Difference between revisions of "Team:SKLMT-China/Notebook Overview"

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+
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                 <div class="panel-heading">
 
                 <div class="panel-heading">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
                     <h4 class="panel-title">
 
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−
                           week6
+
                           week5
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </h4>
 
                     </h4>
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                 <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse">
 
                     <div class="panel-body">
 
                     <div class="panel-body">
−
<h5 class="title">design the PAGE-purified oligonucleotides used to amplify the chloramphenicol and add homology arm for rencombination. </h5>
+
<p>Find promoters with various strength in the light of transcriptom references. Take the sequence from the upstream of a specific gene. </p>
−
 
+
 
<div class="table-wrapper">
 
<div class="table-wrapper">
 
                 <table class="alt">
 
                 <table class="alt">
 
                     <thead>
 
                     <thead>
 
                         <tr>
 
                         <tr>
−
                             <th>Primer</th>
+
                             <th>Number</th>
 +
                            <th> Promoter </th>
 
                             <th> Sequence 5'-3'</th>
 
                             <th> Sequence 5'-3'</th>
−
<th>length</th>
+
<th> Length</th>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
 
                     </thead>
 
                     </thead>
 
                     <tbody>
 
                     <tbody>
 
                         <tr>
 
                         <tr>
−
                             <td>Syn-primer 1</td>
+
                             <td>01</td>
−
                             <td> AATGAATTACAACAGTTTTTATGCAGATATCAATTAATTTGGTTATGTGTGGGAGGGCTA </td>
+
                             <td>PampC</td>
−
                             <td>60</td>
+
                             <td> ACGCCGGGGCCGCAAAGCCGCTGGGACAAACGCGGCGTACATAACCAGAACCCAGGGAAACCAACCAATC </td>
 +
<td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td> ampC-2 </td>
+
                             <td>02</td>
−
                             <td>TGGGTTCTGGTTATGTACGCCGCGTTTGTCCCAGCGGCTTTGCGGCCCCGGCGTATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>ParaA</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>CTACGACGGCTTCCTGACCCTATAGCTCTAGCAACACCCCCGATTGTTTTGTCTCTGGAGGATCACAGTA</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td>araA-2 </td>
+
                             <td>03</td>
−
                             <td>AGACAAAACAATCGGGGGTGTTGCTAGAGCTATAGGGTCAGGAAGCCGTCGTAGATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>PfabD</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>TGTCAGTTTCTTGCGTCCACCACGGTGTGACGTCAATTCTCCGACGACAAGATCATTAGGGGCTTGTTAC</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td>fabD-2 </td>
+
                             <td>04</td>
−
                             <td>GATCTTGTCGTCGGAGAATTGACGTCACACCGTGGTGGACGCAAGAAACTGACAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>PccmD</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>AGGTGCTCAAGCGTGAAGCCCGGACCAGTTGGGTCAAGGCCGAAGTCCAACGCAGCCTGGAGGCCGCCCG</td>
 +
                             <td>70 </td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td>ccmD-2 </td>
+
                             <td>05</td>
−
                             <td>TGCGTTGGACTTCGGCCTTGACCCAACTGGTCCGGGCTTCACGCTTGAGCACCTATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>PfliA</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>CGGCGAACCCACGCGGGCATCTGGAGTTTTTTGTCGAGCGGCTAGTGCATCAAACAGCGGGACCGGTGCT</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                    <tr>
−
                             <td> fliA-2 </td>
+
                             <td>06</td>
−
                             <td>TTTGATGCACTAGCCGCTCGACAAAAAACTCCAGATGCCCGCGTGGGTTCGCCGATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>PltR</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>GGCTGTCATGATCTATTTGTAATTTGCCTTTACAAAAATAAGACACTAAAAATTCTAAAAGGATTTAGGA</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td> pltR-2 </td>
+
                             <td>07</td>
−
                             <td>AATTTTTAGTGTCTTATTTTTGTAAAGGCAAATTACAAATAGATCATGACAGCCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>PproC</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>GCGCTGTTTGGTGCCCGCGACTACAGTCAGTCCTGATGCGACTGACCCCGACCTCTTGTAAGGACCTGTC</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td> proC-2 </td>
+
                             <td>08</td>
−
                             <td>AGGTCGGGGTCAGTCGCATCAGGACTGACTGTAGTCGCGGGCACCAAACAGCGCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>PrecA</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>GCTGTGGAATAATACTGGCTACTTATACAGGTGTTGGCCGTCAGGCCTTATTGATTACGTGAGGACTTTA</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td> recA-2 </td>
+
                             <td>09</td>
−
                             <td>TCAATAAGGCCTGACGGCCAACACCTGTATAAGTAGCCAGTATTATTCCACAGCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>PrpoD</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>TGAGGTCATAGCTCGGGTATAATCCTCGGCTTGTTTTTTGCCCGCCAAGACCTTCAGTGGATAGGGTGTT</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td> rpoD-2 </td>
+
                             <td>10</td>
−
                             <td>AAGGTCTTGGCGGGCAAAAAACAAGCCGAGGATTATACCCGAGCTATGACCTCAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>PrpoS</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>AGGCTCCAGCGTTGCCAGGGATAAAGGCGCCGCTTGAGCCTGAGGTCGAACTCACCAAAGGACTATAACA</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td> rpoS-2 </td>
+
                             <td>11</td>
−
                             <td>TGAGTTCGACCTCAGGCTCAAGCGGCGCCTTTATCCCTGGCAACGCTGGAGCCTATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>PdnaA</td>
−
                             <td>8f0</td>
+
                             <td>TAAGTGGGCGGCTGATCGCTACAATGGCCGCTTGTTTTTGCCTCACCGGCTTTCAACTTAGGGGATATCC</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td> dnaA-2 </td>
+
                             <td>12</td>
−
                             <td>GAAAGCCGGTGAGGCAAAAACAAGCGGCCATTGTAGCGATCAGCCGCCCACTTAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>Ppol</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>ACCTTGTCCCTTTGTCGTCAACGGTCCCGCTATTCTAGCGCCGGACCCGCCGAAAAGGTTGATCCCGCTC</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td> pol-2 </td>
+
                             <td>13</td>
−
                             <td>TTCGGCGGGTCCGGCGCTAGAATAGCGGGACCGTTGACGACAAAGGGACAAGGtATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>P16s</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>CGAGAAATCAAAGATGTAACCAACGATTGCTGAGCCAAGTTTAGGGTTTTCTCAAAACCCAAAGATGTTT</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td> 16s-2 </td>
+
                             <td>14</td>
−
                             <td>TGAGAAAACCCTAAACTTGGCTCAGCAATCGTTGGTTACATCTTTGATTTCTCGATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>Psig</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>TGCCAAATCGATAAAGCCTCAATGACAATGCGACTAATTATCATTAGTGACACTCAGGCAGTCCGCGTCC</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td>sig-2 </td>
+
                             <td>15</td>
−
                             <td>AGTGTCACTAATGATAATTAGTCGCATTGTCATTGAGGCTTTATCGATTTGGCAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>Patf</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>GTCGCCGGGCGTAAAGTGATCGCCGTTTGCGCGGCCCGATTGTCCGGCCGCCCGAGTAAGGAGTCTTATC</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td>atf-2 </td>
+
                             <td>16</td>
−
                             <td>CGGGCGGCCGGACAATCGGGCCGCGCAAACGGCGATCACTTTACGCCCGGCGACATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>Pfme</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>ATGACCGTCTTGCAAAGGCTTGCTACGGCAAGCCTTTTTCTTTTCCGCATGTTTAACATCGAGAATTCCC</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td>fme-2 </td>
+
                             <td>17</td>
−
                             <td>AAACATGCGGAAAAGAAAAAGGCTTGCCGTAGCAAGCCTTTGCAAGACGGTCATATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
+
<td>Pmem</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>GGTTAATCCGGGGTTTGTCGTTTCTGCCCGCCCCGCTATCATTCGCCGCATCTTTCGAGGGGTATGACCG</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td>mem-2 </td>
+
                             <td>18</td>
−
                             <td>AAGATGCGGCGAATGATAGCGGGGCGGGCAGAAACGACAAACCCCGGATTAACCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>Pfat</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>CGTTTACGGCTAGCGCCCGGAGCCGGGGCTCGGGGCAGGATGCACACATCACTGACCAGAGGATGGAATC</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td>fat-2 </td>
+
                             <td>19</td>
−
                             <td>CAGTGATGTGTGCATCCTGCCCCGAGCCCCGGCTCCGGGCGCTAGCCGTAAACGATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
+
<td>Pami</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>GGTTTGGGGTTGCGCACTAACTTGCGCAGTGGCGATATAAGCGCCCTATAACAATTCCAGGGGTCGTTGT</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td>ami-2 </td>
+
                             <td>20</td>
−
                             <td>TTGTTATAGGGCGCTTATATCGCCACTGCGCAAGTTAATGCGCAACCCCAAACCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
+
<td>Prib</td>
−
                             <td>80</td>
+
                             <td>TTCGCGCCCTAATTCGTGCGGTATTCAACAATAGTGTTGGGTGGCGGCACGCTAGCCTGAGGAATACACC</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
 
−
                            <td>rib-2 </td>
 
−
                            <td>TAGCGTGCCGCCACCCAACACTATTGTTGAATACCGCACGAATTAGGGCGCGAAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
 
−
                            <td>80</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>abc-2 </td>
 
−
                            <td>AAGTCGCCCGACCCCGGGCGCCTGCCGGCCTGGGCCGGCAATTTTATTTGCGGGATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
 
−
                            <td>80</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>edo-2 </td>
 
−
                            <td>TTGGCTGCGCGCTCTTTGGCGATCAACTGGTCAGCCACGCTCAGCGCGCCTTCAATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG</td>
 
−
                            <td>80</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>tox-2 </td>
 
−
                            <td>GCTGCTTGTGGTTAGCGGGTCTTGGGTGTTAGAGCACTCAAGGCCCGCGTCTTTATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
 
−
                            <td>80</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>div-2 </td>
 
−
                            <td>GACTTTGAGGCCCAGCAGTTCCAGACCTTGCTTGAGGGTGCGCCGGGTCAGCTCATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
 
−
                            <td>80</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>lip-2 </td>
 
−
                            <td>GCCCGAAGCCCCGGTTTTTTTACTTCAGGCCTTGCCCGGAAAACATCAGAACCTATTAATGACGTTGATCGGCACGTAAG </td>
 
−
                            <td>80</td>
 
−
                        </tr>
 
−
 
−
                    </tbody>
 
−
                   
 
−
                </table>
 
−
            </div>
 
−
<div class="table-wrapper">
 
−
                <table class="alt">
 
−
                    <thead>
 
 
                         <tr>
 
                         <tr>
−
                             <th>Primer</th>
+
                             <td>21</td>
−
                             <th> Sequence 5'-3'</th>
+
<td>Pabc</td>
−
<th>length</th>
+
                             <td>CCCGCAAATAAAATTGCCGGCCCAGGCCGGCAGGCGCCCGGGGTCGGGCGACTTACAAGGAGCTTGTTGG</td>
 +
                            <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
                    </thead>
 
−
                    <tbody>
 
 
                         <tr>
 
                         <tr>
−
                            <td>Syn-primer 3</td>
 
−
                            <td> AATGAATTACAACAGTTTTTAT</td>
 
 
                             <td>22</td>
 
                             <td>22</td>
 +
<td>Pedo</td>
 +
                            <td>TGAAGGCGCGCTGAGCGTGGCTGACCAGTTGATCGCCAAAGAGCGCGCAGCCAAGTAAGCGCCCGCCGCC</td>
 +
                            <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td> ampC-4 </td>
+
                             <td>23</td>
−
                             <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATGATTGGTTGGTTTCCCTGGGTTCTGGTTATGTACGC </td>
+
<td>Ptox</td>
−
                             <td>76</td>
+
                             <td>AAAGACGCGGGCCTTGAGTGCTCTAACACCCAAGACCCGCTAACCACAAGCAGCTAAACAGGAGCTGAAT</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td>araA-4 </td>
+
                             <td>24</td>
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATTACTGTGATCCTCCAGAGACAAAACAATCGGGGGTG</td>
+
<td>Pdiv</td>
−
                             <td>76</td>
+
 
 +
<td>GAGCTGACCCGGCGCACCCTCAAGCAAGGTCTGGAACTGCTGGGCCTCAAAGTCCTGGAGCAAATGTAAG</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
+
                        <tr>
−
                             <td>fabD-4 </td>
+
                             <td>25</td>
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATGTAACAAGCCCCTAATGATCTTGTCGTCGGAGAATT</td>
+
<td>Plip</td>
−
                             <td>76</td>
+
<td>AGGTTCTGATGTTTTCCGGGCAAGGCCTGAAGTAAAAAAACCGGGGCTTCGGGCCCACGGGAGAAAAATA</td>
 +
                             <td>70</td>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
−
<tr>
 
−
                            <td>ccmD-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATCGGGCGGCCTCCAGGCTGCGTTGGACTTCGGCCTTGA</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td> fliA-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATAGCACCGGTCCCGCTGTTTGATGCACTAGCCGCTCG</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td> pltR-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATTCCTAAATCCTTTTAGAATTTTTAGTGTCTTATTTT</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td> proC-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATGACAGGTCCTTACAAGAGGTCGGGGTCAGTCGCATC</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td> recA-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATTAAAGTCCTCACGTAATCAATAAGGCCTGACGGCCA</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td> rpoD-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATAACACCCTATCCACTGAAGGTCTTGGCGGGCAAAAA</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td> rpoS-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATTGTTATAGTCCTTTGGTGAGTTCGACCTCAGGCTCA</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td> dnaA-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATggatatcccctaagttgaaagccggtgaggcaaaaa</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td> pol-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATgagcgggatcaaccttttcggcgggtccggcgctag</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td> 16s-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATaaacatctttgggttttgagaaaaccctaaacttgg</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>sig-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATggacgcggactgcctgagtgtcactaatgataatta</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>atf-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATgataagactccttactcgggcggccggacaatcggg</td>
 
−
                            <td>80</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>fme-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATgggaattctcgatgttaaacatgcggaaaagaaaaa</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>mem-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATcggtcatacccctcgaaagatgcggcgaatgatagc</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>fat-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATgattccatcctctggtcagtgatgtgtgcatcctgc</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>ami-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATacaacgacccctggaattgttatagggcgcttatat</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>rib-4</td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATggtgtattcctcaggctagcgtgccgccacccaaca</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>abc-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATccaacaagctccttgtaagtcgcccgaccccgggcg</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>edo-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATggcggcgggcgcttacttggctgcgcgctctttggc</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>tox-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATattcagctcctgtttagctgcttgtggttagcgggt </td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>div-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATcttacatttgctccaggactttgaggcccagcagtt</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
<tr>
 
−
                            <td>lip-4 </td>
 
−
                            <td>ATGGCGCCGGGCCTTTCTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCATtatttttctcccgtgggcccgaagccccggtttttt</td>
 
−
                            <td>76</td>
 
−
                        </tr>
 
−
 
 
                     </tbody>
 
                     </tbody>
 
                      
 
                      
 
                 </table>
 
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Revision as of 11:45, 15 October 2018

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week1-4

Team registration and brainstorm

During this time, we registrated the team SKLMT-China in iGEM. In order to verify the feasibility of our project, we discussed with professors and experts and did some human practice work.

week5

Find promoters with various strength in the light of transcriptom references. Take the sequence from the upstream of a specific gene.

Number Promoter Sequence 5'-3' Length
01 PampC ACGCCGGGGCCGCAAAGCCGCTGGGACAAACGCGGCGTACATAACCAGAACCCAGGGAAACCAACCAATC 70
02 ParaA CTACGACGGCTTCCTGACCCTATAGCTCTAGCAACACCCCCGATTGTTTTGTCTCTGGAGGATCACAGTA 70
03 PfabD TGTCAGTTTCTTGCGTCCACCACGGTGTGACGTCAATTCTCCGACGACAAGATCATTAGGGGCTTGTTAC 70
04 PccmD AGGTGCTCAAGCGTGAAGCCCGGACCAGTTGGGTCAAGGCCGAAGTCCAACGCAGCCTGGAGGCCGCCCG 70
05 PfliA CGGCGAACCCACGCGGGCATCTGGAGTTTTTTGTCGAGCGGCTAGTGCATCAAACAGCGGGACCGGTGCT 70
06 PltR GGCTGTCATGATCTATTTGTAATTTGCCTTTACAAAAATAAGACACTAAAAATTCTAAAAGGATTTAGGA 70
07 PproC GCGCTGTTTGGTGCCCGCGACTACAGTCAGTCCTGATGCGACTGACCCCGACCTCTTGTAAGGACCTGTC 70
08 PrecA GCTGTGGAATAATACTGGCTACTTATACAGGTGTTGGCCGTCAGGCCTTATTGATTACGTGAGGACTTTA 70
09 PrpoD TGAGGTCATAGCTCGGGTATAATCCTCGGCTTGTTTTTTGCCCGCCAAGACCTTCAGTGGATAGGGTGTT 70
10 PrpoS AGGCTCCAGCGTTGCCAGGGATAAAGGCGCCGCTTGAGCCTGAGGTCGAACTCACCAAAGGACTATAACA 70
11 PdnaA TAAGTGGGCGGCTGATCGCTACAATGGCCGCTTGTTTTTGCCTCACCGGCTTTCAACTTAGGGGATATCC 70
12 Ppol ACCTTGTCCCTTTGTCGTCAACGGTCCCGCTATTCTAGCGCCGGACCCGCCGAAAAGGTTGATCCCGCTC 70
13 P16s CGAGAAATCAAAGATGTAACCAACGATTGCTGAGCCAAGTTTAGGGTTTTCTCAAAACCCAAAGATGTTT 70
14 Psig TGCCAAATCGATAAAGCCTCAATGACAATGCGACTAATTATCATTAGTGACACTCAGGCAGTCCGCGTCC 70
15 Patf GTCGCCGGGCGTAAAGTGATCGCCGTTTGCGCGGCCCGATTGTCCGGCCGCCCGAGTAAGGAGTCTTATC 70
16 Pfme ATGACCGTCTTGCAAAGGCTTGCTACGGCAAGCCTTTTTCTTTTCCGCATGTTTAACATCGAGAATTCCC 70
17 Pmem GGTTAATCCGGGGTTTGTCGTTTCTGCCCGCCCCGCTATCATTCGCCGCATCTTTCGAGGGGTATGACCG 70
18 Pfat CGTTTACGGCTAGCGCCCGGAGCCGGGGCTCGGGGCAGGATGCACACATCACTGACCAGAGGATGGAATC 70
19 Pami GGTTTGGGGTTGCGCACTAACTTGCGCAGTGGCGATATAAGCGCCCTATAACAATTCCAGGGGTCGTTGT 70
20 Prib TTCGCGCCCTAATTCGTGCGGTATTCAACAATAGTGTTGGGTGGCGGCACGCTAGCCTGAGGAATACACC 70
21 Pabc CCCGCAAATAAAATTGCCGGCCCAGGCCGGCAGGCGCCCGGGGTCGGGCGACTTACAAGGAGCTTGTTGG 70
22 Pedo TGAAGGCGCGCTGAGCGTGGCTGACCAGTTGATCGCCAAAGAGCGCGCAGCCAAGTAAGCGCCCGCCGCC 70
23 Ptox AAAGACGCGGGCCTTGAGTGCTCTAACACCCAAGACCCGCTAACCACAAGCAGCTAAACAGGAGCTGAAT 70
24 Pdiv GAGCTGACCCGGCGCACCCTCAAGCAAGGTCTGGAACTGCTGGGCCTCAAAGTCCTGGAGCAAATGTAAG 70
25 Plip AGGTTCTGATGTTTTCCGGGCAAGGCCTGAAGTAAAAAAACCGGGGCTTCGGGCCCACGGGAGAAAAATA 70

week5

Find promoters with various strength in the light of transcriptom references. Take the sequence from the upstream of a specific gene.

Number Promoter Sequence 5'-3' Length
01 PampC ACGCCGGGGCCGCAAAGCCGCTGGGACAAACGCGGCGTACATAACCAGAACCCAGGGAAACCAACCAATC 70
02 ParaA CTACGACGGCTTCCTGACCCTATAGCTCTAGCAACACCCCCGATTGTTTTGTCTCTGGAGGATCACAGTA 70
03 PfabD TGTCAGTTTCTTGCGTCCACCACGGTGTGACGTCAATTCTCCGACGACAAGATCATTAGGGGCTTGTTAC 70
04 PccmD AGGTGCTCAAGCGTGAAGCCCGGACCAGTTGGGTCAAGGCCGAAGTCCAACGCAGCCTGGAGGCCGCCCG 70
05 PfliA CGGCGAACCCACGCGGGCATCTGGAGTTTTTTGTCGAGCGGCTAGTGCATCAAACAGCGGGACCGGTGCT 70
06 PltR GGCTGTCATGATCTATTTGTAATTTGCCTTTACAAAAATAAGACACTAAAAATTCTAAAAGGATTTAGGA 70
07 PproC GCGCTGTTTGGTGCCCGCGACTACAGTCAGTCCTGATGCGACTGACCCCGACCTCTTGTAAGGACCTGTC 70
08 PrecA GCTGTGGAATAATACTGGCTACTTATACAGGTGTTGGCCGTCAGGCCTTATTGATTACGTGAGGACTTTA 70
09 PrpoD TGAGGTCATAGCTCGGGTATAATCCTCGGCTTGTTTTTTGCCCGCCAAGACCTTCAGTGGATAGGGTGTT 70
10 PrpoS AGGCTCCAGCGTTGCCAGGGATAAAGGCGCCGCTTGAGCCTGAGGTCGAACTCACCAAAGGACTATAACA 70
11 PdnaA TAAGTGGGCGGCTGATCGCTACAATGGCCGCTTGTTTTTGCCTCACCGGCTTTCAACTTAGGGGATATCC 70
12 Ppol ACCTTGTCCCTTTGTCGTCAACGGTCCCGCTATTCTAGCGCCGGACCCGCCGAAAAGGTTGATCCCGCTC 70
13 P16s CGAGAAATCAAAGATGTAACCAACGATTGCTGAGCCAAGTTTAGGGTTTTCTCAAAACCCAAAGATGTTT 70
14 Psig TGCCAAATCGATAAAGCCTCAATGACAATGCGACTAATTATCATTAGTGACACTCAGGCAGTCCGCGTCC 70
15 Patf GTCGCCGGGCGTAAAGTGATCGCCGTTTGCGCGGCCCGATTGTCCGGCCGCCCGAGTAAGGAGTCTTATC 70
16 Pfme ATGACCGTCTTGCAAAGGCTTGCTACGGCAAGCCTTTTTCTTTTCCGCATGTTTAACATCGAGAATTCCC 70
17 Pmem GGTTAATCCGGGGTTTGTCGTTTCTGCCCGCCCCGCTATCATTCGCCGCATCTTTCGAGGGGTATGACCG 70
18 Pfat CGTTTACGGCTAGCGCCCGGAGCCGGGGCTCGGGGCAGGATGCACACATCACTGACCAGAGGATGGAATC 70
19 Pami GGTTTGGGGTTGCGCACTAACTTGCGCAGTGGCGATATAAGCGCCCTATAACAATTCCAGGGGTCGTTGT 70
20 Prib TTCGCGCCCTAATTCGTGCGGTATTCAACAATAGTGTTGGGTGGCGGCACGCTAGCCTGAGGAATACACC 70
21 Pabc CCCGCAAATAAAATTGCCGGCCCAGGCCGGCAGGCGCCCGGGGTCGGGCGACTTACAAGGAGCTTGTTGG 70
22 Pedo TGAAGGCGCGCTGAGCGTGGCTGACCAGTTGATCGCCAAAGAGCGCGCAGCCAAGTAAGCGCCCGCCGCC 70
23 Ptox AAAGACGCGGGCCTTGAGTGCTCTAACACCCAAGACCCGCTAACCACAAGCAGCTAAACAGGAGCTGAAT 70
24 Pdiv GAGCTGACCCGGCGCACCCTCAAGCAAGGTCTGGAACTGCTGGGCCTCAAAGTCCTGGAGCAAATGTAAG 70
25 Plip AGGTTCTGATGTTTTCCGGGCAAGGCCTGAAGTAAAAAAACCGGGGCTTCGGGCCCACGGGAGAAAAATA 70

week7

In order to obtain an artificial promoter library suitable for cloning, promoter sequence flanked by homology arms was added a chloramphenicol selection marker. This sequence was synthesized by sangon ®.

TABLE 2 Oligonucleotides used for PCR of the DNA segment containing the promoter and chloramphenicol selective marker

Set up the PCR reaction using pR6K-cm-ccdB as a template. Typically, set up the PCR reaction (50ul in total) to obtain sufficient amounts of DNA.
Component Amount(ul) Final
Autoclaved ddH2O 22
2×primeSTAR max premix 25 1×
Template, 50ng ul-1 1 50 ng
Syn-promoter-1 Oligo(10uM) 1 30 pmol
promoter-2 Oligo(10uM) 1 30 pmol
Total 50

Carry out the PCR in a thermal cycle following the instructions below:

Cycle number Denaturation Annealing Termination
1 94℃,4min
2~31 98℃, 15s 59℃, 15s 72℃, 15s
32 72℃, 4min
33 10℃, hold
Purify the PCR products using the TianGen PCR Purification Kit and elute into 30ul of autoclaved ddH2O. Quantify the elution using a NanoDrop UV spectrophotometer

week8

transform the plasmid pBBR1-kan-amp-ccdb-BAD-GFP-firefly into GB05 red gyrA462 via electroporation. Do Mini-Prep and screen correct plasmid by restriction analysis

week9

construct the plasmid pBBR1-kan-cm-promoter(1-25)-firefly via liner circular recombination in GB05 red gyrA462. Do Mini-Prep and screen correct recombinants by restriction analysis.

week10

transform the plasmid pBBR1-kan-amp-ccdb-BAD-GFP-firefly into p.fluorescence pf-5 via electroporation.

week11

Chracterize the strength of different promoters by luciferase firefly assay.

Colleborate with seven Chinese iGEM teams to characterize the promoter strength under differdent conditions.

week12

modeling

week13

constract our software tool

week14

week15

week16

week17

week18

week19

week20

week21

week22

week23

week24

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