Difference between revisions of "Team:Pasteur Paris/Experiments"

Line 16: Line 16:
 
         }  
 
         }  
 
     </style>
 
     </style>
−
 
−
    <div id="banner">
 
−
        <h1>EXPERIMENTS</h1>
 
−
    </div>
 
  
 
     <style>
 
     <style>
Line 29: Line 25:
 
             display: inline-block;
 
             display: inline-block;
 
         }
 
         }
−
 
−
 
 
         .vignette_for {              /*foreground part of the vignettes, gets transparent*/
 
         .vignette_for {              /*foreground part of the vignettes, gets transparent*/
 
             width: 15em;
 
             width: 15em;
Line 51: Line 45:
 
             transition: opacity 0.7s;
 
             transition: opacity 0.7s;
 
         }
 
         }
−
 
 
         #for_0 {
 
         #for_0 {
 
             background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/aa/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chips-Fabrication.jpg");
 
             background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/aa/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chips-Fabrication.jpg");
 
         }
 
         }
−
 
 
         #for_1 {
 
         #for_1 {
 
             background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/8a/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chip-Demolding.jpg");
 
             background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/8a/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chip-Demolding.jpg");
 
         }
 
         }
−
 
 
         #for_2 {
 
         #for_2 {
 
             background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/a9/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chip-Bonding.jpg");
 
             background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/a9/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chip-Bonding.jpg");
 
         }
 
         }
−
 
 
         #for_3 {
 
         #for_3 {
 
             background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/a1/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chip-Treatment-Neuron.jpg");
 
             background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/a1/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Chip-Treatment-Neuron.jpg");
 
         }
 
         }
−
 
 
         #for_10 {
 
         #for_10 {
 
             background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/2d/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Microchannel-Chip-Mold-Fabrication.jpg");
 
             background-image: url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/2d/T--Pasteur_Paris--Logo-PDMS-Microchannel-Chip-Mold-Fabrication.jpg");
 
         }
 
         }
−
 
 
         .vignette_back {          /*background part of the vignettes, picture*/
 
         .vignette_back {          /*background part of the vignettes, picture*/
 
             width: 15em;
 
             width: 15em;
Line 86: Line 74:
 
             background-size:100%;
 
             background-size:100%;
 
         }  
 
         }  
−
 
 
         #back_0 {
 
         #back_0 {
 
             background-image:url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/03/T--Pasteur_Paris--PDMS_prep.jpg");
 
             background-image:url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/03/T--Pasteur_Paris--PDMS_prep.jpg");
Line 96: Line 83:
 
             background-image:url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e9/T--Pasteur_Paris--PDMS_chip_bonding.jpg");
 
             background-image:url("https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e9/T--Pasteur_Paris--PDMS_chip_bonding.jpg");
 
         }
 
         }
−
       
 
−
 
 
         .vignette_text {            /*small panel that slides down on the vignettes*/
 
         .vignette_text {            /*small panel that slides down on the vignettes*/
 
             width: 17em;
 
             width: 17em;
Line 118: Line 103:
 
             transition: top 0.7s, opacity 0.7s;
 
             transition: top 0.7s, opacity 0.7s;
 
         }  
 
         }  
−
 
 
         .panel {
 
         .panel {
 
             width: 90%;
 
             width: 90%;
Line 137: Line 121:
 
             border-image-slice: 1;
 
             border-image-slice: 1;
 
         }
 
         }
−
 
 
         .close_button {
 
         .close_button {
 
             width:3em;
 
             width:3em;
Line 152: Line 135:
 
             cursor:pointer;
 
             cursor:pointer;
 
         }
 
         }
−
 
 
         .close_button:hover {
 
         .close_button:hover {
 
             opacity:1;
 
             opacity:1;
Line 161: Line 143:
 
             opacity:0.2;
 
             opacity:0.2;
 
                 }
 
                 }
−
 
 
         .protocol_box {
 
         .protocol_box {
 
             border: 0.2em solid #AF3D57;
 
             border: 0.2em solid #AF3D57;
 
             width:15em;
 
             width:15em;
 
         }
 
         }
−
 
 
         #vign_0 {
 
         #vign_0 {
 
             order:3;
 
             order:3;
Line 185: Line 165:
 
             order:3;
 
             order:3;
 
         }
 
         }
−
 
−
 
−
 
 
         #pan_0 {
 
         #pan_0 {
 
             order:6;
 
             order:6;
Line 206: Line 183:
 
             order:4;
 
             order:4;
 
         }
 
         }
−
 
−
 
 
         @media screen and (max-width: 850px) and (min-width: 572px) {
 
         @media screen and (max-width: 850px) and (min-width: 572px) {
 
             #pan_0 {
 
             #pan_0 {
Line 242: Line 217:
 
             }  
 
             }  
 
         }
 
         }
−
 
 
       @media screen and (max-width: 572px) {
 
       @media screen and (max-width: 572px) {
 
             #pan_0 {
 
             #pan_0 {
Line 280: Line 254:
 
             }             
 
             }             
 
         }
 
         }
−
 
 
     </style>
 
     </style>
  
 +
    <div id="banner">
 +
        <h1>EXPERIMENTS</h1>
 +
    </div>
  
−
<div id="GeneralContent">
+
    <div id="GeneralContent">
−
<div id="MainContent">
+
        <div id="MainContent">
  
  
Line 292: Line 268:
  
  
−
<div class="block title">
+
        <div class="block title">
−
    <h1> PROTOCOLS </h1>
+
            <h1> PROTOCOLS </h1>
−
</div>
+
        </div>
−
+
 
−
<div class="block separator-mark">
+
 
−
</div>
+
−
+
−
<div class="block full" style="display:flex;flex-flow: row wrap;justify-content:center;margin:auto;">
+
  
−
    <h2 style="order:1;">Microfluidics: general protocols</h2>
 
  
−
    <p style="text-indent:0px;order:2;margin:2em;">PDMS (Polydimethylsiloxane) is a widely used polymer in microfluidics, for its biocompatibility and transparence, among other qualities. Here we show how to prepare PDMS for microfluidic chips, as well as how to demold them, bond them to other surfaces and treat them for neuron growth. Also, we explain how our molds and chips were fabricated.</p>                         
 
  
  
−
    <div class="vignette" id="vign_0">
 
−
        <div class="vignette_for" id="for_0">
 
−
        </div>
 
  
−
        <div class="vignette_back" id="back_0">
 
−
        </div>
 
  
−
        <div class="vignette_text">
 
−
            <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;" >PDMS Chips Fabrication</p>
 
−
        </div>
 
−
    </div>
 
  
−
    <div class="vignette" id="vign_1">
 
−
        <div class="vignette_for" id="for_1">
 
−
        </div>
 
−
       
 
−
        <div class="vignette_back" id="back_1">
 
−
        </div>
 
−
       
 
−
        <div class="vignette_text">
 
−
            <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Chip Demolding</p>
 
−
        </div>
 
−
    </div>
 
  
−
    <div class="vignette" id="vign_2">
 
−
        <div class="vignette_for" id="for_2">
 
−
        </div>
 
−
       
 
−
        <div class="vignette_back" id="back_2">
 
−
        </div>
 
−
       
 
−
        <div class="vignette_text">
 
−
            <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Chip Bonding</p>
 
−
        </div>
 
−
    </div>
 
  
−
    <div class="vignette" id="vign_3">
 
−
        <div class="vignette_for" id="for_3">
 
−
        </div>
 
 
          
 
          
−
         <div class="vignette_back" id="back_3">
+
       
 +
         <div class="block separator-mark">
 
         </div>
 
         </div>
−
       
+
       
−
         <div class="vignette_text">
+
         <div class="block full" style="display:flex;flex-flow: row wrap;justify-content:center;margin:auto;">
−
            <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Chip Treatment for Nerve Growth</p>
+
−
        </div>
+
−
    </div>
+
  
−
    <div class="vignette_back" style="display:none">
+
            <h2 style="order:1;">Microfluidics: general protocols</h2>
−
    </div>
+
−
    <div class="close_button"  style="display:none">
+
−
    </div>
+
−
    <div class="vignette_back" style="display:none">
+
−
    </div>
+
−
    <div class="close_button"  style="display:none">
+
−
    </div>
+
−
    <div class="vignette_back" style="display:none">
+
−
    </div>
+
−
    <div class="close_button"  style="display:none">
+
−
    </div>
+
−
    <div class="vignette_back" style="display:none">
+
−
    </div>
+
−
    <div class="close_button"  style="display:none">
+
−
    </div>
+
−
    <div class="vignette_back" style="display:none">
+
−
    </div>
+
−
    <div class="close_button"  style="display:none">
+
−
    </div>
+
−
    <div class="vignette_back" style="display:none">
+
−
    </div>
+
−
    <div class="close_button"  style="display:none">
+
−
    </div>
+
  
 +
            <p style="text-indent:0px;order:2;margin:2em;">PDMS (Polydimethylsiloxane) is a widely used polymer in microfluidics, for its biocompatibility and transparence, among other qualities. Here we show how to prepare PDMS for microfluidic chips, as well as how to demold them, bond them to other surfaces and treat them for neuron growth. Also, we explain how our molds and chips were fabricated.</p>                         
  
  
 +
            <div class="vignette" id="vign_0">
 +
                <div class="vignette_for" id="for_0">
 +
                </div>
  
−
    <div class="panel" id="pan_0" style="text-align:left;">
+
                <div class="vignette_back" id="back_0">
−
        <div class="close_button">
+
                </div>
−
        </div>
+
−
        <br>
+
−
        <h3>Materials</h3>
+
−
        <ul>
+
−
            <li> Sylgard 184 Elastomer Kit  (Sigma-aldrich, 761036-5EA)  </li>
+
−
            <li> Vacuum pump unit (Vacuubrand PC 3 RZ 2.5) </li>
+
−
            <li> Stove (Memmert UM 400) </li>
+
−
        </ul>
+
−
        <br>
+
−
        <h3>Protocol</h3>
+
−
        <p>According to <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://static.igem.org/mediawiki/igem.org/2/29/T--Technion_Israel-HardwarespecsPDMS.pdf">manufacturer's instruction</a>. <br>
+
−
        <ul>
+
−
            <li> Mix monomer and curing agent (10:1 proportion) for 30 seconds  </li>
+
−
            <li> Use a vacuum pump unit and a  vacuum bell jar to extract air bubbles until the mixture is clear </li>
+
−
            <li> Pour mixture onto mold </li>
+
−
            <li> Put mixture+mold in stove at 70 degrees Celsius for 3 hours </li>
+
−
        </ul>
+
−
        <br>
+
−
        <div class="protocol_box">
+
−
            <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
+
−
        </div>
+
−
        <br>  
+
−
    </div>
+
  
−
    <div class="panel" id="pan_1"  style="text-align:left;">
+
                <div class="vignette_text">
−
        <div class="close_button">
+
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;" >PDMS Chips Fabrication</p>
−
        </div>
+
                </div>
−
        <br>
+
            </div>
−
        <h3>Materials</h3>
+
−
        <ul>
+
−
            <li> Razor blade (OEMTOOLS 25181 Razor Blades, 100 Pack)  </li>
+
−
            <li> Biopsy puncher (Kai Biopsy Punch 4mm )  </li>
+
−
        </ul>
+
−
        <br>
+
−
        <h3>Protocol</h3>
+
−
        <br>
+
−
        <ul>
+
−
            <li> Cut the borders of the chip with the razor blade  </li>
+
−
            <li> Extract the chip from its mold </li>
+
−
            <li> Drill input and output holes with the biopsy puncher </li>
+
−
        </ul>
+
−
        <br>
+
−
        <div class="protocol_box">
+
−
            <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
+
−
        </div>
+
−
        <br>
+
−
    </div>
+
  
−
    <div class="panel" id="pan_2"  style="text-align:left;">
+
            <div class="vignette" id="vign_1">
−
        <div class="close_button">
+
                <div class="vignette_for" id="for_1">
−
        </div>
+
                </div>
−
        <br>
+
               
−
        <h3>Materials</h3>
+
                <div class="vignette_back" id="back_1">
−
        <ul>
+
                </div>
−
            <li>  Plasma cleaner (Diener Pico PCCE)  </li>
+
               
−
            <li>  Distilled water (Fisherbrand, CAS number 7732-18-5)  </li>
+
                <div class="vignette_text">
−
            <li>  Isopropanol (Fisherbrand, CAS number 67-63-0)  </li>
+
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Chip Demolding</p>
−
            <li>  Office duct tape </li>
+
                </div>
−
             <li>  Vertical laminar airflow cabinets (Euroclone aura vertical S.D.4) </li>
+
             </div>
−
        </ul>
+
−
        <br>
+
−
        <h3>Protocol</h3>
+
−
        <br>
+
−
        <ul>
+
−
            <li> Take chip and the surface it needs to be bonded to into the airflow cabinet  </li>
+
−
            <li> Clean chip with duct tape and isopropanol </li>
+
−
            <li> Put the chip and the surface into the plasma cleaner. </li>
+
−
            <li> Expose chip and surface 30 seconds to plasma. </li>
+
−
            <li> Take the chip and the surface back in the airflow cabinet </li>
+
−
            <li> Press the microfluidic chip against the surface </li>
+
−
            <li> Insert distilled water into chip circuitry </li>
+
  
−
        <br>
+
            <div class="vignette" id="vign_2">
−
        <div class="protocol_box">
+
                <div class="vignette_for" id="for_2">
−
            <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
+
                </div>
−
        </div>
+
               
−
             <br>
+
                <div class="vignette_back" id="back_2">
−
    </div>
+
                </div>
 +
               
 +
                <div class="vignette_text">
 +
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Chip Bonding</p>
 +
                </div>
 +
             </div>
  
−
    <div class="panel" id="pan_3"  style="text-align:left;">
+
            <div class="vignette" id="vign_3">
−
        <div class="close_button">
+
                <div class="vignette_for" id="for_3">
−
        </div>
+
                </div>
−
        <br>
+
               
−
        <h3>Materials</h3>
+
                <div class="vignette_back" id="back_3">
−
        <ul>
+
                </div>
−
            <li>  Poly-D-Lysine solution 1.0 mg/mL (Sigma aldrich, A-003-E)  </li>
+
               
−
            <li>  Laminin (Sigma aldrich, Laminin from Engelbreth-Holm-Swarm murine sarcoma basement membrane, L2020-1MG) </li>
+
                <div class="vignette_text">
−
        </ul>
+
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Chip Treatment for Nerve Growth</p>
−
        <br>
+
                </div>
−
        <h3>Protocol</h3>
+
            </div>
−
        <br>
+
  
−
        <ul>
+
            <div class="vignette_back" style="display:none">
−
             <li> Pour poly-D-lysine with concentration 10 &mu g/mL into the chip </li>
+
             </div>
−
             <li> Incubate over night </li>
+
            <div class="close_button" style="display:none">
−
             <li> Pour laminine with concentration 4 &mu g/mL </li>
+
            </div>
−
             <li> Incubate for a few hours</li>
+
             <div class="vignette_back" style="display:none">
−
        <br>
+
            </div>
−
        <div class="protocol_box">
+
             <div class="close_button"  style="display:none">
−
             <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
+
            </div>
−
        </div>
+
             <div class="vignette_back" style="display:none">
−
             <br>  
+
            </div>
−
    </div>
+
            <div class="close_button"  style="display:none">
−
                         
+
            </div>
 +
            <div class="vignette_back" style="display:none">
 +
             </div>
 +
            <div class="close_button"  style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="vignette_back" style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="close_button"  style="display:none">
 +
            </div>
 +
             <div class="vignette_back" style="display:none">
 +
            </div>
 +
            <div class="close_button"  style="display:none">
 +
            </div>
  
−
    <script>
 
−
         
 
−
        var acc = document.getElementsByClassName("vignette_back");
 
−
        var i;
 
  
−
        for (i = 0; i < 4; i++) {
 
−
            acc[i].addEventListener("click", function() {
 
  
−
                /*get clicked element index*/
 
−
                var index = String(this.id).substring(5,6);
 
  
−
                 /*locate elements to move*/
+
            <div class="panel" id="pan_0" style="text-align:left;">
−
                 var panel = document.getElementById("pan_"+index);
+
                 <div class="close_button">
−
                 var vignFor = this.previousElementSibling;
+
                </div>
−
                 var vignText = this.nextElementSibling;
+
                <br>
−
                 /*move it*/
+
                <h3>Materials</h3>
−
                 if (panel.style.maxHeight){
+
                 <ul>
 +
                    <li> Sylgard 184 Elastomer Kit  (Sigma-aldrich, 761036-5EA)  </li>
 +
                    <li> Vacuum pump unit (Vacuubrand PC 3 RZ 2.5) </li>
 +
                    <li> Stove (Memmert UM 400) </li>
 +
                 </ul>
 +
                 <br>
 +
                <h3>Protocol</h3>
 +
                <p>According to <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://static.igem.org/mediawiki/igem.org/2/29/T--Technion_Israel-HardwarespecsPDMS.pdf">manufacturer's instruction</a>. <br>
 +
                 <ul>
 +
                    <li> Mix monomer and curing agent (10:1 proportion) for 30 seconds  </li>
 +
                    <li> Use a vacuum pump unit and a  vacuum bell jar to extract air bubbles until the mixture is clear </li>
 +
                    <li> Pour mixture onto mold </li>
 +
                    <li> Put mixture+mold in stove at 70 degrees Celsius for 3 hours </li>
 +
                 </ul>
 +
                <br>
 +
                <div class="protocol_box">
 +
                    <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
 +
                </div>
 +
                <br>
 +
            </div>
  
−
                    /*close it*/
+
            <div class="panel" id="pan_1"  style="text-align:left;">
−
                    panel.style.maxHeight = null;
+
                <div class="close_button">
−
                    vignFor.style.opacity = 1;
+
                 </div>
−
                    vignText.style.opacity = 0.8;
+
                 <br>
−
                    vignText.style.top = "4em";
+
                <h3>Materials</h3>
−
                 }
+
                <ul>
−
                 else {
+
                     <li> Razor blade (OEMTOOLS 25181 Razor Blades, 100 Pack)   </li>
−
                   
+
                    <li> Biopsy puncher (Kai Biopsy Punch 4mm ) </li>
−
                    /*find active element*/
+
                </ul>
−
                    var j;
+
                <br>
−
                     var index_act = -1 ;
+
                <h3>Protocol</h3>
−
                    var el_foc;
+
                <br>
−
                    for (j = 0; j < 4; j++) {
+
                <ul>
−
                        el_foc=document.getElementById("pan_"+j);
+
                     <li> Cut the borders of the chip with the razor blade  </li>
−
                        if (el_foc.style.maxHeight != 0) {
+
                     <li> Extract the chip from its mold </li>
−
                            index_act=j;
+
                    <li> Drill input and output holes with the biopsy puncher </li>
−
                            break;
+
                </ul>
−
                        }
+
                <br>
−
                     }
+
                <div class="protocol_box">
−
                     if (index_act != -1) {
+
                    <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
−
                        /*close active element*/
+
                </div>
−
                        var panel_act = document.getElementById("pan_"+index_act);
+
                <br>
−
                        var back_act = document.getElementById("back_"+index_act);
+
            </div>
−
                        var for_act=back_act.previousElementSibling;
+
−
                        var text_act=back_act.nextElementSibling;
+
−
                        panel_act.style.maxHeight = null;
+
−
                        for_act.style.opacity = 1;
+
−
                        text_act.style.opacity = 0.8;
+
−
                        text_act.style.top = "4em";
+
−
                    }
+
−
 
+
  
−
                    /*open clicked element*/
+
            <div class="panel" id="pan_2"  style="text-align:left;">
−
                    panel.style.maxHeight = panel.scrollHeight + "px";
+
                <div class="close_button">
−
                    vignFor.style.opacity = 0;
+
                </div>
−
                     vignText.style.opacity = 1;
+
                <br>
−
                     vignText.style.top = "15em";
+
                <h3>Materials</h3>
−
                }
+
                <ul>
−
            });
+
                    <li>  Plasma cleaner (Diener Pico PCCE)  </li>
−
        }
+
                    <li>  Distilled water (Fisherbrand, CAS number 7732-18-5)  </li>
 +
                    <li>  Isopropanol (Fisherbrand, CAS number 67-63-0)  </li>
 +
                     <li>  Office duct tape </li>
 +
                    <li>  Vertical laminar airflow cabinets (Euroclone aura vertical S.D.4) </li>
 +
                </ul>
 +
                <br>
 +
                <h3>Protocol</h3>
 +
                <br>
 +
                <ul>
 +
                     <li> Take chip and the surface it needs to be bonded to into the airflow cabinet  </li>
 +
                    <li> Clean chip with duct tape and isopropanol </li>
 +
                    <li> Put the chip and the surface into the plasma cleaner. </li>
 +
                    <li> Expose chip and surface 30 seconds to plasma. </li>
 +
                    <li> Take the chip and the surface back in the airflow cabinet </li>
 +
                    <li> Press the microfluidic chip against the surface </li>
 +
                    <li> Insert distilled water into chip circuitry </li>
  
−
    </script>
+
                <br>
 +
                <div class="protocol_box">
 +
                    <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
 +
                </div>
 +
                    <br>
 +
            </div>
  
−
</div>
+
            <div class="panel" id="pan_3"  style="text-align:left;">
 +
                <div class="close_button">
 +
                </div>
 +
                <br>
 +
                <h3>Materials</h3>
 +
                <ul>
 +
                    <li>  Poly-D-Lysine solution 1.0 mg/mL (Sigma aldrich, A-003-E)  </li>
 +
                    <li>  Laminin (Sigma aldrich, Laminin from Engelbreth-Holm-Swarm murine sarcoma basement membrane, L2020-1MG) </li>
 +
                </ul>
 +
                <br>
 +
                <h3>Protocol</h3>
 +
                <br>
 +
 
 +
                <ul>
 +
                    <li> Pour poly-D-lysine with concentration 10 &mu g/mL into the chip  </li>
 +
                    <li> Incubate over night </li>
 +
                    <li> Pour laminine with concentration 4 &mu g/mL </li>
 +
                    <li> Incubate for a few hours</li>
 +
                <br>
 +
                <div class="protocol_box">
 +
                    <p> Get full protocol <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/3d/T--Pasteur_Paris--Microfluidics-general-protocols.pdf" target="_blank">here</a> </p>
 +
                </div>
 +
                    <br>
 +
            </div>
 +
                                 
 +
 
 +
            <script>
 +
                 
 +
                var acc = document.getElementsByClassName("vignette_back");
 +
                var i;
 +
 
 +
                for (i = 0; i < 4; i++) {
 +
                    acc[i].addEventListener("click", function() {
 +
 
 +
                        /*get clicked element index*/
 +
                        var index = String(this.id).substring(5,6);
 +
 
 +
                        /*locate elements to move*/
 +
                        var panel = document.getElementById("pan_"+index);
 +
                        var vignFor = this.previousElementSibling;
 +
                        var vignText = this.nextElementSibling;
 +
                        /*move it*/
 +
                        if (panel.style.maxHeight){
 +
 
 +
                            /*close it*/
 +
                            panel.style.maxHeight = null;
 +
                            vignFor.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.opacity = 0.8;
 +
                            vignText.style.top = "4em";
 +
                        }
 +
                        else {
 +
                           
 +
                            /*find active element*/
 +
                            var j;
 +
                            var index_act = -1 ;
 +
                            var el_foc;
 +
                            for (j = 0; j < 4; j++) {
 +
                                el_foc=document.getElementById("pan_"+j);
 +
                                if (el_foc.style.maxHeight != 0) {
 +
                                    index_act=j;
 +
                                    break;
 +
                                }
 +
                            }
 +
                            if (index_act != -1) {
 +
                                /*close active element*/
 +
                                var panel_act = document.getElementById("pan_"+index_act);
 +
                                var back_act = document.getElementById("back_"+index_act);
 +
                                var for_act=back_act.previousElementSibling;
 +
                                var text_act=back_act.nextElementSibling;
 +
                                panel_act.style.maxHeight = null;
 +
                                for_act.style.opacity = 1;
 +
                                text_act.style.opacity = 0.8;
 +
                                text_act.style.top = "4em";
 +
                            }
 +
         
 +
 
 +
                            /*open clicked element*/
 +
                            panel.style.maxHeight = panel.scrollHeight + "px";
 +
                            vignFor.style.opacity = 0;
 +
                            vignText.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.top = "15em";
 +
                        }
 +
                    });
 +
                }
 +
 
 +
            </script>
 +
 
 +
        </div>
  
  
Line 559: Line 547:
  
  
−
<div class="block separator-mark">
 
−
</div>
 
  
−
<div class="block full" style="display:flex;flex-flow: row wrap;justify-content:center;margin:auto;">
 
  
−
    <h2 style="order:1;width:100%">Microfluidics: microchannel chip</h2>
 
  
−
    <p style="text-indent:0px;order:2;margin:2em;width:100%"> We used the microchannel chip to test the effect of NGF on the neuron's growth. </p> 
 
  
−
    <div class="vignette" id="vign_10">
 
−
        <div class="vignette_for" id="for_10">
 
−
        </div>
 
−
       
 
−
        <div class="vignette_back" id="back_10">
 
−
        </div>
 
−
       
 
−
        <div class="vignette_text">
 
−
            <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Microchannel Chip Mold Fabrication</p>
 
−
        </div>
 
−
    </div>
 
  
−
    <div class="panel" id="pan_10"  style="text-align:left;">
+
        <div class="block separator-mark">
−
        <div class="close_button">
+
 
         </div>
 
         </div>
−
        <br>
 
−
        <p style="text-indent:0px;"> We were allowed to use the molds made by Institut Curie. We were not involved in the process of their fabrication. Here is a short video we made about how these molds were created. </p>
 
−
        <br>
 
  
−
         <iframe width="854" height="480" src="https://www.youtube.com/embed/3ivw0Yeeve4" frameborder="0" allow="autoplay; encrypted-media" allowfullscreen></iframe>
+
         <div class="block full" style="display:flex;flex-flow: row wrap;justify-content:center;margin:auto;">
−
        <br>
+
−
        <br>
+
−
    </div>
+
  
−
    <script>
+
            <h2 style="order:1;width:100%">Microfluidics: microchannel chip</h2>
−
         
+
−
        var acc = document.getElementsByClassName("vignette_back");
+
−
        var i;
+
  
−
        for (i = 10; i < 11; i++) {
+
            <p style="text-indent:0px;order:2;margin:2em;width:100%"> We used the microchannel chip to test the effect of NGF on the neuron's growth. </p> 
−
            acc[i].addEventListener("click", function() {
+
  
−
                 /*get clicked element index*/
+
            <div class="vignette" id="vign_10">
−
                 var index = String(this.id).substring(5,7);
+
                 <div class="vignette_for" id="for_10">
 +
                </div>
 +
                  
 +
                <div class="vignette_back" id="back_10">
 +
                </div>
 +
               
 +
                <div class="vignette_text">
 +
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Microchannel Chip Mold Fabrication</p>
 +
                </div>
 +
            </div>
  
−
                /*locate elements to move*/
+
            <div class="panel" id="pan_10" style="text-align:left;">
−
                var panel = document.getElementById("pan_"+index);
+
                 <div class="close_button">
−
                var vignFor = this.previousElementSibling;  
+
                 </div>
−
                 var vignText = this.nextElementSibling;
+
                 <br>
−
                 /*move it*/
+
                <p style="text-indent:0px;"> We were allowed to use the molds made by Institut Curie. We were not involved in the process of their fabrication. Here is a short video we made about how these molds were created. </p>
−
                 if (panel.style.maxHeight){
+
                <br>
  
−
                    /*close it*/
+
                <iframe width="854" height="480" src="https://www.youtube.com/embed/3ivw0Yeeve4" frameborder="0" allow="autoplay; encrypted-media" allowfullscreen></iframe>
−
                    panel.style.maxHeight = null;
+
                 <br>
−
                    vignFor.style.opacity = 1;
+
                 <br>
−
                    vignText.style.opacity = 0.8;
+
            </div> 
−
                    vignText.style.top = "4em";
+
−
                 }
+
−
                 else {
+
−
                   
+
−
                    /*find active element*/
+
−
                    var j;
+
−
                    var index_act = -1 ;
+
−
                    var el_foc;
+
−
                    for (j = 10; j < 11; j++) {
+
−
                        el_foc=document.getElementById("pan_"+j);
+
−
                        if (el_foc.style.maxHeight != 0) {
+
−
                            index_act=j;
+
−
                            break;
+
−
                        }
+
−
                    }
+
  
−
                    if (index_act != -1) {
+
            <script>
−
                        /*close active element*/
+
                 
−
                        var panel_act = document.getElementById("pan_"+index_act);  
+
                var acc = document.getElementsByClassName("vignette_back");
−
                        var back_act = document.getElementById("back_"+index_act);
+
                var i;
−
                        var for_act=back_act.previousElementSibling;
+
−
                        var text_act=back_act.nextElementSibling;
+
−
                        panel_act.style.maxHeight = null;
+
−
                        for_act.style.opacity = 1;
+
−
                        text_act.style.opacity = 0.8;
+
−
                        text_act.style.top = "4em";
+
−
                    }
+
−
 
+
  
−
                    /*open clicked element*/
+
                for (i = 10; i < 11; i++) {
−
                    panel.style.maxHeight = panel.scrollHeight + "px";
+
                     acc[i].addEventListener("click", function() {
−
                    vignFor.style.opacity = 0;
+
−
                     vignText.style.opacity = 1;
+
−
                    vignText.style.top = "15em";
+
−
                }
+
−
            });
+
−
        }
+
  
−
    </script>
+
                        /*get clicked element index*/
 +
                        var index = String(this.id).substring(5,7);
  
−
</div>
+
                        /*locate elements to move*/
 +
                        var panel = document.getElementById("pan_"+index);
 +
                        var vignFor = this.previousElementSibling;
 +
                        var vignText = this.nextElementSibling;
 +
                        /*move it*/
 +
                        if (panel.style.maxHeight){
  
 +
                            /*close it*/
 +
                            panel.style.maxHeight = null;
 +
                            vignFor.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.opacity = 0.8;
 +
                            vignText.style.top = "4em";
 +
                        }
 +
                        else {
 +
                           
 +
                            /*find active element*/
 +
                            var j;
 +
                            var index_act = -1 ;
 +
                            var el_foc;
 +
                            for (j = 10; j < 11; j++) {
 +
                                el_foc=document.getElementById("pan_"+j);
 +
                                if (el_foc.style.maxHeight != 0) {
 +
                                    index_act=j;
 +
                                    break;
 +
                                }
 +
                            }
  
 +
                            if (index_act != -1) {
 +
                                /*close active element*/
 +
                                var panel_act = document.getElementById("pan_"+index_act);
 +
                                var back_act = document.getElementById("back_"+index_act);
 +
                                var for_act=back_act.previousElementSibling;
 +
                                var text_act=back_act.nextElementSibling;
 +
                                panel_act.style.maxHeight = null;
 +
                                for_act.style.opacity = 1;
 +
                                text_act.style.opacity = 0.8;
 +
                                text_act.style.top = "4em";
 +
                            }
 +
         
  
 +
                            /*open clicked element*/
 +
                            panel.style.maxHeight = panel.scrollHeight + "px";
 +
                            vignFor.style.opacity = 0;
 +
                            vignText.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.top = "15em";
 +
                        }
 +
                    });
 +
                }
  
 +
            </script>
  
 +
        </div>
  
  
Line 668: Line 656:
  
  
−
<div class="block separator-mark">
 
−
</div>
 
  
−
<div class="block full" style="display:flex;flex-flow: row wrap;justify-content:center;margin:auto;">
 
  
−
    <h2 style="order:1;width:100%">Microfluidics: well chip</h2>
 
  
−
    <p style="text-indent:0px;order:2;margin:2em;width:100%"> The well chip was designed and made by our team to test the biocompatibility of the nanoporous membrane and the effect of electricity on biofilm growth. </p> 
 
  
−
    <div class="vignette" id="vign_20">
 
−
        <div class="vignette_for">
 
−
        </div>
 
−
       
 
−
        <div class="vignette_back" id="back_20">
 
−
        </div>
 
−
       
 
−
        <div class="vignette_text">
 
−
            <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Microchannel Chip Mold Fabrication</p>
 
−
        </div>
 
−
    </div>
 
  
−
    <div class="panel" id="pan_20"  style="text-align:left;">
+
        <div class="block separator-mark">
−
        <div class="close_button">
+
 
         </div>
 
         </div>
−
        <br>
 
−
        <p style="text-indent:0px;"> We were allowed to use the molds made by Institut Curie. We were not involved in the process of their fabrication. Here is a short video we made about how these molds were created. </p>
 
−
        <br>
 
−
    </div> 
 
  
−
    <script>
+
         <div class="block full" style="display:flex;flex-flow: row wrap;justify-content:center;margin:auto;">
−
         
+
−
         var acc = document.getElementsByClassName("vignette_back");
+
−
        var i;
+
  
−
        for (i = 20; i < 30; i++) {
+
            <h2 style="order:1;width:100%">Microfluidics: well chip</h2>
−
            acc[i].addEventListener("click", function() {
+
  
−
                /*get clicked element index*/
+
            <p style="text-indent:0px;order:2;margin:2em;width:100%"> The well chip was designed and made by our team to test the biocompatibility of the nanoporous membrane and the effect of electricity on biofilm growth. </p> 
−
                var index = String(this.id).substring(5,7);
+
  
−
                 /*locate elements to move*/
+
            <div class="vignette" id="vign_20">
−
                 var panel = document.getElementById("pan_"+index);
+
                 <div class="vignette_for">
−
                 var vignFor = this.previousElementSibling;
+
                </div>
−
                 var vignText = this.nextElementSibling;
+
                  
−
                 /*move it*/
+
                <div class="vignette_back" id="back_20">
−
                if (panel.style.maxHeight){
+
                 </div>
 +
                  
 +
                <div class="vignette_text">
 +
                    <p style="margin:auto; text-align:center;font-weight:bold;">PDMS Microchannel Chip Mold Fabrication</p>
 +
                 </div>
 +
            </div>
  
−
                    /*close it*/
+
            <div class="panel" id="pan_20"  style="text-align:left;">
−
                    panel.style.maxHeight = null;
+
                <div class="close_button">
−
                    vignFor.style.opacity = 1;
+
                 </div>
−
                    vignText.style.opacity = 0.8;
+
                 <br>
−
                    vignText.style.top = "4em";
+
                <p style="text-indent:0px;"> We were allowed to use the molds made by Institut Curie. We were not involved in the process of their fabrication. Here is a short video we made about how these molds were created. </p>
−
                 }
+
                <br>
−
                 else {
+
            </div> 
−
                   
+
−
                    /*find active element*/
+
−
                    var j;
+
−
                    var index_act = -1 ;
+
−
                    var el_foc;
+
−
                    for (j = 20; j < 30; j++) {
+
−
                        el_foc=document.getElementById("pan_"+j);
+
−
                        if (el_foc.style.maxHeight != 0) {
+
−
                            index_act=j;
+
−
                            break;
+
−
                        }
+
−
                    }
+
−
                    if (index_act != -1) {
+
−
                        /*close active element*/
+
−
                        var panel_act = document.getElementById("pan_"+index_act);  
+
−
                        var back_act = document.getElementById("back_"+index_act);
+
−
                        var for_act=back_act.previousElementSibling;
+
−
                        var text_act=back_act.nextElementSibling;
+
−
                        panel_act.style.maxHeight = null;
+
−
                        for_act.style.opacity = 1;
+
−
                        text_act.style.opacity = 0.8;
+
−
                        text_act.style.top = "4em";
+
−
                    }
+
−
 
+
  
−
                    /*open clicked element*/
+
            <script>
−
                    panel.style.maxHeight = panel.scrollHeight + "px";
+
                 
−
                    vignFor.style.opacity = 0;
+
                var acc = document.getElementsByClassName("vignette_back");
−
                    vignText.style.opacity = 1;
+
                 var i;
−
                    vignText.style.top = "15em";
+
−
                 }
+
−
            });
+
−
        }
+
  
−
    </script>
+
                for (i = 20; i < 30; i++) {
 +
                    acc[i].addEventListener("click", function() {
  
−
</div>
+
                        /*get clicked element index*/
 +
                        var index = String(this.id).substring(5,7);
  
 +
                        /*locate elements to move*/
 +
                        var panel = document.getElementById("pan_"+index);
 +
                        var vignFor = this.previousElementSibling;
 +
                        var vignText = this.nextElementSibling;
 +
                        /*move it*/
 +
                        if (panel.style.maxHeight){
  
 +
                            /*close it*/
 +
                            panel.style.maxHeight = null;
 +
                            vignFor.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.opacity = 0.8;
 +
                            vignText.style.top = "4em";
 +
                        }
 +
                        else {
 +
                           
 +
                            /*find active element*/
 +
                            var j;
 +
                            var index_act = -1 ;
 +
                            var el_foc;
 +
                            for (j = 20; j < 30; j++) {
 +
                                el_foc=document.getElementById("pan_"+j);
 +
                                if (el_foc.style.maxHeight != 0) {
 +
                                    index_act=j;
 +
                                    break;
 +
                                }
 +
                            }
 +
                            if (index_act != -1) {
 +
                                /*close active element*/
 +
                                var panel_act = document.getElementById("pan_"+index_act);
 +
                                var back_act = document.getElementById("back_"+index_act);
 +
                                var for_act=back_act.previousElementSibling;
 +
                                var text_act=back_act.nextElementSibling;
 +
                                panel_act.style.maxHeight = null;
 +
                                for_act.style.opacity = 1;
 +
                                text_act.style.opacity = 0.8;
 +
                                text_act.style.top = "4em";
 +
                            }
 +
         
  
 +
                            /*open clicked element*/
 +
                            panel.style.maxHeight = panel.scrollHeight + "px";
 +
                            vignFor.style.opacity = 0;
 +
                            vignText.style.opacity = 1;
 +
                            vignText.style.top = "15em";
 +
                        }
 +
                    });
 +
                }
  
 +
            </script>
  
−
<script>
+
        </div>
  
−
        var acc = document.getElementsByClassName("close_button");
 
  
−
        for (i = 0; i < 10; i++) {
 
−
            acc[i].addEventListener("click", function() {
 
−
                var panel = this.parentElement;
 
−
                var index = String(panel.id).substring(4,5);;
 
−
                var vignBack = document.getElementById("back_"+index);
 
−
                var vignFor = vignBack.previousElementSibling;
 
−
                var vignText = vignBack.nextElementSibling;
 
−
                panel.style.maxHeight = null;
 
−
                vignFor.style.opacity = 1;
 
−
                vignText.style.opacity = 0.8;
 
−
                vignText.style.top = "4em";
 
−
            });
 
−
        }
 
  
−
        for (i = 10; i < acc.length; i++) {
 
−
            acc[i].addEventListener("click", function() {
 
−
                var panel = this.parentElement;
 
−
                var index = String(panel.id).substring(4,6);
 
−
                var vignBack = document.getElementById("back_"+index);
 
−
                var vignFor = vignBack.previousElementSibling;
 
−
                var vignText = vignBack.nextElementSibling;
 
−
                panel.style.maxHeight = null;
 
−
                vignFor.style.opacity = 1;
 
−
                vignText.style.opacity = 0.8;
 
−
                vignText.style.top = "4em";
 
−
            });
 
−
        }
 
  
  
−
</script>
+
        <script>
  
 +
                var acc = document.getElementsByClassName("close_button");
  
−
<br>
+
                for (i = 0; i < 10; i++) {
−
<br>
+
                    acc[i].addEventListener("click", function() {
−
<br>
+
                        var panel = this.parentElement;
−
<br>
+
                        var index = String(panel.id).substring(4,5);;
 +
                        var vignBack = document.getElementById("back_"+index);
 +
                        var vignFor = vignBack.previousElementSibling;
 +
                        var vignText = vignBack.nextElementSibling;
 +
                        panel.style.maxHeight = null;
 +
                        vignFor.style.opacity = 1;
 +
                        vignText.style.opacity = 0.8;
 +
                        vignText.style.top = "4em";
 +
                    });
 +
                }
  
 +
                for (i = 10; i < acc.length; i++) {
 +
                    acc[i].addEventListener("click", function() {
 +
                        var panel = this.parentElement;
 +
                        var index = String(panel.id).substring(4,6);
 +
                        var vignBack = document.getElementById("back_"+index);
 +
                        var vignFor = vignBack.previousElementSibling;
 +
                        var vignText = vignBack.nextElementSibling;
 +
                        panel.style.maxHeight = null;
 +
                        vignFor.style.opacity = 1;
 +
                        vignText.style.opacity = 0.8;
 +
                        vignText.style.top = "4em";
 +
                    });
 +
                }
  
−
</div>
+
 
−
</div>
+
        </script>
 +
 
 +
 
 +
        <br>
 +
        <br>
 +
        <br>
 +
        <br>
 +
 
 +
 
 +
        </div>
 +
    </div>
  
  
−
<footer>
+
    <footer>
−
</footer>
+
    </footer>
  
  
  
 
</html>
 
</html>

Revision as of 12:29, 22 August 2018

""

PROTOCOLS

Microfluidics: general protocols

PDMS (Polydimethylsiloxane) is a widely used polymer in microfluidics, for its biocompatibility and transparence, among other qualities. Here we show how to prepare PDMS for microfluidic chips, as well as how to demold them, bond them to other surfaces and treat them for neuron growth. Also, we explain how our molds and chips were fabricated.

PDMS Chips Fabrication

PDMS Chip Demolding

PDMS Chip Bonding

PDMS Chip Treatment for Nerve Growth


Materials

  • Sylgard 184 Elastomer Kit (Sigma-aldrich, 761036-5EA)
  • Vacuum pump unit (Vacuubrand PC 3 RZ 2.5)
  • Stove (Memmert UM 400)

Protocol

According to manufacturer's instruction.

  • Mix monomer and curing agent (10:1 proportion) for 30 seconds
  • Use a vacuum pump unit and a vacuum bell jar to extract air bubbles until the mixture is clear
  • Pour mixture onto mold
  • Put mixture+mold in stove at 70 degrees Celsius for 3 hours

Get full protocol here



Materials

  • Razor blade (OEMTOOLS 25181 Razor Blades, 100 Pack)
  • Biopsy puncher (Kai Biopsy Punch 4mm )

Protocol


  • Cut the borders of the chip with the razor blade
  • Extract the chip from its mold
  • Drill input and output holes with the biopsy puncher

Get full protocol here



Materials

  • Plasma cleaner (Diener Pico PCCE)
  • Distilled water (Fisherbrand, CAS number 7732-18-5)
  • Isopropanol (Fisherbrand, CAS number 67-63-0)
  • Office duct tape
  • Vertical laminar airflow cabinets (Euroclone aura vertical S.D.4)

Protocol


  • Take chip and the surface it needs to be bonded to into the airflow cabinet
  • Clean chip with duct tape and isopropanol
  • Put the chip and the surface into the plasma cleaner.
  • Expose chip and surface 30 seconds to plasma.
  • Take the chip and the surface back in the airflow cabinet
  • Press the microfluidic chip against the surface
  • Insert distilled water into chip circuitry

    • Get full protocol here



Materials

  • Poly-D-Lysine solution 1.0 mg/mL (Sigma aldrich, A-003-E)
  • Laminin (Sigma aldrich, Laminin from Engelbreth-Holm-Swarm murine sarcoma basement membrane, L2020-1MG)

Protocol


  • Pour poly-D-lysine with concentration 10 &mu g/mL into the chip
  • Incubate over night
  • Pour laminine with concentration 4 &mu g/mL
  • Incubate for a few hours

    • Get full protocol here


Microfluidics: microchannel chip

We used the microchannel chip to test the effect of NGF on the neuron's growth.

PDMS Microchannel Chip Mold Fabrication


We were allowed to use the molds made by Institut Curie. We were not involved in the process of their fabrication. Here is a short video we made about how these molds were created.




Microfluidics: well chip

The well chip was designed and made by our team to test the biocompatibility of the nanoporous membrane and the effect of electricity on biofilm growth.

PDMS Microchannel Chip Mold Fabrication


We were allowed to use the molds made by Institut Curie. We were not involved in the process of their fabrication. Here is a short video we made about how these molds were created.