Difference between revisions of "Team:Pasteur Paris/TrainingThomas2"

Line 1: Line 1:
−
{{Pasteur_Paris/Fonts}}
+
{{Pasteur_Paris/MenuBlock}}
−
{{Pasteur_Paris/Menu}}
+
 
<html>
 
<html>
 +
    <style type="text/css">
 +
        #runningchip {
 +
            left: 245px;
 +
        }
 +
        #labwork_small {
 +
            background-color: #292929;
 +
        }
 +
        #banner {
 +
            background-image: ;
 +
        }
 +
        @media screen and (max-width: 760px) {
 +
            #banner {
 +
                background-image: ;
 +
        }
 +
    </style>
  
−
<style type="text/css">  
+
    <style>
 +
        .vignette {                            /*element that contains ONE vignette*/
 +
            height:20em;
 +
            width:20em;
 +
            margin:0;
 +
            position:relative;
 +
            display: inline-block;
 +
        }
 +
        .vignette_for {              /*foreground part of the vignettes, gets transparent*/
 +
            width: 15em;
 +
            height: 16em;
 +
            position:absolute;
 +
            left:2.5em;
 +
            top:2em;
  
 +
            z-index:2;
 +
            border: 1px solid #333;
 +
            border-radius:20px;
 +
            background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/cd/T--Pasteur_Paris--Logo-Neuronarch_gradient.jpg");
 +
            background-size:100%;
  
 +
            pointer-events:none;
  
 +
            -webkit-transition: opacity 0.7s;
 +
            -moz-transition: opacity 0.7s;
 +
            -o-transition: opacity 0.7s;
 +
            transition: opacity 0.7s;
 +
        }
 +
        #for_0 {
 +
            background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/aa/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chips-Fabrication.jpg");
 +
        }
 +
        #for_1 {
 +
            background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/8a/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chip-Demolding.jpg");
 +
        }
 +
        #for_2 {
 +
            background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/a9/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chip-Bonding.jpg");
 +
        }
 +
        #for_3 {
 +
            background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/a1/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chip-Treatment-Neuron.jpg");
 +
        }
 +
        #for_10 {
 +
            background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/2d/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Microchannel-Chip-Mold-Fabrication.jpg");
 +
        }
 +
        .vignette_back {          /*background part of the vignettes, picture*/
 +
            width: 15em;
 +
            height: 16em;
 +
            position:absolute;
 +
            left:2.5em;
 +
            top:2em;
  
 +
            cursor:pointer;
  
−
#banner {
+
            z-index: 1;
−
width: 100%;
+
            border: 1px solid #333;
−
height: 350px;
+
            border-radius: 20px;
−
background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/5/53/T--Pasteur_Paris--BannerHome1.png");
+
            background-size:100%;
−
background-repeat: no-repeat;
+
        }
−
background-attachment: fixed;
+
        #back_0 {
−
background-size: 100%;
+
            background-image:url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/03/T--Pasteur_Paris--PDMS_prep.jpg");
−
}
+
        }
 +
        #back_1 {
 +
            background-image:url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/8e/T--Pasteur_Paris--PDMS_chip_demolding.jpg");
 +
        }
 +
        #back_2 {
 +
            background-image:url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e9/T--Pasteur_Paris--PDMS_chip_bonding.jpg");
 +
        }
 +
        .vignette_text {            /*small panel that slides down on the vignettes*/
 +
            width: 17em;
 +
            height: 3em;
 +
            position:absolute;
 +
            top:4em;
 +
            left:1.5em;
  
−
#banner h1 {
+
            z-index: 3;
−
text-align: center;
+
            border-radius:10px;
−
color: white;
+
            border: 1px solid #333;
−
padding-top: 250px;
+
            background-color:white;
−
}
+
            box-shadow: 2px 2px 3px grey;
 +
            opacity: 0.8;
  
 +
            pointer-events:none;
 +
            -webkit-transition: top 0.7s, opacity 0.7s;
 +
            -moz-transition: top 0.7s, opacity 0.7s;
 +
            -o-transition: top 0.7s, opacity 0.7s;
 +
            transition: top 0.7s, opacity 0.7s;
 +
        }
 +
        .panel {
 +
            width: 90%;
 +
            padding: 0px 18px;
 +
            background-color: white;
 +
            max-height: 0;
 +
            text-align:left;
 +
            overflow: hidden;
 +
            -webkit-transition: max-height 0.7s;
 +
            -moz-transition: max-height 0.7s ;
 +
            -o-transition: max-height 0.7s ;
 +
            transition: max-height 0.7s ;
 +
            -moz-border-image: -moz-linear-gradient(left, #C6234A 0%, #3C519F 100%);
 +
            -webkit-border-image: -webkit-linear-gradient(left, #C6234A 0%, #3C519F 100%);
 +
            -o-border-image: -o-linear-gradient(left, #C6234A 0%, #3C519F 100%);
 +
            border-image: linear-gradient(to right, #C6234A 0%, #3C519F 100%);
 +
            border-image-slice: 1;
 +
        }
 +
        .close_button {
 +
            width:3em;
 +
            height:3em;
 +
            z-index:6;
 +
            position:relative;
 +
            float: right;
 +
            margin-top: 1em;
 +
            background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/d/d3/T--Pasteur_Paris--Cross.png");
 +
            background-size:100%;
 +
            opacity:0.3;
 +
            border-radius:4px;
  
−
#GeneralContent {
+
            cursor:pointer;
−
position:relative;
+
        }
−
width: 100%;
+
        .close_button:hover {
 +
            opacity:1;
 +
        }
  
−
}
+
        .close_button:active {
 +
            background-color:#3C519F;
 +
            opacity:0.2;
 +
                }
 +
        .protocol_box {
 +
            border: 0.2em solid #AF3D57;
 +
            width:15em;
 +
        }
 +
        #vign_0 {
 +
            order:3;
 +
        }
 +
        #vign_1 {
 +
            order:4;
 +
        }
 +
        #vign_2 {
 +
            order:5;
 +
        }
 +
        #vign_3 {
 +
            order:9;
 +
        }
 +
        #vign_10 {
 +
            order:3;
 +
        }
 +
        #vign_20 {
 +
            order:3;
 +
        }
 +
        #pan_0 {
 +
            order:6;
 +
        }
 +
        #pan_1 {
 +
            order:7;
 +
        }
 +
        #pan_2 {
 +
            order:8;
 +
        }
 +
        #pan_3 {
 +
            order:10;
 +
        }
 +
        #pan_10 {
 +
            order:4;
 +
        }
 +
        #pan_20 {
 +
            order:4;
 +
        }
 +
        @media screen and (max-width: 850px) and (min-width: 572px) {
 +
            #pan_0 {
 +
                order: 5;
 +
            }
 +
            #pan_1 {
 +
                order: 6;
 +
            }
 +
            #vign_2 {
 +
                order: 7;
 +
            }
 +
            #vign_3 {
 +
                order: 8;
 +
            }
 +
            #pan_2 {
 +
                order: 9;
 +
            }
 +
            #pan_3 {
 +
                order: 10;
 +
            }  
  
−
#MainContent {
+
            #vign_10 {
−
max-width: 1100px;
+
                order: 3;
−
margin: auto;
+
            }
−
padding-top: 10%;
+
            #pan_10 {
−
padding-bottom: 10%;
+
                order: 4;
−
text-align: center;
+
            }  
−
}
+
  
 +
            #vign_20 {
 +
                order: 3;
 +
            }
 +
            #pan_20 {
 +
                order: 4;
 +
            }
 +
        }
 +
      @media screen and (max-width: 572px) {
 +
            #pan_0 {
 +
                order: 4;
 +
            }
 +
            #vign_1 {
 +
                order: 5;
 +
            }
 +
            #pan_1 {
 +
                order: 6;
 +
            }
 +
            #vign_2 {
 +
                order: 7;
 +
            }
 +
            #pan_2 {
 +
                order: 8;
 +
            }
 +
            #vign_3 {
 +
                order: 9;
 +
            }
 +
            #pan_3 {
 +
                order: 10;
 +
            }
  
 +
            #vign_10 {
 +
                order: 3;
 +
            }
 +
            #pan_10 {
 +
                order: 4;
 +
            }
  
−
footer {
+
            #vign_20 {
−
background-color: #303E91;
+
                order: 3;
−
height: 70px;
+
            }
−
width: 100%;
+
            #pan_20 {
−
bottom: 0%;
+
                order: 4;
−
left: 0%;
+
            }           
−
}
+
        }
 +
    </style>
  
−
.block {
+
    <div id="banner">
−
display: inline-block;
+
        <h1>EXPERIMENTS</h1>
−
vertical-align: middle;
+
    </div>
−
margin: auto;
+
−
margin-top: 2%;
+
−
margin-bottom: 2%;
+
−
}
+
  
−
.block.title {
+
    <div id="GeneralContent">
−
width: 94%;
+
        <div id="MainContent">
−
margin-bottom: 10%;
+
−
}
+
  
−
.block.two-third {
 
−
width: 60%;
 
−
}
 
  
−
.block.two-third.center {
 
−
width: 60%;
 
−
}
 
  
−
.block.one-third {
 
−
width: 30%;
 
−
}
 
  
−
.block.full {
 
−
width: 90%;
 
−
}
 
  
−
.block.separator {
 
−
height: 1px;
 
−
margin-top: 10%;
 
−
margin-bottom: 10%;
 
−
}
 
  
−
.block.separator-mark {
+
        <div class="block title">
−
height: 2px;
+
            <h1> PROTOCOLS </h1>
−
width: 70%;
+
        </div>
−
margin-top: 15%;
+
−
margin-bottom: 20%;
+
−
background-color: black;
+
−
opacity: 0.3;
+
−
}
+
  
−
.legend p {
 
−
text-indent: 0px;
 
−
font-size: 0.8em;
 
−
}
 
  
−
p {
 
−
text-align: justify;
 
−
text-indent: 30px;
 
−
font-family: 'Raleway', Arial, sans-serif;
 
−
}
 
  
−
img {
 
−
width: 100%;
 
−
}
 
  
−
a img:hover {
 
−
opacity: 0.4;
 
−
}
 
  
−
@media only screen and (max-width: 1000px) {
 
−
.block.two-third, .block.one-third {width: 44%; margin-left: 2%; margin-right: 2%;}
 
−
.block.two-third.center, .block.full, .block.separator, .block.title {width: 92%; margin-left: 4%; margin-right: 4%;}
 
−
#banner h1 {padding-top: 175px;}
 
−
}
 
  
−
@media only screen and (max-width: 500px) {
 
−
.block.two-third, .block.one-third, .block.two-third.center, .block.full, .block.separator, .block.title {width: 96%; margin-left: 2%; margin-right: 2%;}
 
−
#Menu {display:none;}
 
−
#Menu-mobile-bar{display: block;}
 
−
#banner h1 {padding-top: 100px;}
 
−
}
 
  
−
</style>
 
  
−
             <div id="banner">
+
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
       
 +
        <div class="block separator-mark">
 +
        </div>
 +
       
 +
        <div class="block full" style="display:flex;flex-flow: row wrap;justify-content:center;margin:auto;">
 +
 
 +
            <h2 style="order:1;">Microfluidics: general protocols</h2>
 +
 
 +
            <p style="text-indent:0px;order:2;margin:2em;">PDMS (Polydimethylsiloxane) is a widely used polymer in microfluidics, for its biocompatibility and transparence, among other qualities. Here we show how to prepare PDMS for microfluidic chips, as well as how to demold them, bond them to other surfaces and treat them for neuron growth. Also, we explain how our molds and chips were fabricated.</p>                         
 +
 
 +
 
 +
             <div class="vignette" id="vign_0">
 +
                <div class="vignette_for" id="for_0">
 +
                </div>
 +
 
 +
                <div class="vignette_back" id="back_0">
 +
                </div>
 +
 
 +
                <div class="vignette_text">
 +
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;" >PDMS Chips Fabrication</p>
 +
                </div>
 
             </div>
 
             </div>
  
−
             <div id="GeneralContent">
+
             <div class="vignette" id="vign_1">
 +
                <div class="vignette_for" id="for_1">
 +
                </div>
 
                  
 
                  
−
                 <div id="MainContent">
+
                 <div class="vignette_back" id="back_1">
 +
                </div>
 +
               
 +
                <div class="vignette_text">
 +
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Chip Demolding</p>
 +
                </div>
 +
            </div>
  
−
                    <div class="block two-third">
+
            <div class="vignette" id="vign_2">
−
                        <h1>Context: why prosthetics and biocompatibility?</h1>
+
                <div class="vignette_for" id="for_2">
−
                        <p> In today’s society where equal access to means and opportunities is a priority, disabled citizens need to be given better tools for their daily lives. In this context, prosthetics and implants will become more and more sophisticated and we think it is necessary to develop a system to enhance the interface between the implanted-human and the mechanical component thanks to synthetic biology. One of the main actor obstructing the improvement in this domain is the connection between the nerves and the controllers. In addition, the development of bacterial biofilms on prosthetics or on other implantable devices is a major health risk. Biofilms are tolerated as they can evade the immune system. However, they may become colonized by other organisms such as S. aureus or microscopic fungi. They are responsible for chronic infections with more than 200 000 people in need of re-intervention on their devices just in the USA 1 . Some of the possible remedies include improving of the interface at the nerve or prosthetics junction, and secondly preventing this interface from getting infected by other pathogenic bacteria.</p>
+
                </div>
−
                    </div>
+
               
 +
                <div class="vignette_back" id="back_2">
 +
                </div>
 +
               
 +
                <div class="vignette_text">
 +
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Chip Bonding</p>
 +
                </div>
 +
            </div>
  
−
                    <div class="block one-third">
+
            <div class="vignette" id="vign_3">
−
                        <img src=""> <!-- METTRE PHOTO CONTEXT -->
+
                <div class="vignette_for" id="for_3">
−
                        <div class="legend">
+
                </div>
−
                            <p><b>Figure 1 : </b></p>
+
               
−
                        </div>
+
                <div class="vignette_back" id="back_3">
−
                    </div>
+
                </div>
 +
               
 +
                <div class="vignette_text">
 +
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Chip Treatment for Nerve Growth</p>
 +
                </div>
 +
            </div>
  
−
                    <div class="block separator">
+
            <div class="vignette_back" style="display:none">
−
                    </div>
+
            </div>
 +
            <div class="close_button"  style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="vignette_back" style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="close_button"  style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="vignette_back" style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="close_button"  style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="vignette_back" style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="close_button"  style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="vignette_back" style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="close_button"  style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="vignette_back" style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="close_button"  style="display:none">
 +
            </div>
  
−
                    <div class="block title"><h1>Our project NeuronArch</h1></div>
 
  
−
                    <div class="block two-third center">
 
−
                        <p>With NeuronArch, instead of combating the biofilm, we will develop an innovative system by subverting it. To achieve this, we will deliberately coat the implant with a genetically modified lab-grown E. coli that would serve as an interface between the synthetic prosthesis and organic tissues. </p>
 
−
                        <p>By doing so, our innovative biofilm would be capable of promoting neural connections. Secondly, it will fight other invasive pathogenic bacteria and reduce the risk of formation of an infectious biofilm. To do so, we will test the capacity of neuronal cells to grow and redirect towards a specific target under the influence of our biofilm. Then, we will test the capacity of our biofilm to diminish an invasive bacterial population in an in vitro culture titration.</p>
 
−
                    </div>
 
−
                   
 
−
                    <div class="block full">
 
−
                        <img src=""> <!-- METTRE PHOTO EQUIPE -->
 
−
                        <div class="legend">
 
−
                            <p><b>Figure 3 : </b>This is us</p>
 
−
                        </div>
 
−
                    </div>
 
  
  
 +
            <div class="panel" id="pan_0" style="text-align:left;">
 +
                <div class="close_button">
 +
                </div>
 +
                <br>
 +
                <h3>Materials</h3>
 +
                <ul>
 +
                    <li> Sylgard 184 Elastomer Kit  (Sigma-aldrich, 761036-5EA)  </li>
 +
                    <li> Vacuum pump unit (Vacuubrand PC 3 RZ 2.5) </li>
 +
                    <li> Stove (Memmert UM 400) </li>
 +
                </ul>
 +
                <br>
 +
                <h3>Protocol</h3>
 +
                <p>According to <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://static.igem.org/mediawiki/igem.org/2/29/T--Technion_Israel-HardwarespecsPDMS.pdf">manufacturer's instruction</a>. <br>
 +
                <ul>
 +
                    <li> Mix monomer and curing agent (10:1 proportion) for 30 seconds  </li>
 +
                    <li> Use a vacuum pump unit and a  vacuum bell jar to extract air bubbles until the mixture is clear </li>
 +
                    <li> Pour mixture onto mold </li>
 +
                    <li> Put mixture+mold in stove at 70 degrees Celsius for 3 hours </li>
 +
                </ul>
 +
                <br>
 +
                <div class="protocol_box">
 +
                    <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
 +
                </div>
 +
                <br>
 +
            </div>
  
 +
            <div class="panel" id="pan_1"  style="text-align:left;">
 +
                <div class="close_button">
 +
                </div>
 +
                <br>
 +
                <h3>Materials</h3>
 +
                <ul>
 +
                    <li> Razor blade (OEMTOOLS 25181 Razor Blades, 100 Pack)  </li>
 +
                    <li> Biopsy puncher (Kai Biopsy Punch 4mm )  </li>
 +
                </ul>
 +
                <br>
 +
                <h3>Protocol</h3>
 +
                <br>
 +
                <ul>
 +
                    <li> Cut the borders of the chip with the razor blade  </li>
 +
                    <li> Extract the chip from its mold </li>
 +
                    <li> Drill input and output holes with the biopsy puncher </li>
 +
                </ul>
 +
                <br>
 +
                <div class="protocol_box">
 +
                    <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
 +
                </div>
 +
                <br>
 +
            </div>
  
 +
            <div class="panel" id="pan_2"  style="text-align:left;">
 +
                <div class="close_button">
 +
                </div>
 +
                <br>
 +
                <h3>Materials</h3>
 +
                <ul>
 +
                    <li>  Plasma cleaner (Diener Pico PCCE)  </li>
 +
                    <li>  Distilled water (Fisherbrand, CAS number 7732-18-5)  </li>
 +
                    <li>  Isopropanol (Fisherbrand, CAS number 67-63-0)  </li>
 +
                    <li>  Office duct tape </li>
 +
                    <li>  Vertical laminar airflow cabinets (Euroclone aura vertical S.D.4) </li>
 +
                </ul>
 +
                <br>
 +
                <h3>Protocol</h3>
 +
                <br>
 +
                <ul>
 +
                    <li> Take chip and the surface it needs to be bonded to into the airflow cabinet  </li>
 +
                    <li> Clean chip with duct tape and isopropanol </li>
 +
                    <li> Put the chip and the surface into the plasma cleaner. </li>
 +
                    <li> Expose chip and surface 30 seconds to plasma. </li>
 +
                    <li> Take the chip and the surface back in the airflow cabinet </li>
 +
                    <li> Press the microfluidic chip against the surface </li>
 +
                    <li> Insert distilled water into chip circuitry </li>
  
−
                    <div class="block title"><h1>Références</h1></div>
+
                <br>
 +
                <div class="protocol_box">
 +
                    <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
 +
                </div>
 +
                    <br>  
 +
            </div>
  
−
                    <div class="block full">
+
            <div class="panel" id="pan_3"  style="text-align:left;">
−
                        <p>1: Treatment of Infections Associated with Surgical Implants, Darouiche R. New England Journal of Medicine (2004)</p>
+
                <div class="close_button">
−
                     </div>
+
                </div>
 +
                <br>
 +
                <h3>Materials</h3>
 +
                <ul>
 +
                    <li>  Poly-D-Lysine solution 1.0 mg/mL (Sigma aldrich, A-003-E) </li>
 +
                     <li>  Laminin (Sigma aldrich, Laminin from Engelbreth-Holm-Swarm murine sarcoma basement membrane, L2020-1MG) </li>
 +
                </ul>
 +
                <br>
 +
                <h3>Protocol</h3>
 +
                <br>
  
 +
                <ul>
 +
                    <li> Pour poly-D-lysine with concentration 10 &mu g/mL into the chip  </li>
 +
                    <li> Incubate over night </li>
 +
                    <li> Pour laminine with concentration 4 &mu g/mL </li>
 +
                    <li> Incubate for a few hours</li>
 +
                <br>
 +
                <div class="protocol_box">
 +
                    <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
 +
                </div>
 +
                    <br>
 +
            </div>
 +
                                 
  
 +
            <script>
 +
                 
 +
                var acc = document.getElementsByClassName("vignette_back");
 +
                var i;
 +
 +
                for (i = 0; i < 4; i++) {
 +
                    acc[i].addEventListener("click", function() {
 +
 +
                        /*get clicked element index*/
 +
                        var index = String(this.id).substring(5,6);
 +
 +
                        /*locate elements to move*/
 +
                        var panel = document.getElementById("pan_"+index);
 +
                        var vignFor = this.previousElementSibling;
 +
                        var vignText = this.nextElementSibling;
 +
                        /*move it*/
 +
                        if (panel.style.maxHeight){
 +
 +
                            /*close it*/
 +
                            panel.style.maxHeight = null;
 +
                            vignFor.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.opacity = 0.8;
 +
                            vignText.style.top = "4em";
 +
                        }
 +
                        else {
 +
                           
 +
                            /*find active element*/
 +
                            var j;
 +
                            var index_act = -1 ;
 +
                            var el_foc;
 +
                            for (j = 0; j < 4; j++) {
 +
                                el_foc=document.getElementById("pan_"+j);
 +
                                if (el_foc.style.maxHeight != 0) {
 +
                                    index_act=j;
 +
                                    break;
 +
                                }
 +
                            }
 +
                            if (index_act != -1) {
 +
                                /*close active element*/
 +
                                var panel_act = document.getElementById("pan_"+index_act);
 +
                                var back_act = document.getElementById("back_"+index_act);
 +
                                var for_act=back_act.previousElementSibling;
 +
                                var text_act=back_act.nextElementSibling;
 +
                                panel_act.style.maxHeight = null;
 +
                                for_act.style.opacity = 1;
 +
                                text_act.style.opacity = 0.8;
 +
                                text_act.style.top = "4em";
 +
                            }
 +
         
 +
 +
                            /*open clicked element*/
 +
                            panel.style.maxHeight = panel.scrollHeight + "px";
 +
                            vignFor.style.opacity = 0;
 +
                            vignText.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.top = "15em";
 +
                        }
 +
                    });
 +
                }
 +
 +
            </script>
 +
 +
        </div>
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
        <div class="block separator-mark">
 +
        </div>
 +
 +
        <div class="block full" style="display:flex;flex-flow: row wrap;justify-content:center;margin:auto;">
 +
 +
            <h2 style="order:1;width:100%">Microfluidics: microchannel chip</h2>
 +
 +
            <p style="text-indent:0px;order:2;margin:2em;width:100%"> We used the microchannel chip to test the effect of NGF on the neuron's growth. </p> 
 +
 +
            <div class="vignette" id="vign_10">
 +
                <div class="vignette_for" id="for_10">
 
                 </div>
 
                 </div>
 +
               
 +
                <div class="vignette_back" id="back_10">
 +
                </div>
 +
               
 +
                <div class="vignette_text">
 +
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Microchannel Chip Mold Fabrication</p>
 +
                </div>
 +
            </div>
  
 +
            <div class="panel" id="pan_10"  style="text-align:left;">
 +
                <div class="close_button">
 +
                </div>
 +
                <br>
 +
                <p style="text-indent:0px;"> We were allowed to use the molds made by Institut Curie. We were not involved in the process of their fabrication. Here is a short video we made about how these molds were created. </p>
 +
                <br>
 +
 +
                <iframe width="854" height="480" src="https://www.youtube.com/embed/3ivw0Yeeve4" frameborder="0" allow="autoplay; encrypted-media" allowfullscreen></iframe>
 +
                <br>
 +
                <br>
 +
            </div> 
 +
 +
            <script>
 +
                 
 +
                var acc = document.getElementsByClassName("vignette_back");
 +
                var i;
 +
 +
                for (i = 10; i < 11; i++) {
 +
                    acc[i].addEventListener("click", function() {
 +
 +
                        /*get clicked element index*/
 +
                        var index = String(this.id).substring(5,7);
 +
 +
                        /*locate elements to move*/
 +
                        var panel = document.getElementById("pan_"+index);
 +
                        var vignFor = this.previousElementSibling;
 +
                        var vignText = this.nextElementSibling;
 +
                        /*move it*/
 +
                        if (panel.style.maxHeight){
 +
 +
                            /*close it*/
 +
                            panel.style.maxHeight = null;
 +
                            vignFor.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.opacity = 0.8;
 +
                            vignText.style.top = "4em";
 +
                        }
 +
                        else {
 +
                           
 +
                            /*find active element*/
 +
                            var j;
 +
                            var index_act = -1 ;
 +
                            var el_foc;
 +
                            for (j = 10; j < 11; j++) {
 +
                                el_foc=document.getElementById("pan_"+j);
 +
                                if (el_foc.style.maxHeight != 0) {
 +
                                    index_act=j;
 +
                                    break;
 +
                                }
 +
                            }
 +
 +
                            if (index_act != -1) {
 +
                                /*close active element*/
 +
                                var panel_act = document.getElementById("pan_"+index_act);
 +
                                var back_act = document.getElementById("back_"+index_act);
 +
                                var for_act=back_act.previousElementSibling;
 +
                                var text_act=back_act.nextElementSibling;
 +
                                panel_act.style.maxHeight = null;
 +
                                for_act.style.opacity = 1;
 +
                                text_act.style.opacity = 0.8;
 +
                                text_act.style.top = "4em";
 +
                            }
 +
         
 +
 +
                            /*open clicked element*/
 +
                            panel.style.maxHeight = panel.scrollHeight + "px";
 +
                            vignFor.style.opacity = 0;
 +
                            vignText.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.top = "15em";
 +
                        }
 +
                    });
 +
                }
 +
 +
            </script>
 +
 +
        </div>
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
        <div class="block separator-mark">
 +
        </div>
 +
 +
        <div class="block full" style="display:flex;flex-flow: row wrap;justify-content:center;margin:auto;">
 +
 +
            <h2 style="order:1;width:100%">Microfluidics: well chip</h2>
 +
 +
            <p style="text-indent:0px;order:2;margin:2em;width:100%"> The well chip was designed and made by our team to test the biocompatibility of the nanoporous membrane and the effect of electricity on biofilm growth. </p> 
 +
 +
            <div class="vignette" id="vign_20">
 +
                <div class="vignette_for">
 +
                </div>
 
                  
 
                  
 +
                <div class="vignette_back" id="back_20">
 +
                </div>
 +
               
 +
                <div class="vignette_text">
 +
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Microchannel Chip Mold Fabrication</p>
 +
                </div>
 
             </div>
 
             </div>
  
−
         <footer>
+
            <div class="panel" id="pan_20"  style="text-align:left;">
−
         </footer>
+
                <div class="close_button">
 +
                </div>
 +
                <br>
 +
                <p style="text-indent:0px;"> We were allowed to use the molds made by Institut Curie. We were not involved in the process of their fabrication. Here is a short video we made about how these molds were created. </p>
 +
                <br>
 +
            </div> 
 +
 
 +
            <script>
 +
                 
 +
                var acc = document.getElementsByClassName("vignette_back");
 +
                var i;
 +
 
 +
                for (i = 20; i < 30; i++) {
 +
                    acc[i].addEventListener("click", function() {
 +
 
 +
                        /*get clicked element index*/
 +
                        var index = String(this.id).substring(5,7);
 +
 
 +
                        /*locate elements to move*/
 +
                        var panel = document.getElementById("pan_"+index);
 +
                        var vignFor = this.previousElementSibling;
 +
                        var vignText = this.nextElementSibling;
 +
                        /*move it*/
 +
                        if (panel.style.maxHeight){
 +
 
 +
                            /*close it*/
 +
                            panel.style.maxHeight = null;
 +
                            vignFor.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.opacity = 0.8;
 +
                            vignText.style.top = "4em";
 +
                        }
 +
                        else {
 +
                           
 +
                            /*find active element*/
 +
                            var j;
 +
                            var index_act = -1 ;
 +
                            var el_foc;
 +
                            for (j = 20; j < 30; j++) {
 +
                                el_foc=document.getElementById("pan_"+j);
 +
                                if (el_foc.style.maxHeight != 0) {
 +
                                    index_act=j;
 +
                                    break;
 +
                                }
 +
                            }
 +
                            if (index_act != -1) {
 +
                                /*close active element*/
 +
                                var panel_act = document.getElementById("pan_"+index_act);
 +
                                var back_act = document.getElementById("back_"+index_act);
 +
                                var for_act=back_act.previousElementSibling;
 +
                                var text_act=back_act.nextElementSibling;
 +
                                panel_act.style.maxHeight = null;
 +
                                for_act.style.opacity = 1;
 +
                                text_act.style.opacity = 0.8;
 +
                                text_act.style.top = "4em";
 +
                            }
 +
         
 +
 
 +
                            /*open clicked element*/
 +
                            panel.style.maxHeight = panel.scrollHeight + "px";
 +
                            vignFor.style.opacity = 0;
 +
                            vignText.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.top = "15em";
 +
                        }
 +
                    });
 +
                }
 +
 
 +
            </script>
 +
 
 +
         </div>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
 
 +
        <script>
 +
 
 +
                var acc = document.getElementsByClassName("close_button");
 +
 
 +
                for (i = 0; i < 10; i++) {
 +
                    acc[i].addEventListener("click", function() {
 +
                        var panel = this.parentElement;
 +
                        var index = String(panel.id).substring(4,5);;
 +
                        var vignBack = document.getElementById("back_"+index);
 +
                        var vignFor = vignBack.previousElementSibling;
 +
                        var vignText = vignBack.nextElementSibling;
 +
                        panel.style.maxHeight = null;
 +
                        vignFor.style.opacity = 1;
 +
                        vignText.style.opacity = 0.8;
 +
                        vignText.style.top = "4em";
 +
                    });
 +
                }
 +
 
 +
                for (i = 10; i < acc.length; i++) {
 +
                    acc[i].addEventListener("click", function() {
 +
                        var panel = this.parentElement;
 +
                        var index = String(panel.id).substring(4,6);
 +
                        var vignBack = document.getElementById("back_"+index);
 +
                        var vignFor = vignBack.previousElementSibling;
 +
                        var vignText = vignBack.nextElementSibling;
 +
                        panel.style.maxHeight = null;
 +
                        vignFor.style.opacity = 1;
 +
                        vignText.style.opacity = 0.8;
 +
                        vignText.style.top = "4em";
 +
                    });
 +
                }
 +
 
 +
 
 +
         </script>
 +
 
 +
 
 +
        <br>
 +
        <br>
 +
        <br>
 +
        <br>
 +
 
 +
 
 +
        </div>
 +
    </div>
 +
 
  
−
     </body>
+
    <footer>
 +
     </footer>
  
  
  
 
</html>
 
</html>

Revision as of 12:37, 22 August 2018

""

PROTOCOLS

Microfluidics: general protocols

PDMS (Polydimethylsiloxane) is a widely used polymer in microfluidics, for its biocompatibility and transparence, among other qualities. Here we show how to prepare PDMS for microfluidic chips, as well as how to demold them, bond them to other surfaces and treat them for neuron growth. Also, we explain how our molds and chips were fabricated.

PDMS Chips Fabrication

PDMS Chip Demolding

PDMS Chip Bonding

PDMS Chip Treatment for Nerve Growth


Materials

  • Sylgard 184 Elastomer Kit (Sigma-aldrich, 761036-5EA)
  • Vacuum pump unit (Vacuubrand PC 3 RZ 2.5)
  • Stove (Memmert UM 400)

Protocol

According to manufacturer's instruction.

  • Mix monomer and curing agent (10:1 proportion) for 30 seconds
  • Use a vacuum pump unit and a vacuum bell jar to extract air bubbles until the mixture is clear
  • Pour mixture onto mold
  • Put mixture+mold in stove at 70 degrees Celsius for 3 hours

Get full protocol here



Materials

  • Razor blade (OEMTOOLS 25181 Razor Blades, 100 Pack)
  • Biopsy puncher (Kai Biopsy Punch 4mm )

Protocol


  • Cut the borders of the chip with the razor blade
  • Extract the chip from its mold
  • Drill input and output holes with the biopsy puncher

Get full protocol here



Materials

  • Plasma cleaner (Diener Pico PCCE)
  • Distilled water (Fisherbrand, CAS number 7732-18-5)
  • Isopropanol (Fisherbrand, CAS number 67-63-0)
  • Office duct tape
  • Vertical laminar airflow cabinets (Euroclone aura vertical S.D.4)

Protocol


  • Take chip and the surface it needs to be bonded to into the airflow cabinet
  • Clean chip with duct tape and isopropanol
  • Put the chip and the surface into the plasma cleaner.
  • Expose chip and surface 30 seconds to plasma.
  • Take the chip and the surface back in the airflow cabinet
  • Press the microfluidic chip against the surface
  • Insert distilled water into chip circuitry

    • Get full protocol here



Materials

  • Poly-D-Lysine solution 1.0 mg/mL (Sigma aldrich, A-003-E)
  • Laminin (Sigma aldrich, Laminin from Engelbreth-Holm-Swarm murine sarcoma basement membrane, L2020-1MG)

Protocol


  • Pour poly-D-lysine with concentration 10 &mu g/mL into the chip
  • Incubate over night
  • Pour laminine with concentration 4 &mu g/mL
  • Incubate for a few hours

    • Get full protocol here


Microfluidics: microchannel chip

We used the microchannel chip to test the effect of NGF on the neuron's growth.

PDMS Microchannel Chip Mold Fabrication


We were allowed to use the molds made by Institut Curie. We were not involved in the process of their fabrication. Here is a short video we made about how these molds were created.




Microfluidics: well chip

The well chip was designed and made by our team to test the biocompatibility of the nanoporous membrane and the effect of electricity on biofilm growth.

PDMS Microchannel Chip Mold Fabrication


We were allowed to use the molds made by Institut Curie. We were not involved in the process of their fabrication. Here is a short video we made about how these molds were created.