    font-size: 20px;
+
    padding: 10px 10px !important;
+
  }
+
  .bbg td {
+
    background-color: #262624 !important;
+
    color: white !important;
+
    border: 2px solid rgba(255, 255, 255, 0.5) !important;
+
    padding: 5px 0 !important;
+
  }
+
  table.bbg {
+
    border: 3px solid rgba(255, 255, 255, 0.5);
+
  }
+
  .card {
+
    background-color: transparent;
+
    border: 0;
+
  }
+
  .card-body {
+
    padding: 1rem 0;
+
    border: none !important;
+
  }
+
 
+
</style>
+
 
+
      <script>
+
 
         $(document).ready(function () {
 
         $(document).ready(function () {
          $(window).scroll(function () {
+
            $(window).scroll(function () {
            if ($(this).scrollTop() >= 90) {
+
                var scrollPercentage = (document.documentElement.scrollTop + document.body.scrollTop) /
              var position = $("#sidelist").position();
+
                    (document.documentElement.scrollHeight - document.documentElement.clientHeight);
              if (position == undefined) {} else {
+
                if (scrollPercentage >= 0.95) {
                $('#sidelist').css({
+
                    var position = $("#sidelist").position();
                  "position": "fixed",
+
                    if (position == undefined) {} else {
                  "top": "145px",
+
                        $('#sidelist').css({
                  "margin-top": "0px"
+
                            "position": "fixed",
 +
                            "top": "105px"
 +
                        });
 +
                    }
 +
                } else {
 +
                    if ($(this).scrollTop() >= 50) {
 +
                        var position = $("#sidelist").position();
 +
                        if (position == undefined) {} else {
 +
                            $('#sidelist').css({
 +
                                "position": "fixed",
 +
                                "top": "145px",
 +
                                "margin-top": "0px"
 +
                            });
 +
                        }
 +
                    } else {
 +
                        $('#sidelist').removeAttr('style');
 +
                    }
 +
                }
 +
            });
 +
            $(function () {
 +
                $('i.fa-arrow-up').click(function () {
 +
                    $('html, body').animate({
 +
                        scrollTop: 0
 +
                    }, 600);
 +
                    return false;
 
                 });
 
                 });
              }
 
            } else {
 
              $('#sidelist').removeAttr('style');
 
            }
 
          });
 
          $(function () {
 
            $('i.fa-arrow-up').click(function () {
 
              $('html, body').animate({
 
                scrollTop: 0
 
              }, 600);
 
              return false;
 
 
             });
 
             });
          });
 
 
         });
 
         });
      </script>
+
    </script>
      <script src="https://2018.igem.org/Team:NCKU_Tainan/js/frame/T--NCKU_Tainan--jquery-1_12_4_min_js?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
+
    <script src="https://2018.igem.org/Team:NCKU_Tainan/js/frame/T--NCKU_Tainan--jquery-1_12_4_min_js?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
      <script src="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/js/bootstrap_min_js?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
+
    <script src="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/js/bootstrap_min_js?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
      <script src="https://2018.igem.org/Template:NCKU_Tainan/js/model?action=raw&amp;ctype=text/javascript"></script>
+
      <script src='https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/mathjax/2.7.5/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML' async></script>
+
 
+
 
</body>
 
</body>
  
 
</html>
 
</html>
 
{{NCKU_Tainan/footer}}
 
{{NCKU_Tainan/footer}}

Latest revision as of 00:20, 3 November 2018

Protocol

Read
Follow us

Contact us

igem.ncku.tainan@gmail.com
No.1, Daxue Rd., East Dist., Tainan City 701, Taiwan (R.O.C.)