Difference between revisions of "Team:Tianjin/Model"

 
(58 intermediate revisions by 6 users not shown)
Line 3: Line 3:
 
<html>
 
<html>
 
<head>
 
<head>
<script src="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/js/jquery?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
    <script src="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/js/jquery?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
         <meta charset="utf-8">
 
         <meta charset="utf-8">
 
         <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=Edge,chrome=1"/>
 
         <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=Edge,chrome=1"/>
 
         <meta content="width=device-width,initial-scale=1.0,maximum-scale=1.0,user-scalable=0;" name="viewport">
 
         <meta content="width=device-width,initial-scale=1.0,maximum-scale=1.0,user-scalable=0;" name="viewport">
 +
        <meta name="format-detection" content="telephone=no">
 
         <meta name="renderer" content="webkit">
 
         <meta name="renderer" content="webkit">
         <meta name="author" content="773715181 HanJiaxiao">
+
        <meta name="format-detection" content="telephone=no">
 +
         <meta name="author" content="773715181 Jiaxiao Han">
 
         <meta content="2018iGEM Team:Tianjin Kai System to control biological clock" name="description">
 
         <meta content="2018iGEM Team:Tianjin Kai System to control biological clock" name="description">
 
         <meta content="Team:Tianjin,iGEM:Tianjin,iGEM,2018iGEM" name="keywords">
 
         <meta content="Team:Tianjin,iGEM:Tianjin,iGEM,2018iGEM" name="keywords">
 
         <meta content="biological clock,clock,Kai,Kai A,Kai B,KaiC" name="keywords">
 
         <meta content="biological clock,clock,Kai,Kai A,Kai B,KaiC" name="keywords">
<title>Team:Tianjin - 2018.igem.org</title>
+
    <title>Team:Tianjin - 2018.igem.org</title>
 
         <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/bootstrap?action=raw&ctype=text/css">
 
         <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/bootstrap?action=raw&ctype=text/css">
 
         <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/base?action=raw&ctype=text/css">
 
         <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/base?action=raw&ctype=text/css">
         <link href="//netdna.bootstrapcdn.com/font-awesome/4.7.0/css/font-awesome.min.css" rel="stylesheet">
+
         <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/font-awesome?action=raw&ctype=text/css">
 
         <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/text?action=raw&ctype=text/css">
 
         <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/text?action=raw&ctype=text/css">
 
         <script src="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/js/bootstrap?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
         <script src="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/js/bootstrap?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
Line 21: Line 23:
 
         .MathJax_Display{
 
         .MathJax_Display{
 
             font-size: 22px;
 
             font-size: 22px;
 +
        }
 +
        .MathJax nobr>span.math>span{border-left-width:0 !important};
 +
        @media(max-width:767px){
 +
            .MathJax_Display{
 +
              font-size: 11px;
 +
            }
 
         }
 
         }
 
         table.table.table-bordered.table-bashed tr:nth-child(3n+2){
 
         table.table.table-bordered.table-bashed tr:nth-child(3n+2){
Line 39: Line 47:
 
.igem_2018_team_menu{display:none !important;}
 
.igem_2018_team_menu{display:none !important;}
 
</style>
 
</style>
<script src="https://use.fontawesome.com/597ba5ca72.js"></script>
+
 
 
<script>
 
<script>
 
$('#top_title').remove();$("#globalWrapper").removeAttr("id");$("#content").removeAttr("id");$("#HQ_page").removeAttr("id");$('.mw-body').removeClass('mw-body');$('.igem_2018_team_mobile_bar').remove();
 
$('#top_title').remove();$("#globalWrapper").removeAttr("id");$("#content").removeAttr("id");$("#HQ_page").removeAttr("id");$('.mw-body').removeClass('mw-body');$('.igem_2018_team_mobile_bar').remove();
Line 123: Line 131:
 
             <li>
 
             <li>
 
                 <a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Judging">
 
                 <a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Judging">
                     JUDGING FORM                
+
                     FOR JUDGES                
 
                 </a>
 
                 </a>
 
             </li>
 
             </li>
Line 310: Line 318:
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
                                     <p>The score of every fluorescent protein can be obtained shown as Figure1.</p>
+
                                     <p>The score of every fluorescent protein can be obtained shown as <a href="#1">Figure1</a>.</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
  
  
  
<p id="1">
+
 
<div align="center"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/ce/T--Tianjin--tuu1.png" height="450"></div>  
+
                                <p id="1"></p>
<div class="col-xs-12 picture">
+
                                <div class="col-xs-2"></div>
                                   
+
                                <div class="col-xs-8 picture">
                                      Figure1 Selection of report genes<br>
+
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/ce/T--Tianjin--tuu1.png">
                                    </p>
+
                                      <p>  Figure1 Selection of report genes<br> </p>
 +
                                </div>
 +
                              <div class="col-xs-2 picture">
 
                                 </div>
 
                                 </div>
  
Line 332: Line 342:
  
  
<p id="2">
+
                                <p id="2"></p>
<div align="center"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/1a/T--Tianjin--tuu2.png" height="400"></div>  
+
                              <div class="col-xs-2"></div>
<div class="col-xs-12 picture">
+
                                <div class="col-xs-8 picture">
                                   
+
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/1a/T--Tianjin--tuu2.png">
                                        Figure2 Fluorescent proteins could be chose from<br>
+
                                <p> Figure2 Fluorescent proteins could be chose from<br> </p>
                                    </p>
+
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 +
                                <div class="col-xs-2 picture">
 +
                                </div>
 +
  
  
Line 378: Line 390:
 
                                     </p>
 
                                     </p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <div class="col-xs-6 picture">
+
                                 <div class="col-md-6 col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/12/T--Tianjin--tutu3.png">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/12/T--Tianjin--tutu3.png">
 
                                     <p>Figure3 EYFP Degradation Curve</p>
 
                                     <p>Figure3 EYFP Degradation Curve</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <div class="col-xs-6 picture">
+
                                 <div class="col-md-6 col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/00/T--Tianjin--tutu4.png">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/00/T--Tianjin--tutu4.png">
 
                                     <p>Figure4 mCherry Degradation Curve</p>
 
                                     <p>Figure4 mCherry Degradation Curve</p>
Line 400: Line 412:
 
                                         a = 133, b =-0.005066, c =-44.38, d =-0.02168
 
                                         a = 133, b =-0.005066, c =-44.38, d =-0.02168
 
                                     </p>
 
                                     </p>
 +
                              </div>
 +
                                <p id="5"></p>
 +
                                <div class="col-xs-2"></div>
 +
                                <div class="col-xs-8 picture">
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7a/T--Tianjin--tu5.jpg">
 +
                                      <p>  Figure5 Fitted EYFP Degradation Curve</p> </p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                <div class="col-xs-12 picture">
+
                              <div class="col-xs-2 picture">
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7a/T--Tianjin--tu5.jpg">
+
                                    <p id="5">Figure5 Fitted EYFP Degradation Curve</p>
+
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
Line 415: Line 431:
 
                                     <p style="text-align: center;">a = 613.8, b = -0.0003886, c = 0.0003207, d =0.06852</p>
 
                                     <p style="text-align: center;">a = 613.8, b = -0.0003886, c = 0.0003207, d =0.06852</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <div class="col-xs-12 picture">
+
                                <p id="6"></p>
 +
                                <div class="col-xs-2"></div>
 +
                                 <div class="col-xs-8 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/42/T--Tianjin--tu6.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/42/T--Tianjin--tu6.jpg">
                                    <p id="6">Figure6 Fitted mCherry Degradation Curve</p>
+
                                      <p> Figure6 Fitted mCherry Degradation Curve </p>
 +
                                </div>
 +
                              <div class="col-xs-2 picture">
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
Line 429: Line 449:
 
                                     <p>Coefficients (with 95% confidence bounds):<br></p>
 
                                     <p>Coefficients (with 95% confidence bounds):<br></p>
 
                                     <p>$$ p_1 = -0.2287 , p_2 = 613.6$$</p>
 
                                     <p>$$ p_1 = -0.2287 , p_2 = 613.6$$</p>
 +
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <div class="col-xs-12 picture">
+
                                <p id="7"></p>
 +
                                <div class="col-xs-2"></div>
 +
                                 <div class="col-xs-8 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/35/T--Tianjin--tu7.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/35/T--Tianjin--tu7.jpg">
                                    <p id="7">Figure7 Linear mCherry Degradation Curve</p>
+
                                      <p> Figure7 Linear mCherry Degradation Curve </p>
 +
                                </div>
 +
                              <div class="col-xs-2 picture">
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
Line 469: Line 494:
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                     <p>
 
                                     <p>
                                       For the OD<sub>600</sub>&nbsp;values we got, we did some processing and modeling work. And here are our steps and results.<br>
+
                                       For the OD<sub>600</sub> values we got, we did some processing and modeling work. And here are our steps and results.<br>
 
                                     </p>
 
                                     </p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                     <p>
 
                                     <p>
                                         There were three groups in our experiment. They were blank control group, partial control group and experimental group. After getting all the data, first, we drew a histogram and a scattergram of time and maximum OD<sub>600</sub>&nbsp; values (<a href="#8">Figure8, 9</a>). These results were very instructive to experiments that these results told us the best measuring point and the best measuring interval.
+
                                         There were three groups in our experiment. They were blank control group, partial control group and experimental group. After getting all the data, first, we drew a histogram and a scattergram of time and maximum OD<sub>600</sub> values (<a href="#8">Figure8, 9</a>). These results were very instructive to experiments that these results told us the best measuring point and the best measuring interval.
 
                                     </p>
 
                                     </p>
                                </div>
+
                                                             
  
<div align="center"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/0e/T--Tianjin--tu8.png" height="550"></div>  
+
                                </div>
<div class="col-xs-12 picture">
+
                                <p id="8"></p>
                                    <p id="8">
+
                                <div class="col-xs-1"></div>
                                        Figure8 histogram of Time-Maximum OD Value<br>
+
                                <div class="col-xs-10 picture">
                                    </p>
+
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/0e/T--Tianjin--tu8.png">
 +
                                      <p> Figure8 histogram of Time-Maximum OD Value<br> </p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
+
                              <div class="col-xs-1 picture">
<div align="center"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/0d/T--Tianjin--tu9.png" height="550"></div>  
+
                                </div>
<div class="col-xs-12 picture">
+
                               
                                    <p id="9">
+
                                <p id="9"></p>
                                        Figure9 Scatter gram of Time-Maximum OD Value
+
                                <div class="col-xs-2"></div>
                                    </p>
+
                                <div class="col-xs-8 picture">
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/0d/T--Tianjin--tu9.png">
 +
                                      <p>Figure9 Scatter gram of Time-Maximum OD Value<br></p>
 +
                                </div>
 +
                              <div class="col-xs-2 picture">
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
 
 
                                
 
                                
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                     <p>
 
                                     <p>
                                         From the beginning to the maximum OD<sub>600</sub>&nbsp;value, it fits the&nbsp;logistic model. The block effect of resource and environment for the growth of yeasts is reflected in the growth rate <em>r</em>, which makes <em>r</em>&nbsp;decrease with the increase in the number of yeasts <em>x</em>. Express <em>r</em>&nbsp;as a function<em>&nbsp;</em>r(<em>x</em>) of <em>x</em>, and take a simple and convenient linear reduction function r(<em>x</em>)<em>=</em>a+b<em>x.</em>&nbsp;In order to give a real meaning to the coefficients a and b in the growth rate function, we introduced two parameters:<br>
+
                                         From the beginning to the maximum OD<sub>600</sub> value, it fits the logistic model. The block effect of resource and environment for the growth of yeasts is reflected in the growth rate <em>r</em>, which makes <em>r</em> decrease with the increase in the number of yeasts <em>x</em>. Express <em>r</em> as a function<em> </em>r(<em>x</em>) of <em>x</em>, and take a simple and convenient linear reduction function r(<em>x</em>)<em>=</em>a+b<em>x.</em> In order to give a real meaning to the coefficients a and b in the growth rate function, we introduced two parameters:<br>
 
                                         (1)<strong>Intrinsic growth rate </strong><strong><em>r</em> : </strong><em> r</em> is the growth rate when <em>x</em>=0 (in theory);<br>
 
                                         (1)<strong>Intrinsic growth rate </strong><strong><em>r</em> : </strong><em> r</em> is the growth rate when <em>x</em>=0 (in theory);<br>
                                         (2)<strong>P</strong><strong>opulation capacity </strong><strong><em>x</em></strong><strong><em><sub>m</sub></em> : </strong><em> x</em><em><sub>m</sub></em><em>&nbsp;</em> is the largest yeast amount that can be accommodated by resources and the When <em>x=x</em><em><sub>m</sub></em>, the quantity of yeasts is no longer increasing, that is r(<em>x</em><em><sub>m</sub></em>)<em>=</em>r+b<em>x</em><em><sub>m</sub></em>=0, then b=-<em>r/x</em><em><sub>m</sub></em><em>.</em><br>
+
                                         (2)<strong>P</strong><strong>opulation capacity </strong><strong><em>x</em></strong><strong><em><sub>m</sub></em> : </strong><em> x</em><em><sub>m</sub></em><em> </em> is the largest yeast amount that can be accommodated by resources and the When <em>x=x</em><em><sub>m</sub></em>, the quantity of yeasts is no longer increasing, that is r(<em>x</em><em><sub>m</sub></em>)<em>=</em>r+b<em>x</em><em><sub>m</sub></em>=0, then b=-<em>r/x</em><em><sub>m</sub></em><em>.</em><br>
                                         <em><em>r</em></em>&nbsp;and <em><em>x</em></em><em><sub><em>m</em></sub></em>&nbsp;values in our experiments are shown in the chart below.
+
                                         <em><em>r</em></em> and <em><em>x</em></em><em><sub><em>m</em></sub></em> values in our experiments are shown in the chart below.
 
                                     </p>
 
                                     </p>
 
                                     <table class="table table-bordered table-bashed">
 
                                     <table class="table table-bordered table-bashed">
Line 521: Line 549:
 
                                     <p>$$x(t) = {x_m \over {1+({x_m \over x_0}-1)e^{-rt}}}          (4) $$</p>
 
                                     <p>$$x(t) = {x_m \over {1+({x_m \over x_0}-1)e^{-rt}}}          (4) $$</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                     <p id="10">
+
                                     <p id="10"></p>
                                 <div class="col-xs-6 picture">
+
                                 <div class="col-md-6 col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/fe/T--Tianjin--tu1010.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/f/fe/T--Tianjin--tu1010.jpg">
                                     Figure10  example <em>x-dx/dt</em> curve</p>
+
                                     <p>Figure10  example <em>x-dx/dt</em> curve</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                     <p id="11">
+
                                     <p id="11"></p>
                                 <div class="col-xs-6 picture">
+
                                 <div class="col-md-6 col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/00/T--Tianjin--tu11.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/00/T--Tianjin--tu11.jpg">
                                     Figure11  example <em>t-x</em> curve</p>
+
                                     <p>Figure11  example <em>t-x</em> curve</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
Line 539: Line 567:
 
                                     <img src="">
 
                                     <img src="">
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <p id="12">
+
                                 <p id="12"></p>
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/46/T--Tianjin--tu12.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/46/T--Tianjin--tu12.jpg">
                                     Figure12 <em>t-x</em> curve</p>
+
                                     <p>Figure12 <em>t-x</em> curve</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="">
 
                                     <img src="">
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                   <p id="13">
+
                                   <p id="13"></p>
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/15/T--Tianjin--tu13.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/1/15/T--Tianjin--tu13.jpg">
                                     Figure13  <em>x-dx/dt</em> curve</p>
+
                                     <p>Figure13  <em>x-dx/dt</em> curve</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
Line 565: Line 593:
 
                         <div class="panel-title">
 
                         <div class="panel-title">
 
                             <a href="#collapseFour" role="button" data-toggle="collapse" data-parent="#accordion4" style="text-decoration: none;">
 
                             <a href="#collapseFour" role="button" data-toggle="collapse" data-parent="#accordion4" style="text-decoration: none;">
                                 Mars Model
+
                                 Mars Model*
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </div>
 
                         </div>
Line 579: Line 607:
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                     <p>
 
                                     <p>
                                         Oscillation in KaiC phosphorylation is the best-observed parameter in this system and represents a key state variable for the clock in vivo. Thus we have sought to closely mimic this output in our project. Nakajima et al. <sup><a href="#re6">[6]</a></sup> suggest, given the dual function of KaiC and ‘‘cooperation between KaiA and KaiB,’’ that autonomous oscillation of KaiC phosphorylation might be achieved. We established a model based on known biological and biochemical observations and our experiments that did not involve transcription or translation. In <a href="#14">Figure14</a>, we summarized the key steps of three Kai proteins oscillation when ATP is provided in excess. It was well established that we used three circles to represent all possible combinations of three Kai proteins, just like Mars and its two satellites. This was also why we call it Mars Model.
+
                                         Oscillation in KaiC phosphorylation is the best-observed parameter in this system and represents a key state variable for the clock in vivo. Thus we have sought to closely mimic this output in our project. Nakajima et al. <sup><a href="#re6">[6]</a></sup> suggest, given the dual function of KaiC and ‘‘cooperation between KaiA and KaiB,’’ that autonomous oscillation of KaiC phosphorylation might be achieved. We established a model based on known biological and biochemical observations and our experiments that did not involve transcription or translation. In <a href="#14">Figure14</a>, we summarized the key steps of three Kai proteins oscillation when ATP is provided in excess. It was well established that we used three circles to represent all possible combinations of three Kai proteins, just like Mars and its two satellites. This was also why we call it <b>Mars Model</b>.
 
                                     </p>
 
                                     </p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 588: Line 616:
 
                                 </div>
 
                                 </div>
  
 +
<p id="14"></p>
 +
<div class="col-xs-2"></div>
  
  <p id="14">
+
                                <div class="col-xs-8 picture">
<div align="center"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e1/T--Tianjin--tutu14.png" width="450"></div>  
+
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e1/T--Tianjin--tutu14.png">
<div class="col-xs-12 picture">                    
+
                                      <p>Figure14 A dynamic model of KaiABC proteins oscillation.See text for description
                                    Figure14 A dynamic model of KaiABC proteins oscillation.See text for description</p>
+
                                    </p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 +
<div class="col-xs-2 picture">
  
 
+
</div>
  
  
Line 601: Line 632:
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                     We established rate equation to every process (<a href="#15">Figure 15</a>) and the corresponding reaction rate constants are <em>k<sub>1</sub>-k<sub>12</sub></em>.
 
                                     We established rate equation to every process (<a href="#15">Figure 15</a>) and the corresponding reaction rate constants are <em>k<sub>1</sub>-k<sub>12</sub></em>.
                                </div>
+
                                </div>
                                    <p id="15">
+
                                <p id="15"></p>
                                 <div class="col-xs-12 picture">
+
                                <div class="col-xs-2"></div>
 +
                                 <div class="col-xs-8 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/bd/T--Tianjin--tu15.png">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/b/bd/T--Tianjin--tu15.png">
                                    <p>Figure15 Rate equations of every reaction</p>
+
                                      <p>Figure15 Rate equations of every reaction</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 +
                              <div class="col-xs-2 picture">
 +
                                </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                     Input reaction rate constants <em>k<sub>1</sub>-k<sub>12</sub></em> and initial concentration of every protein, oscillatory curve of every protein could be obtained as shown in <a href="#16">Figure16</a>.
 
                                     Input reaction rate constants <em>k<sub>1</sub>-k<sub>12</sub></em> and initial concentration of every protein, oscillatory curve of every protein could be obtained as shown in <a href="#16">Figure16</a>.
                                </div>
+
 
                                 <p id="16">
+
                                </div>
                                 <div class="col-xs-12 picture">
+
                                 <p id="16"></p>
 +
                                <div class="col-xs-2"></div>
 +
                                 <div class="col-xs-8 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/64/T--Tianjin--tu16.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/64/T--Tianjin--tu16.jpg">
                                    <p>Figure16 Oscillatory curve of every protein</p>
+
                                      <p>Figure16 Oscillatory curve of every protein</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 +
                              <div class="col-xs-2 picture">
 +
                                </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                     From <a href="#16">Figure16</a> it was known that although the peak time of each protein varies, the oscillation period of every protein is the same. Therefore, in the following analysis, we take KaiC as an example to show the change of periods.
 
                                     From <a href="#16">Figure16</a> it was known that although the peak time of each protein varies, the oscillation period of every protein is the same. Therefore, in the following analysis, we take KaiC as an example to show the change of periods.
Line 629: Line 667:
 
                                     (<em>Note: All the blue curves represent the initial data and red curves represent the revised data.</em>)
 
                                     (<em>Note: All the blue curves represent the initial data and red curves represent the revised data.</em>)
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                   <p id="17">
+
                                   <p id="17"></p>
                                 <div class="col-xs-6 picture">
+
                                 <div class="col-md-6 col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/ec/20181016152035%21T--Tianjin--tu17a.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/ec/20181016152035%21T--Tianjin--tu17a.jpg">
 
                                     <p>(a)Period shortens with temperature rising temperature falling</p>
 
                                     <p>(a)Period shortens with temperature rising temperature falling</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <div class="col-xs-6 picture">
+
                                 <div class="col-md-6 col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/ec/20181016152054%21T--Tianjin--tu17a.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/ec/20181016152054%21T--Tianjin--tu17a.jpg">
 
                                     <p>(b) Period prolongs with </p>
 
                                     <p>(b) Period prolongs with </p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
                                      
+
                                     <p>
 
                                         Figure17  Period changes with temperature changing(<em>k</em> changes proportionally)
 
                                         Figure17  Period changes with temperature changing(<em>k</em> changes proportionally)
 
                                     </p>
 
                                     </p>
Line 646: Line 684:
 
                                     (2)Assume the reaction rate constants change slightly and equally with temperature changing, the period also shortens with the temperature rising and prolongs with the temperature falling as shown in <a href="#18">Figure18</a>.  
 
                                     (2)Assume the reaction rate constants change slightly and equally with temperature changing, the period also shortens with the temperature rising and prolongs with the temperature falling as shown in <a href="#18">Figure18</a>.  
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                       <p id="18">
+
                                       <p id="18"></p>
                                 <div class="col-xs-6 picture">
+
                                 <div class="col-md-6 col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/ec/20181016152108%21T--Tianjin--tu17a.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/ec/20181016152108%21T--Tianjin--tu17a.jpg">
 
                                     <p>(a) Period shortens with temperature rising temperature falling</p>
 
                                     <p>(a) Period shortens with temperature rising temperature falling</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <div class="col-xs-6 picture">
+
                                 <div class="col-md-6 col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/ec/20181016152124%21T--Tianjin--tu17a.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/ec/20181016152124%21T--Tianjin--tu17a.jpg">
 
                                     <p>(b) Period prolongs with</p>
 
                                     <p>(b) Period prolongs with</p>
Line 657: Line 695:
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                      
 
                                      
                                         Figure18  Period changes with temperature change(<em>k</em> changes slightly)
+
                                         <p>Figure18  Period changes with temperature change(<em>k</em> changes slightly)
 
                                     </p>
 
                                     </p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 664: Line 702:
 
                                         When the reaction rate constants change slightly with temperature changing, the period shortens while amplitude shortens too. Therefore, if <em>k</em> changes disproportionately, when the temperature increases, the cycle is shortened and the oscillation is unsteady. The curve tends to be gentle with time, which means the oscillation disappears shown as<a href="#19">Figure 19</a>.
 
                                         When the reaction rate constants change slightly with temperature changing, the period shortens while amplitude shortens too. Therefore, if <em>k</em> changes disproportionately, when the temperature increases, the cycle is shortened and the oscillation is unsteady. The curve tends to be gentle with time, which means the oscillation disappears shown as<a href="#19">Figure 19</a>.
 
                                     </p>
 
                                     </p>
                                </div>
+
                             
                                <p id="19">
+
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
+
                                </div>
 +
                                <p id="19"></p>
 +
                                <div class="col-xs-2"></div>
 +
                                 <div class="col-xs-8 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/ec/T--Tianjin--tu17a.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/ec/T--Tianjin--tu17a.jpg">
                                    Figure19  The disappearance of oscillation with temperature changing</p>
+
                                      <p>Figure19  The disappearance of oscillation with temperature changing</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 +
                              <div class="col-xs-2 picture">
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                             <div class="row">
 
                             <div class="row">
Line 686: Line 729:
 
                                         Phosphorylase in yeasts may have promoting effect to the phosphorylation of protein and yeasts offer enough ATP/ADP in vivo, which increase the rate of phosphorylation. Therefore, <em>k<sub>4</sub></em>may increases in yeasts, which makes oscillation cycle shortens shown as <a href="#20">Figure20</a>.
 
                                         Phosphorylase in yeasts may have promoting effect to the phosphorylation of protein and yeasts offer enough ATP/ADP in vivo, which increase the rate of phosphorylation. Therefore, <em>k<sub>4</sub></em>may increases in yeasts, which makes oscillation cycle shortens shown as <a href="#20">Figure20</a>.
 
                                     </p>
 
                                     </p>
                                </div>
+
                                                                </div>
                                <p id="20">
+
                                <p id="20"></p>
                                 <div class="col-xs-12 picture">
+
                                <div class="col-xs-2"></div>
 +
                                 <div class="col-xs-8 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/e2/20181016152023%21T--Tianjin--tu20.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/e2/20181016152023%21T--Tianjin--tu20.jpg">
                                  Figure20 Period changes with phosphorylation rate changing</p>
+
                                      <p>Figure20 Period changes with phosphorylation rate changing</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 +
                              <div class="col-xs-2 picture">
 +
                                </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                 <div class="col-xs-12 text">
 
                                     When the oscillation system is transplanted into yeasts, the supply rate of KaiA , KaiB and KaiC may increase and the relating reaction rate constants are <em>k<sub>2</sub></em>, <em>k<sub>3</sub></em> and <em>k<sub>1</sub></em>. They will increase with the supply rate of three Kai proteins increasing and the result is shown as <a href="#21">Figure21</a>.
 
                                     When the oscillation system is transplanted into yeasts, the supply rate of KaiA , KaiB and KaiC may increase and the relating reaction rate constants are <em>k<sub>2</sub></em>, <em>k<sub>3</sub></em> and <em>k<sub>1</sub></em>. They will increase with the supply rate of three Kai proteins increasing and the result is shown as <a href="#21">Figure21</a>.
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <p id="21">
+
                                 <p id="21"></p>
                                 <div class="col-xs-4 picture">
+
                                 <div class="col-md-4 col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/e2/20181016152034%21T--Tianjin--tu20.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/e2/20181016152034%21T--Tianjin--tu20.jpg">
 
                                     <p>(a)Period change with the supply rate of KaiA increasing</p>
 
                                     <p>(a)Period change with the supply rate of KaiA increasing</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <div class="col-xs-4 picture">
+
                                 <div class="col-md-4 col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/e2/20181016152046%21T--Tianjin--tu20.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/e2/20181016152046%21T--Tianjin--tu20.jpg">
 
                                     <p>(b)Period change with the supply rate of KaiB increasing</p>
 
                                     <p>(b)Period change with the supply rate of KaiB increasing</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                 <div class="col-xs-4 picture">
+
                                 <div class="col-md-4 col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/e2/20181016152105%21T--Tianjin--tu20.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/e2/20181016152105%21T--Tianjin--tu20.jpg">
 
                                     <p>(c)Period change with the supply rate of KaiC increasing</p>
 
                                     <p>(c)Period change with the supply rate of KaiC increasing</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
                                    Figure21 Period changes with oscillation environment changing</p>
+
                                  <p> Figure21 Period changes with oscillation environment changing</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
Line 771: Line 817:
 
                                     </table>
 
                                     </table>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                     <p id="22">
+
                                     <p id="22"></p>
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/e2/20181016152116%21T--Tianjin--tu20.jpg">
 
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/archive/e/e2/20181016152116%21T--Tianjin--tu20.jpg">
                                     Figure22 Period changes with <em>k<sub>5</sub></em> -<em>k<sub>10</sub></em> changing</p>
+
                                     <p>Figure22 Period changes with <em>k<sub>5</sub></em> -<em>k<sub>10</sub></em> changing</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                                     <p id="23">
+
                                     <p id="23"></p>
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
 
                                 <div class="col-xs-12 picture">
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e2/T--Tianjin--tu20.jpg">
+
                                     <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e2/T--Tianjin--tu20.jpg">
 
                                     Figure23 Period changes with <em>k<sub>11</sub></em> and <em>k<sub>12</sub></em> changing</p>
 
                                     Figure23 Period changes with <em>k<sub>11</sub></em> and <em>k<sub>12</sub></em> changing</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 826: Line 872:
 
                     <h1>References</h1>
 
                     <h1>References</h1>
 
                     <p class="reftext" id="re1">
 
                     <p class="reftext" id="re1">
                         <a>[1]Ester M, Kriegel H P, Sander J et al. A density-based algorithm for discovering clusters in large spatial databases. In: Simondis E, Han J W, Fayyad U M eds. Proceedings of the 2<sup>nd</sup>&nbsp;International Conference on Data Mining (KDD-96). Portland: Oregon, 1996. 226~231</a>
+
                         <a>[1]Ester M, Kriegel H P, Sander J et al. A density-based algorithm for discovering clusters in large spatial databases. In: Simondis E, Han J W, Fayyad U M eds. Proceedings of the 2<sup>nd</sup> International Conference on Data Mining (KDD-96). Portland: Oregon, 1996. 226~231</a>
 
                         <br>
 
                         <br>
 
                     </p>
 
                     </p>

Latest revision as of 13:01, 6 December 2018

<!DOCTYPE html> Team:Tianjin - 2018.igem.org

MODEL

Overview

The models we built included four parts. First, we established a fluorescent protein model to screen out the most suitable fluorescent protein, the main modeling method here is grayscale analysis. Then, for the large amount of measured OD values, we drew the growth curve of yeasts and it fitted logistic model. It described the growth situation of the yeasts after plasmid introduction, and we compare it with yeasts without any foreign plasmid. The growth curve also offers the best measuring point and the best measuring interval. What’s more, we drew the degradation curve of the fluorescent protein, which helps us know different characteristics of the two chosen fluorescent proteins better. Finally, we constructed a model to illustrate the oscillation of KaiA, KaiB and KaiC protein called Mars Model, it explained the reason why the cycle reduced in yeasts nicely. Modeling work integrated with experiments tightly made our project complete and convincing.