Difference between revisions of "Team:SJTU-BioX-Shanghai/Adhesion"

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             <p>The major equations used in locomotion model was:</p>
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<p>$$\rho \frac{\partial u_{fluid} }{\partial t}+\rho (u_{fluid}\cdot \triangledown )=\triangledown \cdot [-pI+\mu (\triangledown u_{fluid}+(\triangledown u_{fluid})^{T}]+F+\rho g $$ (1) <p>
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<p>$$\rho \frac{\partial ^{2}u_{solid}}{\partial t^{2}}= \triangledown \cdot \left ( F S \right )^{t}+F_{v}, F=I+\triangledown u_{solid} $$(2) <p>
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Revision as of 23:22, 17 October 2018

Adhesion Model

Overview

The locomotion and adhesion of E.coli in real human body were too complex to describe and to detect, whereas the adhesion to detachment ratio was essential for our engineered E.coli’s specific binding performance to lesions. Therefore, we want to simulate the those process through in silico modeling.

The major two questions we want to ask are:

  • 1. How would microbe move in the mucus layer.
  • 2. To which extent engineered E.coli could specifically bind to CRC lesions.

Assumptions

  • 1. The fluid environment of colon was laminar flow with 1 atm Pa. .
  • 2. The elastic properties of E.coli was mainly defined by peptidoglycan layer.
  • 3. The force field in colon was in macro scale.

Section3

The major equations used in locomotion model was:

$$\rho \frac{\partial u_{fluid} }{\partial t}+\rho (u_{fluid}\cdot \triangledown )=\triangledown \cdot [-pI+\mu (\triangledown u_{fluid}+(\triangledown u_{fluid})^{T}]+F+\rho g $$ (1)

$$\rho \frac{\partial ^{2}u_{solid}}{\partial t^{2}}= \triangledown \cdot \left ( F S \right )^{t}+F_{v}, F=I+\triangledown u_{solid} $$(2)

$$S=S_{ad}+\jmath _{i}F^{-T}_{ineI}\left ( C:\epsilon _{eI} \right )F^{-1}_{ineI}, \epsilon _{eI}=\frac{1}{2}\left ( F^{T_{eI}}F_{eI}-I \right ), F_{eI}=FF^{-1}_{ineI}$$ (3)

$$ S_{ad}=S_{0}+S_{ext}+S_ $$ (4)

$$ \epsilon =\frac{1}{2}[(\triangledown u_{solid})^{T}+\triangledown u_{solid}+(\triangledown u_{solid})^{T}\triangledown u_{solid}] $$ (5)

$$ C=C(E,\vartheta )$$ (6)

2018 Interlab Plate Reader Protocol
Protocols/Transformation

section4

xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx The figure template is here.

Fig 1.The locomotion of particle in laminar flow.

xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx xxx.

Fig 2. Illustration of bacteria loaded hydrogel.

The table template is here.

Table 1. Colony forming units per 0.1 OD600

samples dilution factor CFU/mL
8×104 8×105 8×106
1.1 TNTC 48 11 3.84E+07
1.2 248 41 10 3.28E+07
1.3 172 54 5 4.32E+07
2.1 TNTC 143 20 1.14E+08
2.2 TNTC 153 25 1.22E+08
2.3 TNTC 151 18 1.21E+08
3.1 TNTC 119 16 9.52E+07
3.2 TNTC 125 19 1.00E+08
3.3 TNTC 89 18 7.12E+07
4.1 TNTC 209 16 1.67E+08
4.2 TNTC 130 17 1.04E+08
4.3 TNTC 164 10 1.31E+08

Section5

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