Difference between revisions of "Team:Tianjin/Measurement"

(Prototype team page)
 
 
(33 intermediate revisions by 5 users not shown)
Line 1: Line 1:
 
{{Tianjin}}
 
{{Tianjin}}
 +
<!DOCTYPE html>
 
<html>
 
<html>
 +
<head>
 +
<script src="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/js/jquery?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
        <meta charset="utf-8">
 +
        <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=Edge,chrome=1"/>
 +
        <meta content="width=device-width,initial-scale=1.0,maximum-scale=1.0,user-scalable=0;" name="viewport">
 +
        <meta name="renderer" content="webkit">
 +
        <meta name="author" content="773715181 Jiaxiao Han">
 +
        <meta content="2018iGEM Team:Tianjin Kai System to control biological clock" name="description">
 +
        <meta content="Team:Tianjin,iGEM:Tianjin,iGEM,2018iGEM" name="keywords">
 +
        <meta content="biological clock,clock,Kai,Kai A,Kai B,KaiC" name="keywords">
 +
<title>Team:Tianjin - 2018.igem.org</title>
 +
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/bootstrap?action=raw&ctype=text/css">
 +
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/base?action=raw&ctype=text/css">
 +
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/font-awesome?action=raw&ctype=text/css">
 +
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/text?action=raw&ctype=text/css">
 +
        <script src="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/js/bootstrap?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/css/slides?action=raw&ctype=text/css">
 +
</head>
 +
<!-- delete.css  -->
 +
<style>
 +
#globalWrapper,#content{background-color:transparent;border:0;border-bottom:0;float:none;margin:0;padding:0;width:100%;list-style-image:none}#top_title{margin:0}#HQ_page th{background-color:transparent;padding:0;color:black;border:0;border-collapse:collapse;vertical-align:text-top;text-transform:uppercase;text-align:center}#HQ_page td{padding:0;border:0;vertical-align:text-top;text-align:center;line-height:35px}#HQ_page .jumbotron p{text-align:center;margin-bottom:15px;font-weight:200}#HQ_page p{text-align:center}body{margin-bottom:-10px}#top_title,#sideMenu{display:none}a:hover{text-decoration:none}.mw-content-ltr ul{padding-top:0;padding-right:0;margin:auto}body{margin-top:0}#wrapper{padding-left:0}#page-wrapper{width:100%;padding:0}.intro{background-size:cover;width:100%;position:relative}.huge{font-size:50px;line-height:normal}
 +
</style>
  
 +
<style>
 +
#top_title{display:none;}
 +
.igem_2018_team_menu{display:none !important;}
 +
</style>
  
−
<div class="column full_size judges-will-not-evaluate">
+
<script>
−
<h3>★  ALERT! </h3>
+
$('#top_title').remove();$("#globalWrapper").removeAttr("id");$("#content").removeAttr("id");$("#HQ_page").removeAttr("id");$('.mw-body').removeClass('mw-body');$('.igem_2018_team_mobile_bar').remove();
−
<p>This page is used by the judges to evaluate your team for the <a href="https://2018.igem.org/Judging/Medals">medal criterion</a> or <a href="https://2018.igem.org/Judging/Awards"> award listed below</a>. </p>
+
$('#bodyContent').removeAttr("id");
−
<p> Delete this box in order to be evaluated for this medal criterion and/or award. See more information at <a href="https://2018.igem.org/Judging/Pages_for_Awards"> Instructions for Pages for awards</a>.</p>
+
$('#mw-content-text').removeAttr("id");
−
</div>
+
$('.mw-content-ltr').removeAttr("class");
 +
$('.igem_2018_team_menu displaying_menu').remove();
 +
$('.igem_2018_team_content').removeAttr("class");
 +
$('.igem_2018_team_column_wrapper').removeAttr("class");
 +
$('.igem_2018_team_menu').remove();
 +
</script>
 +
</head>
 +
<body>
 +
    <nav class="navbar navbar-default navbar-fixed-top" role="navigation" style="background-color:#79acdd;margin-top:14px;">
 +
    <div class="container-fluid">
 +
        <button type="button" class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse" data-target=".navbar-main-collapse">
 +
            <i class="fa fa-bars"></i>
 +
        </button>
 +
    <div class="navbar-header">
 +
        <div class="navbar-brand" href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin">
 +
            <a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin">
 +
            <div class="circle" style="background-image:url(https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/45/T--Tianjin--logo.png);left: 50px;">
 +
            </div>
 +
            </a>
 +
        </div>
 +
    </div>
 +
        <div class="navbar-collapse navbar-right navbar-main-collapse collapse">
 +
        <ul class="nav navbar-nav navbar-right" style="margin: 15px;">
 +
            <li class="dropdown">
 +
                <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown">
 +
                    PROJECT
 +
                    <b class="caret"></b>
 +
                </a>
 +
                <ul class="dropdown-menu" style="left: -14px;">
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Description">BACKGROUND</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Design">DESIGN</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Experiments">EXPERIMENTS</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Notebook">NOTEBOOK</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Model">MODEL</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Measurement">MEASUREMENT</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Demonstrate">DEMONSTRATE</a></li>
 +
                </ul>
 +
            </li>
 +
            <li class="dropdown">
 +
                <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown">
 +
                    PARTS
 +
                    <b class="caret"></b>
 +
                </a>
 +
                <ul class="dropdown-menu" style="left: -26px;">
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Parts">PARTS OVERVIEW</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Basic_Part">BASIC PARTS</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Composite_Part">COMPOSITE PARTS</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Part_Collection">PART COLLECTION</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Improve">IMPROVED PART</a></li>
 +
                </ul>
 +
            </li>
 +
            <li>
 +
                <a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Safety">
 +
                    SAFETY             
 +
                </a>
 +
            </li>
 +
            <li class="dropdown">
 +
                <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown">
 +
                    HUMAN PRACTICES
 +
                    <b class="caret"></b>
 +
                </a>
 +
                <ul class="dropdown-menu">
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Human_Practices">INTEGRATED</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Collaborations">COLLABORATION</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Public_Engagement">PUBLIC ENGAGEMENT</a></li>
 +
                </ul>
 +
            </li>
 +
            <li class="dropdown">
 +
                <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown">
 +
                    TEAM
 +
                    <b class="caret"></b>
 +
                </a>
 +
                <ul class="dropdown-menu" style="left: -29px;">
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Team">MEMBERS</a></li>
 +
                    <li><a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Attributions">ATTRIBUTIONS</a></li>
 +
                </ul>
 +
            </li>
 +
            <li>
 +
                <a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Judging">
 +
                    FOR JUDGES             
 +
                </a>
 +
            </li>
 +
        </ul>
 +
    </div>
 +
    </div>
 +
    </nav>
 +
    <script type="text/javascript" src="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/js/navigation?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
   
 +
    <div class="container ">
 +
        <div class="row">
 +
            <div class="col-xs-12 titleBox">
 +
                <div class="title title-big">
 +
                    <p>MEASUREMENT</p>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <div class="row partition">
 +
           
 +
        </div>
 +
        <div class="row">
 +
            <div class="col-xs-12 text">
 +
                <p>
 +
                    In pursuit of a rigorously scientific result, we have adopted multiple measuring approaches throughout the whole project, among which two predominant methods described in extreme detail in wiki, would inspire relative researchers.<br><br>
 +
                    As two sophisticated and renowned reporters in biotechnological domain, fluorescent protein and luciferase were opted to illustrate the effectiveness of our constructed oscillating system, detected by combined means and instrument. Mcherry and EYFP, two selected fluorescent reporters were measured by both fluorescence spectrophotometer and Leica DMi8 respectively. Leica DMi8 allows us to visually and intuitively see the expression of the fluorescent protein EYFP in <em>Saccharomyces cerevisiae</em> In terms of luciferase, in addition to commonly used firefly luciferase, a courageous attempt we made was to choose a novel luciferase NanoLuc and its live cell substrate in spite of no records of the usefulness in <em>Saccharomyces cerevisiae</em> before and obtained expected outcome successfully.  
 +
                </p>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <div class="row">
 +
            <div class="panel-group" id="accordion1" role="tablist" aria-multiselectable="true">
 +
                <div class="panel panel-default text-panel">
 +
                    <div class="pan-heading text-pan-heading panel-top" id="collapsehead">
 +
                        <div class="panel-title">
 +
                            <a href="#collapseOne" role="button" data-toggle="collapse" data-parent="#accordion1" style="text-decoration: none;">
 +
                                How did we choose our reporter gene?
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                    <div id="collapseOne" class="panel-collapse collapse" role="tabpanel" aria-labelledby="collapsehead" aria-expanded="false"">
 +
                        <div class="panel-body">
 +
                          <div class="row">
 +
                                <div class="col-xs-12 text">
 +
                                    <p>
 +
                                      To achieve the best measurement of our oscillatory system, we chose two different kinds of reporter gene as our downstream reporters, fluorescent protein gene and luciferase gene,  which are both widely used in the biotechnological labs.
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12">
 +
                                    <div class="title title-normal">
 +
                                        <p>Fluorescent protein</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 text">
 +
                                    <p>
 +
                                      In search for the part kit provided by the iGEM headquarter, we found several available fluorescent proteins. Under the instruction of our <a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Model">fluorescent protein judging model</a>, we finally chose mCherry and EYFP as our fluorescent protein reporter.
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 text">
 +
                                    <table class="table table-bordered">
 +
                                        <thead style="background: #222!important;color: white;">
 +
                                          <tr>
 +
                                              <th colspan="12">Table 1. Chosen fluorescent proteins</th>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </thead>
 +
                                        <tbody>
 +
                                            <tr><td><p>Protein</p></td><td>λ<sub>em</sub>(nm)</td><td>λ<sub>em</sub>(nm)</td><td><p>part serial number</p></td><td><p>site</p></td></tr><tr><td><p>mCherry</p></td><td><p>587</p></td><td><p>610</p></td><td><p>Part:BBa_E2060</p></td><td><p>3-7L</p></td></tr><tr><td><p>EYFP</p></td><td><p>513</p></td><td><p>527</p></td><td><p>Part:BBa_E2030</p></td><td><p>3-7J</p></td></tr>
 +
                                        </tbody>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-md-12 col-xs-12">
 +
                                    <div class="wrap">
 +
                                        <div class="photo-container">
 +
                                            <div class="display-left" onclick="" style="right:0px">
 +
                                                <a>&#10094;</a>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="Slides">
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/61/T--Tianjin--comic1.1.gif">     
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/30/T--Tianjin--comic1.2.gif" >         
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/89/T--Tianjin--comic1.3.gif" >         
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/cc/T--Tianjin--comic1.4.gif" >         
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/5/59/T--Tianjin--comic1.5.gif" >         
 +
                                                </div>             
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/49/T--Tianjin--comic1.6.gif" >
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/7a/T--Tianjin--comic1.7.gif" >
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/86/T--Tianjin--comic1.8.gif" >
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/2c/T--Tianjin--comic1.9.gif" >
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/e/e2/T--Tianjin--comic1.10.gif" >
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="display-right" onclick="" style="left:0px;">
 +
                                                <a>&#10095;</a>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="control">
 +
                                            <div class="cr"><a><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                        </div>                             
 +
                                    </div>     
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 picture">
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/40/T--Tianjin--measurement1.jpg">
 +
                                    <p>Figure 1. Mechanism of fluorescent proteins</p>
 +
                                </div>
  
 +
                                <div class="col-xs-12">
 +
                                    <div class="title title-normal">
 +
                                        <p>Luciferase</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 text">
 +
                                    <p>
 +
                                      Luciferase is a popular choice as a reporter for gene expression because functional enzyme is created immediately upon translation and the assay is rapid, reliable and easy to perform.<sup><a href="#re1">[1,2]</a></sup> The fluorescent output of luciferase gene is due to the chemical reaction between luciferase and corresponding substrate, which can be easily detected by the luminoskan microplate reader.<br>
 +
                                      We used firefly luciferase(Fluc) gene purchased from Promega and NanoLuc luciferase(Nluc)  gene submitted by Team Tuebingen 2015 as another two reporters for our KaiABC system.
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 text">
 +
                                    <table class="table table-bordered">
 +
                                        <thead style="background: #222!important;color: white;">
 +
                                          <tr>
 +
                                              <th colspan="12">Table 2. Chosen luciferase</th>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </thead>
 +
                                        <tbody>
 +
                                            <tr><td width="113"><p>luciferase</p></td><td width="113">λ<sub>em</sub>(nm)</td><td width="174"><p>resource</p></td><td width="200"><p>Detail</p></td></tr><tr><td width="113"><p>Fluc</p></td><td width="113"><p>560</p></td><td width="174"><p>Bought from Promega</p></td><td width="200"><p>pGL4 Luciferase Reporter Vectors</p></td></tr><tr><td width="113"><p>Nluc</p></td><td width="113"><p>460</p></td><td width="174"><p>Part:BBa_K1680009</p></td><td width="200"><p>Kit site:7-3N</p></td></tr>
 +
                                        </tbody>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-md-12 col-xs-12">
 +
                                    <div class="wrap">
 +
                                        <div class="photo-container">
 +
                                            <div class="display-left" onclick="" style="right:0px">
 +
                                                <a>&#10094;</a>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="Slides">
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/6/68/T--Tianjin--comic2.1.jpg">     
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/3/37/T--Tianjin--comic2.2.jpg" >         
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/5/5e/T--Tianjin--comic2.3.jpg" >         
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/7/70/T--Tianjin--comic2.4.jpg" >         
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/a/a7/T--Tianjin--comic2.5.jpg" >         
 +
                                                </div>             
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/49/T--Tianjin--comic2.6.jpg" >
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/04/T--Tianjin--comic2.7.jpg" >
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/08/T--Tianjin--comic2.8.jpg" >
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/9/94/T--Tianjin--comic2.9.jpg" >
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="mySlides">
 +
                                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/0/07/T--Tianjin--comic2.10.jpg" >
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="display-right" onclick="" style="left:0px;">
 +
                                                <a>&#10095;</a>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="control">
 +
                                            <div class="cr"><a><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                            <div class="cr"><a ><i class="fa fa-circle" aria-hidden="true"></i></a></div>
 +
                                        </div>                             
 +
                                    </div>     
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 picture">
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/27/T--Tianjin--measurement2.jpg">
 +
                                    <p>Figure 2. Mechanism of luciferase</p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 picture">
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/c/cd/T--Tianjin--measurement3.jpg">
 +
                                    <p>Figure 3.The bioluminescent reaction catalyzed by Fluc and Nluc</p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>             
 +
            </div>
 +
        </div>
  
−
<div class="clear"></div>
+
        <div class="row">
  
 +
            <div class="panel-group" id="accordion2" role="tablist" aria-multiselectable="true">
 +
                <div class="panel panel-default text-panel">
 +
                    <div class="pan-heading text-pan-heading" id="collapsehead">
 +
                        <div class="panel-title">
 +
                            <a href="#collapseTwo" role="button" data-toggle="collapse" data-parent="#accordion2" style="text-decoration: none;">
 +
                                How did we design our measurement plan?
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                    <div id="collapseTwo" class="panel-collapse collapse" role="tabpanel" aria-labelledby="collapsehead" aria-expanded="false"">
 +
                        <div class="panel-body">
 +
                          <div class="row">
 +
                                <!--<div class="col-xs-12">
 +
                                    <div class="title title-normal">
 +
                                        <p>Clock Mechanisms II:Post-translational Feedback Loops</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>-->
 +
                                <div class="col-xs-12 text">
 +
                                    <p>
 +
                                      When reconstructed in <em>Escherichia coli</em>,&nbsp;KaiABC&nbsp;oscillator showed a periodicity of 24 hours<sup><a href="#re3">[3]</a></sup>. To best verify our system can function in <em>Saccharomyces cerevisiae</em>&nbsp;, we planned to measure our system using different reporter at <strong>3-hour intervals for 1 day, 2 days, 3 days respectively</strong><strong>.</strong><br>
 +
                                      As for the measurement of fluorescent proteins, we not only used the common detecting instrument, fourescence spectrophotometer, but also make an attempt to record the fluorescent variation via the cutting-edge Leica DMi8 inverted microscope.<br>
 +
                                      Another thing worth mentioning is that, we bought all of the luciferase assay system from company Promega, among them there was a new kind of NanoLuc&nbsp;luciferase system----Nano-Glo<sup>&reg;</sup>&nbsp;Live Cell Assay System, which allows experimenters to detect live cell luminescent signals without lytic process, suitable for the 3-day assay. Despite there is no reference indicating that this product, a commonly used assay system in mammalian cells, could be used in<em>&nbsp;</em><em>Saccharomyces cerevisiae</em>, we decided to take a try and have successfully proved its validity. Consequently, we chose Nluc solely to complete our long time luminescent detection .
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 text">
 +
                                    <table class="table table-bordered">
 +
                                        <thead style="background: #222!important;color: white;">
 +
                                          <tr>
 +
                                              <th colspan="12">Table3.1 day’s measurement ----- Fluorescent protein detection</th>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </thead>
 +
                                        <tbody>
 +
                                            <tr><tr><td rowspan="4" width="154"><p><strong>Experimental</strong></p><br><br><p><strong>Group</strong></p></td><td width="468"><p>pABaC +pCiRbS +p1m</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pABaC +pbCiRS +p1m</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pABaC +pCiRbS+p1E</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pABaC +pbCiRS +p1E</p></td></tr><tr><td rowspan="6" width="154"><p><strong>Negative</strong></p><br><br><p><strong>Control Group</strong></p></td><td width="468"><p>pABaC +p1m</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pCiRbS +p1m</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pbCiRS +p1m</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pABaC +p1E</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pbCiRS +p1E</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pCiRbS p1E</p></td></tr>
 +
                                        </tbody>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 picture">
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/4/4a/T--Tianjin--measurement4.jpg">
 +
                                    <p>Figure 4. Procedures for measuring mCherry/EYFP via fluorescent spectrophotometer</p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 text">
 +
                                    <table class="table table-bordered">
 +
                                        <thead style="background: #222!important;color: white;">
 +
                                          <tr>
 +
                                              <th colspan="12">Table 4.2 days’ measurement ----- Fluc&Nluc detection in lytic cells</th>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </thead>
 +
                                        <tbody>
 +
                                            <tr><td width="154"><p><strong>Experimental</strong></p><p><strong>Group</strong></p></td><td width="468"><p>pABaC +pCiRbS +p1F</p></td></tr><tr><td width="154"><p><strong>&nbsp;</strong></p></td><td width="468"><p>pABaC +pbCiRS +p1F</p></td></tr><tr><td width="154"><p><strong>&nbsp;</strong></p></td><td width="468"><p>pABaC +pCiRbS +p2N</p></td></tr><tr><td width="154"><p><strong>&nbsp;</strong></p></td><td width="468"><p>pABaC +pbCiRS +p2N</p></td></tr><tr><td width="154"><p><strong>Negative</strong></p><p><strong>Control Group</strong></p></td><td width="468"><p>pABaC +p1F</p></td></tr><tr><td width="154"><p><strong>&nbsp;</strong></p></td><td width="468"><p>pbCiRS +p1F</p></td></tr><tr><td width="154"><p><strong>&nbsp;</strong></p></td><td width="468"><p>pCiRbS +p1F</p></td></tr><tr><td width="154"><p><strong>&nbsp;</strong></p></td><td width="468"><p>pABaC +p2N</p></td></tr><tr><td width="154"><p><strong>&nbsp;</strong></p></td><td width="468"><p>pbCiRS +p2N</p></td></tr><tr><td width="154"><p><strong>&nbsp;</strong></p></td><td width="468"><p>pCiRbS +p2N</p></td></tr>
 +
                                        </tbody>
 +
                                    </table>
 +
                                    <p>
 +
                                        Detailed methods are available in our<a href="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/Notebook"> Notebook</a>.<br><br>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 picture">
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/8/8a/T--Tianjin--measurement5.jpg">
 +
                                    <p>Figure 5. Procedures for measuring luciferase via luminaskan microplate reader</p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="row partition"></div>
 +
                                <div class="col-xs-12 text">
 +
                                    <table class="table table-bordered">
 +
                                        <thead style="background: #222!important;color: white;">
 +
                                          <tr>
 +
                                              <th colspan="12">Table 5.3 days’ measurement ----- Nluc detection in live cells</th>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </thead>
 +
                                        <tbody>
 +
                                            <tr><td rowspan="4" width="154"><p><strong>Experimental</strong></p><p><strong>Group</strong></p></td><td width="468"><p>pABaC +pCiRbS +p1N</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pABaC +pbCiRS +p1N</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pABaC +pCiRbS +p2N</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pABaC +pbCiRS 1+p2N</p></td></tr><tr><td rowspan="4" width="154"><p><strong>Control Group</strong></p></td><td width="468"><p>pABaC +p2N</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pbCiRS +p2N</p></td></tr><tr><td width="468"><p>pCiRbS +p2N</p></td></tr><tr><td width="468"><p>TDH3P+NanoLuc</p></td></tr>
 +
                                        </tbody>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="row partition"></div>
 +
                                <div class="col-xs-12">
 +
                                    <div class="title title-normal">
 +
                                        <p>EYFP measurement using Leica DMi8</p>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 text">
 +
                                    <p>
 +
                                        Leica DMi8 is an excellent inverted microscope for life science research, which is utilized extensively in materials inspection and measurement. For live cell research, the DMi8 platform is a complete solution whether precisely follow the development of a single cell in a dish, screen through multiple assays, obtain single molecule resolution, or tease out behaviors of complex processes. <br>
 +
                                        Combined with easy to use software, high resolution cameras, and brilliant LED illumination, these inverted research systems are flexible to see the expression of the fluorescent protein EYFP in <em>Saccharomyces cerevisiae</em>. Through high speed imaging, using the external fluorescent filter wheels, we obtained fast and accurate fluorescent images as following show. It tells that our bacteria that we constructed express EYFP successfully and continuously in oscillating system. Meanwhile, the fluorescence intensity detected was very bright, indicating that the expression of EYFP was at a high level.
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-xs-12 picture" id="M1">
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2018/2/2e/T--Tianjin--EYFP123.jpg">
 +
                                    <p>Figure 6. pABaC +pCiRbS+p1E photoed by normal microscope and Leica DMi8 </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>             
 +
            </div>
 +
        </div>
  
 +
                             
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>             
 +
            </div>
 +
        </div>
  
 +
        <div class="row">
 +
            <div class="panel-group" id="accordion4" role="tablist" aria-multiselectable="true">
 +
                <div class="panel panel-default text-panel">
 +
                    <div class="pan-heading text-pan-heading panel-bottom" id="collapsehead">
 +
                        <div class="panel-title">
 +
                            <a href="#collapseFour" role="button" data-toggle="collapse" data-parent="#accordion4" style="text-decoration: none;">
 +
                                Measuement instrument
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                    <div id="collapseFour" class="panel-collapse collapse panel-bottom" role="tabpanel" aria-labelledby="collapsehead" aria-expanded="false"">
 +
                        <div class="panel-body">
 +
                          <div class="row">
 +
                                <div class="col-xs-12 text">
 +
                                    <p>
 +
                                      Fluorescent protein: <br>
 +
                                      Hitachi F-2500 Flourescence Spectrophotometer;<br>
 +
                                      Leica DMi8 inverted microscope<br>
 +
                                      Luciferase : Thermoscientific Luminoskan Microplate Reader<br>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>             
 +
            </div>
 +
        </div>
  
 +
        <div class="row partition"></div>
 +
       
 +
        <div class="row">
 +
            <div>
 +
                <div class="reference">
 +
                    <h1>References</h1>
 +
                    <p class="reftext" id="re1">
 +
                        <a>[1]Ow, D.W. et al. (1986) Transient and stable expression of the firefly luciferase gene in plant cells and trans-genic plants. Science 234, 856–9.</a>
 +
                        <br>
 +
                    </p>
 +
                    <p class="reftext" id="re2">
 +
                        <a>[2]De Wet, J.R. et al. (1987) Firefly luciferase gene: Structure and expression in mammalian cells. Mol. Cell. Biol. 7, 725–37.</a>
 +
                        <br>
 +
                    </p>
 +
                    <p class="reftext" id="re3">
 +
                        <a>[3]Chen, AH (Chen, Anna H.); Lubkowicz,D (Lubkowicz, David); Yeong, V (Yeong, Vivian); Chang, RL (Chang, Roger L.); Silver, PA(Silver, Pamela A.)  Transplantability of a circadian clock to a noncircadian organism. SCIENCE ADVANCES(2015) DOI: 10.1126/sciadv.1500358</a>
 +
                        <br>
 +
                    </p>
 +
                </div>   
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
    </div>
  
−
<div class="column full_size">
+
    <div id="footer" style="background-color: #79acdd;text-align: center;">
−
<h1>Measurement</h1>
+
        <div class="container">
−
 
+
            <div class="row">
−
<p>There are a lot of exciting parts in the Registry, but many parts have still not been characterized. Synthetic Biology needs great measurement approaches for characterizing new parts, and efficient new methods for characterizing many parts at once. If you've done something exciting in the area of Measurement, describe it here!</p>
+
                <div class="col-sm-3 footer-part">
−
</div>
+
                    <p>
−
<div class="clear"></div>
+
                        <i class="fa fa-weixin fa-lg"></i>
−
 
+
                        IGEMTIANJIN
−
<div class="column two_thirds_size">
+
                    </p>
−
<h3>Best Innovation in Measurement Special Prize</h3>
+
                </div>
−
<p>If you've done excellent work in measurement, you should consider nominating your team for this special prize. Designing great measurement approaches for characterizing new parts or developing and implementing an efficient new method for characterizing thousands of parts are good examples.
+
                <div class="col-sm-3 footer-part">
−
<br><br>
+
                    <p>
−
To compete for the <a href="https://2018.igem.org/Judging/Awards">Best Innovation in Measurement prize</a>, please describe your work on this page and also fill out the description on the <a href="https://2018.igem.org/Judging/Judging_Form">judging form</a>.
+
                        <i class="fa fa-twitter fa-lg"></i>
−
<br><br>
+
                        IGEMTIANJIN2018
−
You must also delete the message box on the top of this page to be eligible for this prize.
+
                    </p>
−
 
+
                </div>
−
</p>
+
                <div class="col-sm-3 footer-part">
−
 
+
                    <p>
−
</div>
+
                        <i class="fa fa-envelope fa-lg"></i>
−
 
+
                        HEBO@TJU.EDU.CN
−
 
+
                    </p>
−
<div class="column third_size">
+
                </div>
−
<div class="highlight decoration_A_full">
+
                <div class="col-sm-3 footer-part">
−
<h3>Inspiration</h3>
+
                    <p>
−
<p>You can look at what other teams did to get some inspiration! <br />
+
                        <i class="fa fa-institution fa-lg"></i>
−
Here are a few examples:</p>
+
                        BEIYANG CAMPUS,TIANJIN UNIVERSITY,TIANJIN
−
<ul>
+
                    </p>
−
<li><a href="https://2016.igem.org/Team:Stanford-Brown">2016 Stanford-Brown</a></li>
+
                </div>
−
<li><a href="https://2016.igem.org/Team:Genspace">2016 Genspace</a></li>
+
            </div>
−
<li><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary">2015 William and Mary</a></li>
+
        </div>
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Aachen">2014 Aachen  </a></li>
+
    </div>
−
</ul>
+
<script type="text/javascript" src="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/js/timeline?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
−
</div>
+
<script src="https://2018.igem.org/Team:Tianjin/js/slides?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
−
</div>
+
</body>
−
 
+
−
 
+
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 13:47, 13 December 2018

<!DOCTYPE html> Team:Tianjin - 2018.igem.org

MEASUREMENT

In pursuit of a rigorously scientific result, we have adopted multiple measuring approaches throughout the whole project, among which two predominant methods described in extreme detail in wiki, would inspire relative researchers.

As two sophisticated and renowned reporters in biotechnological domain, fluorescent protein and luciferase were opted to illustrate the effectiveness of our constructed oscillating system, detected by combined means and instrument. Mcherry and EYFP, two selected fluorescent reporters were measured by both fluorescence spectrophotometer and Leica DMi8 respectively. Leica DMi8 allows us to visually and intuitively see the expression of the fluorescent protein EYFP in Saccharomyces cerevisiae In terms of luciferase, in addition to commonly used firefly luciferase, a courageous attempt we made was to choose a novel luciferase NanoLuc and its live cell substrate in spite of no records of the usefulness in Saccharomyces cerevisiae before and obtained expected outcome successfully.

How did we choose our reporter gene?
How did we design our measurement plan?